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日据时期台湾新竹中学三位少年周绍祯、庄是耕、林清文相继在 “皇民化运动”中遭受殖民当局的打击迫害被迫离开校园。他们在为生计奔波摔打历练中思想逐渐成长，在饱尝战时日本殖民当局对台湾底层人民强征暴敛野蛮管制后民族主义意识逐步觉醒，在时代洪流的冲刷下分头迈向不同的道路。周绍祯辗转深入内地抗战，颠沛流离九死一生，后经中共协助加入台湾义勇队为民族抗战倾尽全力。庄是耕考取帝国大学，却被日军强行征召派往战场，后逃离日军。林清文在岛内地下办学传授国学，在家乡保存了中华民族传统文化的火种。1945年日军投降，三人重聚家乡携手建设崭新台湾的过程中林清文选择去往厦门寻找新思想新出路，周绍祯和庄是耕则投身岛内新民主主义革命浪潮中。可战争又随之而来，三兄弟被迫隔海分离。经历数十年的相望相念后，终在祖国大陆得以重逢。
1919年，初夏，台湾江口。台湾还处于日据时期，松村利吉携怀孕的妻子刚刚到达，准备上任警察职务。不久，其妻子难产入院。旁边的病房里，医生林汉仁的妻子阿梅同样难产入院。院长田中先生嗜酒，已经醉卧不起。此刻，林汉仁是唯一的手术医生。林家世代汉医，唯独到他这里读了日本学校的医科，做了西医。林汉仁很快安顿好妻子，根据产妇情况，决定先给松村夫人进行手术。然而松村利吉态度坚决，出于对中国人的鄙夷，他拒绝让中国人给妻子开刀，在他的强令下，田中先生带醉进行手术。与此同时，林汉仁在阿梅的鼓励下，打破外科医生不给亲人做手术的旧俗，亲自给妻子接生。
日本老师青木在得意洋洋地向学生讲述日本的扩张形势，边说边蔑视中国人。林清文看不过去，在课堂上与老师及其他日本学习争辩。下课后，日台两方学生约架晚上到后山。开战之前，林清文还惦记念书，周绍祯质疑林清文不够勇敢。同时，松村利吉教导武夫什么是武士道精神。林清文和武夫都觉得打架最终不能解决问题，但仍然无法避免这场斗殴。最终，林清文、周绍祯、庄是耕被停学处分。林、周、庄三人在讨论休学后的出路，大家各有观点。正议论着，周绍祯突然惦记着庄是耕的姐姐庄心怡，被其余两人取笑。
庄老太爷还真打算把庄心怡许配给李保长的儿子。庄心怡不愿成为牺牲品，死活不同意。庄是耕在一旁左右为难。李保长上门送聘礼，却发现庄心怡已离家出走、庄心怡的失踪令保长大为光火，大闹庄家，从此再不插手庄家的事情。周绍祯假装在火车站巧遇庄心怡，他非要跟庄心怡一同去台北。周绍祯好奇庄心怡投靠的朋友到底是谁，没想到居然是自己的亲哥哥周绍堂。周绍祯发现哥哥居然和一群男女在打麻将，同时又误会他和庄心怡的关系，一气之下扭头就走。庄家的黄金水稻产量很高，眼看收成在望。老百姓看见后纷纷争购黄金水稻种子，甚至不少农户抵押家产去购买。谢双美的叔叔谢振铭去拜会松村利吉，密谋着如何借黄金水稻巧取老百姓的财产。谢振铭这个汉奸为了赚钱不惜卖国。
林清文带领民众与日本商人对峙。民众情绪激动，不断呼喊口号。林汉仁听说黄金水稻出事了，正紧张的时候，发现儿子不见了，他明白，儿子一定是陪着庄是耕去了。林汉仁是个谨小慎微的人，在发生更大的变故之前，他必须把儿子拉回来。周绍祯带着一肚子不快回到江口，碰上了抗议行动，像是一下子点燃了他心中的炸药似的，他不但主动加入了抗议队伍，还用石头袭击了警察。林汉仁赶到现场，在人群中找到林清文，一把抓住儿子，高举着一只手拨开人群，奋力向外挤去，与此同时，讨债人到庄家强制没收庄家全部产业。水稻没了，庄老太爷无奈画押，以仅有的房产抵债。庄老太爷一时气急攻心晕倒，幸得有林家的照顾才挺了过来。阿梅让庄家人先暂住在自己家。记者正苦恼没有按计划拍到那几个“暴民”的举动，松村利吉却发现了林汉仁高举着一只手的照片，他狡诈地笑起来。
