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东汉末年，世道离乱。作为当权太监的孙子，曹操自幼过着养尊处优的生活，却也亲眼目睹了党人和阉竖之间血腥残酷的厮杀。成年之后，曹操和夏侯兄弟游行乡里，进而结识了“四世三公”的袁家公子袁绍和袁术。经朝廷官员举荐，曹操被任命为洛阳北部尉，他不偏不倚，令行禁止，刚强冷酷的作风极大地震慑了阉党的气焰，也让他的声名在颓朽的庙堂之上广为传播。皇宫内院相杀不断，朝廷之外黄巾迭起。生处乱世之中，曹操投笔从戎，与袁绍、刘备等豪杰英雄共同开启了三国百年大戏的帷幕……
建宁元年，大太监总管曹节的曾孙曹操（小名阿瞒）入宫。当时年仅14岁的汉灵帝主持朝政。因年龄尚幼，他根本无心处理政事，一心只想着怎么玩得开心。他召曹操这些孩子们来主要是为了陪自己一起玩耍。没等大臣们上奏的事情结束，他便迫不及待的跑到后宫与新召入宫的同龄孩子一起玩起了游戏。这些孩子们大多是朝中大臣的世子，而年幼的曹操因为是宦官子孙的身份受到别人的鄙视和排斥。他深切地感受到了地位和身份带给自己的痛苦。与此同时，第二次党锢之争也在暗中进行。大将军窦武要皇上下旨灭曹家满门。曹节却抢先一步劫持了传旨的黄门令山冰，然后用空白圣旨命属下将太傅陈蕃等人杖毙。这一切被躲在暗处的曹操亲眼目睹。接下来，窦武赶到宫中，误中曹节的圈套，动了武，曹节以谋反之命将其擒获，窦武提出以自己的生命为代价，请他饶所有的属下一命。曹节口头应允，但是待其自刎之后，仍命令将窦武的属下一律杀死。事后，曹节带着一帮属下搂着女人痛快的喝酒作乐。曹操却心情沉重的一个人孤单的荡秋千。曹操的父亲开导儿子，讲述他的身世。原来曹操原本是夏候世家的子弟，为了在党派争斗中保住实力，这才投入曹家的门下。曹操上街，亲眼看到士兵们押着“叛逆臣子的家眷”经过。当时，士兵鞭打一个走得慢的孕妇，犯人陈宫为了保护她，冲上去与士兵搏斗，此举引起了曹操的注意，命属下出重金将二人买下来，并且放掉他们。谁料就在不久举行的酒宴上，守候城门的士兵将逃走的孕妇抓了回来，孕妇抗不住毒打，招认曹操就是放走自己的人。曹节大怒，罚曹操推磨，并训斥他不值得为一个卑贱的人牺牲自己，并教育他做人最重要的如何先保全自己。十年后，曹操长大成人，带着一伙人去打猎，与袁术、袁绍兄弟相遇，出身于儒家世族的二人对他的殷勤视若不见。
袁术与袁绍虽然为亲兄弟，但是袁绍出身卑微，是婢女所生，又被父亲过继给了伯父，所以袁术根本瞧不起这位大哥。二人正在争吵之际， 曹操热情的邀请他们来自己的住处饮酒，但是对方似乎根本没有什么兴趣。袁术站在岸边观赏水景，顺手投掷石块，惊动了鳄鱼出水袭击他，幸亏被曹操救下。曹操力斩鳄鱼的情景让袁绍对其刮目相看，热情地与之结交，并且吐露心腹之言。曹操提出可以帮助他恢复在袁家的地位。在回城的路上，一队娶亲的队伍经过。袁术无意中瞥见新娘子的美貌，颇为心动，这一切被曹操的人看在心里。是夜，曹操让属下身着黑衣将新娘子劫来送入袁术的房中。醉酒的袁术以为曹操想讨好自己，便不客气地准备好好欢娱一番，谁料刚把新娘子的衣服解开，哥哥袁绍带着曹操一众人等闯入。袁绍指责他胡作非为，并且事后以此为要挟，逼他放弃与自己争夺虎贲中郎将的职位。袁术被逼无奈地答应。曹操带属下将新娘子送回原来的主人家，并许以重金，赠与田地，对方答应此事算了结了。不久，在袁绍的帮助下，曹操被举为孝廉，被分到京城任职。他入京后想着去拜会袁绍。恰逢袁家主母去世，正在大办丧事。袁术嫌弃哥哥庶出，禁止其为自己的母亲主持葬礼，但是袁绍为了在一众宾客前树威，坚持要主持，二人在棺前产生了争执，曹操上前力劝二人和好，并趁机在众人面前树立了威信。曹操入宫接旨，正式成为一名官员。本应该开心的他，却听到大臣们私下议论自己出身卑贱，而且认贼作父。曹操很生气，一怒之下打了这两个人，与此同时，他也暗下决心，以后一定要出人头地。
