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魔法少女奈叶
After the events of the Lost Logia case, Nanoha waits patiently for the day she can reunite with her newfound friend, Fate. Although being an exceptionally powerful mage, Nanoha spends her days normally with her friends on Earth. But peace is once again suddenly shattered, as Nanoha is without warning attacked by a powerful mage. A group of violent mages have been attacking anything with magic power for their own goals. Nanoha and Fate, along with their friends Yuuno, Arf, Chrono and the Space/Time Administration Bureau must once more band together to stop these renegade mages from hurting anyone or anything else. Takes place after the first season of Lyrical Nanoha.
八神疾风在过生日的昨天晚上，她身边的暗之书突然启动…铃鹿与疾风在图书馆相识。当日晚上奈叶初次遭遇到维塔的袭击，两人发生战斗，并在战斗中负伤，“旭日之心”也受到相当程度的破坏。正在维塔要对奈叶进行最后一击时，重逢而来的菲特突然出现并救下了奈叶。
菲特和希格诺初次相遇。在艾尔芙和菲特的两人夹击下，维塔陷入不利。随后增援而来的希格诺和守护兽扎斐拉立刻再次扭转了局势。不仅尤诺也加入了战斗，而且奈叶仍处于不利的局面。但是奈叶带着负伤的身体使用“星光炮”成功打破了结界。刚一打破时，莎玛尔就已经夺取了奈叶的“念动之核”。与此同时克洛诺已经确认到“暗之书”的存在。
在总局治疗后的奈叶和菲特与时空管理局高官吉尔·格雷姆提督见面。随后，琳蒂提督将以奈叶为中心的“暗之书”进行调查，由于舰船阿斯拉不能使用，琳蒂提督就把司令部设在奈叶家附近，并将菲特安排在圣样私立小学与奈叶同班，菲特还与爱丽莎、铃鹿两人见面。而暗之书守护骑士因上次战斗被引起注意的原因，她们将前往远一点的世界收集魔力。
菲特第一次上小学，入读圣样私立小学三年级，与奈叶、爱丽莎、铃鹿同班。奈叶的“念动之核”经过一段时间修炼后以完全恢复，与此同时，旭日之心和雷光战斧已经修理完成。艾蜜刚刚作说明时，维塔和扎斐拉就已经被发现，并与克洛诺和局员们在结界内交战。奈叶和菲特因应急情况只好使用旭日之心和雷光战斧与它们交战。
疾风和莎玛尔在超市买了半价的新鲜肉，而且铃鹿也一起过来吃饭。与此同时，希格诺突入结界支援维塔和扎斐拉，并与奈叶、菲特、艾尔芙交战。双方发生第二次激战，能力不分上下。克洛诺就趁着她们交战在结界以外寻找暗之书主人。在情况不妙时，莎玛尔就已经被克洛诺逮住，随后来了一名不明身份的面具男子将克洛诺牵制住，让莎玛尔使用暗之书来破坏结界救出大家。在铃鹿家的疾风已经接到莎玛尔的电话，但疾风并不感到担心，也不会责备她们。
