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锦衣卫褚思镜隐藏身份前往辽东调查出现的怪病，当地千总派鞑官伯颜随行。两人深入宁海堡，发现病患虽是风寒症状，但身上却有鳞片化症状。褚思镜调查中发现行踪诡异的乌暮岛民，于是连同伯颜凫水潜入乌暮岛。
褚思镜发现乌暮岛上也有身上出现鳞片的病患，他们被带到岛上长老邱芷处，邱芷一口认定岛上不存在病患，但褚思镜坚持调查。入夜，褚思镜在一个小疯子贺六浑的引导下遇见了怪物，还有一个知道自己姓名的小女孩沈淙。
褚思镜要将有怪物一事上报，却遭伯颜阻拦，此时村民追捕，褚思镜保护沈淙离开，伯颜被擒。褚思镜欲乘舟离开乌暮岛，却遭怪物突袭，女孩被怪物留下，而他被卷入海中，所幸一艘战舰将他救回宁海。在杨瓒的斡旋下，褚思镜答应与女船长安杰丽卡一同重回乌暮岛调查。
褚思镜与安杰丽卡上岛调查，却遭怪物屠戮，安用计谋擒住怪物。在安带走怪物后，沈淙恳求褚思镜救出怪物，并道出怪物是自己亲人。此时百总雷燧出手袭击褚思镜，沈淙拦下雷燧。海上，离开了乌暮岛的战舰遭遇一伙黑衣人的袭击，他们以全军覆没为代价放走怪物，而战舰也被破坏，沉没于海中。
褚思镜在岛上与雷燧对峙，褚思镜道出来岛上调查的目的就是寻找失踪多年的弟弟，两人谈话被村寨中病患的发病打断，褚思镜回到废弃村寨调查后猜测，一直追击他的怪物就是当年兵败后回到乌暮岛的把总沈让。 伯颜深陷村民哗变危机，为了保护村长，沈让当着村民化身怪物阻挡进攻，被村民群起而攻，众人逃往废弃村落。 褚思镜在弟弟给自己留下的书信中找到线索，在小疯子贺六浑的带领下来到了海边旧庙。
中毒昏迷的褚思镜被邪恶组织“横公”带入基地，雷燧却被当场杀害。褚思镜被灌下混有鱼虾精华的蓝水，意识模糊间发现横公首领居然是岛上最年轻的长老贺子礁。失踪的沈淙也被贺子礁找到并灌下蓝水，通过观看褚思镜与怪物的搏斗刺激她觉醒操控怪物的力量。这一切被从海中捡得性命的安杰丽卡在眼里。
宁海堡中病患也开始出现各种变异，徐宗器囚禁杨瓒封锁消息。 褚思镜发现自己喝下蓝水后也开始长出鳞片，于此同时也获得了超凡的力量。褚思镜与安杰丽卡握手言和，决心回到病村与伯颜汇合，一同解决横公这个麻烦。 沈淙成为贺子礁控制怪物的傀儡，在沈淙的影响下，内部病患和外部怪物同时冲击病村。
沈让再度兽化阻挡怪物进攻病村，众人联手击退怪物，追击而去的褚思镜目睹沈淙能力，却发现自己也在无形中会被能控制怪物的她所控制。长老邱芷溘然长逝，褚思镜转告众人自己所见，病村众人士气大伤。在褚思镜的坚持下，沈让吐露出两年前的往事。
两年前，褚思镜弟弟褚思钰代替哥哥来到乌暮岛调查，发现横公教徒的种种诡异行踪，为了破坏祭祀仪式，褚思钰与邪教首领苏沐冉同归于尽，而失去妻子苏沐冉的沈让组建起守卫岛屿的黑鹮。得知一切的众人对沈让敬佩不已，当即决定派伯颜回宁海求援，而剩下的人一同守护乌暮岛。
安杰丽卡想要提前杀掉患病村民，但被褚思镜阻止，此时沈淙控制着三只怪物向病村袭来，褚思镜殊死抵抗，而沈让则选择独自寻找沈淙下落。村庄无法抵御怪物入侵，而关押病患的仓库也被破，众人逃入地窖。 沈让见到女儿失去理智模样，决定彻底兽化，以重伤的代价杀掉保护沈淙的怪物。在沈淙面前断气的沈让让沈淙短暂恢复理智。
众人在地窖中撑过惊心动魄的一夜，伯颜援军及时赶到，援军首领唐安与褚思镜找到了被沈让击昏的贺子礁及沈让的尸体，唯独不见沈淙。唐安审问贺子礁时方才发现原来幕后黑手另有其人。众人匆匆赶至，发现真正的幕后黑手居然是一路与他们同行的小疯子贺六浑。贺六浑带着沈淙前往深海中唤醒海底的怪物，褚思镜等人架着一叶扁舟尾随出海。
褚思镜等人在海底溶洞见到真正的始作俑者，怪物化身为褚思钰的面目与褚思镜交谈。原来先前一切都是幌子，不过是与褚思钰融合的怪物要将褚思镜骗来此处所布下的局，一旦褚思镜也与之融合，那么百姓将陷入水深火热之中。褚思镜以自己性命为要挟，将其余人送出，最后褚思镜选择自我牺牲，换取了整个事件的平复与伙伴的安全。
