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民国时期，虫草堂名医潘俊与同为虫族五大家族后人相遇，得知祖上关于虫族宝藏的线索，从此踏上寻找族人遗留宝物的旅程。他们结伴而行，一起寻找能开启宝藏的五族秘宝，期间游历各地，探索祖上秘闻，一路上抗击瘟疫、打抱不平，眼看着离宝藏越来越近，却遭遇了盗宝者势力的打击，由此揭开了二十年前争夺宝藏的真相。他们也从最初对财富的渴望，渐渐背负起守护国家宝藏的使命，与盗宝者展开重重较量，最终粉碎了对方的贪婪之心，使传说中的虫族宝藏重见天日。在此过程中，他们学会了团队协作，结下了深厚的友情,以及发展了纯粹的爱情，从懵懂无知的少年成长为有责任感的英雄。
民国初年，中医世家后人潘俊年纪轻轻却善用虫类药，精通虫草药理，在北周城经营一家虫草堂药铺，打理百草园中的百种草药。因为医术高超，所以在邻里间享誉盛名。潘俊刀子嘴豆腐心，看病救人不收诊金，却要病号购买自己伪造的“水系族徽”。因为数年前，潘俊的父亲神医潘颖轩因为寻找宝藏离奇失踪，他留下凑齐金木水火土五族秘宝就能找到宝藏的线索抛下幼年潘俊而去，水系族徽是五族水系的标志，潘俊希望凭此标志能重新找到父亲。谁知水系族徽的真正主人时淼淼也来到此地，她是水系家族的继承人，却在日本黑帮亚兴会的阵营内，她被水系族徽吸引到虫草堂，和潘俊一见如故。可时淼淼的目的是杀光四大家族，为自己母亲复仇。
得知潘俊中蛊却不死的时淼淼惊奇不已，更加怀疑潘俊是木系家族后人的身份，于是监控潘俊的一举一动，等待时机报仇。时淼淼见到潘俊救治病人不遗余力，逐渐认为潘俊不是一个用水系族徽坑蒙拐骗的坏人，她犹豫之际，却发现潘俊所用的祖传针灸，她一眼认出那是木系家族的标志祖传青丝，而青丝正是杀死她母亲的凶器，淼淼最终没有揭开潘俊身上的蛊，负气离去，火系长老欧阳雷火入城的消息也被淼淼所在的亚兴会监控。
淼淼又一次见到潘俊为了治疗鼠疫亲自施针试药，却被南方地鳖虫给困住，无法救人，生在南方又豢养毒虫的水系家族，淼淼有这一味药，她同意给潘俊去找毒虫，治疗鼠疫。潘俊惊喜的得到淼淼送来的地鳖虫，完成了配药。水系淼淼，木系潘俊，火系欧阳燕云一起去隔离区用药方暂时救活了奄奄一息的春香，春香说出了最早导致鼠疫的传染源是来到城镇上的亚兴会黑帮，他们死后的尸体被车夫运走暴尸荒野。
燕云请潘俊去给自己弟弟看病，被欧阳雷火识别出潘俊是木系后人的身份，功夫高强的雷火怀疑是潘俊下毒毒害燕鹰，雷火要杀死潘俊，潘俊命悬一线。关键时刻，老管家潘璞说出潘俊是五大家族之首潘颖轩的儿子，燕鹰也被潘俊救醒，火系雷火尊敬潘颖轩为人，决定重新调查挑拨木系火系自相残杀的凶手。
