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你準備萌芽了嗎？
本剧描述“课辅班的志工与老师”杨清贵与郑丽华师姊，陪伴淡水北投地区弱势家庭的孩子走出自卑不安、度过软弱叛逆的岁月课辅班有个充满生命力的名字“新芽班”。 在孩子的心裡种下小小的种子，期待开花绽放的那天，准备好，跟我们一起发芽。
严谨自律的补教名师郑丽华收到新芽课辅班开班的消息，期待能在这里奉献爱心，帮助弱势家庭的孩子，没想到却遇上不爱上课、对什么事都不在乎的裕文，这让心高气傲的丽华一度想打退堂鼓，热心温暖的清贵却告诉她，裕文母亲猫母有严重精神障碍，父亲不在家，他一个孩子扛起照顾母亲的责任，他感到人生没有希望，这让丽华决定留下来…
清贵到医院陪伴裕文及猫母，得知猫母昏倒前裕文与猫母发生口角冲突，清贵安慰自责的裕文，丽华也在裕文请假期间给裕文讲义，让他在医院也能读书。猫母出院母子俩回到家发现父亲圆头仔回家了！原以为将迎接一家三口快乐的生活，圆头仔竟偷了裕文的班费逃家，裕文陷入谷底，这时好友阿志问裕文要不要去当围事赚钱…
国中生胜安来到新芽课辅班，丽华发现他内心紧绷害怕，身上有伤，原来胜安曾面临家暴，他与母亲阿菊虽然逃家逃离暴力父亲，心里阴影却无法散去，这也让丽华想起过往自己曾被父亲家暴的痛苦回忆，丽华试着以自身经验与胜安交流，让胜安慢慢放下心防，清贵也给予阿菊及胜安母子生活上面的帮助，胜安似乎有好一些，没想到这时候胜安父亲建国竟找上他们…
丽华因家暴阴影，不懂处理亲子关系，与儿子小鱼也为了走艺术这条路发生口角，两人一起在丽华父亲忌日祭拜，丽华试着重新思考亲子关系。胜安不愿原谅建国，但随着胜安生日到来，建国一次次的求情与送礼，让胜安想起一家三口的快乐过往，胜安的心渐渐往父亲靠拢，阿菊为此心急愤怒，母子口角下，胜安一急竟拿刀对阿菊…
胜安认为建国怒吼是病情痛苦，无法理解阿菊不让自己去看爸爸，清贵解释阿菊心里的阴影，也告知阿菊为了胜安去医院面对建国的事，胜安这才谅解阿菊，放弃去看父亲，没想到阿菊却在清贵的劝说下，放下仇恨让胜安去看父亲… 丽华参与小鱼的画展，了解小鱼对艺术的热爱，她终于同意小鱼继续做他喜欢的事，这时裕文的母亲竟传来…
清贵原本想飞去美国看久未见面的儿子，但见裕文伤心消极，清贵忍痛放弃去美国的机会，清贵的儿子有些不谅解清贵，清贵过往忙于工作，一直无法陪伴儿女，这次她还是让儿子失望了… 同时，丽华也在裕文身上，看见自己过往一位同样因丧父而消极的学生明伦，丽华分享明伦的故事给裕文，裕文渐渐重新站起来，可这时裕文姑姑却告知要将裕文家的房子卖掉…
圆头仔回来告知裕文自己会处理房子的事，可是他却再次的让渴望亲情的裕文深陷再一次的背叛，在清贵的帮忙下裕文打起精神，也搬到一间新的租房。一向在班上带头吵闹的姐妹花小萍小安也发生状况，小萍在学校偷东西，小安则得了脑瘤，母亲淑美硬凑了4万的手术费却突然不见了…
小萍阿妈发现4万元不见了，大家都以为是小萍爸爸阿兴为了买毒品回家偷钱，丽华却察觉小萍异状，劝告小萍，小萍得知偷的是妹妹手术的钱几近崩溃逃家，还好清贵找到她，陪伴她面对一切，也让她记起教训，改掉偷东西的坏习惯。原以为小萍已经转好，却没想到在期末圆缘那天…
时光荏苒，几个孩子念大学离开，新学生志伟高分贝的音量响彻新芽课辅班，他好动停不下来，像是一台永不降落的飞机，新老师郑老师在得知他有ADHD后，陪志伟做感统运动，也试着与志伟母亲阿娟沟通，希望帮助志伟静下来，可是不少老师认为志伟吵到其他学生上课，应该让志伟离开新芽班，这让郑老师承受不小的压力，这时她却意外发现，志伟有着过于其他孩子的能力…
在丽华、清贵等老师的坚持下，志伟留在新芽课辅班，郑老师更到志伟家拜访，与阿娟沟通，希望家里能用爱接住志伟，对症下药，让志伟能稳定下来，而果然在家里的配合下，志伟进步许多… 已经高中毕业的胜安在环岛时发生意外，脚无法正常行走，需要很长的治疗时间，被迫休学的胜安顿时跌到谷底…
丽华因C肝身体亮了红灯，并被医生诊断只剩下一年的时间，要不要离开新芽课辅班休息成了丽华艰难的课题。她遇见了一名如刺猬般不理人的学生永康，她与另一名孙老师试着理解永康，让永康慢慢愿意开口，才发现永康在学校被老师嫌成绩差，在家又受到父亲国庆的冷暴力，才会变得如此封闭自己，丽华在永康的父子关系身上看见自己对大儿子子豪严厉的过往…
孙老师安慰被父亲及老师影响的永康，鼓励他条条大路通罗马，永康想要转科到自己热爱的园艺科，永康的爸爸国庆却极力反对，父子爆发冲突… 清贵与晓光师兄帮助劝说国庆，而丽华也分享自身与大儿子的冲突给永康，父子才好好和谈… 丽华重新思考与大儿子的关系，想在新芽课辅班这些孩子身上弥补她过往的错…