曹操被皇帝任命去洛阳任北部尉。但是还没走到府衙，就被一帮灾民堵住曹操让手下熬了一大锅粥，告诉灾民每天会发放他们一碗粥喝不致饿死，但是要求男士必须去服兵役，女人们从事织布的工作，如果谁不遵守，就会受到惩罚。曹操这一行为传到了宫中，曹操的名字被很多人知道，包括当时得宠的黄门郎蹇硕。曹操的祖父曹腾离任回到老家养老，曹操预感到祖父离开后，先前曹家树敌肯定会对自己下手，但是曹腾暗中相授机宜。蹇硕命属下在街头寻找美女迷惑圣上，并趁机把叔父蹇图推荐给圣上任重职。圣上迷恋美色，顾不得理朝政，同时还准备让蹇硕接管兵权。曹操颁布了禁夜令。属下在巡逻的时候，恰逢夜间蹇图带刀饮酒，还不许小店关门。属下们将蹇图抓了起来。蹇硕得知消息，找到曹操替叔父求情，但是曹操不为所动，故意在他求情的时候不作声，无奈之下，蹇硕只得将打叔父二十棒升到了五十棒。五十棒下去之后，蹇图被活活打死，蹇硕对曹操恨之入骨，决定报复。曹父深深为儿子担忧，警告他做事太过。曹操不以为然，认为父亲现在是大司农，如果蹇硕对自己下手，父亲可以卡住宫里的供给，以此制衡蹇硕。父亲很是无奈。不久，蹇硕举荐曹操升任顿丘县令。按当时的税收来进，顿丘最高，算得上是肥缺。曹操不理解仇人为什么会帮自己升官。从父亲口中得知，原来，顿丘并不是因为富裕才税收高，而是因为当地有一个叫王福的土豪，横征暴敛，这才导致税收增高。蹇硕此举的目的，是为了借王福之手除掉曹操。曹操去顿丘上任，路上被唐周带人阻拦，恳求曹操惩罚王福。因为王福欺男霸女，无恶不作。但是曹操却一反常态，用鞭子抽打百姓让路，骑马飞驰而过。王福得知此事很是不解。曹操来拜访，向王福索要一百万钱，王福却笑着说愿意给他两百万钱。
王福送了曹操很多的金银财宝。王福借修建祠堂之名，向每个百姓征收五十钱，百姓怨声载道，黄巾军首领唐周与张角等人决定带领百姓起义，暗中进行谋划。属下对曹操的行为很是不解，曹操告诉他自己另有打算。曹操表面上配合王福去向百姓征税。唐周带人反抗，王福让属下将唐周抓起来，准备举刀将其杀害之际，杀手们却纷纷中箭身亡。曹操埋伏的人手出现，为首的是程昱，将王福的人一网打尽在杀死王福之前，曹操告诉他，自己之所以要与他同流合污，目的就是为了等现在的这一天。曹操查封了王福的宅子，没收了他的银钱，散发给百姓安居乐业。与此同时，曹操暗中赠与唐周银两和快马，并且告诉他，以后可以拿这些钱做个小买卖，而且自己也不想知道他将来会去什么地方落脚。唐周很是感动，谢过之后离去。属下不明白这一切是如何发生，曹操告诉他，自己早在来顿丘之前，就早派程昱混入难民之中打探消息，并成功取得了唐周的信任，得知了他们要起事的具体计划，并暗中安排好了这一切。曹操准备大展宏图一番，暗中招兵买马，准备练兵累积自己的实力。谁料一道圣旨颁下，免去了曹操的官职，令他回乡务农。回到谯县的曹操为了解闷，和兄弟们一起去喝酒。酒楼里，舞娘卞思一曲美妙的舞蹈惹得众人欢呼不已。恶霸张慕天上前调戏，卞思不从，一个耳光打在公子的脸上。惹恼了对方，对方欲强行不轨。曹操带着属下将其救下，并痛打恶霸。因为一场混战，酒楼损失惨重，老板娘对卞思抱怨不已，扬言谁出高价就把她卖给谁。曹操开始酿酒挣钱，准备为卞思赎身，因为当时卞思唱的《诗经》里的《小雅》，让他觉得她是一个脱俗的女子，心生爱慕。曹操的二夫人将要生产，原配丁夫人忙着照料她。曹操却一心想着纳妾。祖父为曹操的行为感到生气。张慕天将卞思抢走，前来为她赎身的曹操扔下卞思的卖身钱，飞马赶去救人，成功将卞思救下。曹操将卞思带回家，恰逢二夫人产下一个男婴曹昂，但夫人因难产去世。此时传来曹操当上议郎的喜讯。曹操带卞思去京城任职。
曹操上任议郎职位。宫中谣言四起，士人出身的大臣们与宦官互相中伤，一场政治风暴即将拉开序幕。宫中，皇帝新封了何贵妃为皇后，整天与其玩乐。董皇后带着皇孙刘协去见皇帝，对何皇后的所做所为非常不满。大臣蔡邕与司徒陈耽与曹操联系紧密，三人谋划让曹操上表奏章为党人窦武陈蕃案鸣冤，以确立他在朝中的声望。曹操明白二人这是让自己去试探皇帝的态度，试验一下是偏袒党人还是宦官，但是他仍讲明自己愿意为此付出牺牲。深夜，曹操收到爷爷的亲笔信，上面只有三个字“听他的”。前来送信的人是文若先生，他与曹操商议奏章的事情。何皇后使出全身所有的解数迷住皇帝，皇帝根本无暇看奏章。曹操上书的奏章上，参劾了许多大臣，这些大臣们以蹇硕为首聚在一起，商量共同对付曹操的办法。众人决定给曹操扣上“滥议君政”的罪名，除之而后快。