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沈黙の艦隊
一艘海上自卫队潜艇与一艘美国核潜艇发生碰撞，导致包括舰长海江田四郎在内的76名船员全部遇难。但事实是这些船员并没有死，这起事故只是个幌子，目的是让该艘海上自卫队潜艇的船员登上日本和美国政府秘密建造的高性能核潜艇海蝙蝠号。 然而海江田却在给海蝙蝠号装载核导弹后，突然叛变逃跑了。
海上自卫队潜艇山波号与一艘美国核潜艇发生碰撞，导致包括舰长海江田四郎在内的76名船员全部遇难。海上自卫队常规潜艇立波号的舰长深町洋对该起事故产生了怀疑，并着手分析了碰撞发生时的记录数据。
被海江田劫持的最先进核潜艇海蝙蝠号在美国第七舰队面前浮出了水面。此前，视海蝙蝠号为恐怖主义威胁的美国第七舰队集结起来，正准备将其击沉。而就在此时，江海田发表了一个惊人的声明。
在海江田发表声明后，美军的行动陷入了停顿，深町的常规潜艇立波号也抵达了双方对峙的海域。为了阻止海江田，深町登上了海蝙蝠号。
海江田终于开始与美军交战。第七舰队的三艘核潜艇向着海蝙蝠号步步逼近。与此同时，日本政府正在准备与美国总统贝内特举行首脑会谈。内阁官房长官海原涉出面协调统一内阁的意见。
日美峰会正式举行，但两国均不愿承认对方的主张。与此同时，由沼田率领，奉命护卫海蝙蝠号的海上自卫队第二舰队遭到了美国第三舰队的反潜导弹攻击。
结束与美国第三舰队的战斗后，海江田来到了东京湾，与日本缔结联盟。日本政府向公众公布了以绝密的海蝙蝠计划为开端的一系列事件。
海江田现身大会现场。媒体向全世界播报了日本与独立国大和的结盟谈判。大会刚结束，贝内特总统便将大和定性为恐怖组织，并下令将其摧毁。
停靠着大和的海上自卫队南十字星号浮动船坞在美军的攻击下开始下沉。大和尝试在船坞沉没前逃出生天。冒险为大和护航的立波号开始下沉。
