...
《潘多拉的秘密》主要讲述了以1931年“九一八”事变之后，日本侵略者控制东三省并加以侵略华北大地为背景，阐述了以“潘多拉”为代号的引诱下，几位身份不同的情报人员在历经国仇、爱恨、纷争后共同奋战的传奇故事。 1934 年底，三名执行任务失败，遭日军俘虏的国民党东北空军将士，姜城、彭越和上官羽破，被国民党方面组织人员解救回到天津，国民党方面分析三人中一名已经叛变。国民党方面决定派琉璃子调查少校上官羽破，琉璃子遂对他进行了监控，上官都逐一应对，且在空军建设过程中，上官羽破始终表现突出。琉璃子在调查上官羽破的过程中，逐渐产生了对他的爱情，上官羽破对琉璃子也有好感，但上官羽破与女朋友墨纯相处多年，这段感情使上官羽破与琉璃子都陷入纠结中。上官羽破逐渐地接触了中共的一些主张，内心形成了对共产主义的信念。国民党方面渐渐把严查目标转向姜城、彭越，叛徒姜城终于伏法。1936年底，“西安事变”爆发，这使国民党方面备受压力，上官羽破与琉璃子接受了中共的抗日救国主张，踏上了寻找中国共产党的道路。
豪华的宴会厅，衣香鬓影，觥斛交错。一袭正红色大V领露背长裙使得刘璃惊艳全场。龙将军突如其来的强势邀舞并未使这位内卫局行动组的美女慌乱，沉着的应对将龙将军的注意力转至一旁的局长秦朗处。刘璃上了二楼正要进主任室，忽见门把手转动，立刻转身向前走了两步又迅速回头，正好踢中要关门的陈秘书。陈秘书慌忙蹲下象征性地替她擦去鞋上并不存在的灰，刘璃趁机将一小块磁石卡在尚未关上的门合页处，待她离开便闪身入内开启保险箱。陈秘书比想象的警惕，下楼便找董恒告之刘璃的举动，董恒立即上楼，刘璃以迅雷不及掩耳之速在开门的瞬间合上保险箱并优雅站定，董恒没有发现异样，便掏出早已准备好的钻石项链“琉璃之心”戴在刘璃的颈上。董恒贵人事忙，不到两分钟便有人来主任室找他，刘璃趁机带着拿到的东西离开，却在走廊遇上陈秘书。
秦朗与冷剑联袂前去医院看望刘璃，她那不耐烦的眼神和呛死人的说话方式让秦朗很是开心，笑称刘璃是真的醒了。冷剑见人醒了立刻盘问开来，因为黑匣子失踪，就一遍一遍要她回忆飞机上发生的一切，但刘璃说了他又持保留态度，令刘璃和秦朗非常不爽。一个月后刘璃终于出院了，她神彩飞扬地回内卫局，一进办公室便在桌上发现一枚线人留下的胸针。听说胸针是两天前送来的，她急得直奔冷剑办公室要求派人救援。可冷剑本来就对她和秦朗有敌意，加上有权批示的秦朗不在，冷剑打着官腔就是不同意，气得刘璃拉上老艾私自行动，可惜还是迟了一步，虽然发现线人留在西餐厅的线索，却在寻人时被对方抢先，线人被人从酒店楼上推下身亡，临死前说出有一个飞行员被策反，他的代号是“潘多拉”。
反应过来的老艾赶忙上前拥抱上官口呼兄弟辛苦，上官的表现却有些抗拒，不过也只是一瞬间便笑着和老艾打起招呼。墙后的刘璃一动肩膀，老艾那特重的背包便哐当一声滑落，上官羽破警觉地想上前查看，老艾忙拉着他笑称一定是犄角旮旯的野猫野狗。寒喧了几句老艾便告辞离开，在上官羽破转身的刹那刘璃迅速翻身过墙拉开车门卧倒其中。上官羽破似是有所感应，但当他回身时却只见到老艾一人，于是就这样笑着目送他离开。