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抗战剧《战神》讲述了龙大谷（陈思成 饰）饱受战争洗礼的人生，他从光杆司令一路升为兵团司令员，靠的是御敌于千里之外的气魄和机智，人称“鬼谷子”、“战神”。龙大谷和马铮（杜淳 饰）、严振藩（于震 饰）之间...
抗日战争爆发前，龙大谷因在抗大学习期间，为替警卫员李广出头，一时冲动出手打了同期学员张道平，受了处分。以至于在红军缩编为八路军之时，龙大谷从原来的红军副师长降为游击队司令。龙大谷在成立龙之队时，随行上任的只有警卫员李广和参谋刘水泉二人，以及上级领导田烽给他的五十块大洋。某日，一列运载着八路军弹药补给和战地医院的火车被日军的炮弹击中，无法前行。龙大谷率兵赶去驰援，护送医院和弹药转移。在此战中，他结识了救死扶伤的外科大夫秦晋文和胆大心细的女学生林燕，掩护他们在炮火中完成对伤员进行的手术。然而，在掩护火车离开后，好兄弟李广却在最后一刻牺牲了。
龙大谷带队突袭安介大队，成功突袭后，龙之队在回来的路上被鬼子围攻，两军展开了激烈的斗争。就在安介倾巢出动拦截龙之队，内部兵力空虚所剩无几之时，龙大谷灵机一动杀了个回马枪。之后，龙大谷和安介进行了激烈刀剑相拼后，终于将安介杀掉于为好兄弟李广报了仇。
龙大谷在干掉安介后，在新收新兵蛋子号称“包打听”的王德的介绍下巧计说服了能武的王义和能文的陈一辰加入龙之队。之后龙大谷利用上次突袭安介大队司令部意外缴获的地图将日军引入伏虎峡，并将敌人派出的精兵全部歼灭。
马铮带领四川的兄弟来到前线接受上级命令在此抵抗敌人。然而，却因上级之间出现各种矛盾争端，出现瞎指挥导致马铮整个部队几乎全军覆没。马铮无奈于上级不给于后勤支持只能带领战后生还的四人撤退。龙大谷从上级的来信中了解到国家目前战况，为了配合总部主动迎击西进南下的日军，破掉敌人的飞机带来的不利影响。龙大谷等人伪装成商人入城打听日军飞机场所在地。
龙大谷从城中大户人家严老爷那打听到日军飞机场所在地，并设计炸掉敌人机场，然而军火不足只得派参谋刘水泉谋向西北军十七师严振藩借炮。炮虽然借到了，但是炮弹却受潮，龙大谷无奈下只能用手雷弹代替炮弹。由于日军得知龙大谷将要攻打运输队，机场的火力点增加，龙大谷只能选择天黑再进行炸掉敌军机场的计划。
天黑后，龙之队在穿越重重防阻途中被敌军发现，并与之火拼起来，最后成功进入机场将敌军飞机炸毁。原本要调职的三营长林崇光为炸毁机场的油箱，亲自抱着手雷弹冲到战火前将油箱炸毁的同时也牺牲了。龙大谷与知识分子刘参谋为上报给林崇光的嘉奖名额上发生争吵。
接替安介位置的柴田少佐为报复龙大谷炸毁机场进城肆意屠杀国民军受伤士兵和城内百姓。马铮等5人也无意中撤进该城内，在逃亡中被他们当初撤退路上救下的凤小兰带到安全的地方，并在她的讲述下知道了龙之队，为找到一个安全的地方，几人只能利用晚上来逃亡。
马铮等人逃进山洞内遇见了曾经的战友烟枪等人。马铮因受伤，伤口感染，战友只能带期找到了林燕所在的医院救治。刘水泉为了撮合龙大谷与林燕亲自送绷带给林燕。之前龙大谷说送一箱绷带给林燕，但是却忘记了后来在刘水泉提醒下才想起，但龙大谷却不愿送去。并说这厢绷带是龙大谷为了这厢绷带而受了伤，还劝说林燕去探望龙大谷。
为解决龙之队过冬棉衣和粮食问题，龙大谷带领龙之队假扮成送葬队进城，在黑夜的掩饰下抢劫了日军纺织厂。
马铮将八路军对待友军的无私帮助看在眼里，在多日的深思熟虑下，决定带着部下加入八路军。上级指派到龙大谷身边的一个营的队伍。然，龙大谷想不到的是，为首的竟是与龙大谷结怨甚深的同乡马铮（马铮早年与龙大谷情同兄弟，却暗自加入袍哥会，间接导致了龙大谷家破人亡）。