松村利吉到林家搜捕林清文，但没有结果。松村利吉忠告林家人要绝对顺从，并且会对他家紧盯不放。林等三人顺利来到台北，大城市的一切都让他们觉得很新鲜，随后三人住进了周绍堂家。周绍祯还特意买了一串花送给庄心怡，讨她欢心。对于林清文三人来说，生存是第一要务，他们不愿给周绍堂增加麻烦，第二天一早，便外出寻找工作。最后，林清文和周绍祯成为黄包车夫，而庄是耕别出心裁，在火车站做起了擦皮鞋的生意。台北车行，鱼龙混杂，规矩众多，一个叫阿力的混混向林清文他们收保护费，他们不给，混混们就一直捣乱，让他们休想好好做生意。林清文去僻静处碰碰运气，周绍祯偏不信邪，死活要守在同一个地方。巷子外，林清文打算吃一块番薯干当晚饭，这是他唯一的干粮。就在这时，一个女孩儿清脆的声音报出一个地名，接着，身后发出声响，显然是有人已经坐在了车上。林清文来不及回头，含含糊糊答应了一声，那块番薯干依旧叼在嘴里，抓起车把向前跑去。傍晚的路灯下，林清文肩头一块深色的疤痕引起了乘车人的注意，她略微迟疑，最终认出了林清文。
周绍堂向大家介绍女孩儿，她叫孟芸华，是周绍堂真正的房东。孟芸华原本跟着父母在大陆经商。由于日本当局籍民返台的政策，孟芸华全家回到台北，住回自己的小楼，就在周绍堂租屋隔壁。这个美貌过人的姑娘常年跟随父母在大陆，见多识广，眼角眉梢透着灵气，绝顶聪明。其他人都觉得她可爱，唯有周绍祯觉得她刁蛮任性。第二天，孟芸华追着周绍祯还钱。周绍祯还不起，孟芸华要他当一整天车夫赔偿。江口，为了救出丈夫，阿梅想尽了办法。终于在田中医生的帮助下，他们看到了希望，但是需要给日本警方支付一大笔贿赂。田中医生倾囊相助，然而也是杯水车薪，无奈之下，林培公和阿梅变卖了所有的余财，又四处借钱，终于凑足了贿金救了林汉仁，但林汉仁已被警察折磨得精神异常。台北，林清文和谢双美重逢之后常常约会，情谊深长。林清文的黄包车在傍晚，谢双美从台北女中放学以后似乎就成了她的专属。两个人一个拉车一个坐车，就这样走遍了台北的大街小巷，看尽了翠山秀水。然而，谢振明觉得谢双美这种行为是在给他丢面子，不让他们见面。
周绍祯在家中找到一些禁书，他直接问庄心怡读书会的事，庄心怡心虚不敢回答，周绍祯有点生气。孟芸华告诉他，读那些禁书是会进监狱的，但周绍祯不以为然。庄是耕反而对周绍堂钦佩起来。周绍堂知道弟弟已经知晓了读书会的事没太大反应，只是担心弟弟的性格会坏事。庄是耕至始至终希望回到学校读书，于是在周绍堂的帮助下，庄是耕白天继续擦鞋，晚上入读台北夜校。林汉仁终于出狱，然而，眼前的事实让林清文目瞪口呆，站在警察局门口的林汉仁已经被非人的折磨损伤了神智。他一回头看见那面日本国旗，忽然浑身发颤，大骂“八格牙路”，随即落荒而跑。
谢振铭暗示林清文，林家和谢家身份悬殊，林清文必须自重，不再纠缠谢双美。林清文一心拉车挣钱，并开始回避与双美相见。然而当地流氓与车行起了冲突，增加了每周保护费的金额，车夫们叫苦不迭。林清文和周绍祯、庄是耕一起，给流氓头子设套，终于达成双方和解，保护费不升反降。在流氓头子的要求下，林清文三人参加对方摆下的和头酒席，这是敲定此事的最后一关，林清文三人慨然赴约。另一边，松村利吉来到台北，拜访谢振铭。原来，整个黄金水稻事件牵连的株式会社，其老板正是谢振铭，而操纵这一切的，却是日本江口政府。
按照计划，周绍堂将和庄心怡以夫妻身份，避开日本警察盘查，前往大陆抗日。在此之前，他最后紧要的任务，是将筹措的现金换成金条。日本政府严格管控黄金，周绍堂只能通过黑市进行交易。另一边，黄金水稻的余波还在发酵，各方面的报纸针对此事的评论络绎不绝（类似于二林事件的余波），加上谢振铭利用自己在台北的关系，准备将掌握自己秘密的松村利吉架空。松村利吉敏感地察觉此事，开始筹划，准备直接对谢振铭开刀。很快，在他的安排下，一片时评直指黄金水稻幕后奸商谢振铭，将日本政府的阴谋撇得干干净净，假做好人，要替江口百姓出头。林清文送谢双美回家，却惊闻谢振明已经死了。谢家一下了破产，谢妻叫双美以后照顾好自己。双美为谢振明的死伤心难过。
