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《沉香如屑·沉香重华》分为上下两部。上部《沉香如屑》（38集），下部《沉香重华》（21集）。颜淡本是上古遗族四叶菡萏，自古全身都是医药至宝，由于提前一百年与她那双生姊妹芷昔在王母盛宴上化形成人，这便遇到了生平最大的情劫。本想用半颗心换应渊君的真情，却不料要用风华正茂的八百年来忘却他。一尾上古遗留的九鳍，习惯了颜淡的故事，竟将自己融入到颜淡的故事里，为寻颜淡修炼化形，余墨山主便成了颜淡重新开始生活的强大寄托。铘阑山，也成了他们一起安定的家，为了壮大自己，余墨常带颜淡"日行一善"，处罚恶人时却遇到除妖天师唐周的阻扰和迫害。进而展开了颜淡和这天师既斗智又共患难的凡间生活。在帮助唐周找寻四件上古神器的同时，发现了一个又一个带着神秘色彩的事情。神器寻完，帝君归位。颜淡此刻终于发现自己的归属。
传说上古遗族菡萏唯一血脉盛开，而菡萏可以治愈万物。众仙期待之际，魔界长老不顾劝谏，欲强摘菡萏。應淵身为四帝君之首，统管仙界兵将，保护六界安宁，出面阻拦。
燕丹并不知道，那条小黑鱼并不像她想象的那么普通。它实际上是天上最强大部落的唯一后裔。多年前，他被救出并定居在这里。
颜淡担忧自己会被调离悬心崖，就没人保护仙龟。 余墨提议帮仙龟早日修出仙身。
芷昔听到双生莲一强一弱的传说，并问姐妹俩谁更强。 颜淡表示当然是芷昔，余墨却说若真要轮聪明与灵性，无人可以敌得过颜淡。
应渊带颜淡来到天之角。 颜淡兴奋地接住流逝的仙力星光。 她收集了残落的星尘，装了满满一瓶，打算日后送给姐姐。
颜淡发现余墨喝的烂醉，余墨在酒醉中说起了父母惨死的过往，颜淡才明白余墨的真身就是九鳍。 但不管余墨经历过什么，现在的他、以后的他都是自己的跟班。 颜淡的不说破，深深慰藉了余墨的悲伤与不安。
天医馆内，应渊从昏迷中醒来，发现自己彻底失明，同时听到了门外传来的急报，得知三位帝君、计都星君桓钦与邪神同归于尽，四大神器在战争中坠落。
余墨伤心欲绝，当初南极仙翁在战场上救下伤痕累累的他，仙翁击碎法器为他修补伤痕，才会令余墨保存真身。
夜晚，余墨来到戏台企图解释，戏台却空无一人。余墨以为颜淡生气，不愿真身被识破的风险寻找颜淡。余墨最后发现她在神树旁给应渊表演英雄传。
虚弱的颜淡以菡萏真气，替应渊克制毒性，带他到茅屋疗养。茅屋中二人朝夕相伴。颜淡不惜损毁真身，摘下菡萏花瓣放入沉香炉里焚烧，从而应渊的毒发延缓。
摸着颜淡的脸，应渊意识到自己爱上了她。因
芷昔冒充颜淡，假装自己救了应渊。应渊怀疑她的话，但为了避免伤害颜淡而保持沉默。芷昔向颜洁淡谎报自己的情况。邓颖说服芷昔陷害颜淡，企图除掉她。
在敖宣对余墨施展炽冥龙焰的时候，他九鳍族后裔的身份几乎暴露无遗。幸好颜淡以雪灵芝为由解救了他。萤灯装被下毒，陷害颜淡。颜淡被送进了天牢，等待着她的惩罚。
芷昔向萤灯质问她陷害颜淡的决定。萤灯说现在后悔已经来不及了。应渊发现萤灯是自己下毒的。可他却不能说真话，因萤灯威胁他要向天帝报告他与颜淡的关系。
顏淡选择了从了无桥上跳下来，而不是接受情罚。 应淵跳下救了她。 然而，她必须渡过夜忘川，才能忘记过去，转生为人。应淵回九重天向天帝求情罚來自懲。
芷昔正式成为有仙阶之人。应渊命她去归置颜淡的遗物。 芷昔来到颜淡屋中，无意发现了两瓶星尘，发现里面藏着一张纸条。
颜淡离九百年之期只剩三天。应渊急道，若她再走下去将会灰飞烟灭。应渊再无法袖手旁观，以仙术击晕颜淡。应渊不惜自身仙力受损，决定以自己的仙灵作为容器，消散颜淡的记忆。
神秘人法力高强、步步紧逼，令应渊重伤、仙灵受损。 应渊以全力攻向对方，黑影受伤，瞬间消失无踪。应渊赶回冥王处，只见冥王及看守皆已被杀，他对八百年前仙魔之战上到底发生了什么感到怀疑，决定返回天庭调查。
九重天上，应渊已回宫中之休养，天帝前来探望，得知应渊在冥界被袭，下旨彻查此事。应渊将自己对仙魔之战的化怀疑告诉了天帝，因大战后原魔界地域被划分至凡界，他决定下凡历难，以此之名暗中找寻真相。
颜淡成功寻到花类部落，入了花籍，花部中正在挑选美人花精献给铘阑山主当姬妾，, 同献上的还有花类至宝衍碧丹。颜淡为了偷取衍碧丹续命，以自己能编唱戏文的本事为由自告奋勇愿当美人。
