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メガトン級ムサシ
动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
住在赤城町的高中生大和因打架闹事被关在拘留所。同学辉出现在他面前，提出可以保释他出去，但条件是希望大和接手一个任务。大和与打架对手龙吾一同前往指定地点，却发现辉唆使不良少年围攻他们。在赢得混战胜利后，大和等人被带往地下，在那里目睹了难以置信的冲击性景象[citation:1][citation:3][citation:6]。
大和、辉、龙吾三人乘上“武藏”，从避难所出击。避难所外是与外星人激烈交锋的战场。凭借“武藏”的性能，大和等人逐渐取得战果。然而，外星人的战斗机体却发生了惊人的变化，向他们袭来[citation:1][citation:3]。
附身于明日菜的阿谢姆企图暗杀大和，但以失败告终。被大和察觉的阿谢姆为了掩饰自己的行动，用虚假的告白搪塞了过去。之后，被召集的大和等人得知了一个消息：一名驾驶员遭到了暗杀[citation:1][citation:3]。
转校生雨宫总是和猫形影不离，被同学们觉得怪异。某天，她为追逃跑的猫而误入了“奥布里维昂湾”。仿佛被引导一般，雨宫坐进了新型罗格的驾驶舱，连带着猫一起被自动导航系统带往了战场[citation:1][citation:3]。
大和等人在镇上看到了与龙吾有过节的街头帮派成员，并潜入了他们的据点。那里的帮派老大竟是一位出人意料的人物。就在双方即将展开激烈冲突时，雨宫的登场打断了这一切。接到出击指令的大和等人与雨宫一同赶赴战场，首次联手作战，但……[citation:1][citation:3]
在首脑会议上，南说明了让“伊克西亚”浮出水面并前往传说之地“圣域”的计划。然而，这需要高度先进的操船系统。与此同时，金田一和康太为了一睹新型罗格的风采而潜入“奥布里维昂湾”，却被杜克发现[citation:1][citation:3]。
从摆脱附身的明日菜那里听闻情况后，大和等人开始搜寻外星人潜伏的酒店。另一方面，萌香看到因救助溺水小狗而全身湿透的康太于心不忍，将他带回了自己家。就在萌香倾听康太讲述身世时，代理人突然出现，拦在了康太面前……[citation:1][citation:3]
大和等人成功追逼了附身于袴田的萨赞特，却在最后关头被其逃脱。目睹全过程的清夏起了疑心，大和只好谎称自己之前是在和袴田商量被跟踪骚扰的事。另外，淳和萌香因为同时成为了驾驶员，两人之间的对立愈发激烈[citation:1][citation:3]。
大和等人苦战于拥有未知装甲的外星人机体。被电磁栅栏包围的“武藏”遭到集火攻击，龙吾因中弹冲击而回想起了关于亲生母亲的记忆。陷入绝境之际，大和因一位意想不到人物的出现，得知了应对“黑色猎手”的方法[citation:1][citation:3]。
为了准备让“伊克西亚”浮出水面，“奥布里维昂湾”基地内一片繁忙。在此期间，辉回忆起了“灭亡之日”发生的事。失去了双亲的辉，当时竟是被外星人所救。另一方面，大和与阿谢姆会面，得知了外星人侵略地球的原因以及阿谢姆的真实想法[citation:1][citation:3]。
为应对德拉克特大军的全面进攻，所有罗格倾巢而出迎击。其中，大和与阿谢姆一同乘上了“武藏”。为了争取让“伊克西亚”浮出水面的时间，各位驾驶员在战场各处与外星人展开了激烈的战斗。此时，竹熊町长出现在了“大地之眼”……[citation:1][citation:3]
当“大地之眼”和战场遭受巨大冲击之时，辉从南那里得到了信息，并以此坚定了新的决心。在最前线，防线已被突破，伊伏命令淳和萌香从“马克西姆斯”撤离，但淳无视了这道命令，为了保护伊伏等人而毅然迎向敌人[citation:1][citation:3]。
自浮上之战已过去整整一天。在赤城町，建筑的修复与居民的记忆操作均告完成；在“奥布里维昂湾”基地，新体制下的人事安排也在推进。另一方面，因违抗女王克劳赛德的命令而被幽禁的格里法斯，正带领心腹策划越狱[citation:1][citation:3]。
为了前往在伊克西亚浮上作战中坠落的德拉克特母舰，阿谢姆造访了峡谷村落“索隆”。另一方面，星刻学园里流传着关于控制学园的“支配者”的传闻。大和、淳、雨宫三人对记忆中不存在的人物产生了怀疑，为了探明其真实身份而开始行动。
在避难所“埃迪西亚”的废墟上，出现了能操纵火球的外星人机体。面对未知的攻击，大和等人陷入劣势。同时，与维克特一同行动的阿谢姆，在与虽感染了“赤地病”却仍坚强活在地上的人们交流中，再次认识到侵略其他星球所犯罪孽的深重。
在伊克西亚进行第二次跳跃准备的同时，九世为了大义侵入了大地之眼。最先得知此事的辉和雨宫，决定执行一项强硬的作战。另一方面，淳向萌香坦白了自己身体发生的异变。
玛格丽特判断后改变了伊克西亚的目的地。与此同时，阿谢姆与曾试图杀害自己的母亲克劳赛德再度相会。此时，意图抓获阿谢姆的由格拉和米西斯的机体逼近，大和等人与维克特一同迎战。
地上居民的转移开始了，同时格里法斯下令攻击村落。为了避免阿谢姆被卷入战火，急于搜寻的由格拉与维克特对峙。就在此时，德拉克特发起了攻击，城镇陷入火海，居民们陷入了混乱……
奉命调查大和的由格拉和米西斯决定潜入伊克西亚。与此同时，在蓝色外套组织内，关于如何攻略位于沃尔特莱恩的德拉克特要塞的讨论正在进行。康太等大地之眼的工作人员，提出了一个能成为攻略关键的作战计划。
阿谢姆一行抵达了由留在地面的西德尔士兵们建立的村落。在那里，无论是指挥官还是士兵，大家都相互扶持地生活着。另一方面，雨宫很在意似乎很烦恼的淳，于是前往了某个地方。