老艾在上官羽破的房子对面给刘璃租了一间公寓，专门用来监视上官。两人回到公寓调试好设备，刘璃便立刻进入工作状态，一边监听，一边从望远镜中观查对面的一举一动，再将所有可疑之处记录下来。据刘璃的观察，上官羽破的精神整日高度集中，经常一动不动站在镜子面前不知在想些什么，睡觉总是蜷成一团，这是极度没有安全感的表现，而且在即墨纯给他系领带时他的表情极度紧张恐慌，似是想到了什么恐怖的画面，死死抓住即墨纯的手不许她再靠近分毫。
刘璃偷拍了上官羽破垂在身侧做着各种动作的手，并结合之前观察到上官羽破对肩、颈等部位的触碰超乎寻常的激烈反应，怀疑他已被策反。老艾因为和上官是旧识觉得在敌方监狱受到虐待并产生恐惧是很正常的事，刘璃却说出了事情的关键：上官羽破只是一名所知甚少的飞行员，敌人缘何大费周张对他严刑逼供，而不是直接杀了或是放了？刘璃的合理推测引起秦朗的重视，决定将这些照片送去分析科查证会否是一种隐密的传递暗号方式。一码归一码，秦朗对于刘璃的高智商很欣赏，但对她整天戴着“琉璃之心”以身做饵来引出潘多拉的举动很恼火，他训了刘璃一顿，可最后还是帮着刘璃设下局来引潘多拉现身。中央公园，一个魔术师引起多人围观，叫好声阵阵。路过的刘璃上台与之互动，解下颈上的琉璃之心放进魔术师手中的盒子。这时人群中突然跃出一人，伸手便来抢盒子，和魔术师打成一团。刘璃发现抢东西的是董恒，虽怨他毁了自己的计划，但还是上前救走他。
上官羽破自回来后便躲着即墨纯，特别是就寝时更是找各种借口拖延上床。即墨纯忍无可忍，终于忍不住质问上官羽破，上官为了证实自己没有变拉过即墨纯疾风暴雨般吻起来，刘璃不好意思监听人家亲热，便撤了耳机。听审会当天，秦朗赶在会前一刻拦住刘璃，说他从工部局的乔治董事处套出消息，被上官羽破杀害的两人是锐和洋行的便衣队，也就是说刺杀乔二是高荃设的局，若刺杀成功高荃他们便可以顺理成章向北平政府发难。所以截杀两名便衣队破坏高荃计划的上官羽破是清白的。这让一直深信上官羽破被策反的刘璃也怀疑起自己的推断来。听审会上，上官羽破面对审查表现很冷静，回答很有条理、细腻、缜密，但他努力控制了面部表情，搁在膝上的手却下意识地不断曲张着。特别是被问及另一个飞行员绍洋的死，他回忆起在狱中为了活命被逼亲手杀死绍洋时，双手紧握得几乎将掌心戳破才能控制住心神，最后冷静地吐出：我不知道。
据工作人员回忆，他们在休息室听见玻璃破碎声就赶至窗口察看，亲眼看眼即墨会长从楼上摔下，他俩马上冲去会长室想拦住凶手却发现会长室内空无一人。这么短时间内，凶手去哪儿了？刘璃看着现场的碎玻璃似有所觉但又不是很明确，于是先下楼察看再返回会长室。三楼已经有人看守，刘璃便和与他同来的上官羽破装作打球累了进休息室休息，从窗口翻至隔壁会长室时不慎踩中地上的碎玻璃，咔嚓声引起守卫警觉，幸而两人身手了得，千均一发之际缩进窗口柜子和墙的夹缝里，躲过守卫的察看，顺利找到证据。刘璃一拿到证据便直奔詹姆斯探长处，告诉他自己已经找到证据并知道谁是凶手，她愿意以帮詹姆斯探长抓住凶手为代价，换取日后可以调阅乔松乔老爷被杀案的全部卷宗。夜里，俱乐部会长室，漆黑的办公室里悄悄潜入一个黑色身影，小心翼翼地翻找着什么，突然门开了，刘璃冲进来制服了她，紧接着詹姆斯探长、上官羽破和即墨纯、包括姜城等人鱼贯而入，随着灯亮起，黑衣人也露出了真容，居然是姜城的夫人戚文君。