黄金一天一个价，原本说好的五根金条的价钱，到交易时却只能购买三根。周绍堂被逼无奈，佯装有枪，强行将金条抢走。周绍堂集结好物资，向组员分配任务，分成两组，各自登船，准备北上支援抗日。然而，这一切都被林清文和周绍祯偷听得一清两楚。两人同时也被读书会成员发现，成员无法信任他们，周绍祯也还罢了，尤其是林清文。周绍堂虽然坚持不想让弟弟加入，却想发展林清文他们。但庄是耕要去日本读书，周绍堂不勉强他，但极力劝清文加入。林清文表示要考虑清楚。林清文在和周绍祯等人商议后，决定曾自己年轻，要去大陆闯一下。周绍祯也坚持跟他一起去，并且去大陆的欲望比林清文更强烈。
林清文收到父亲去世的消息，悲痛欲绝，立刻赶回江口。林汉仁出殡那天，乡亲们都不约而同来到林家，因日本总督府取缔一切中国传统文化，连婚丧嫁娶礼仪都在管制范围，因此，众人只能无声拜别，匆忙离去。林清文和林清黛一时没办法接受这个悲痛的事实，一口饭也咽不下。松村利吉意外地在志愿参军的名单上看到了松村武夫的名字，他利用自己的职权，划掉了武夫的名字。江口的礼堂正在为士兵们举行欢送会。礼堂里放着欢快的日本音乐，士兵代表正在致辞：发誓效忠天皇，至死不渝。松村利吉上台讲话，鼓舞新兵士气，说到一半，松村利吉突然看到士兵中儿子的身影，几乎崩溃。
林清文终于和周绍堂碰面，但周绍堂说自己被特务盯上了，拜托林清文替自己把读书会的物资送到上海。危险之时，林清文当机立机，决定送物资到上海，孟芸华怕林清文被查，决定和林清文一起前往。林清文手上读书会的箱子还是被特务盯上了，要求开箱检查，打开后发现竟然只是些衣物，林清文松了一口气。林清文和孟芸华正疑惑间，周绍祯上了船，而且读书会真正的物资在他手上。原来，周绍祯为了能去上海，偷偷把物资调包了。就这样，三个人阴差阳错地向上海出发了，他们不知道的是， 此刻的上海，已经沦陷。远在江口的双美做了林清文爱吃的菜，正盼着他赶紧回来。
绑走周绍祯和孟芸华的人叫老冯，自称是国军军统。绑走他们，是因为怕他们打草惊蛇，破坏大局。孟芸华告诉老冯他们还有另外一个同伴，大家约好无论成功失败，两点都会在中华大饭店集合。老冯听闻立即送他们前往。但酒店已被日军清理，林清文也在慌乱之中逃走了。老冯怕周孟二人暴露，制止他们出去，他们彻底和林清文失散。老冯劝周孟二人去武汉国军政府那里参加三民主义青年团，在老冯激昂亢奋的讲述下，再加上二人的身份已暴露，既然没有回头路可走，留在上海又随时有危险，他们只好答应去武汉。老冯保证会尽快查清楚林清文是生是死，如果找到他，也会第一时间送他去武汉。老冯给了两人通行证，并预定好了接头地点和暗号之后，两人启程，踏上了完全未知的旅程。
谢双美开始关心曼丽，劝她别喝太多酒。谢双美没想到的是，她居然还帮自己打听到林清文的消息了。曼丽安排了神秘人来接谢双美，还提醒她以后千万别再被骗了。来接谢双美的不是别人，正是老冯。老冯劝谢双美到武汉与周孟二人会合，并且他认为林清文应该也去了那边。谢双美于是立即前往。曼丽回到家，发现坏了的留声机被人修好了，她知道这是谢双美的一点心意。谢双美一路上看尽了流民的悲惨，以及日军的残暴。为了自保，双美在一户破落的农舍中休息。农舍外，一小队日军正在对村庄和难民做着最后的席卷。谢双美来不及逃跑，就在这时，出其不意的枪声，在日军身后打响。
