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陸劇《促醒者》講述第九醫院的神經內科主任丁學坤意外身亡，遠在瑞典留學的菁英西醫兒子丁遠志與多年在外的中醫兒徒韓西林回到九院，共同調查死因真相的故事為主線，全面呈現老中青三代醫護工作者“醫者仁心”的精神風貌，及薪火相傳中醫藥文化、中西醫結合創新診療的過程中所經歷的堅守與成長。
广阔无垠，茫茫千里的内蒙古戈壁，飞沙扬砾中韩西林用精湛的中医针法救治着当地牧民。另—边，丁学坤的儿子丁远志，已经是瑞典当地颇有名气的青年医生，在完成—台手术后，接到了来自燕京第九医院的电话。与此同时，快递员给远在内蒙的韩西林带来了来自燕京第九医院的包裹，里面竟是师父丁学坤的医疗日记和遗训，这时，韩西林也接到了来自九院的电话。王恒之通知丁远之和韩西林，丁学坤在给实习医生上完课后突然自杀。得到消息后，远在异乡异国的韩西林和丁远志回到了九院。
深夜的病房里，谭母在给谭淼淼用中药擦拭身体，看着躺在病床上的女儿，谭母想到了自己一直对谭淼淼的过度控制，导致母女二人的关系破裂。次日，谭母决定终止促醒，提前手术。林雅婕稳住了谭母，召开紧急内科会议。王恒之把丁学坤的旧书拿了过来。韩西林发现旧书打包得很随便，怀疑有人动了手脚，但没有声张。会议室内，韩西林坚决不同意终止促醒，被戴繁荣和马主任极力反对，正当众人僵持不下之时，丁远志竟然同意让韩西林继续促醒。不知是谁透露了消息，媒体也开始兴风作浪，怒斥九院治疗不善。而谭母也因过度疲劳和焦虑晕倒了。
司徒院长按照之前的承诺，将丁学坤生前的抑郁症治疗记录交给了韩西林。走廊内，韩西林与丁远志偶遇，二人各怀心事。夜晚，韩西林翻看着丁学坤生前的抑郁症治疗记录，但并未从中发现任何可疑之处。另一边，王恒志欲前往司徒院长办公室，提议将韩西林留在九院，重新建立中西医结合小组，并重新改良化瘤丹，但却遭到了林雅婕劝阻，并提议让韩西林尽快离开九院。韩西林带领众医生查房，为患者们进行身体检查。韩西林尤其注意患者的微小病征表现，多次为诊治提供了新的突破口。开会时，大家讨论着小患者高远山的病情，韩西林和丁远志怀疑其脑内已经出现病变，是极罕见的神经系统遗传病，需要腰穿检查后进行下一步诊断。
陆之舟为了满足儿子的愿望，找潘小艾帮忙，潘小艾想到了韩西林。韩西林偷偷给高远山做眼内针，暂时恢复高远山一半的视力。但这场违规的私下治疗还是被丁远志发现。丁远志十分愤怒，要求患者出院，并让潘小艾退出精准小组。韩西林挺身而出，表示这次治疗与潘小艾无关，丁远志提起两年前女护士的死，两人再次发生了争执，被林雅婕和王恒之及时制止。王恒之决定对韩西林和潘小艾进行严肃处理，此时高远山的生父来到医院，同意进行基因检测。众人开会讨论高远山的基因检测报告结果。在治疗方案上，韩西林和丁远志再次发生了争执，但对于高远山的治疗方案还是一筹莫展。
韩西林组织大家回想张嘉明失踪之前的线索。通过一番整理，发现了诸多疑点。韩西林得知，张嘉明是潘小艾第一个也是最重视的一名患者，甚至为了鼓励张嘉明，还拉着苗豆豆一起做了为关爱渐冻症的冰桶挑战，潘小艾在业余时间都会寻找有关渐冻症患者的最新治疗信息并发给吴亚楠。此时，郝大卫再次回到九院，引起了韩西林的注意。韩西林将郝大卫拉到无人处，询问丁学坤临死之前给郝大卫的书的具体信息。郝大卫面对韩西林的质问，十分紧张，他并不知道韩西林的来意，只简单陈述了一下当日的情况，没有获得有价值线索的韩西林只得悻悻离开。