就在众人商议停当的时候，曹腾深夜到访，与对方谈条件。文若先生对曹操讲解天下之乱的根源，认为是君权旁落造成的，指出当务之急是积攒自己的实力，图谋大事，而不是投靠任何一派。曹操说自己想做千秋大业，根本不考虑什么门派。蔡邕邀请曹操来自己的府中议事。曹操得遇蔡琰。蔡姑娘的一曲琴声让他心动不已，欣然提笔为其写了一首词。蔡邕从词中看出曹操是胸怀大志的人，暗生倾慕之心。皇帝收到曹操的奏章，大怒，拍案而起。他觉得曹操是在指责自己不会用人，蹇硕却指出这背后肯定有人指使，否则曹操上任时间这么短，不可能知晓朝中百官这么多的事情。皇帝心中若有所动，决定改变方法。
皇帝决定以陈耽作为试金石，试一下百官的立场。没想到有上百人为陈耽求情。皇帝决定惩罚这批人，纷纷将其关入监牢，有的则诛杀全家。曹操事后得知，这是祖父为挽救自己的生命，提出的与蹇硕交换的条件。曹操很痛苦，指责祖父不应该这么做，祖父提出这样是为了他以后走得更高铺平道路。蔡邕受牵连全家流放，陈耽被赐予毒酒身亡，满门抄斩。曹操万万没有想到，自己的一纸上书，竟然换来这样一个血流成河的结果。蔡家被流放到朔方郡，临走之前，蔡琰送来一架“焦尾琴”，并向他讲述了“焦尾琴”的来历。据说这琴是蔡父出行的时候，听到一家人烧柴做饭，梧桐木发出金玉之声，赶紧将其买下，制成焦尾琴。二人相谈甚欢，曹操引其为知音。党人偃旗息鼓，宫中却起了纷争。为了立储之事，何皇后与董太后分成两派，各不相让。一百多万黄巾军在颖川郡起义。皇帝派何贵妃的哥哥何进带兵去平反。曹操为都骑校尉，随军出征。临出发前，皇帝问曹操是否打过仗，曹操表示自己从来没有打过。但是很快回忆起小时候与皇帝一起“作战”的情景，他重拾信心，决定与敌军决以死战。临行前，曹操与卞思依依惜别。曹操投笔从戎，开始了自己的军旅生涯。与此同时，远在家乡的袁绍正在为母服丧。曹操派人联络，希望他能助自己一臂之力。
曹操奉皇帝命令出征，来到长社。他带兵夜袭敌营，将黄巾军打得落花流水，解了长社之围。在这次战役中，曹操结识了被围困的大将军卢植，二人惺惺相惜，对方对曹操极为赏识。曹操还结识了助他们杀敌的刘备，关羽和张飞，大家相见恨晚，言谈甚欢。被抓的大批黄巾军战俘按照律令要被活埋。正在庆功的曹操闻听此事，立刻扔下酒碗赶到现场，他下令，这些战俘如果愿意留下来，可以参加他们的队伍，想走的可以离开。因为这些起义的人，大多是被逼得走投无路的老百姓。大家欢呼声一片，纷纷表示愿意拥护曹操，留下来当兵。卢植提醒他没有这个先例，曹操认为这样才是解决问题的最佳办法。袁术与袁绍也来到颖州，袁术对曹操的功绩不屑一顾，袁绍却很钦佩。袁绍觉得弟弟有眼无珠，不会识人用人，早晚会吃大亏。袁术却觉得哥哥不可理喻，竟然会赏识一个宦官的后代，太可笑了。袁绍借上京路过为名，去拜访曹操，二人痛快畅饮，一诉离别之情。袁绍对曹操讲了很多朝中的事情，一直喝得酩酊大醉方归。因为解了长社之围有功，曹操被皇帝封赏，并提拔为济南的国相。而卢植因受小人诬告，被诬陷临阵退缩不肯杀敌，因此被押解回京。曹操在皇帝面前替卢植求情，皇帝查明真相后提拔卢植为尚书。曹操奉皇帝的命令去济南任济南国相。济南王刘康听说之后，很是不开心。因为他早就听说曹操的为人，怕影响自己的势力。曹操经过了解得知，刘康横征暴敛，以修建祠堂为名，盘剥百姓，曹操知道之后非常生气，决定为百姓作主。
曹操到了济南出任国相之后，先是不动声色的拉拢了当时王莽时代留下的忠良后人鲍信。鲍信暗中带人每天去走访百姓，把刘康如何向百姓征税的账目弄得清清楚楚，很快掌握了第一手的资料。曹操以去祠堂烧香火为名，见到了刘康。面对刘康洋洋得意的面孔，曹操从容镇定地让鲍信拿出征税的证据，揭露了刘康贪污银钱，横征暴敛的事实。刘康被他说得哑口无言。曹操接下来命人将那些贪官酷吏罢官，刘康提醒他，以曹操目前的权力，根本无权治理这些官员。但是曹操仍狠狠地把这些人教育了一番，让他们懂得如何爱护百姓。曹操因为任济南相治理南城有功，被皇帝任命为东郡太守。实际上，这是一个得罪人的差使，而且还是蹇硕在背后使坏的结果。曹操不想再得罪人，便辞职回乡。曹祖父为此很是生气，不想见曹操。曹操在路上遇到一处草屋，周围的风景非常优美，曹操看了非常开心。