冷剑接到电话，找来甲组成员询问乙组扣押周丙奎的事，证实确有其事后立刻冲去秦朗办公室兴师问罪，门也不敲就这么大咧咧闯进去，指着秦朗大声斥责他！秦朗也怒了，猛一拍桌子喝道：“在内卫局我是局长，哪怕损失一打线人，责任也是我担着！你瞎紧张什么？！”冷剑气得直喘粗气，正好乙组队员来报周炳奎已释放，冷剑得了台阶，顶着一张铁青的脸离开，只是心中对秦朗更是恨之入骨了。上官羽破去市府办上任，工作异常勤勉，一早上不停翻看查阅文件，最后在同事的指点下找到了1942年11月9日吉卯昌案件的宗卷，翻看后似有发现。上官羽破狂热的工作态度让即墨纯日日苦等。这天她又是一个人对着满桌菜肴默默流泪，突然有人缓缓靠近，即墨纯惊喜地转身，一声“羽破你回来了”脱口而出，没想到来的是冷剑。即墨纯为了上官羽破愁眉不展，冷剑就为了即墨纯的痛苦而揪心不已，他想和即墨纯继续下去，即墨纯却想和上官羽破重新开始，为了说服即墨纯，冷剑强势拉着她离开。
因着昨晚的事，刘璃回内卫局开始着手调查吉卯昌的案件，细问之后发现疑点众多，了解她的手下便提议私下调查，一向不守规矩的刘璃自是首肯。办公室里人谈起接下来的普选，担心只知埋头工作的秦朗会落选，刘璃却不屑地说只有没底气的人才会搞上下打点这一套。这话被路过的冷剑听见，自是一顿气恼，并且让他意识到想要成功登上局长之位，必须发起一场政变，将支持秦朗的钟副市长拉下台。老艾打电话给上官恭喜他即墨纯升迁的事，却不知电话那头的上官并不如他所料的那样开心，特别是市府秘书办的人说起此事，都暧昧地表示即墨纯和冷剑的关系不简单，当然，也有说是因为上官的原因，这些话在上官心里种下了怀疑的种子。回家后还故作不知地开解即墨纯，心虚的即墨纯配合地装傻，一对情侣，各自肚肠。 刘璃监视了上官羽破近一月，对他的生活习性了若指掌，加上他的一举一动一言一行极其规律，哪怕闭着眼，刘璃也能准确地说出他的下一步动作。
升为冷剑首席秘书的即墨纯对于突然增大的工作量很是不适应，特别是冷剑对她处处关照，让她更是想逃得远远的。对于即墨纯表现出来的冷淡和反感冷剑只是淡笑着说，他想留住的，谁也跑不了。乐宁和韩数将昨晚的发现报告给刘璃，刘璃亦很赞同他们的观点，吩咐他俩切勿打草惊蛇，一字记之曰：等。等对方行动，等对方露出破绽。这时万玲急急跑来说是思潮传来急报，便衣队一早就集结在英租界武器库门口，好像有什么大行动。刘璃听了赶紧去找即墨纯拿监视便衣队的文书，打算上报冷剑后带队出去侦查。没想到即墨纯因上官和她父亲的事一直嫉恨刘璃，借口要按先来后到的规矩，让她一边等着。刘璃耐着性子向她解释，可即墨纯态度强硬，加上又来一个冷剑，楞是把可以走正常程序的工作给搅黄了。武器库门口，思潮和韩数久候刘璃未至，思潮担心迟则生变，又不想连累内卫局，便卸下所有通讯设备只身混进武器库。