龙大谷在田峰副主任和他姐姐等人的开导下决定放下仇恨，派人寻找自行离队的马铮。柴田少佐带队入侵上官镇，在里头烧杀抢虐。龙大谷得知消息后带着大伙赶往救援。
当龙之队赶到上官镇时，柴田少佐已经带队走了。龙大谷在镇上遇到马铮，并说明他们的仇恨会暂时放下，要不要归队马铮自己决定。上官镇上的教书先生李野，鼓励镇上的幸存者重新建设上官镇，并成立复仇团。还没想好是否重新回到龙之队马铮也加入了复仇团。
侵华日军师团副令官佐腾川一派柴田少佐前往攻打严防镇，企图毁灭一个个的城镇来阻止人民对抗日军队的支援。龙大谷推测出其可能会攻打严防镇，于是决定在敌人未到达严防镇前将敌人歼灭。原先布守在严防镇不远的17军师长严振藩得知龙之队在前方拦截敌军后带队前往支援。柴田少佐战败潜逃，龙大谷在刘水泉劝阻无效小带队前去追击敌人。柴田少佐被赶来的支援部队救走。
龙大谷接到消息佐腾川一将要结集全部兵力攻打革命根据地，上级命令龙大谷负责内线打六路，拖住敌人，为部队和民众转移争取时间。马铮所在的复仇团在得知日军将要来攻打后毅然决定留下来负责内线，并接受上级安排配合龙之队一起抗击敌人。龙大谷为了能成功的拖住敌人，将全部兵力放在六路冒着全军覆没的危险放散兵力迷惑敌人，最后利用当地的地道撤离包围圈。一场恶战节将开始。
六路之战打响，龙之队伤亡惨重，龙大谷为救第一次参战的王丑被炸弹炸伤腿部。战场上硝烟弥漫，龙之队利用为数不多的机枪打退了敌人的一轮一轮进攻，依然而言的坚守着战地到天黑。并趁着天黑利用地道逃离敌人的包围圈。
龙之队在撤退途中遇到正与敌人精良部队交战的复仇团，在准备再次撤退时遇到敌人的火炮攻击，龙大谷也别炮弹炸伤，昏迷不醒。龙大谷被送往医院在手术途中醒来，为了让大夫、林燕等人不会过于担心，忍着伤痛和他们“轻松”的说话。
龙大谷在六路之战时受了伤的腿因处理不及时导致细菌感染而高烧不退、昏迷不醒危及生命。林燕了解龙大谷醒来后不可能接受的了被截腿的事情，于是全力劝阻大夫给龙大谷截腿换比较冒险的治疗方式。龙大谷高烧不退，林燕彻夜未眠的照顾龙大谷，每天悉心为龙大谷清洗伤口。
龙大谷清洗伤口的抗生素没有了，如没有抗生素，龙大谷受伤的腿就必须被截掉。韩勇等人为保住了龙大谷的腿冒着生命危险潜进敌人医疗部盗取抗生素。在返回的途中被敌人追击，路上遇见王丑，王丑为了掩护两人安全将药带回医院而壮烈牺牲了。韩勇两人终于在医生拿起锯子的一刻赶到，阻止了手术，保住了龙大谷的腿。
韩勇向高红打听林燕情况，并说明想戳和龙大谷和林燕。高红调侃林燕并想戳和秦大夫林燕。因受伤被截肢的赵海心理一直接受不了失去腿的事实，想跳河自尽。赵海虽被救了却得了肺炎，必须要用抗生素，然抗生素只剩下韩勇为龙大谷冒险抢来的那些。龙大谷知道事情后要求用他的那份救赵海。龙大谷清洗伤口的药换成了盐水，好在炎症被控制住可以进行手术。严振藩得知日军派小股特种兵部队偷袭后派人加强对医院防护的同时告知八路军。龙大谷在进行手术的同时，马铮等人意外遇见将要潜入龙大谷所在医院的日军特种兵，并将其歼灭，破坏敌人的计划。
秦晋文、林燕开导赵海，并建议他多看些书，补充自己的学识，腿没了不代表就是一个没用的人。韩勇一心想戳和龙大谷和林燕，然而龙大谷虽对林燕有情愫却不想发展两人的关系。于是韩勇瞒着龙大谷，以龙大谷的名义给给林燕写情书。林燕看了信后心里纠结，正巧院长接到上级通知，要派一个人到刘村的包扎所救助伤员，林燕请求前往。