他进入茅屋，这才发现，原来房子是卞思盖的。卞思还为他生了一个儿子。曹操大悦，起名为曹丕。他决定就在此处搭建房屋，定居于此，也省得碍祖父的眼。曹操带人搭建房屋，表面上看打算安居乐业，实际上却仍旧熟读兵书，操练阵法，准备为复出作准备。就在曹操与卞思商量再要个孩子的事情时，曹操被林中的刺客暗中射了一箭，而且箭上染有剧毒。曹祖父身染重病，家人为他请来了名医张仲景。曹祖父听说曹操中了毒，非常着急，立刻让人把给自己请来张仲景派去给曹操治病。好在张仲景医术高明，很快替他解了毒。曹操性命无忧，却百思不得其解，不知道自己究竟得罪谁了，对方竟派人来杀害自己。皇帝被酒色淘空了身体，眼看活不了多久。董太后加紧在宫中的行动，想立刘协为帝。而何皇后也让哥哥何进着手抢夺兵权。何进拉笼袁绍，二人结成一派。
曹操接到袁绍的信，袁绍想提拔他。曹操觉得自己如果站在中间，不牵涉董皇后和何皇后两派势力的任何一方，则是最明智的做法。皇宫中，何进与何皇后商量如何夺取皇权的问题，何进的嚣张态度让何皇后不满，让他别忘记了自己的身份。何进告诉皇后，现在曹操的势力也非常大，如果拉拢过来，是非常有好处的。皇帝病重，董太后在一旁侍奉。皇帝表示不想把自己的皇位传给刘辩（何皇后的儿子）这个糊涂蛋。但是眼下，即便是蹇硕掌管了西园新军的军权，但是军队中的人多是何进的旧部。蹇硕为此忧心忡忡，皇帝自己也觉得如果把皇位传给刘协，困难重重。曹祖父去世，曹操极为伤心。得知他曾经派名医为自己解毒，曹操难过不已。在灵前，曹操想起祖父的谆谆教诲，诵读祖父教自己的诗书，泣不成声。病歪歪的皇帝上朝，颁布法令，要举行习武大典。曹操带着兵士在习武场习武，其中有一个士兵王二兔箭法非常好。曹操为他改了名字，还夸奖了他几句，军士们见他如此平易近人，都愿意和他交往。曹操借机暗中培植自己在军中的势力。习武大典上，何进命兵士操演给皇帝看。一名叫盖勋的小校尉站出来，指出军事阅兵劳民伤财，不宜搞这种活动。何进当场示意袁绍将其诛杀，接着又让皇帝奖励袁绍，皇帝气愤不已，他觉得自己此时已经彻底沦为傀儡。皇帝病卧在床，何皇后带刘辩来给皇帝请安。看到刘辩痴傻的样子，连句囫囵话也不会说，皇帝气极，指责何皇后教子无方。但是他也明白，如果杀了何皇后，有可能自己的性命也不保。因为身边现在都是何进的人。皇帝气愤而又无奈。
奄奄一息的汉灵帝眼看即将归天，何皇后与董太后为了将来谁继承皇位吵了起来，继而动了手，打成一团。皇子刘辩与刘协只能在一旁痛哭。汉灵帝说自己这辈子当了皇帝后，该玩的都玩过了，该管的不该管的也都管了，现在他不想再管世间的事。因此，他也不会颁布立谁当皇帝的诏书。不久，皇帝归天。蹇硕秘不发丧，暗中纠集了心腹来到宫中，换掉了旧有的宦官。接着，蹇硕又假传圣旨，召集大将军何进入宫，意欲除掉此人。何进不顾曹操与袁绍的劝阻，来到宫中。宦官潘隐暗中偷听到蹇硕的消息，于是端了一铜盆水站在半路上等候。待何进匆忙走过来的时候，潘隐装作不小心的样子将水洒到他的身上。何进正待发怒，潘隐暗中以实情相告，劝何进切勿入宫，有生命危险。何进以衣服脏了为由，匆忙离去。很快，何进带着人闯入宫中，拥立刘辩当了皇帝，何皇后成为皇太后。何太后很信任身边的宦官，而何进则很信任朝中的士人，对袁绍与曹操的计议言听计从。二人因为政见不同，屡次发生争议。董太后虽然升为太皇太后，但是地位却并没有跟着提高，宫里的人将她安排在一处废弃的宫室内，里面灰尘满地。皇子刘协也跟着奶奶一起受苦。刘辩听到宫中乐声响起，何皇太后告诉他，这是刘辩要举行登基大典了。何进打算斩草除根，下令处死蹇硕。为了防止他在临死前说出什么不利的话语，何进事先派人将他的舌头割掉。接下来，何进命手下对蹇硕实行了五马分尸的酷刑。看到这一切，曹操对何进的冷酷无情心有所悟，心中暗暗有了自己的打算。
