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妙手仁心
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。
经过沙士一役，仁爱医院众医生忘记伤痛，继续悬壶济世，医院亦重新正常运作。妇产科实习医生曾淑淇在同学林清伟的介绍下，观摩了程至美替柏金逊病人在清醒情况下做开脑手术。 程至美的手术十分成功，淑淇叹为观止，而清伟则决心要选修脑外科。淑淇因为离开岗位，被妇产科的顾问医生万安生斥责。程至美的前女友何心妍回港，两人约好了当晚饭聚，但是医院发现妇产科病房病人集体发烧，怀疑受到沙士感染，至美临时爽约，并返回医院启动绿色警报，又封锁妇产科，令医院顿时陷入恐慌。程至美与医生开会商议，王国彬对医院在怀疑沙士的情况下封院，引起病人恐慌感到不满，但黎国柱则认同程至美的做法。 快速测试结果证实病人并没有感染沙士，众人终可舒一口气。黎国柱不堪女友Jan的死缠性格，决定提出分手。何心妍被发现中煤气毒死亡，怀疑是自杀案，法医岑雅晴进行验尸工作。
志泓怒骂至美，认定他害死妹妹心妍，但他却对国柱说心妍曾向透露已结识新男友Tony，怀疑心妍之死和他有关，于是发电邮给Tony，希望了解他和心妍的关系。 敏智的内地病人荣总心脏病发被送到仁爱医院，他要求替病人转院，国柱无奈批准。敏智的豪装新诊所，希望藉此吸引更多高消费病人。医院的新行政总监达贤履新，但原来他和心妍的父亲守仁是朋友，国柱担心至美的前途。心妍的验尸报告指她的死因并非自杀而是意外。达贤和至美等人出席心妍的葬礼，对至美表示希望两人合作愉快。勇明带女友和雅晴到仁爱医院，说发现心妍自杀前的生活和自杀没有分别。 至美从Tony口中得知他只是心妍的精神科医生，原来她生前已患上精神分裂！至美再去找雅晴查问，才知道心妍生前已有自杀倾向和患上厌食症，感十分伤心。
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谭勇明向叶淘说敏智为钱才打官司，但叶淘却认同敏智因为歧视而告何守仁诽谤，并要他替敏智讨回公道。清伟如愿进入脑外科，而淑淇则考入了急症科。 一母亲将满身伤痕的女童带到急症室，国柱怀疑她受虐打，要淑淇看守着，可惜却被她们溜走了。素媛的手提电脑不见了，原来Joe不小心弄坏了，并拿去维修。敏智不知就里责骂儿子，Joe一气之下返回家。医院来了三名伦常惨剧的伤者，伤者原来是之前溜走了的母女。母亲失救，雅晴发现并非她丈夫所说是女死者斩人，突然男伤者发难挟持玉莹，又阻止医生替女儿施救，最后男伤者被制服，但女儿却死亡，至美一时冲动怒打男伤者。 众仁在制服男伤者时受伤，乘机提出和安生结婚。众仁想买新家俬，玉莹因为家人经营家俬店，于是主动提出给众仁折扣，但知道是为两人结婚之用甚感失望。至美在预备手术前，发现自己出现手震情况。