正在调查暗之书的克洛诺邀请尤诺明天来帮忙工作。与此同时，铃鹿邀请疾风在她家过夜，并找个机会与奈叶认识。自从暗之书在疾风家开启以来，疾风就与守护骑士希格诺、维塔、莎玛尔、扎斐拉初次相遇。虽然守护骑士们都臣服于任何一位主人，但是疾风把她们当做自己的家人对待。不久，疾风的双腿就受到暗之书的侵蚀，并激化了守护骑士们对暗之书的魔力收集。尤诺与罗蒂和艾丽娅初次见面，克洛诺要她们俩协助尤诺在“无限书库”收集资料。
菲特的朋友们为她推荐新的手机，而且琳蒂提督为她购买了她所想要的手机。琳蒂提督已经返回总局试航阿斯拉，指挥部的负责人就由艾蜜代理，而且就已经接到来自无人沙漠世界警报，菲特和艾尔芙前去迎战。奈叶再最后出击，阻止维塔。面具男子再次出现，阻止奈叶狙击维塔。奈叶在解开枷锁，两人就消失不见。菲特和希格诺在陷入疲倦情况下，刚要进行最后的胜负时，菲特就惨遭毒手，被面具男子抽取了“念动之核”。
疾风突然感到头晕、胸口疼和手抽经等感觉，石田医生就要求疾风住院观察。尤诺在“无限书库”里已经收集到一些有关资料，告诉了克洛诺和艾蜜。但是关于那名面具男子的特殊能力，实在觉得非常厉害。菲特身体恢复后又正常和奈叶一起上学，她们得知了疾风住院的消息，一起去探望疾风。但是却引起守护骑士们的恐慌。疾风受到的暗之书的侵蚀越来越高，并激起守护骑士们更加拼命地收集暗之书的魔力。
第二天，奈叶和菲特、铃鹿、爱丽莎一起去探望疾风时，偶然与守护骑士们碰面。疾风毫无疑问就是暗之书主人。为了不在疾风面前发生冲突，双方只对视了一会。随后，在高楼楼顶上，发生激烈冲突。两名面具男子出现，将所有人用枷锁捆绑起来，然后用暗之书将所有守护骑士们全部吞噬。接着，两名面具男子将奈叶和菲特关在水晶牢笼里，并变成了她们的样子在疾风面前上演了悲剧仪式，使得疾风的诅咒被完全激化。最后，暗之书主体封印得到解放。
奈叶和菲特与暗之书主体发生激战，克洛诺赶往现场将两名面具男子抓住，两名面具男子的真面目竟然是罗蒂和艾丽娅。暗之书主体在激战中发动奈叶的魔法攻击奈叶和菲特。铃鹿和爱丽莎也被困在结界中，被奈叶和菲特发现，抵挡住攻击后，她们俩已被传送到安全地方。奈叶和菲特想劝阻暗之书主体，但是暗之书主体还想在进入暴走状态时，继续要打倒奈叶和菲特。菲特在激战中被暗之书吸收进去，进入生与死的沉睡梦境中。
菲特在梦境中遇到阿利西亚、琳尼丝和母亲普蕾西亚，而她也很受普蕾西亚的宠爱。正与暗之书主体交战的奈叶，将战场转移到海上。而她的旭日之心做好了堵上性命的准备。在黑暗中的疾风遇到了暗之书主体，并拒绝了暗之书主体为她实现愿望的请求。还给她取了个新名字“天使之翼（琳福斯，琳芙丝）”。菲特也已经离开梦境，粉碎眼前的景象。奈叶在疾风的请求下，打败了面前的暗之书主体，使菲特和疾风从中脱离出来。
自动防御系统还要在几分钟后暴走，疾风使用管理者权限修复守护骑士系统，使维塔、希格诺、莎玛尔、扎斐拉都全部复活，并使用琳福斯的力量启动了她的骑士甲胄。克洛诺赶到现场向大家说明防御系统的两种解决方案，但是两种解决方案都不能通过。最后，奈叶、菲特、疾风三人决定一口气干掉，克洛诺只好同意了这种赌博性的方案解决。在大家的连续攻击下，将核传送到阿斯拉的前方，最终成功消灭。而疾风在这场战斗中晕倒…
天使之翼为了不再侵蚀疾风的身体，决定将自己消灭，但是守护骑士们和“夜天之书”就不再具有转身复活能力。天使之翼消失后，给疾风留下了一个沉睡中的魔导器。而疾风和守护骑士们被管理局进行监护观察，并入局工作，赎回以前的罪行。奈叶、菲特、疾风三人一起参加铃鹿家的圣诞宴会，让铃鹿和爱丽莎得知了她们三人相识以来发生的所有事情。晚上，奈叶的家人也从琳蒂提督那里得知了奈叶和菲特之间的所有事情。最后，暗之书事件将全部结束。