冷剑责问刘璃，自己身为副局却在行动开始后才得知计划，而半夜返回天津的秦朗却一早知道。刘璃以之前申请批准被驳回的事顶撞，两人针锋相对，秦朗从中调和。冷剑指出一对一盯防的计划的不足，并提出了对军方协助计划的质疑。刘璃言辞激烈，指责冷剑只顾私利，事不关己就高高挂起，出事了就对别人横加指责。钟副市长找上官羽破商量重型炸弹的事，情势严峻，上官建议直接联系军方，配合内卫局行动。但军方和内卫局水火不容，会否出力协助不得而知，且此时正是行政系统普选的关键时刻。上官认为在国家利益面前军方会以大局为重，钟副市长同意了，决定找龙战谈一谈，上官自清陪同。龙战取笑上官胆小而弃武从文，当面嘲笑内卫局的情报战，上官沉着应答，回应的滴水不漏。
市政大院里刘璃协助监听，冷剑分析着行动组人员传回来的一条条消息，秦朗带人巡查每一个角落，在每个有可能入侵的入口都派人守住，大家都在井然有序地工作着。老艾靠在他改装过的卡车箱里摆弄着他的那些设备，驾驶室里的韩数守得有些发慌，他和老艾负责跟踪的死士上楼已经超过十个小时，老艾饿得发慌，打开车箱里最后一瓶罐头大嚼起来，他俩不禁吐槽死士们是不是溜走装炸弹去了，十个小时，够装一百个炸弹了。其他跟踪的组员们也是一样，又饿又困傻傻地守着，死士和便衣队们就是呆在原地不走，组员们也没法子，只能干耗着。内卫局留守的人也被耗得疲惫不堪，超过十小时没有传来新的消息，让大家陷入空前的焦虑。冷剑虽然为人自私狭隘，但在工作方面的确有他的独到之处。在所有行动都停滞不前时，冷剑突然问刘璃若是没有之前武器库收到的情报，也没有这些跟踪得来的消息，只是刚得知高荃要命人安装炸弹的消息，她会把搜寻目标定在哪里？刘璃冷静地报出：火车站、天津港码头、大教堂、市中心花园！
上官见危险解除便急着上钟楼去看刘璃，却意外见到即墨纯，她说是来看龙抬头的。因为担心刘璃，上官也没多想，匆匆交待了几句就冲进钟楼，果然见刘璃晕倒在地。刘璃发烧还说糊话，上官急得一手抱紧刘璃一手开车，直奔医院。刘璃的手挂着点滴不方便，上官便一勺一勺喂她吃饭，这一幕让随后赶来的即墨纯看见，她挤出笑走到上官羽破身边宣示主权般搂住他的肩，然后再不痛不痒地说了几句关怀的话。她的敌意很明显，病房里的人都看得出。一旁的老艾在刘璃的提醒下赶紧接过上官手里的饭碗接着喂。刘璃是个工作狂，不顾医生的劝阻第二天就出院回到工作岗位，她先去查看了验尸报告再跑去找秦朗。秦朗正在研究所有经手过爆炸案的人员名单，刘璃小声问他是否想到如何找出内奸了？秦朗很开心刘璃和他一样没有被黄以善这个假内奸给骗过。韩数眉飞色舞地来向刘璃汇报他的调查结果，那个乔大的生意里居然有桑德兰的股份！
上官约了进哥的手下祖腾赛车，说好若是他赢了对方要回答他一个问题。结果不出所料，受过专业训练的上官轻松赢得比赛，还救了祖腾一命。明白上官想问什么的祖腾很是无奈，直说吉祥是真的不在了，至少他们接到的消息是这样的。上官却是不信，这时进哥带着他的兄弟们过来，说是青帮的兄弟记他的救命之恩，既然无法帮他找到吉祥，那就给他另一个消息做为补偿。进哥掏出一把军方配枪，说是手下从南区顺来的，那里共去了百来个军方的人，气势汹汹地说要杀了刘璃。上官听了大惊，匆匆谢过进哥便赶往永盛南区。而此时的刘璃正一步步往冷剑他们设好的陷阱里跳。很快刘璃便来到永盛巷南区3856号，里面住的年伯很配合，详细说出二月二当晚他是如何发现死士和那个跟死士接头的红衣女子的，刘璃将他的话录了音准备带回内卫局交差。
