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初音岛
梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，一如既往的过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。到现在朋友白河小鸟，天枷美春，水越真子，杉并都没有变化，除了一个巨大的变化外—— 有一天，一个少女来到初音岛 ，她的名字是艾西亚，为了向纯一的祖母学习魔法特意由遥远的北欧专程赶来 ，可是纯一的祖母已经逝世了，爱西亚失去了唯一的目标。纯一也从祖母那学了能在手心里变出日式小点心这样的小魔法，然而她选择的道路也有了变化。
二年前，永不凋零的樱花树枯萎了，初音岛没有了世外桃源般的景象。初夏温柔的阳光，正在睡懒觉的纯一被后辈天枷美春叫醒。在风见学园里，好友水越真子像往常一样为纯一做便当。所有人都很亲切，纯一像变了一个人一样精力充沛。这样的景象，看似理所当然的一般的日常生活，在这天下雨的夜晚，朝仓家里来了一名少女食客。
这个下雨的夜晚，一名倒银发美少女倒在纯一怀里，她名字叫艾西亚。第二天，艾西亚交给纯一一张地图，老实的纯一和艾西亚一起在寻找那个地方，但纯一和小鸟看不清楚文字标识，怎么也找不到，最终经过分析终于找到是樱的家……
艾西亚就这样住进了朝仓家。并且艾西亚身穿女仆装，艾西亚在纯一的身边照料并且努力学习着，还请求纯一教授魔法。但是，真子不能让艾西亚住在只有一个男人的家里，所以自己将艾西亚带回家，但艾西亚仍然认为这是在修行……
虽说暂时居住在朝仓家，但也不能总挤在一间房，纯一为艾西亚布置好了房间，第二天准备为艾西亚办理风见学园转校手续。但是，艾西亚误认为风见学园是可以学习魔法的地方。第二天，艾西亚迫不及待的跑到了学校，把纯一一个人落在家里睡觉……
艾西亚每天打扮成女仆的样子细心照料纯一的日常生活。这一切，都是为了学习纯一的魔法。然而纯一也只会变出日式点心的魔法。但艾西亚深信纯一是大魔法师，千方百计的让纯一使用魔法。
上学的时候，在鞋柜前地方，纯一听到了惊人的尖叫声。声音是由美春发出来的。大声呼喊的原因就是鞋柜里放了一封信。美春开始心不在焉，一直想着信件的内容而有的幸福感，使自己香蕉都没有了反应。纯一等人对美春收到的这封情书很感兴趣……
两年后的再会，两人本应该充满了幸福，但音梦看到了住在朝仓家的艾西亚便误会了起来。和纯一马上大吵起来，结果音梦到美春家过了一夜。纯一听了杉并说今天的男子身体测量会有音梦负责，纯一坐立不安的担心起来并走出了教室……
在暴风雨的夜晚，外面汽笛齐鸣，纯一冲到雨中寻找再次吵架而跑出去的音梦。但是纯一偶然看到了保健医生昭岛的车里，音梦靠着昭岛的肩膀。第二天，音梦什么事都没有的回来了，气愤的纯一将争吵不断升级。
了解了真正的原因，纯一努力和音梦和好。但是，因为艾西亚的事和过去纯一的奶奶，音梦没有办法释怀。纯一多次试图解释，但对方完全听不进纯一的话。艾西亚想要那样的二人的关系回到原样，正在烦恼的时候，艾西亚邂逅了一名少女……
纯一等人手托着盘子在食堂配餐口排队。之后在那里环变身为巫女姿态，向艾西亚射出名为避邪箭的箭。艾西亚感到很惊人……之后艾西亚从杉并那里听说了环的“幸运的破魔箭”相关的事情，这就环的日本魔法文化，艾西亚开始有了兴趣，并希望成为环的弟子，因此加入了巫女部。
艾西亚上学的时候，一边走一边热衷地看着漫画杂志人气作品。其实，这是彩珠奈奈子执笔的作品。就在那个时候，纯一等人突然和奈奈子相遇了，山羊把她的原稿吃掉了。随后艾西亚和杉并一起准备绘画原稿的环境……
纯一和艾西亚，这天幸好碰到接送爱丽丝上学的车才避免了迟到。纯一和艾西亚从聊天中惊讶地听说了爱丽丝的家乡和艾西亚的家乡一样也是北欧，于是爱丽丝答应了艾西亚以后可以找她来玩。纯一等人去医院接音梦的时候，正好碰到了音梦负责的患者小圆发脾气的场景。为了鼓舞小圆，艾西亚打算和爱丽丝一起表演杂技给小圆看。
从这一天开始，就是期待已久的暑假了。音梦想是时候久违的和纯一过一段只有两个人的暑假，不过，与预想的相反，艾西亚并不打算回到家乡。其实艾西亚已经没有回去的地方了。纯一知道了事情的原因，艾西亚在初音岛有了容身之处和伟大的目标……
纯一企划了一夜的海水浴旅行。音梦等人从前一天就开始买东西并细致地准备着，这一天尽情地享受暑假。相隔了两年的时间，这个夏天音梦终于能够和哥哥纯一在一起了。但相比小鸟，只能在心底里享受着和纯一在一起的幸福感……
从海水浴回来的纯一和音梦，仍旧恩爱幸福着。但是艾西亚觉得这样小鸟和真子就没有那么幸福了。艾西亚下定决心要让大家幸福，因此首先从小鸟和纯一两人之间的关系开始，艾西亚在计划着……
从那之后，看着纯一和音梦交好的样子，艾西亚一直烦恼着，那样的景象让她无法释然，艾西亚对纯一感情萌芽了。但小鸟等人都很幸福，都希望纯一能够幸福。找不到答案的艾西亚很苦恼，美咲开始幸福地述说着喜欢纯一的事。
这天艾西亚和往常一样在朝仓家做事，为了纯一而拼命努力。但是也屡次失败。和音梦相比，音梦好像可以读懂纯一内心的想法似的。这让艾西亚感到不可思议，于是艾西亚也跟着纯一和音梦的约会，还准备了追踪记录计划……
真子和萌等人大清早传来了一个话题。美春说看到了成长为性感丰满可爱的樱。听到这话的纯一和音梦，马上和大家出去寻找樱，运用歌丸这个和樱很熟的探测机，开始在初音岛中寻找起来……
樱没有任何通知，突然回到了初音岛。听说樱是芳乃婆婆的孩子，艾西亚感到了无比的兴奋。虽然回到了初音岛的家，但芳乃家已经两年没有打理了，到处破破烂烂的。于是，樱住的地方，大家就一起去做扫除和修理了。
樱回来了，艾西亚因终于可以学习魔法而感到喜悦。但是樱并不打算教授魔法给艾西亚。艾西亚被冷漠地拒绝打击到了。而且纯一也没有说明樱不教授魔法以及樱和让樱花树枯萎的原因。艾西亚迫切想要知道两年前的事件……