玲抱着洗澡时遇溺的儿子到急症室，原来玲是何德广的太太。现职中港货车司机的德广在医院重遇旧友国柱，互相问候一番。玉莹对众仁不死心，藉词请众仁晚饭，众仁一口答应。 众仁相约玉莹食泰菜，并叫来了安生，玉莹大感无瘾。好友苏安茜建议她跟工木师傅到安生家，打探安生的品味，却被安生发现她偷看衣柜。送家俬当日，玉莹又刻意送两张床褥给他们，揶揄安生年纪大。敏智的骨枯病情严重，叶淘建议他尽快进行换骨骹手术，但敏智拒绝。敏智往接Joe返宿舍途中再次病发，惟有藉词有急症病人而不送Joe，Joe为此生气，父子俩再生误会。至美发现近日失眠、头痛和手震，于是求诊照X光。 玲再抱儿子到急症室，急召德广又没有回覆，表现得惊惶失措，淑淇怀疑玲为了德广注意自己而故意虐打儿子。至美的X光片显示没有问题，但他却因心神恍惚而撞车。
志强对至美当日不让他应考医生执照，只能成为地位较低的物理治疗师仍耿耿于怀，适值至美要做物理治疗，志强便对他百般奚落，不过至美却根本记不起当日的事。 一名病人的手部伤势完全复原，但却要求叶淘填写伤残报告，好让他领取伤残津贴，解决一家经济上情况，可是叶淘执意不允。国柱看在眼中建议叶淘应以较温和的手法对待病人，但叶淘根本看不起国柱为人，并不将国柱的意见放在心内。未几，叶淘收到一个染血的洋娃娃，并且警方亦发现一具身怀叶淘覆诊卡的女尸，凶手与寄匿名信的犯人也是惯用左手，叶淘怀疑凶手就是另一名被她切除左手的病人所为。 国柱与叶淘在电视台相遇，恰巧节目主持食神突然哽到。国柱为救人扭伤腰部，众仁带他到自资开的脚底按摩馆，可惜却扭伤颈骨，医院上下立即传言国柱到风月场所消遣受伤。
玉莹又向众仁展开「追求」，要众仁送她回家，期间玉莹利用众仁手机拍下合照。众仁为免安生多心而隐瞒，可惜最终被安生发现照片，安生要求众仁日后向她坦白。 敏智骨枯后遗症开始发作，令他不可以长期站立进行手术，而且经叶淘诊治后，建议尽快进行换骹手术，不过敏智却断言拒绝。原来勇明曾找敏智商量，如果要胜出与何守仁的官司，就一定要证明他诊断能力并没有受骨枯影响。另外，敏智没法支付诊所昂贵的租金，结果业主迫他搬迁。心烦意乱的敏智并没有好好冷静，更不分情由地责骂儿子Joe，及后才知只是误会一场，更加内咎对母亲与儿子的态度，令敏智更加心力交瘁。 叶淘某日突然收到电话骚扰，而且凶手更近在咫尺，国柱追至但毫无所获。翌日，另一名病人再次遇害，令叶淘更加认定是因自己的关系而害死两名死者。
急症室送来一名因醉酒而跌倒的病人甘浩文，原来淑淇认识浩文，但浩文酒醒后四出捣乱更找淑淇麻烦。国柱向淑淇道出他记得淑淇亦曾自杀，要淑淇改变仇视轻生病人的念头。 对再有病人遇害，叶淘和雅晴更加怀疑凶手就是当日被叶淘切除右手的病人蒋超，但凶手有皮肤敏感的症状和蒋超不同，令叶淘百思不得其解。未几警方终于捉到蒋超，并且经化验DNA后，发现他并不是凶手，始让雅晴怀疑凶杀案与叶淘被恐吓无关，只因叶淘病人行动不方便，反抗力较弱才因此扯上关系，于是加强警力在医院范围巡视。适值玉莹扭伤脚踝后被凶手看上，凶手在向玉莹施暴期间被警员撞破，始揭发凶手正是医院中的装修工人。 清伟因疲劳过渡晕倒，国杉却对其冷嘲热讽，志强不甘好友受辱出言指责，争执期间，至美赶至调停但被推动在地，曾总欲解雇志强，但至美却向曾总求情挽留志强。