花同瑞在自家店门口坐着看帐本，那个算命的中年人又晃荡着过来了，花同瑞假意赶他走，却在肢体接触时从算命的手里接过一个纸团，上面有组织交待给他的新任务。因为要排查内奸，所有接触过爆炸案的都要去老艾处接受测谎，刘璃测完谎正好遇上龙战和龙全，龙战向刘璃道歉并解释了前天的事，还承诺要为刘璃做一件事，作为补偿。龙战虽然未把话说得很透，但刘璃还是听出了透露她行踪的人是冷剑，这跟她之前的猜测完全吻合。她正一肚子气，没想到转头就遇上冷剑。刘璃脾气本来就犟，于是便瞪着冷剑越说越僵，又是秦朗及时出现制止了她，冷剑又有些心虚，于是便避过了一场骂战。可乙组偷偷调查即墨纯并似乎查出了些什么，这让冷剑怒不可遏，带着前来告密的穆承安闯进秦朗办公室，尖酸刻薄地指责秦朗做了亏心事。秦朗头痛地将刘璃和穆承安支了出去，一对一地和冷剑谈。秦朗明白冷剑和即墨的关系，也不怪他，只是把查到的告诉他。
上官羽破对刘璃的感情越来越难掩饰，虽然他嘴上不承认，可即墨纯还是心慌得不知该好何是好，只能一遍一遍催促上官和她结婚。可上官心里装着另一个人，虽然对即墨有着一份难以推托的责任，可谈到结婚，还是以工作忙为由暂时稳住情绪激动的即墨。晚上，上官约上刘璃在公园的喷泉处见面。两个心中都装着对方的男女开诚布公地谈了一次，但此次上官的态度令刘璃很是失望。他的理由很简单，不公开和刘璃在一起更是为了她的调查工作着想，不能因为他们的关系让她之前所作的努力付诸东流；而不离开即墨是因为即墨很脆弱很需要他，她不像刘璃这般独立坚强。从头到尾刘璃都没说什么，直至上官离开，她才低声道：你若不离不弃，我便生死相依。嘴角的冷笑，似是对上官曾经说过的这句话的无限嘲讽。
午夜十二点，中心花园喷泉边，上官给了叶兰一份肖主任对于军方要求增加军晌的回复手稿，让她将手稿一字不漏刊登在第二天的卫报上。夜深了，冷剑来到审讯室，拿了一根藏有迷药的烟递给乐宁，待人昏睡后，他悄悄进入关押即墨的房间，教她怎样应对明天的正式审讯，说明天的审讯才是真正具有法律效应的。他替即墨擦去眼泪，让她千万要记得，按照他教的说法去应对。安慰好即墨，冷剑连夜赶至永盛巷南区3856号，将二月二那天唯一的目击者年伯杀死，消除一切对即墨不利的因素。毫不知情的刘璃依旧守在公寓监视上官，当看见上官丝毫不为即墨的安危担心，反而老神在在地靠在床着翻看医书，心里说不出什么滋味，只叹世情薄，人情恶。而秦朗立刻见缝插针表忠心，说自己绝对会以刘璃马首是瞻做个居家远行的必备良男，可惜刘璃只当他是在说笑，或许是故作迟钝吧。第二天一早，刘璃赶去永盛巷南区3856号找年伯重录口供，可远远地就看见楼下围了一堆人。