何进以为自己现在大权在握，天下都可以是自己的了。但是妹妹何太后却信任宦官，重用他们。何进对此很是不满，而何太后却劝他不要总是听曹操与袁绍的，这些人是在利用他。何进却觉得那些宦官在利用妹妹。二人意见不一，争执不下。与此同时，何太后让人把董皇太后送回老家，就在回老家的路上，何进让人暗中害死了她。何进与袁绍商量了半天，觉得眼下最好的办法，就是号召众诸侯进入京城，以“清君侧”为名，诛杀所有的宦官，吓吓何皇后。因为她毕竟是个妇人，没有什么主意，吓一吓就好了。宦官张让等人闻知此消息之后极为害怕，哭着求何太后为众人作主。何太后想了半天，觉得眼下唯一的办法就是让大家向何进负荆请罪。宦官们私下里商量的时候，却不这么认为。他们觉得何进是一个冷酷无情的人，上次帮他的忙除掉了蹇硕，现在却又反过来对付他们，与其死在何进的手上，不如自己想办法求生。第二天，何进奉命入宫。他本来以为妹妹会让宦官们向自己请罪，因此大摇大摆地进去，根本就没有带亲信，也没有把宦官放在眼里。没想到刚一入宫门，宦官张让便带着人冲上去，将他乱刀砍死。曹操与袁绍事实上早就料到了这样的结果。袁绍也不急着入宫救人，他悠闲地坐在地上玩蚂蚁。直到太阳偏西的时候，袁绍才叫人准备入宫。而就在这时，宦官们把何进的人头扔到了宫门外面。袁绍刚好有了理由，他以宦官诛杀何将军，犯上作乱为名杀进皇宫。进入宫中之后，袁绍的手下见宦官就杀，皇宫内血流成河。就连何太后，袁绍也打算让人处死，幸亏曹操在一旁求情，何太后幸免一难。但是宦官张让却带着小皇帝刘辩和皇子刘协逃走了。
十常侍作乱，宫中乱成一片。一个汉宫中负责管理头饰的女官被士兵追杀逃到大街上，遇到大人王允。他收其为义女，并为她起名为貂婵，派人教习她歌舞才艺。诸候董卓带着自己的羌兵来到京城，因为他的属下勇猛，很快在京城占有一席之地，称霸一方。他派手上将十常侍的势力进行围剿，接着将刘辩与刘协抢到了自己的手中。众大臣来见刘辩，刘辩却连句囫囵话也说不出来。反倒是一旁的刘协言语机敏，对有功之臣大加赞赏，颇有君王的风范。董卓表明了自己想立刘协为皇帝的想法，但是袁绍却觉得这样做会引得天下大乱，废长立幼不可取。诸候丁原也来到京城，丁原与诸候董卓发生争执，双方打了起来。丁原手下有一名叫吕布的猛将。吕布追杀董卓过程中，董卓落败而逃，吕布弯弓射箭，但是由于董卓骑的是一匹赤兔马，跑得非常快，吕布没有射中。董卓回去之后，感叹如果自己手下有吕布这样的大将就好了，一定会辅佐自己成大业。刚好属下中有一个人是吕布的同乡，他代表董卓去找吕布，不仅送去了赤兔马，还表明了董卓想收他归在自己帐下的诚意。董卓入宫之后嚣张跋扈，他让何太后立自己为国相。何太后稍有怠慢，董卓一剑将其杀死。何太后临死前不放心儿子刘辩，可是刘辩早就慌乱成一团，不知所措。曹操与袁绍参见董卓。董卓对曹操赞不绝口，很是赏识，但是对袁绍的态度却极为冷漠，这让袁绍感到非常地不舒服。袁绍请董卓为天下人着想，不要凡事总想着用武力解决，董卓丝毫不以为然，他觉得现在天下就是自己的天下，自己说了算。他的话现在就是圣旨，想封赏谁自己说了算。
董卓入宫之后，胡作非为。一个偶然的机会，他碰到汉少帝的妃子唐姬在洗澡，兴奋之下，冲到水中对其百般调戏。众人得知，敢怒不敢言。义士伍琼假称投靠董卓，然后伺机接近他并且行刺。董卓大怒，命人将他的肉分割成片烧烤，宴请文武百官。在宴会上，董卓逼着蔡大人吃伍琼的肉，他哭着不肯吃。董卓又让曹操吃人肉，曹操说太过肥腻不想吃。结果董卓又给了他一块瘦肉。曹操假称美味，将肉咽下。别的大臣们见了，甚为不满。回到家中，曹操见原本安排回老家的卞思并没有走，发起火来。卞思表示，不管生死，一定要和曹操在一起。曹操哭着讲了朝中的事情，卞思说自己会全力支持他。袁绍突然暗中离京，袁术飞马追踪而至。袁术责备他扔下家里的事情不管。袁绍表示，自己准备联络大臣们结盟，共同讨伐董卓。董卓带着曹操说要去打猎，可是让曹操万万没有想到的是董卓是把平民百姓当成猎物。他让自己的手下像猎杀野兽一样虐杀人们，曹操极为心痛，隐忍不发。但是朝中的百官不理解，大家都认为曹操攀附董卓，是他的亲信，而且深受董卓喜爱。王允过生日，邀请大家参加自己的家宴。席间大臣们谈起董卓的暴行，纷纷愤怒的声讨。而就在这时，曹操不请自到。大家很紧张，有的人斥责他攀附权贵，曹操却说那些光顾着抱怨的人最可笑，因为大家只是议论纷纷，却没有人肯拿出一个切实可行的除掉董卓的办法。众人离去。曹操走到门口，又对王大人说，自己有一个好主意，可以除掉董卓。王大人半信半疑，曹操从容地提出可以与他细细商议。