众仁欲以结婚来与安生和解，可是安生觉得要周详计划。不过当安生看到一名病人，因种种原因而迟迟未能与所爱的人完婚时，觉得不因错过大好姻缘，毅然答应众仁的求婚。 敏智重回仁爱医院工作，不过仍在适应期间，女朋友素媛又突然与才子艾力高调地以情侣档的姿态回港。某天艾力心脏病发被送到仁爱医院，同行者竟是素媛，令医院上下更加议论纷纷。敏智于是和素媛「摊牌」要求分手，素媛悻悻而去。敏智母亲又突然来医院找敏智，可是敏智因公私两忙疏忽母亲的需要，原来敏智妈妈患上心绞痛来找他诊治，后更因此令心脏病发，被送院后证实不治，敏智始觉疏忽照顾家人。 玲某天带着还是婴孩的忠仔来求诊，至美立即动手术急救，可惜婴孩最后失救至死，至美却将所有责任归咎于自己能力不逮，竟欲图轻生。
至美仍对忠仔的死内疚非常，引致性格变得异常暴躁，雅晴怀疑至美患上抑郁症，于是想尽办法安慰至美，要他去看心理医生，但至美讳疾忌医，根本不听雅晴的意见。 敏智母亲病故，再没有亲人照顾儿子Joe，而且精神科医生诊断Joe仍未能平复婆婆之死的打击，建议除让Joe接受心理辅导外，亦可寻助养家庭，令Joe再感受家庭温暖。但敏智不想与Joe分开，还立誓要好好地照顾Joe，可是Joe仍恼敏智的疏忽至令外婆病死，两父子相对而无言。敏智为哄Joe开心，给Joe吃士多啤梨雪糕，但Joe突然出现皮肤敏感，敏智再觉须要与儿子好好沟通，但可惜Joe已经不再想与敏智对话。 至美患上抑郁症后，喜欢将自己封闭，更跑到郊外远离人群，却遇到一名钓友被夹进岩石内，至美于是想尽办法救出这名钓友，自此至美顿感人生充满意义，终肯接受心理辅导。
至美开始接受临时心理学家治疗。众人深感安慰之余，亦意识到要多些关心身边人。至美休假期间，以保龄球打发时间，某日遇上雅晴，至美向雅晴道谢之余，更告诉她不应只顾眼前而忽略身边事物，想法与当日自怨自艾的他完全不同。 近日，医生常被病人投诉，医院高层大为烦恼，尤其因敏智与何守仁官司，令周刊的狗仔队常假扮成病人，向敏智「套料」，敏智「自己知自己事」主动向曾总道歉，曾总却安抚敏智，加强保安人手维持秩序。 另方面，洪太因丈夫的关系，借故投诉淑淇，还心情大坏坚持要堕胎，令众医生大为烦恼。但原来洪太是国柱的忠实读者，于是国柱以亲笔签名安抚洪太，令淑淇更加欣赏他。 医院来了一名伤口受伤甚深的病人，原来该病人在伤口搽上腐蚀药物，藉此勒索一些私家医生，而其中一名私家医生正是美娟的同学，美娟于是找她报警作证。无意间，美娟撞见甘浩文劝阻其债仔勒索私家医生，令美娟大感奇怪。
曾总误会淑淇与国柱二人正在拍拖，还对淑淇的选择感到非常满意，刚巧淑淇亦对国柱有意思，竟主动约会国柱。在约会当晚，淑淇虽然刻意盛装打扮，但国柱竟在约会途中记挂着工作，令淑淇一怒而去，国柱茫然。 当日被至美击伤的病人坚持投诉他，曾总希望增加透明度，要知情的医生提供资料，国彬忍受不了因至美被投诉而增加同袍的负担，竟出言责备至美。 安生在中学时的孕妇朋友Vivian再次扭伤脚而入院，经叶淘观察过后，认为Vivian患上产前抑郁，而且安生又发现Vivian搭上有妇之夫，令安生加倍担心她，但Vivian表示自己不会放弃自己和腹中块肉。 何守仁被Tracy的死打击甚深，对Tracy的无私牺牲的下场不值，性格变得很自私和无情。但另一方面，至美在雅晴的劝慰下，重遇沙士康复者，令他感到人生光辉的一面和努力不懈的精神，终于从Tracy死后打击的阴影中走出来。