潘俊和燕云都对父辈的婚约充满好奇，欧阳雷火讲述了二人父亲的往事。潘颖轩和欧阳烟雷两人一直不相信当年五大家族寻宝是自相残杀，他们认为是宝藏山体附近的自然环境特殊导致，所以传入了五大家族的禁地，被逐出虫族，为了让欧阳家保护年幼的潘俊，潘颖轩和燕云签订了婚约。知道父辈故事的潘俊更加希望知道自己父亲的下落，认准父亲的失踪和宝藏一定有直接关系，他准备凑齐五大家族重启寻宝之旅，潘俊开始劝说同样父母失踪的燕云，为师父下落忧心忡忡的子午一起找到五大家族守护的宝藏，但是现在五大家族没有水系的下落，潘俊的计划只能搁置。
燕云，燕鹰，子午在潘俊的说服下，决定加入五族的寻宝之旅，由于传说中说只有凑齐五大家族的秘宝才能找到宝藏，火系秘宝“墨玉”，土系秘宝“神匙”在手，于是潘俊开始四处打探水系秘宝的下落，水系秘宝玄冰古铁外表像是青铜器，于是子午燕鹰找遍拍卖行，燕云潘俊在琉璃厂也同样没有下落，雷火却发现在城内要举办一场先秦文化展，其中展览的文物中竟然有水系秘宝。潘俊一行人费尽周折潜入博览会，发现了真正的水系秘宝，潘俊还惊奇的发现了展会中有自己父亲的书册，而负责展会安全的探长方儒德说自己可以通过关系把水系秘宝和书册给潘俊，不过他需要用虫草堂来交换，潘俊为了能让寻宝顺利，答应了方儒德的条件。
潘俊一行人按照方儒德的要求来到火车站仓库来交换水系秘宝，发现这文物博览会根本一场阴谋，时淼淼等待潘俊，燕云，燕鹰，子午全部聚齐后带着亚兴会杀手把大家全部围攻，时淼淼承认，自己把五族后人引来，就是为了手刃潘俊一行人，是为了给亡母复仇。混战之中，子午把燕云救走，但潘俊却落入淼淼手中，火车站外，欧阳雷火带着潘璞和燕鹰也在亚兴会杀手围攻下负伤逃亡，本来也要加入寻宝的金顺看到时机不对，落荒而逃。
公馆中，潘俊和淼淼的感情愈发暧昧，时淼淼复仇的决心日益瓦解，她也逐渐希望调查清楚当年真相，但松井尚元彻底把潘俊当做了必须除去的眼中钉，只是为了淼淼所说的得到土系和火系秘宝，不得不留着潘俊的性命。
燕云和子午得知水系灭门真相后，同意和时淼淼交换潘俊。交换人质当夜，燕云子午给淼淼道歉，恳请她的原谅，淼淼认识到潘俊一行人的善良，于是冒险放走了潘俊一行人。在潘俊的打动下，时淼淼决定离开雅信会，和潘俊、燕云、子午一起逃亡。淼淼复仇失败，又没得到秘宝，松井尚元步步紧逼，要将潘俊一行一网打尽。雅信会制药厂的代表罗秀赶来，他告知松井不许伤害到子午，因为子午是打开虫族宝藏重要的实验体，北周城鼠疫爆发也是因为亚兴制药做实验导致的病毒泄露导致了传染病。雅信会的目的就是得到虫族宝藏。
欧阳雷火、金无意、潘璞三个老前辈为了保护五大家族下一代的安全，他们把潘俊一行人送入地下枯井躲避后，和雅信会杀手展开了生死对决，最终老前辈们炸毁集芳坞，和雅信会杀手同归于尽。潘俊等人却发现枯井下方就是历代金系家族的试炼之地，段小娥深的爷爷的真传，带领潘俊等人渡过了其中艰难险阻的机关。还看到了地宫中对于虫族宝藏的预言，预言虫族宝藏将在最近一年内开启。雅信会杀手马上要涌入地下抓捕潘俊，但金素梅却以破坏祖宗墓室的奇怪名义终止了手下的抓捕，她心心念念都在担心燕云姐弟的身份和安全。