曹操去宫中见董卓，当时对方正躺倒在榻上酣睡。曹操将宫女打发走，然后拔出腰间的长刀准备砍董卓，没想到刚刚举起刀，董卓就醒了过来。曹操惊慌之际，只得假称自己要献刀。董卓信以为真，接过刀细看。曹操惊慌之际匆忙逃走。在半路上，碰到董卓的手下邀请他看宝马，曹操都没有心思看。这件事很反常，手下把这件事禀告给了董卓。事后董卓起了疑心，细思之后才意识到对方这是想谋害自己。一怒之下，他派人追杀曹操。卞夫人得知曹操被全城通缉，心急如焚，决定带着所有的家人回老家避难。但是城门已经被封锁，她们想逃也逃不掉。刚好一群难民前来投奔落脚，当时天降大雨，卞夫人不顾家人的劝阻，让难民进来。第二天，她和家人混在难民群中逃出城去。曹操在路上被人抓走，抓他的人是陈宫的手下。陈宫说要斩掉曹操的首级献给董卓领赏。很快，曹操被砍头的消息传遍了天下，董卓收到一颗血淋淋的人头，因为血肉模糊看不清楚，他以为是曹操的人头。曹操家大办丧事，卞氏不相信曹操死了，她想亲自去找曹操。在她看来，活要见人，死要见尸。众属下决定跟随卞夫人一起走，共同回到曹操的老家。而另外一方面，曹操实质上并没有死。被砍头的人只不过是李宫手下的一个私囚犯。曹操很诧异陈宫为什么会救自己。陈宫讲述了小时候的一段往事。原来他就是当年曹操入宫的时候，在路上见到的那位少年。当时他替少年赎身……种种往事浮上心头。陈宫向他讲明，当时是找了一个死刑囚犯替他去死了，以此救下他一命。曹操与陈宫回忆往事，不胜唏嘘。二人决定共谋大计。曹操告诉陈宫，自己表面上是为袁绍拼命，实则另有打算，他想将来发展自己的势力，为老百姓多做些事情。陈宫很感动，认为曹操才是心怀天下，情系苍生的真英雄，他决定投靠曹操。陈宫弃官跟着曹操逃走。
曹操与陈宫一起逃走，中途路过旧友吕伯奢家。当时天色已晚，再加上二人长途奔波劳累，便投宿在对方家中。半夜里，曹操开始做梦，起初梦到和卞夫人一起在桃花林中漫步，花瓣纷纷落下，二人一起浪漫无比。可是突然董卓出现，将卞夫人抢走，欲对卞夫人无礼。曹操眼睁睁看着却无能为力，他一着急从梦中惊醒，跳了起来。却刚好听到隔壁传来磨刀的声音。他凑过去一听，对方还在谈话，说先捆上，再动手杀掉。曹操以为对方说的是要杀自己，一急之下，出剑伤人。陈宫出手相帮，两个人很快把吕家的家人斩杀于刀下。可就在二人准备离开的时候，发现了一头待宰割的肥猪，这才明白，原来人家说的是杀猪，不是杀他。可是事已至此，也没有什么别的好办法可想。曹操与陈宫二人仓皇乘马往外跑。可是万万没有想到，半路上又碰到了打酒回来的吕伯奢。原来他是真的想热情款待这俩人。但是想到已经杀了对方全家，曹操怕遭遇报复，干脆举剑将吕伯奢刺死。陈宫很生气，指责曹操心太狠，曹操认为“宁可我负天下人，不可天下人负我”。陈宫无语，愤恨之际想一刀杀了对方，终究还是没下去手。三个月后，曹操回到老家，卞夫人喜极而泣，曹操看到家中摆设的自己的灵位，开心地上前假哭，引得众人发笑。曹操还躺倒在棺材里，然后试了试宽窄，同时跟家人说，如果自己死后，要在不同的方位埋下72口棺材，让后人找不到自己的坟墓。而卞夫人也得到了曹父的承认，大夫人看到曹操和卞夫人融洽的样子，很是吃醋，却又无可奈何。曹操决定打着袁绍的名义招兵买马，日夜壮大自己的势力。而刘备与陈宫商议天下大计，二人决定把曹操没死的消息公布于天下。董卓得知曹操没有死，很是生气，下令捉拿他。能人乐进前来投奔，谁料曹操却只安排了一个小差使给他，让他带着五个人当打铁匠，他觉得自己受到了轻视。
曹操虽然招集了很多兵马，但是军队的供养却有些吃力。他变卖了家产，作为军需。但是这并非长久之计。曹操知道陈留太守张邈手中有粮草，便去拉笼他。但是他却下不了决心反对董卓。而此时，刚好董卓得知曹操没有死，派属下郭汜来杀他。郭汜是一个没有智谋，只懂一味蛮横的武夫，他与曹操的军队一交战，就落败了。本来曹操的属下可以将他生擒或者斩杀。曹操觉得刚好可以利用这个傻瓜助自己一臂之力。当时，郭汜被打败，曹操命属下佯装追赶，实际上却故意留着他的命去向董卓报信。曹操的属下在追赶郭汜的时候，故意跑跑停停，给他机会让他逃跑。这样一来，董卓势必会以为张邈和曹操是一伙的，到时候张邈不反也得反。