玲被送往精神病院后情况反覆，丈夫德广只感心痛，唯有转职开直通巴士，尽量抽时间回港探望玲，某夜他亲眼目睹一名电单车飞车党超速跣倒后，将女友弹出车外撞伤脑部，被送入院抢救，德广顿感当年的行为不当，还主动安慰伤者。 安生中学好朋友Vivian脚伤痊愈出院，但仍需接受家居物理治疗。但当志强来到Vivian家门前时，发觉Vivian开煤气自杀，志强拚命为Vivian抢救，惜最终失救至死，而安生亦立即剖腹取出婴儿，虽总算救回婴儿，但志强却非常内疚自己医术不精，救不回病人。 原来Vivian的手下正是安生前男友Bosco，他直言不介意安生即将结婚，还想与安生再续前缘，但遭安生断拒绝。 至美在医院外遇上Joe，还教会Joe自己绑鞋带，后发现Joe原来是敏智的儿子，但却对Joe抗拒别人的行为奇怪，敏智道出原因，令至美看出敏智的另一面。素媛欲找至美访问，但此事惹来医院高层不满，但原来至美只是婉拒了素媛的邀请。
素媛朋友因脑肿瘤爆裂入院。经众医生诊疗后，发现病者原来脑内仍有肿瘤需动手术切除，而且危险性极高，至美却要求由他亲自操刀动手术，可惜素媛害怕至美精神病发作影响手术，敏智得悉后怒责素媛歧视至美，素媛无言而对。 医院送来烧伤的女病人Jan，原来她是国柱的朋友，然而因Jan与男朋友的问题常找国柱倾诉，令叶淘更以为国柱到处留情，对国柱冷淡起来。 另一方面，医院送来一名喝下整瓶咳药水的弱智人士杰仔，原来杰仔是勇明昔日当差时拍挡的弟弟，同袍去世后，勇明成为杰仔的监护人，但屋村的小混混却利用杰仔的弱智缺点图利，令勇明气结。 敏智不肯接受换骹手术，仍死忍痛楚继续上班，但常常因病痛忽略儿子的需要，于是最终肯接受叶淘的建议，进行换骹手术。而且，敏智的官司终于完结，何守仁最终获胜，但何守仁竟不追讨损失之余，还提出聘请勇明为他办事。
淑淇愈来愈对国柱有意思，还四出打听国柱的消息，然而同袍们对国柱的评价却毁过于誉，认为他为人花心滥情，但淑淇仍旧主动追求国柱，还暗示可以进一步发展。然而，国柱总是以似有情却无意的态度对她，令淑淇无奈。 杰仔出院后，仍旧终日与屋村的小混混来往，还被他们骗去钱财，勇明看得怒火中烧，但反被杰仔指责勇明终日事忙，根本疏忽照顾他，勇明只好带着他出席与雅晴的约会。至美想到推荐杰仔到办公室工作，好让他可以自力更生。结果，杰仔上班后即被老板赏识，令勇明大感鼓舞，故此放心让杰仔自己生活，可惜小混混们仍不肯放过杰仔，骗去杰仔刚发的薪水。 敏智接受手术后行动不便，于是请叶淘代为照顾Joe，叶淘施尽爱心，终于令Joe肯与人接触，还将Joe带到敏智前让敏智哄儿子开心，令Joe再次与敏智沟通。然而此事被雅晴看在眼内，取笑雅晴对敏智有意思。