王恒之极力安抚张父，情绪激动的张母犯了哮喘。没带药的张母，在韩西林的一番针灸治疗下，渐渐恢复了平静。韩西林询问潘小艾，张嘉明到底在哪里，并向潘小艾说明了患者在外的危险性，事已至此，潘小艾只好跟韩西林坦白，承认了这一切都是自己帮助张嘉明和吴亚楠策划的，为的是满足张嘉明的心愿——和吴亚楠结婚。原来张嘉明自从查出患病以后，怕耽误吴亚楠。而吴亚楠一直以来的不离不弃，更让张嘉明陷入了无限的自责中。为了让吴亚楠离开自己，张嘉明无数次把吴亚楠逼走，但最后吴亚楠还是回到他身边。在潘小艾的不断鼓励和劝导下，张嘉明下定决心向吴亚楠求婚。可就在求婚当天，张嘉明病情突然恶化，和吴亚楠结婚这件事也成了他未完成的心愿。
深夜，丁远志拿着快递单气势汹汹地找韩西林对峙，不远处，“黑影人"躲在角落里偷听着，韩西林谎称丁学坤给自己快递的不是医疗日记，而是—些病人的病历。次日，急诊来了—个非常奇怪的病人，名叫张蔷薇。韩西林和丁远志开始为张蔷薇进行检查，张蔷薇皮肤苍白，眼眶深陷发黑，脸颊削瘦得过分。丁远志和韩西林决定让她住院，但张蔷薇的态度却有些抗拒。刚下班的郝大卫，在门口遇到了自己学生时代的"女神”路瑶。路瑶因为面部整形不当造成面瘫，她现在急着要拍婚纱照。于是恳求郝大卫给她想办法快速治疗面瘫，这让郝大卫十分无奈。
回到办公室，韩西林在实验室门上加了一道锁，后将门缓缓藏在移动书架中。此时，又有人来敲门，林雅婕—脸严肃的出现在门口。林雅婕希望韩西林离开九院，并劝韩西林放弃追查丁学坤的事情。韩西林拒绝。林雅婕表示自己不希望他和丁远志深陷危险中，因为他们是丁学坤最重视的两个人，这番话，让韩西林陷入深思。得知张蔷薇突然瘫痪的韩西林，急匆匆走进第九医院。众人来到会议室研讨张蔷薇的病情，护士送来了张蔷薇最新的化验结果，面对新的化验单，众人陷入了沉默。林雅婕得知张蔷薇查不出病因，建议张蔷薇转院，韩西林希望林雅婕再给他们—点时间。韩西林和丁远志暂时放下了矛盾，两人投入到了对张蔷薇的病例分析中。韩西林和丁远志各自研究着张蔷薇的病例，二人查阅资料、做着分析研究，几乎同时发现了突破口，张蔷薇得的是吓啉病。
韩西林与林雅婕来到了东郊医院，认识了其师父丁学坤生前的同事，东郊医院的秦主任。韩西林本想询问秦主任有关师父丁学坤的事情，却被林雅婕打断。丁远志为交供暖费的回到了老宅，回忆起了自己和韩西林儿时的点点滴滴。丁远志与韩西林的心结源自小时候，丁远志对西医感兴趣，而作为中医大师的父亲却偏爱徒弟韩西林，丁远志认为是韩西林夺走了属于自己的父爱。韩西林在查房之余，碰到了出门诊的潘小艾，看着挤满人的门诊室韩西林也帮忙看起了病患的检查报告，这时护士突然来到门诊室告知有个小男孩（小暖)急需神内会诊。韩西林觉得小男孩的头颅CT很不寻常，建议把孩子转到九院医治。
