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在遥远的宇宙，有一颗美丽的星球──可伦星。上面住着许多可爱的熊猫，每天都过着平静而快乐的生活。可是，魔王奥迪出现后，熊猫们这小小的幸福就被破坏了。天使世界的熊猫天神潘欧，用预知魔法知道了奥迪的阴谋，也预见可伦星发生大爆炸的恐怖景象。为了维持宇宙和平，他派出女儿熊猫小天使缇姆，飞到可伦星寻找救世主──托比。但是托比根本没有自信能担负起救世主这个艰巨的任务……可伦星毁灭在即，托比必须顺利通过重重阻碍，到电视岛之外的六个充满未知的神秘国度去寻找预言之书里记载的魔豆：「光之豆」、「梦幻豆」、「电视豆」、「智能豆」、「美食豆」、「运动豆」，与勇士们一起到打倒魔王，新的冒险就要在《魔豆传奇》开始了。
天使可可火箭故障掉入玉米田，发出一声巨响！好奇的皮皮马上冲过去一探究竟；而豆子电视台兰星星也赶到现场做联机报导，黑暗世界魔王误以为火球就是传说中的魔豆「光之豆」，于是派出小金小银想把它抢过来…
可可来找可伦星救世主，却被迪迪吞到肚子里，小金小银只好追着迪迪跑，还把开跑车约会的拉拉和克鲁卷入这场混战！最后车子卡在高高悬崖边，皮皮决定冒着生命危险滑下去救他们，自己却跟迪迪、可可失足摔到谷底……
拉拉带皮皮参观豆子电视台，让几乎忘记自己肩负“救世主”责任，必须赶快激活光之豆来拯救可伦星。可新危机早已悄悄逼近，小金和小银带着魔王赐予的新武器一路跟踪皮皮到豆子电视台，准备大大捣乱一番……
豆子电视台前广场正热闹地举办庆典，没想到迪迪却被小金小银抓走了。这时天空飞来无数只黑漆漆欲望虫，被附身的熊猫都陷入疯狂！皮皮去找天才发明家克鲁帮忙，但发明超级机器人X似乎也抵挡不住这波攻击……
豆子电视台为招考新员工举办一场超级竞赛，可皮皮一开始就碰到困难而落后，不料到了比赛中途为抢夺光之豆而跑来搅局的小金小银竟让排名发生大变动，一路领先的克鲁发生意外，皮皮超前的机会终于来了！
皮皮和克鲁虽然同样是新进员工，但皮皮只能洗洗碗打打杂，克鲁却抢到许多独家新闻！后来皮皮发现克鲁用不正当手段，两人为这件事吵个不停，却不知道拉拉已经被冲进电视台抓迪迪的小金小银带走陷入危险……
为了出名兰星星打扮成“熊猫超人”炒作假新闻，结果被迫辞去导演职务！还让新人克鲁和皮皮一上阵就碰到突发状况：一辆车子卡在吊桥上即将掉入河中！要抢独家新闻？还要救人？没想到这时“熊猫超人”竟然又现身了……
象征“快乐”的魔豆“欢乐豆”拥有者竟是兰星星？！皮皮和可可都半信半疑，麦逗误食魔王派来的贪吃虫，看到什么都吃，连皮皮和兰星星也被一口吃掉！为了救好朋友兰星星，麦逗肚子里展开捉虫大作战……
皮皮加入兰星星率领的新闻采访队前往神秘水晶洞探险，却意外发现传说中古老地底王国，嘎噜为了抢夺光之豆也来到地底，把皮皮等人逼入绝境。这时克鲁竟然反常的不和大家一起逃跑留下来独自向嘎噜宣战……
为了救克鲁，皮皮冒险回到地底王国，竟意外破除魔咒使女王和王子恢复原来样子！可克鲁却受到“欲望豆”操纵情绪经常失控！魔王发现克鲁比其它部下更能发挥邪恶力量，于是打算好好利用，将克鲁抓走……
情况失控，克鲁体内的欲望豆力量使他变成了黑暗地域的新任魔王，对电视岛发动毁灭性破坏，熊猫们只好离开家园出海逃难！皮皮为掩护同伴上船激活光之豆，一时间竟然抵挡不了克鲁攻击！新魔王威力大增，秘密就藏在欲望豆里……
皮皮和同伴被怪物恶陀吞进肚子，惟有靠兰星星激活欢乐豆才能得救，但欢乐豆竟然失灵了！困在恶陀胃里的皮皮想赶快带大家逃走，却意外找到了七颗魔豆之一“运动豆”！而拥有“运动豆”勇士居然就是……
皮皮与同伴们漂流到“智能村”，村中最有智慧的长老要皮皮在“时间砂漏”中的砂子完全掉落前找到“只有心地善良的熊猫才看得见的香菇”，以证明自己不是魔王派来的手下，否则拉拉和兰星星就会有生命危险了……
魔王破坏军团来到智能村，大规模毁灭村里最重要的森林，皮皮激活光之豆对抗，却发现带头的黑暗将军居然是麦逗失踪的父亲；只是没想到这场攻击行动竟然引导皮皮找到智能豆的关键……
藏深海里的体育王国正举行热闹的运动比赛，奖品居然就是“运动豆”！皮皮觉得很奇怪，运动豆不是已经被可可找到了吗？为了查明真相们，皮皮组队参加比赛，却不得不和刚成为朋友冰果与熊熊进行激烈竞争……
皮皮队和冰果队最后一场比赛由皮皮和熊熊决胜负，胜利一方将获颁运动豆勇士最高荣誉，这时魔王派新怪物来捣蛋，大家都期待运动豆发挥威力；可运动豆却对国王指派的勇士一点反应也没有……
可伦星上最大美食的景点“美食堡”本来应该热热闹闹，却因为魔王破坏变成一座死城，居民们都快要饿死了。麦逗决定用仅有材料为大家煮一顿好吃的饭，这时藏在城中某处的美食豆发出了感应勇士光芒……
魔王克鲁抓走了拉拉、兰星星和麦逗，冰果和熊熊自告奋勇要引开魔王的注意，让皮皮趁机救人。没想到魔王也设下陷阱，准备让冰果和熊熊自投罗网；而走另外一条路的皮皮和可可对这一切都浑然不知……
皮皮听从美食堡国王的指引来到“冰之谷”，寻找传说中的“黑暗豆”，没想到一阵从天而降的冰块把冰果冻成熊猫冰柱。为了拯救冰果，皮皮、熊熊和勇士们必须冒险闯入城堡，向冷酷无情的冰之女王寻求帮助……
皮皮前往冰之谷城堡请女王拯救冰果，却被派出的冰怪抓走。一位神秘老婆婆告诉拉拉，冰之谷终年被冰雪笼罩的原因是女王把自己心冻结、拒绝任何温暖和爱造成的，拉拉难过地掉下眼泪，这时奇迹发生了……