郭汜回去之后，果然在董卓的面前讲了张邈与曹操是一伙的事情。在成功劝服张邈与自己合作之后，曹操开始策划举兵的事情。董卓闻听此事，心中慌乱。他为了稳固自己的地位，决定除掉皇帝刘辩。他准备了毒药，带着兵来到皇宫大殿上，他让人把药拿来，然后强行逼刘辩喝下。刘辩不喝，他就让人把药给唐姬灌下，结果唐姬被毒死拖了出去，皇帝也被废掉。董卓强行拥立刘协为皇帝。曹操在己吾起兵之后，夜以继日地练兵。这是第一支曹操亲手缔造并完全控制的军队。接着，他又赶到东郡面见太守桥瑁，由桥瑁向诸侯发信函，昭告天下在酸枣会盟。袁术与袁绍也想举事，但是袁绍为人犹豫不决，袁术劝了多次也没有效果。与此同时，董卓听说了曹操要起兵的消息，决定拉笼袁绍和袁术为自己壮大势力。他派人送去了重金。袁术让来人当着袁绍的面送礼。结果却在检视礼品的时候，让手下把这些人杀死。这样一来，势必得罪董卓，袁绍就是想和董卓联络也不可能了，只得与袁术一起商量举兵的事情。
鲍信带兵回乡，征召了士兵两万人，骑兵七百人，运载粮草物资的车辆五千多辆。鲍信以济北相身份与其弟鲍韬起兵响应曹操。这是曹操第一次拥有了真正属于自己的队伍。但是随着队伍的逐步壮大，另外一个问题显山露水，那就是军队的给养问题。董卓派华雄带了20万兵马前来讨伐曹操。曹操听说之后，内心忧心忡忡。他并不是担忧自己兵力不够，而是担心这些人人心不齐，如同一盘散沙。如果是这样的话，根本就不可能号令众人一起讨伐董卓。他和属下商量，如何推举一位联盟的首领，而属下们都想推举他当联盟的首领，曹操知道以自己目前的能力，尚且做不到。他婉拒了大家的请求。曹操心中其实早就有了满意的人选。他带着自己家酿的九酿春去见袁绍，二人共同追忆当年在一起把洒言欢的情景。曹操表示自己一定会支持他当盟主的。到了众人召开大会的时候，大家开始推选盟主，因为意见不一致，张邈当场就表示，如果不让自己当盟主，他就带兵离开这里。曹操赶紧上前，表示愿意推举袁绍当盟主。就这样，袁绍做上了盟主的位子。但是张邈心里不服，会后，他找到曹操，谴责曹操背叛自己，明明事先说好他来当盟主的，现在却推举了别人。曹操指出，他只是书生气浓，纸上谈兵可以，但实际上却缺少实战的经验，而且就他的声望来讲，也不足以堪当大任。两个人一言不合，各自离开。袁绍向曹操表示，自己想杀掉张邈，这样一来，张邈的人马就可以给自己用，粮草也会归了自己，曹操很是吃惊。同时，为了摆脱袁绍的控制，保住自己的实力，曹操决定带兵离开酸枣。在袁绍的帮助下，曹操担任了奋武将军，曹操与袁绍又上表推举鲍信担任破虏将军。曹操带着队伍出发离开袁绍，去攻打兖州，半路上与董卓的部下徐荣相遇。徐荣提出，自己可以给他让路，双方互不惊扰，这样两全其美，都保存了各自的实力。曹操坚决不同意，双方开始交战。
曹操、鲍信、孙坚等人与徐荣的兵将交锋，二军激战。徐荣手下有一员大将叫做华雄，非常勇猛，杀伤了很多人。袁绍闻知此消息，闷闷不乐，再加上他一家人满门被董卓抄斩，心情更是不好，整天饮酒解忧，引起属下将领不满。曹操的部下鲍忠，卫兹纷纷战死，兵力折损大半，曹操仍身先士卒 ，带领大家与其死战到底。幸亏孙坚勇猛将华雄斩于马下，曹操带领将士趁势追击，很快杀得敌军溃败而逃。曹操带着华雄的首级来见袁绍，袁绍心生愧意。众将士齐呼曹将军威武，曹操在军中的声望进一步提高。但是袁绍一心想的是争夺天下，并不惜为此拥立幽州牧刘虞为帝。曹操认为应该拥护皇帝刘协，否则与董卓没有什么两样。二人意见不合，各怀心事。曹操决定去扬州招募军士补充势力，躲开袁绍的操控。张温暗中联络袁术想杀掉董卓，没想到信使送错了地方，将信送到了吕布的府上。吕布一剑斩了张温。在宴请文武大臣的时候，董卓命人把张温的人头扔在地上，大家吓得面无人色。而董卓还耗费民力财力大兴土木，要建郿坞，想供养美女让自己寻欢作乐。大臣们敢怒不敢言。而大臣王允一心想除掉此人，却苦无良计。这天晚上出去散步，听到有人在花园里对着月弹琴唱歌，一听之下发现是原来收入府中的婢女貂婵。王允听貂婵唱相思之曲，以为她和别人有了私情，狠狠批评了她一番。貂婵却哭着说，他救了自己，她一直想报恩。可是看着老大人每天发愁，自己却帮不上忙，她也很难过。这才弹琴解闷。王允盯着貂婵美丽的脸，心生一计，想让貂婵离间董卓与吕布二人。他说先将貂婵许给吕布，再送给董卓，然后让她在中间挑拨二人的关系，最后达到除掉董卓的目的。为了让她答应此事，他跪倒在地上求她。貂婵同意了。但是貂婵提出想认其当义父，王允同意，二人想到将来的斗争形式残酷，忍不住泪湿衣襟。