丁远志、林雅婕、戴繁荣三人碰到了李翘，林雅婕问起了胡三的情况，李翘只好交代胡三失踪的事情，戴繁荣趁机开始嘲笑神经内科最近总是丢病人。林雅婕严肃地告诉丁远志，必须在当日—点之前找到胡三。韩西林与丁远志四处寻找。此刻的胡三正在老北京铜锅涮肉店里，和两个软件开发人员聊得正欢，希望开发—款医院的抢号软件，看到韩西林打来的电话也不接。胡三站在窗前，想起来他之前走路玩手机差点掉到井盖里，还是丁学坤及时出现救了他。那天，丁学坤追着—辆商务车，和司徒院长在争论着什么......韩西林与丁远志找了半天，依旧没有找到人。此时，韩西林突然灵机一动。两人乔装打扮—番，在九院门口找到一个票贩子，逼问其胡三的去处。两人匆匆赶到老北京铜锅涮肉店，及时制止了正准备喝白酒的胡三。胡三被二人送回医院，经过检查，胡三的黑便可能是因为偷吃血肠造成的。
神经内科会议上，司徒院长夸奖丁远志的路径非常成功，丁远志表示是韩西林为路径做出了更加良好的改革方案。林雅婕来病房看望马上就要出院的胡三，胡三告知林雅婕，韩西林曾找过自己询问丁学坤生前的事情。林雅婕告知司徒院长此事，司徒表示自己知道林雅婕所做的一切都是为了保护韩西林。胡三刚出院就去吃血肠，偶然遇见已经喝多了的韩西林，胡三为了表示自己对韩西林的感激，说出了之前看见丁学坤和司徒院长发生争执的事情.....
丁远志和大家对小暖的治疗方案进行讨论，希望其尽快实施血管移植手术，韩西林忽然出现表示反对。韩西林认为患儿年纪太小，血管还没有完全发育，不能冒然做这种存在巨大风险的手术，应先用中药活血化瘀后再做打算。正当两人争论时，林雅婕突然接到司徒院长的短信，同意了韩西林的提议。众人面面相觑。会议结束之后，林雅婕来到司徒院长办公室，原来司徒支持韩西林是为了再聘请韩阔海，让父子联手继续开发化瘤丹，为促成和瑞典合作做贡献。
九院众人聚餐欢迎韩阔海，韩阔海应付完众人，走到了韩西林身边。本就不和的父子二人见面很是尴尬。韩阔海先发制人，责问韩西林为什么要继续调查丁学坤的死因，韩西林各种讽刺韩阔海，两人不欢而散。李翘偶遇张蔷薇，她很诧异张蔷薇的病情竟然在好转。原来张蔷薇私下偷偷请求韩西林救她。张蔷薇为了报答韩西林，答应帮助其调查和丁学坤有关的仓门基金。仓门基金是为资助偏远山区的患者设立的，而且基金救助过的三位患者都是在九院进行治疗的，主治医师和基金的法人都是丁学坤。
回到医院的林雅婕与司徒院长交谈，林雅婕表示已经将文件交给了韩阔海，并询问司徒院长真的要重新启动这个项目吗?司徒只是要她全力配合韩阔海就可以了。回到办公室的林雅婕拿起日记本，开始写起日记。韩阔海走后，韩西林拿起文件袋，回想起了小时候父母因为化瘤丹是否上市天天吵架，母亲在死前的最后—刻还在与父亲争吵化瘤丹之事。李泰和进入房间打断了韩西林的回忆，李泰和看着桌上的文件，表示如果要做这个势必要和丁远志产生竞争，韩西林表示多年来其实他一直对于丁远志有愧疚，李泰和表示如果这次不把握住机会，那之后丁学坤的这个遗愿就不知道什么时候能实现了，韩西林看着眼前的方案内心十分纠结。