仁爱医院护士们自发举办义工活动，叶淘奉召探访老人中心讲解医护常识，刚巧遇上国柱亦有参加，国柱还因为落力示范健体运动而跣倒地上。因此令叶淘对国柱大为改观，不再认为他是一名花花公子。 雅晴和勇明从至美口中得知，杰仔已有多个星期没有上班，雅晴和勇明于是上门探望他，恰巧遇到杰仔又再与屋村小混混大旧等人来往，恨铁不成钢的勇明严厉地责骂杰仔，翌日更强迫他上班，但杰仔对上班极之反感，竟然在复工的第一天殴打一直善待他的李老板，更爆出李老板曾性侵犯他！勇明内疚没有好好照顾杰仔之余，不理李老板的苦苦哀求，决定起诉他。 杰仔被侵犯后受到极大的心理伤害，变得愈来愈细胆，勇明怕杰仔再被骚扰，欲要与杰仔同住，可惜二人却被发现惨死在公寓内，现场更被凶手用漂白水清洗过，就算经雅晴不眠不休地检验，都没能取得任何线索。
李老板突然受伤入院，他虽坚称被老婆打伤，但雅晴来到为李老板检验后，益发认为他嫌疑最大，可惜却缺乏证据。另外，警方从保安系统中发现，大旧曾在凶案现场出没，雅晴推断大旧可能是凶案的唯一目击证人。 雅晴日以继夜希望能找出真正凶手，可惜徒劳无功。恰巧警方人员无意中发现大旧踪迹。在追捕期间，大旧却发生交通意外重伤晕迷入院，雅晴大为紧张赶至，可惜大旧却最终伤重不治，勇明被杀一案线索完全中断，而李老板亦因杰仔身故没法出庭出供，结果获无罪释放，雅晴得悉后几近崩溃，竟跑到医院天台意图轻生，幸被至美发现，几经劝阻下，雅晴终肯放弃自杀念头。 国柱与叶淘继续在社区中心当义工，叶淘赫然发现甘浩文亦是义工的其中一人，然而叶淘得悉甘浩文的病情已到末期，力劝他回院检查，可惜甘浩文宁住在简陋公寓，也不肯回院接受治疗，叶淘无奈。
安生近日脾气暴燥、经期不准之余又时常头晕作闷，众仁以为她怀孕而高兴不已时，但经验孕后，事实却令他好梦成空。安生道出不想冒高龄产妇的风险，婉拒为众仁诞下婴儿，众仁顿感无奈。 淑淇眼看叶淘与国柱的关系日渐密切，感到相当不快，竟忘记与清伟的约会，而主动跟叶淘和国柱参加义工活动。但在社区中心内，淑淇重遇甘浩文，淑淇冷淡地对待他。 未几，甘浩文与人争执引致骨折送院，但他的行为古怪，竟在众人前大爆淑淇身世。精神科医生诊断甘浩文的肝脏的毒素随血液上脑，令他行为失常，必须立即进行换肝手术续命，可惜甘浩文坚拒接受手术。 雅晴对勇明的死大受打击，上司批准她放大假，但雅晴将用尽所有时间去消遣，根本是自我折磨而不是休息。至美知道此事后，立即前去安慰她，更陪她度过一个晚上，终于令她从勇明去世的阴影走出来。
甘浩文拒绝接受手术，众人深感无奈。恰巧他在医院的公园内巧遇Joe，还教晓Joe吹奏牧童笛，令Joe终于展现笑容。未几，Joe来到敏智办公室，看到敏智熟睡如死，Joe以为他发生意外，令他再次开声呼救，两父子终于冰释前嫌。 淑淇找国柱倾诉心事，原来甘浩文当年是她最祟拜的音乐老师，但某日妈妈突然带着她改嫁甘浩文，但自此妈妈却郁郁寡欢，最终因心脏病发而死，所以她归咎于甘浩文破坏掉她美好的童年生活。可是事实上并非如此，原来当年是曾总有外遇在先，妈妈愤而改嫁在后。淑淇始知误会了甘浩文，非常内疚，借酒浇愁，并觉得难而面对曾总，私自搬到国柱家中暂住。 众仁的行为变得愈来愈古怪，众蓝担心，找安生研究对策。安生无意中发现众仁准备去接受绝育手术，在众仁施手术的当日，众仁道出不想安生冒高龄产妇的危险，安生却告诉他，已怀了他的骨肉。