燕云，燕鹰发现了子午的宠物蜘蛛神农，找到了子午和金素梅所在的恒丰宾馆，但金素梅的手下已经把子午羁押，姐弟二人没有发现这位金老板的任何异常。数九寒天，而金素梅装作大善人和他们偶遇，带他们住进豪华的恒丰宾馆，此后潘俊探查出金素梅是亚兴会制药厂股东身份，准备潜伏在她身边静观其变，一者要找到子午，二者要找到河洛石下落。潘俊淼淼负责寻找河洛石，他们二人在薛氏铸造之地打探金顺消息，二人的行踪被世代守护河洛石的薛家人掌控，而金顺忽然现身，让潘俊淼淼得到他的行踪。燕云姐弟则希望跟踪金素梅得到子午的下落，二人却没想到金素梅对他们热情招待，嘘寒问暖，去外贸商行帮姐弟购买过冬的冬衣。
潘俊几人全部被金顺引入了薛家的领地千虫祭坛，而潘俊对于丰臣俊的阴谋还一无所知。千虫祭坛是虫族世代祭祀之地，潘俊等人在路上发现此处山势巍峨，还留下了许多虫族先人打斗后的战争痕迹。燕鹰决定下山向金老板求助，留在山上的潘俊一行人逐渐走向了群山深处。误入薛氏领地的潘俊果然让薛氏的祭祀薛子风派人跟踪。求援的燕鹰却得到了惊人的线索，金素梅在二十年前和自己所在的五大家族有深刻的仇恨，金素梅流亡海外，回来就是借助亚兴会的势力来复仇五族，而且，金素梅是燕云和燕鹰两人的生母。燕鹰金素梅母子在这种情况下相遇，因为此前亚兴会对五族的赶尽杀绝，燕鹰无法面对自己的母亲。
潘俊一行人在群山之中，找到了河洛石的藏匿之地，刚要得到河洛石之际，薛子风代表薛家人捍卫河洛石，要杀死闯入祭坛的潘俊。此时，金素梅在燕鹰求助下，让自己的心腹干将罗秀稳住薛家人，帮助潘俊一行人在战乱中逃生。丰臣俊和自己的合伙人金素梅汇合，丰臣俊此时急切要打开虫族宝藏，对细菌实验的热情达到极致，毫不顾忌燕鹰兄妹的安慰，这令金素梅对他开始心生嫌隙。大难不死的潘俊一行人重回恒丰宾馆，心事重重的燕鹰无法面对自己的同伴，他没办法告诉大家自己是雅信会盗宝者金老板的儿子。潘俊等人探索出薛氏一族的真正身份，他们也是虫族分支，薛子风是他们的首领，隐藏森林里，多年保护河洛石，而阴阳道一直要用河洛石打开宝藏。
潘俊发现薛家小姐薛晴的病状非常奇怪，呼吸正常，面色红润却就是昏迷不醒，身体周围还散发出奇怪的香味，潘俊仔细观察周围陈设，发现地植物全部枯萎，小姐不是生病，而是意外被人投毒，这是一种少见的寄生虫，让薛晴一直昏迷不醒。潘俊利用自己的医术，找到病灶，薛晴的病情有了起色。谁知金顺趁机把河洛石盗走，薛家失守，丰臣俊和金素梅得到河洛石，丰臣俊却不履行盗来河洛石就为金顺解蛊的承诺。
薛晴的出现说出了当年薛家和阴阳道的恩怨，当年阴阳道绑架了薛家的族人和薛晴的爱人薛子墨，薛晴主张把河洛石给阴阳道先救回族人，但薛子风认为，如果河洛石给了丰臣俊，虫族宝藏一打开，死伤无数，坚决不能交换，两人争执不休，薛子风为了恪守族规，出手给薛晴下毒，然后抗衡阴阳道多年，薛晴一直埋怨是薛子风害死了自己的爱人，薛晴假意把薛子风处以极刑，实则把他逐出薛家。潘俊则和薛晴达成盟约先找回被金顺盗走的河洛石。燕鹰装作接近母亲金素梅，他在制药厂四处打探子午下落，金顺恰好闯入制药厂落入丰臣俊手中，淼淼为了保护女工，也被丰臣俊所抓。
