...
能哭的地方，只有厕所，和爸爸的怀里。
在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但希望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 第一季为主角和女主角们之间所发生的事件，第二季After story为主角在中学毕业之后，与渚共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，《CLANNAD》就是由这三个要素所组成的故事。
第2学期开学了，朋也这些高三学生也必须开始决定毕业后的出路。但是朋也依旧不知道以后想要做什么，仍然继续寄住在渚家。此时，秋生突然说要跟隔壁城镇的商店街球队进行一场棒球比赛。
春原到现在还是没有决定好毕业后的出路，替哥哥感到担心的芽衣，决定暂时寄住在古河家，顺便观察哥哥的状况。为了让芽衣放心，朋也建议春原去找一个假的女朋友，两人因此开始寻找愿意假扮成春原女朋友的女孩子。
春原的女朋友最后决定由早苗假扮，两人也定好了约会的日子。没有发现早苗真实身份的芽衣虽然觉得很诡异，但还是决定前往一探究竟。另一方面，春原真的以为早苗是渚的姐姐，当他看到早苗做出宛如真正情侣般的举动时，更是乐到不行。
虽然朋也与芽衣联合起来骗春原，但春原却一点反应也没有。芽衣看到哥哥变成这样，她认为「只要让哥哥再开始练足球，他一定会恢复得跟以前一样帅气…」。朋也听到芽衣这么说之后，他仍认为春原回到足球社的可能性相当低。
朋也与渚来到宿舍探访春原，但他们却看到春原仍一如往常地遭到美佐枝的修理，原因是春原打算擅自卖掉美佐枝的猫咪。虽然这只猫咪并没有名字，但不知从何时开始它就一直待在美佐枝身边。
志麻今天也在学校门口等着美佐枝，但美佐枝因为之前发生的事而请假没来上学。当由纪和沙纪从志麻的表情得知美佐枝失恋的事之后，要求志麻代替他们两人去安慰美佐枝。
朋也、渚、春原三人来到资料室找有纪宁，有纪宁也一如往常地招待他们三人。此时，突然有个受伤的男人跑了进来。虽然朋也等人完全搞不清楚状况，但有纪宁仍帮这名男子包扎疗伤。这名男子似乎是有纪宁的朋友。
因为须藤等人的争执，让有纪宁最近显得有点睡眠不足。据说如果头靠在别人的大腿上睡觉，就可以睡得很熟。当渚得知有纪宁小时候常常靠在她哥哥大腿上睡觉，她便提议由朋也来帮有纪宁这个忙。
学校开始举行三方面谈，三年级生也必须决定毕业后的出路。渚并不打算继续升学，想要直接出社会工作。当朋也被渚问到毕业后想做什么，朋也也只是顾左右而言他，甚至不参加面谈。另一方面，杏与其他话剧社成员则是已经决定好毕业后的出路。
朋也将渚留在学校，一个人毕业了。但是他在毕业后却没有继续升学或就职，秋生与早苗因此征询朋也是否有意愿在古河面包店工作，朋也也欣然接受两人的提议。天气变暖之后，渚的身体也好了起来，她即将第三度展开高三的生活。
朋也开始工作了，虽然他每天在芳野的严格指导下而感到相当疲累，但仍非常努力。渚由于放不下心，每天都会来看朋也工作的模样，朋也也很关心渚的状况。「渚就陪在自己身边」，这就是朋也现在最重要的心灵寄托。
当工作渐渐上手，与同事相处得也越来越融洽后，对朋也来说公司等于是他另一个全新的属于自己的地方。虽然渚在一旁体贴地守护着朋也，但唯有一件事让渚仍放不下心，那就是朋也的父亲，可是朋也仍不愿意谈与自己父亲有关的话题。就在此时，朋也在公司老板的介绍下，得到了一个待遇更好的职缺的面试机会。
朋也来到古河家拜访，朋也对早苗表示很抱歉因为父亲的事造成他们的困扰，但早苗仍温柔地迎接朋也的来访。看到早苗依旧如此关心、如此温柔地对待自己，让朋也再次觉得相当感激。另一方面，朋也是明明有事要来跟他们说，但秋生却完全不听朋也说话，还要求朋也与他来一场棒球对决。
朋也与渚开始了两人的生活，他们彼此扶持、协助。渚为了想要帮忙家计，要求朋也让她出去找工作。虽然朋也很担心渚的身体，但渚仍坚持不想让自己一直都是这么软弱。
朋也与渚之间传出了一个好消息，虽然秋生与早苗也都表示祝福，但这也让朋也再次感到自己的责任之重。时间不断地飞逝，朋也与渚也忙着过每天的生活。
最近早苗在白天会一直陪着渚，秋生来探望的次数也变得频繁，大家都想要尽可能地帮助渚度过难关。朋也也将他不安的心情隐藏起来，努力地完成自己的工作。某天，朋也问早苗是不是很恨他。
早上起床出门工作，晚上吃饱就睡。朋也每天就只是重复着这种身体自然就会去做的事，过着相同的生活。他完全不顾一切只想着工作，为了打发假日时间而花钱，就只像是惯性地活着。
朋也带着汐独自出门旅行，但自从汐出生后他们两人就没有独处过。在尴尬的气氛中，朋也在火车内责备起不断吵闹的其他小孩。看到朋也的这个样子后，汐从座位站起来朝着某处走去。
朋也与汐结束了两人的旅行，回到古河家，秋生与早苗也一如往常温柔地迎接两人。朋也在充满了渚的回忆的房间内，除了对早苗表达感谢之外，同时也对自己过去的行为表示歉意。接着，朋也与汐两人开始一起生活。
虽然还是得仰赖旁人的协助，但朋也彷佛像是想填补过去的空白一般，非常珍惜与汐相处的每一刻。某天，朋也为了跟汐的幼稚园老师打招呼，因此带着汐比平常还要提早出门。他在出门的时候，也对渚说了一声「我们要出门了」。