林清文故意给国军军官送酒送肉，以放松他们的警惕，同时他成功打探到关押俘虏的具体位置。 周绍祯和孟芸华仍然被困井中，好在之前周绍祯还留了一点口粮，两人不至于这么快饿死。林清文耍计支开一个喝得差不多的夜岗国军，成功地让游击队潜伏进来。林清文迅速找到了关押俘虏的房间，在一个小窗子前，他终于见到了日思夜想的谢双美。林清文不愿意看见两队人互相战斗，他决定说服方连长放走包括谢双美在内的游击队员，他认为大家都是中国人，不应该互相残杀。方连长听说游击队进来救人了，大吃一惊，他绑起不听话的林清文，带领士兵追杀上去。
周绍祯和孟芸华已困在井里多日，两人已奄奄一息。周绍祯为了激励孟芸华活下去，答应只要他们活下来，他就会娶她，两人憧憬着以后的美好生活。两人都快要坚持不住的时候，孙明昌如天降救星一般地出现，两人终于获救。何之苹责怪谢双美明明有文化却不去教导队员们认字，谢双美听到觉得自己确实是不应该。何之苹也向陆敏英申请正式加入她的队伍，而陆敏英觉得何之苹正是自己需要的人才，欢迎她的加入。周绍祯和孟芸华恢复体力之后，与孙明昌一起向武汉进发。在孙的组织策划下，周绍祯和孟芸华负责声东击西，吸引了哨兵的注意力，而孙明昌也趁势闯关成功。但孙明昌最终还是被日本人发现了。大家到达约定的集合点，周绍祯发现孙明昌已中枪。孙明昌自知逃不掉，干脆亮出身份，原来他是准备到泾城上任的留守县长，他自知命不久已，于是请求周绍祯两人帮他把一个政令带到泾城。周绍祯坚持要背着孙明昌逃亡，但孙明昌已看淡生死，他希望周绍祯能成功完成任务然后到达南京找国民政府。周绍祯无奈之下，只好答应他的请求，在孙明昌的掩护下和孟芸华一起逃往泾城。
周绍祯二人拆穿了方师爷等人的鬼把戏，表明自己并不是来抢粮的难民，而是受人之托来到这里。但在对付那些“女鬼”的时候，他们那箱重要的物资被偷走了，里面还有县长的委任书。方师爷答应一定帮他们找回来。这时，黄保罗来告知吴仁兴把县长剩下的粮食全都偷走了。一众人赶紧去追。原来吴仁兴得知救济粮落空了，赶紧收回自己借给政府的粮食。各位争执不下，周绍祯一不小心把余下的这些粮给炸没了。林清文和何之苹在山上找草药，意外发现了电话线。何之苹让林清文回去报告队长，自己守在原地。粮食被炸飞，吴仁兴也跑了，饥民们此时纷纷上门讨粥吃，周绍祯只好主动承担责任。
林清文、谢双美、何之苹和李大个子分成两组在山上每天监听敌方的信息，但一条有用的信息都没有。谢双美和何之苹一组，相处期间，谢双美发现何之苹似乎是经历了什么事才变得这么冷漠。而与林清文日夜相处的李大个子也慢慢地接纳了林清文。终于，他们监听到情报，有两辆日本人的野战军补给车会路过附近，可以伏击。陆敏英带领队员前往伏击。李大个子和林清文都强烈地想参与战斗，却都被命令留在后方继续监听。两人越聊心越不甘，于是擅自前往伏击点参加战斗。
方师爷和方师爷见孟芸华也逃了，以为他们都逃跑了，没想到他们居然负责任地回来了，还带回来了一些救急粮。周绍祯还真说服了赵大虎，但借粮必须有个条件，就是他们必须能对付得了日本人的扫荡，否则没得商量。方师爷一听，觉得这就是个坑，是明摆着赵大虎想害周绍祯去送死而已。村民用周绍祯拿命换来的粮食煮好了粥，纷纷表示要周绍祯先吃，却找不着人影。原来周绍祯躲到安静的地方想办法去了。黄保罗见帮不上什么忙，只好拿出珍藏的葡萄酒给周绍祯。周绍祯心里烦闷，一下子喝得烂醉，孟芸华却说她想到了解决办法。
周绍祯和孟芸华有惊无险，成功迷晕了一众官兵，但药效时间很短，他们却没有找到日本兵多余的衣服，只好往他们身上脱。黄保罗留在现场“伺候”着那些晕倒的官兵。周绍祯和孟芸华穿上偷来的日本兵衣服，扮作日军长官去维持会骗日本人的粮。维持会的会长和翻译接待了他们，一通互相较量和试探之后，周绍祯终于骗到了粮食种子和耕牛以及十几面南京维新政府的旗帜。会长送走周孟二人后，误认为他们是战争贩子，是想等泾城长出粮食来，卖掉，变钱。会长觉得他们这种做法本身也对自己有利，也就从了。