由于冷剑的干扰，即墨纯脱罪被释放，她抱着前去接她的上官羽破泣不成声。刘璃在一旁看着心里很不是滋味，冷剑更是咬着牙拽紧了拳头。冷剑把刘璃叫进办公室，当着她面打电话给戴总局长，得到他的支持后正式成立“潘多拉专案小组”，并依旧由刘璃全权负责。刘璃虽然接受了这份工作，对冷剑那句“合作愉快”却当没听见，任他伸出的手尴尬停在空中，自顾转身离去。被释放的即墨纯和上官去餐厅用餐当是庆祝，可惜这对情侣已经不似当年，两人心中都藏有许多秘密，戴着面具的脸，又怎能亲密无间？于是客气小心地谈了没几句便又闹翻了。刘璃带着老艾趁上官和即墨都不在，再次溜进他们的住所拆窃听器。她还是怀疑上官羽破，只是觉得侦查的方向错了，既然窃听根本起不到作用，拆了又何妨？晚上回家，冷剑打电话过来，正好上官羽破踩着点进浴室洗澡，电话是即墨纯接的。即墨一听是冷剑，立刻像做了贼似的慌了神，面对冷剑的柔情与关怀，她却只是质问他为什么打电话到家里？她压低声音哀求般说了几句好话便匆匆挂断，生怕被上官听见引起怀疑。
证物室的人将他的发现装在一个小封包里送去给老艾，让他亲自送去检测，他一脸“我快死了”的沮丧模样，让老艾疑惑不已。只是没想到，还熬不到第二天，他的预感就变成现实，他被人杀死在自己的车内。上官羽破联系叶兰，将他盗取的那本军需筹措资金草案递给她，让她连夜赶稿，第二天必须见报。叶兰也不负所托，拿了草案飞奔回天津卫报，赶在总编下班前将草案送到他手里，并要求连夜赶稿排版，务必在明天见报，否则待到周一政府部门发觉了不但稿件会被封杀，可能还会连累整个卫报。汤总编看了草案很是激动，说是作为一个新闻人，绝对不会畏惧权势，稿件必须见报！刘璃听闻暗杀行动英租界青帮的负责人康立生和进哥有交情，常去他的酒吧喝酒打球，于是便亲自出马去向这个好色的康立生套消息。康立生果然和传闻的一样，看见美女就挪不开眼了，刘璃正要套话，进哥却杀出来将刘璃带走，并警告她别让自己陷入危险，况且康立生也不一定知道什么。
刘璃醒来，上官就在身边，两人相视而笑，甜蜜呢喃。警察局长亲自上天津卫报捉叶兰，不过汤总编和叶兰早就料到会有此一劫，早就躲得不见踪影。泽雨挨了一顿揍后，总编才匆匆赶到将郑局长忽悠走了。上官给刘璃做了一顿丰盛的早餐，对她讲述了自他出生后母亲便被父亲赶出家门的事。对于从未见过母亲的上官，刘璃的爱里多了一份怜惜。天终于亮了，老翁被杀案终于可以展开调查。老艾细心地发现老翁死时一直盯着后视镜，并留下一个圆形的暗记，或许跟凶手有关，但老翁前一天和老艾说话时他并未当回事，所以错过了有利的线索，如今只能寄希望于老翁藏起来的那件东西，东西找到了，凶手和内奸也会浮出水面。钟副市长带了秦朗赶到市政大院询问楚薇有无人进过他办公室，却被告知从昨日下班后一直到现在门都锁着，并未开启。
普选大会即将开始，上官带着印仁从楼梯间赶去会场，说是担心记者看到他受伤的手会拿来做文章，继而影响钟副市长的选举，林市长听了更是觉得自己推上官上位的做法是正确的。来到普选会场记者还是发现了上官手上的伤，而钟副市长更是因为看到是椅背上候选人的名字冲动上前对上官大肆嘲讽，而上官却顾全大局息事宁人，对比之下林副市长对自己的眼光更是满意。龙战将军对林市长的决定也很赞同，他认为推一个有军方背景的人上位总好过用一个永远不和他们一条心的文人。普选的结果很快出来了，只有林局长连任，副市长和主任、内卫局长和副局长，都调个了个。高荃今天似乎有什么开心事，一直夸儿子有本事，不过屏风后面的男人却意外发火，狠狠甩开她的手。