潘俊，燕云，小娥，狱中金顺虫族齐心，决定假造秘宝铤而走险，救出淼淼。没想到丰臣俊发现秘宝是假，计划中断，薛家少主薛晴用河洛石和自己保住了潘俊一行的生命。混乱中，金顺战死，丰臣俊的心腹用暗器把燕鹰打成重伤，痛心疾首的金素梅不顾一切的要救回儿子的生命。虫族的节日千虫祭祀在即，阴阳道首领丰臣俊决定取而代之薛家，主持祭祀。而重伤的燕鹰性命垂危，精通医术的丰臣俊表面上救燕鹰，实际上给他用了容易上瘾的吗啡，金素梅见到儿子陷入痛苦，金素梅激动之余，小娥得知了燕鹰和金素梅的母子关系。
但在潘俊领导下，五族后人前去雅信会制药，要把陷入痛苦的燕鹰救回，金素梅看到潘俊一行人不畏惧死亡，面对燕云对自己的误解和质问，她同意让燕鹰回归到好友兄弟的身边，燕鹰最终戒掉毒瘾从鬼门关走了回来。潘俊为首五族后人联和薛子风，众人要详细计划要把薛家的少主薛晴救回。大家知道，祭祀当日，丰臣俊为首的阴阳道一定会对千虫祭坛严防死守，另一方面，子午的安危也让人焦急。而薛家老宗主薛贵的病情在潘俊的帮助下逐渐稳定，时淼淼知道薛贵曾经参加过二十四年前的寻宝，她恳求老宗主告知自己母亲过世的真相。
潘俊计划兵分两路，自己和淼淼带领薛家众人赴约丰臣俊，他要趁机去千虫祭坛救回少主薛晴，同时，在很危险的情况下，河洛石也必须取回。而燕云，燕鹰，小娥三人要趁着丰臣俊倾巢而出的机会，把子午从丰臣俊的狱中救出，狱中还关押着许多被丰臣俊抓去的女工，这些女工和子午一样，被丰臣俊用来做实验，试图能找到一个人能穿过虫族宝藏外的瘴气，打开虫族宝藏。千虫祭祀上，潘俊和丰臣俊生死对决，薛家人和人丰臣俊的手下都伤亡惨重，在薛晴危亡之际，没想到潘俊趁机用多味中药唤醒了潜藏在冰虫，丰臣俊遭受了冰虫的攻击，潘俊趁乱得到河洛石，但是薛子风为了拯救族人壮烈而死。
潘俊一行人及时赶到，释放出急剧降温的液氮，将丰臣俊彻底冰冻在实验室内，使得细菌灭活，彻底解除了沈城的危机。潘俊一行人决定前往巴颂城，前往父辈们曾经到达的巴门山宝藏中，他们距离虫族宝藏的秘密越来越近。金素梅也要前去巴颂，她的目的是找火系家族的大家长欧阳雷云复仇。金素梅是前清贵族，和燕云燕鹰的父亲相爱，背叛家族，为了虫族寻宝，把家中河洛石献出，但是以燕云爷爷欧阳雷云，潘俊父亲潘颖轩为首的五大家族寻宝失败，自相残杀，却把这罪责归结在金素梅故意献出假的河洛石上，导致金素梅和燕云燕鹰母子分离。
众人途径镇上，没想到，军阀万朝宗的儿子万虎山，将要来巴颂城走马上任，他纨绔风流，挥金如土，意在宝藏。万虎山装作迅速被燕云的美貌与身份吸引，对燕云穷追不舍，更是知道潘俊的一行人的身份，他要不惜代价得到虫族五大家族的秘宝。在逃窜中，淼淼为了保护大家而负伤。潘俊几人混上一辆货车，车主人斯文唠叨，一副知识分子打扮，名字叫乔治，是英国归来的昆虫学者，带着科考团赴巴颂城考察。深山中的猎户把从巴颂原始森林中收集来的泥土、河水、昆虫样本交给乔治，对方给了他很高的报酬，还有从国外带来的细粮、罐头。