初平二年黑山于毒、白绕、眭固等起义军十万多人进攻魏郡、东郡，攻打东武阳，东郡太守王肱无法抵御。曹操借称在扬州招募兵士，暗中却趁机壮大自己的势力。袁绍送了他5000兵马，意即让他去进攻袁术。因为袁绍想拥立刘虞为帝，遭遇袁术反对。实际上，袁术假借保护皇家正室为名，意在保存自己的实力，不想为袁绍的事儿损失自己的兵马。袁绍对此又气又急，却毫无办法。曹操借此机会率兵进入东郡，在濮阳攻退白绕起义军。貂婵梳洗打扮一番，去见王允。貂婵提出，在自己临走去见董卓之前，亲自服侍王允一夜。王允坚决不同意，他觉得自己现在与她已经名为父女，不可能乱了人伦纲常。貂婵很伤心，但是仍按原计划执行。吕布被王允请到了家中，观看貂婵跳舞。王允说要把貂婵许配给他。吕布立刻下跪，参见岳父大人。但是当天晚上，王允又把董卓请到府中，然后演了同样的一场歌舞给他看。董卓大悦，把貂婵带回府中陪侍。第二天，吕布上门接貂婵，却从王允的口中得知，义父代自己接走貂婵，王允假称以为董卓接走貂婵是为了吕布。同时，王允在吕布面前挑拨离间，让他杀死董卓，抢回貂婵。吕布中计，派人埋伏在半路上。董卓带着人去皇宫参见皇帝，走到半路上被吕布截下。吕布二话不说，抬手就是一枪，结果了董卓的性命。大家亲眼看着董卓的尸体沿台阶逐层滚下。吕布高声宣布这是圣上 的旨意，胁从不问。皇帝听说董卓已死，兴奋地大呼大叫，说自己终于可以摆脱他的控制了。满朝文武都很开心，只有蔡邕却哭了起来。因为董卓对他有知遇之恩，虽然他也恨董卓，可是董卓的死还是让他感到难过。王允大怒，认为蔡邕与董卓是一伙的。于是派人斩杀了蔡邕。曹操闻知此事，甚是生气，但是也无可奈何。蔡文姬得知父亲被杀的消息，悲伤不已。貂婵得知董卓终于死了，很是开心，一个人在府中把丝绸撕碎点火烧了来玩耍，以这种特殊的方式庆祝自己的成功。
曹操率兵进入豫州，与豫州太史商量，自己不会侵犯他，同时让他也别打自己的主意，两边相安为事最好。可是在言语中却暗中提示他，如果黑山贼来袭，一定会让他人头落地。而且他的家眷也要倒霉。豫州太史很是担心，他把自己的大印交出来给曹操保管。同时恳求他，让他先带兵抵挡一下贼兵，等战后再把印还给自己。曹操表面假意推辞，然后装出不愿意的样子接过大印，这样一来，曹操相当于掌握了豫州的实权。可是刚交出大印的豫州太史就被曹操派人将他关在一座小屋里，用木头钉死防止逃走。公孙赞带兵攻打冀州。冀州牧韩馥害怕自己抵抗不住，请求袁绍帮自己共同抗敌，袁绍带兵来到韩馥的地盘，表面上来助他一臂之力，可是实际上却想夺权。韩馥一心想让袁绍帮自己低于公孙赞，并没有把这个危险的人物放在心上。没过几天，一个叫朱汉的大将来到韩府，朱汉原来在韩馥的手下当将领，有一次违反了军法，被打了五十军棍，受了重伤躺倒在床上。可是刚好家中失火，老母被困在火中，因为他身受重伤无法救出母亲，母亲在火中丧生。朱汉因此对韩馥怀恨在心。他提着棍子闯进来，把韩馥的儿子一条腿打断了。袁绍带人来将朱汉抓起来，假意责备，朱汉直言，当初不就是你派我来找事儿的吗，还说要赏我五百铜钱。原来这一切都是袁绍安排的。袁绍一刀杀了朱汉。然后袁绍逼韩馥离开冀州，韩馥对此既生气，又无可奈何。袁绍派人将韩府围住，名为保护，实际上则是想把韩馥赶走，韩馥无法，只好带着家人去投奔张邈。兖州刺史刘岱轻敌，不听济北相鲍信劝阻，贸然出战，被黄巾军所杀。曹操部将陈宫建议，刘岱被杀，兖州无主，可据为霸业之基，以争天下，并自荐前去说服刘岱部众，邀请曹操主持州政。曹操去了兖州之后，发现根本没有足够的粮草支撑自己的兵士长期驻扎下去。他决定带着军队去顿丘，因为当年他在这里当县令的时候，囤积了不少粮食，而且让当地的老百姓将养生息，获得老百姓们的拥护。但是当时黄巾军四处起义，天下并不太平，再加上一伙黑山贼捣乱，曹操内心为此忧虑不已，就连睡觉都是席地而卧，枕着兵器，生怕敌军来袭。而袁绍得知曹操占了兖州，大怒。