司徒院长找到丁远志告知，韩西林手里的项目是其父亲丁学坤生前的最后—个方案，而且是自己给他的，司徒表示瑞典方面非常看好韩西林手中的项目，请求丁远志卖给自己一个人情。丁远志表示支持院里的决定。韩阔海找到韩西林，询问其何时提交项目，韩西林表示自己会提交，但要告诉自己当初院里为何会否决这个项目，被通无奈下，韩阔海告知当初这个项目被否决是因为林雅婕表示项目不合规。韩西林找到林雅婕质问当年为什么加入丁学坤的小组，但最后却向院里提交异议书。在韩西林的不断通问下，林雅婕不甘示弱，告知自己从医多年，根本不相信中医和人工智能的结合，韩西林对林雅婕更加怀疑，并向林雅婕说明，自己一定会查出丁学坤去世的原因。
次日项目大会上，韩西林意外宣布自己放弃项目研究，一直希望自己儿子韩西林能够有所作为的韩阔海大为震怒，众人对于韩西林放弃方案的事情议论纷纷。丁远志找到韩西林，觉得韩西林这么做是在施舍自己。会后，林雅婕来到司徒院长办公室，再次提起自己退休的事宜，司徒表示等瑞典考察团事成之后就同意其辞职。另一边杜友朝与老薛都确诊为帕金森，而治疗方案有两种，一种是药物治疗，另一种是比较昂贵的手术治疗。与此同时，丁远志在杜友朝口中得知，林雅婕与杜友朝曾经在国外做基因检测时遇见过。韩西林与老薛众人吃饭，也在老薛口中意外得知了曾经接受仓门基金救助的藏族姑娘卓玛的下落。
洪生在急诊室突然犯起癫痫，韩西林与丁远志及时赶到为其治疗。洪生病情得到稳定，韩西林借机从洪生父亲口中得知丁学坤与其的往事，并提及仓门基金在两个月前曾出现过一次断药的情况。因看不惯洪生对母亲任性的态度及对医护人员的不尊重，王成龙查房时与之发生冲突。护士站和科室内议论纷纷。丁远志办公室内，王成龙并不服气院里对于自己的处理方式。韩西林赶到，暂时支开王成龙，保护自己人的姿态展露。但协商结果却不尽人意，王成龙依然被停职，反倒令王成龙对韩西林产生了误会。王成龙将白大褂扔在韩西林面前便转身离去。
李翘告知韩西林，洪生决定不做手术，韩西林思索后，询问此决定出自患者本人还是其家属，此时苗豆豆慌张赶来，告诉二人，洪生绝食了！韩西林支开众人，当面戳穿洪生心里的小九九。他因病早已与社会脱节，如果手术成功，那么将变成一个没有借口失败的正常人，洪生没有这个信心面对。激动中洪生癫痫发作，因祸得福终于借此机会确认了致痫灶。潘小艾准备联系神外对洪生进行手术时，洪生母亲又因害怕术后儿子怪罪自己而拒绝。最终在洪生父亲的坚持下，洪生终于得以手术。洪生手术成功，洪生父母看着儿子老泪纵横。
回到老宅的丁远志拿出牡丹会会员卡，回想起钟文轩在病房里对自己说过的话，看着手中和钟文轩一模一样的会员卡，他想不通一生简朴的父亲为什么会出现在这样的场所里。丁远志在家中仔细查找，希望能找到关于父亲离世前更多的线索，一番搜寻后并未找到任何凭证，丁远志来到自己房间门口，突然脑中回想起母亲的离世时的往事，丁远志思考片刻转身离去。
李翘来到兰兰的病房，告知兰兰母亲会用其提供的资料对兰兰做研究，而且兰兰手术后会彻底康复，但兰兰母亲却并不开心。会议室内，丁远志带领众人探讨兰兰所谓的可以预测地震的奇异特长，并在接下来的24小时内不间断监测兰兰的脑电波。另一边韩西林再次来到了王五哥家，并没有如愿见到王五哥，转而在邮局工作人员那里得到了王五哥的电话号码。办公室内，丁远志拿起手机拨通了牡丹会的电话，证实了在老宅发现的“牡丹会”会员卡确实是丁学坤名下。另一边，韩西林一遍又一遍地拨打着王五哥的电话，却始终没人接听。
