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该剧讲述了吴邪、王胖子、张起灵铁三角在十年之约结束、退隐雨村之后，重新为了亲情、友情，踏上了一段冒险之旅，在经历生死危机的考验后，他们揭开重重迷雾，获得新生的故事 。
十一仓内，吴邪和白昊天决定穿过灨阳仓进入死当区。为了货物安全灨阳仓设有机关，只要一移动排水口上方的货物，水中就会通电。在寻找解开机关的方法时，白昊天被微电流击中，吴邪救下白昊天。经过波折，二人到达了死当区入口。吴邪劝白昊天返回，白昊天执意追随吴邪继续前进。两人下入死当区，被蛊虫攻击，陷入幻觉。吴邪仿佛看到三叔吴三省，但他发现破绽及时清醒，并用火烧，救下了被头发怪缠住的小白。
白昊天循着声音来到最后一节车厢，她尝试解开门锁进入，却空无一物。突然，似乎有黑影向她袭击过来。危急关头，吴邪和一个叫宽叔的人出现，救下白昊天。宽叔将吴邪和白昊天带进死当区隐世的地方，并告诉他们袭击的黑影是一种虫雾。吴邪向宽叔打听到了吴三省曾经下过死当区。吴邪二人决定继续深入。两人遭遇了更大规模的虫雾袭击。躲避袭击时，二人被一个老头救下，原来他就是引吴邪进十一仓的王俊义。
田有金贿赂当时的主管丁根，打通了一条偷运货物的通道，同时阻止吴三省找人。吴三省找到一台录像机把田有金的事儿都录了下来。与此同时，吴三省找到了那个行为怪异的人，他好像在听雷。吴三省利用田有金的通道带着那个人逃出十一仓，去救陈文锦。但那个人的行为潜移默化地影响了吴三省。吴三省离开后参与了南海王地宫的考古并发现了雷城地图。最终，假气象队的人胁迫母雪海和杨大广，让吴三省带路去了雷城。
胖子建议组装一下试试听雷，雷阵雨来了，装置被雷击中，吴邪受伤，三人发现地面上出现了一幅地图。他将地图拍下来发给吴二白，此时吴二白已经带着黑眼镜、张起灵他们走到了地下河的吼泉。双方视频，吴二白这边突发海水倒灌，众人被困，通讯信号也断了。另一边，哑女被焦老板的人抓走。吴邪陷入焦急，等信号再次连接，坎肩告知吴邪伤亡惨重。吴邪不愿相信，通过敲敲话试着跟张起灵联系，张起灵果然没死，回应吴邪说吴二白的队伍里有奸细。
胖子和王盟说服红顶水仙帮忙，吴邪因为担心二叔和小哥，急火攻心住院输液，胖子和吴邪商量如何凑钱给红顶水仙。哑女被焦老板逼问黑眼镜和地图的下落，哑女并不知道，焦老板威胁，不说就杀了她。白昊天按照吴邪嘱咐盘好了店铺，起名叫昊山居，胖子带白昊天去古董行看看，他买到了一真一假两个古董瓶，还教白昊天如何分辨真假，并让白昊天发群出售。胖子接到飘飘出事的消息着急赶了过去，胖子离开后，薛五手下老六装成买家上门，用改装过的放大镜骗白昊天，从她手里买下了那只假的古董瓶。
焦老板逼迫哑女给黑眼镜发视频，哑女拒绝。焦老板折磨Tony强，哑女妥协录了视频，但黑眼镜受困于吼泉并没有回应。薛五女儿出嫁，婚礼现场，吴邪胖子二人不请自来，薛五在包厢里单独约见吴邪。吴邪摆出薛五往事，并问他借三十万，薛五找了三十万的硬币撒在地上当众侮辱吴邪，还逼着吴邪当众一枚一枚地捡起来。吴邪拿了钱，让白昊天把钱打给红顶水仙。
黑眼镜和张起灵被困在吼泉的空腔里，没有看到哑女的求救视频。焦老板没有得到黑眼镜的回复，觉得哑女没有价值了，开枪杀了哑女。哑女临死前说出了“我爱你”。吴邪借力打力，声称要拍卖《盗墓笔记》，并特意通知了薛五的对头。薛五对《盗墓笔记》势在必得，吴邪催胖子让阿透尽快把仿造本搞定。拍卖会当天，包括刘馆长在内的几个古董行老板来找薛五。薛五摆龙门阵，把这些人留在了自己的店铺里。
薛五找了一个过目不忘的小女孩看《盗墓笔记》的上半部分。之前斗狠话的时候薛五提到过飘飘，吴邪趁机向薛五打听飘飘的状况，得知了飘飘的死讯。薛五让小女孩儿默写出《盗墓笔记》上的内容后发现上了当，此时税务局上门调查，知道飘飘已死的胖子也冲过来和薛五打在一起。薛五因为偷漏税被税务部门正式调查，吴邪将盗墓笔记的复印本给刘馆长，要他举报薛五，这样牵扯出了他一系列偷税漏税的事情。
吴邪等人乔装打扮跟着境外旅游团进入天麟楼，吴邪发现焦老板也来到了这里，胖子还发现了红顶水仙诈死。他们怕打草惊蛇，没有声张。白昊天和胖子去前台办理入住，通过服务员了解到三楼空着但是被人定下了，楼梯也被封住了。吴邪在一楼发现了张起灵留给他的记号，提示他315房间是关键。胖子试图进入三楼，遇到了江子算。江子算告诉胖子三楼闹鬼。胖子和江子算攀谈，想探探底，被吴邪告诫后，想法脱身。
吴邪发现天麟楼里有青铜片，在风的吹动下会产生共振，让人陷入幻觉，将其摘下幻觉就会解除，众人清醒过来。吴邪分析，三楼就是吴二白虚晃一招，吸引人来查，其实什么也没有。江子算偷袭吴邪，原来他是阿宁的弟弟，当年吴邪亲眼见到阿宁在河边被蛇给绞死。当江子算刺向吴邪那一刻，他被青铜片影响产生幻觉，放走了吴邪。焦老板找到了青铜片冶炼室，从里面带回了大量的青铜片。天上突然打雷，引起了天麟楼里所有的青铜片的共振，天麟楼剧烈震动。
吴邪乔装成江子算，进入江子算的房间，果然发现墙里的入口，通过这里可到达雷城。这时，三叶来找江子算。吴邪措手不及，只能强硬拒绝三叶，三叶愤而报复。江子算醒来，发现被绑，白昊天在看管自己。江子算推测出吴邪在自己的房间，并看出白昊天喜欢吴邪，故意说出阿宁因吴邪而死的故事，想击垮白昊天的内心，趁机逃走。但白昊天比江子算想象中坚强，在胖子等人的配合下，再次制服了江子算。
焦老板告诉吴二白，自己就是田有金。认为当年吴三省利用他运输死当区货物的通道，带着那个听雷的人，离开了十一仓。他认为这是一种抛弃，怀恨在心。他此行的目的就是要找到雷城找到财富。此时，吴二白的人不敌汪家人，反被控制。吴二白要吴邪先行进吼泉去找张起灵。自己留下来，利用焦老板找到奸细。汪家人带吴二白手下进入吼泉，此时吴二白已经乔装成焦老板，“焦老板”想要查奸细，他将所有人都假意打死。
焦老板的队伍在穿过一处裂缝的时候，被一种蚌类攻击，仓皇逃走。白昊天三人与吴邪汇合，他们找到了张起灵留下的一处记号，又听到通道里传来惨叫声，他们顺着记号也来到裂缝。李加乐也遭到了那种蚌类的袭击，吴邪用火帮他烫掉蚌壳。他们跟着焦老板的足迹向前，找到了一个戏台。吴邪发现戏台上布满丝线，牵动着舞线俑。
焦老板等人发现了一个布满毒气弹的通道，于是让汪家人把武器全部拿走，并且改装成陷阱对付后面的人。同时，焦老板让红顶水仙下水探路。江子算继续和吴邪搏斗，两人的血吸引了大量蚌类攻击，吴邪点燃衣服驱赶，救下重伤的江子算。江子算并不领情，反而攻击吴邪，吴邪被赶来的白昊天等人救下。焦老板一行人准备下水，三叶担心炸弹会误伤江子算，暗中留下了口红记号。
霍道夫为吴邪实施急救，吴邪恍惚中梦到了阿宁和潘子，醒来后，霍道夫告诉吴邪，他的时间不多了。吴邪和吴二白告别，让贰京带二叔回吴洲。回到房间的吴邪，感慨了过往，贰京来找吴邪，故意告诉吴邪还有一条跳伞进入雷城的路线，但是极其危险。吴邪决定走这条路，他给胖子等留信儿独自离开，但众人决定一起去追吴邪。胖子等人在悬崖边追上了吴邪，吴邪很感动，劝说无果，终于同意大家一起行动。
刘丧感觉到中毒的怪物害怕下雨，于是众人趁下雨出去找出路，刘丧根据回声画出了地图。他们决定在下一场雷雨时出发。毒雾森林的危险让吴邪更加坚定了前往雷城的决心，胖子、张起灵默契地跟上。吴邪留下告别信，委托黑眼镜将白昊天一行安全带回。黑眼镜带队撤离，被追踪而来的焦老板发现，黑眼镜设计将焦老板队伍引入一条密道，打斗中，黑眼镜听见哑女的蝙蝠哨声音，吹哨的是焦老板，黑眼镜一行都被制服。
胖子和吴邪在塔林里休息，推测此处就是雷城外围。天上打雷，塔林内震耳欲聋，张起灵砍向雕像，露出了里面传导声音的青铜柱。突然电闪雷鸣，吴邪看到幻象，吴邪分析这个地方空气中含磷磁粉的浓度高，才看到了墙壁上的磁粉现象，他猜出进入雷城内城的方法是要从地面的流杯渠潜下去。地面上，刘丧听到了吴邪三人的动静，却谎称听不清前行的方向，焦老板命众人原地扎营，黑眼镜被锁住。
一行人顺着水下通道浮出，到达了雷城内城的边缘。在水边扎营休整，黑眼镜因想念哑女难过，吴邪安慰他。嬉闹中，刘丧发现水中有尸体。顺着线索，吴邪等人找到了一个山洞以及三叔的笔记本。吴邪翻阅笔记，笔记记录了吴三省曾经冒险时的种种心境以及被假气象队胁迫的真相，吴邪读来深受触动。白昊天被噩梦惊醒，发现刘丧在梦游，她一路跟随，看见刘丧做了一系列奇怪的动作，差点从悬崖上摔下去。
黑眼镜用铁签扎入刘丧耳孔将角蝉取了出来，刚脱离危险的刘丧冒险以失聪为代价，听出了通道内的结构，画出了路线图，白昊天留下照顾刘丧。吴邪、黑眼镜等人根据路线图找到了听雷室，发现了室内的莲花青铜柱和许多磁带，每盘磁带上都有不同的编码。吴邪根据三叔所教的解密方法解出这些磁带编码写的是每盘磁带不同的用途，吴邪选择了一盘“见到想见的人”的磁带进行播放，用敲击青铜柱的方法尝试着解密。
打斗中，在雷声的驱动下，莲花神器打开，吴邪不慎跌入金水棺材，却意外治好了他的病。焦老板挟持所有人，逼吴邪说出这里的秘密。吴邪告诉焦老板，雷城里没有他想要的答案，这里没有南海王的财宝。但焦老板不信，他自己躺进金水棺材，却无任何感应，他不相信自己追逐一生的财富却是虚无，神器也并不能让人为所欲为。。与此同时，白昊天发现有另外一队人进入雷城意图摧毁雷城。
