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在现世，虚渐渐消失，尸魂界技术开发局观测到了这一点，变得骚动不安。与此同时，在空座町，新任的担当死神行木竜之介和斑目志乃一到就遇到了虚。两人对突然袭击毫无办法，陷入困境。救助他们的是死神代行黑崎一护和他的伙伴们。第三天，恢复意识的竜之介与一护交流时，一个戴着面具的男子出现在他们面前。另一方面，在尸魂界也发生了异变。
通过龙之介的传令神机，一护他们听到了关于神秘入侵者袭击尸魂界事件和其巨大损失的消息。尽管场面解散了，但不安的一护在巡视镇内时，曾经一起行动过的破面，奈尔·图和佩奇·加蒂谢从虚圈来了。虚圈也被身份不明的敌人攻击，两人向一护求救。当一护他们向虚圈进发时，出现在他们面前的是浦原喜助。
在浦原喜助的指导下，一护他们到达虚圈，与敌人指挥官基尔格·奥皮对峙，并知道了他的真实身份是灭却师。同时，在尸魂界，護廷十三队的队长们接受了十二番队的调查报告，得出了相同的结论。总队长山本元柳斎重国在先前的袭击中被告知5天后开战，他命令所有队长为敌人再次到来做好准备。另一方面，率领“看不见的帝国”的尤哈巴赫在黑暗中露出不屑的笑容……
尸魂界灭绝战争由“看不见的帝国”发起。在瀞霊廷内，许多巨大的灵子火柱升起。護廷十三队允许敌对势力星十字骑士团入侵廷内，情况迅速恶化，造成了巨大的牺牲。队长级别的死神加入前线，但攻击无法击中敌人，战况并未好转。朽木白哉和其他队长们决定为了改变局面而使用卍解……
当死神们听到一护正在赶来救援的消息时，他们感到安心。但是，在黑腔中，一护被基尔格·奥皮的能力所困。与技术开发局的通信似乎也中断了，这时，死神们的声音传来。在充满愤怒、悲鸣和绝望的声音中，一护听到了……另一方面，朽木白哉面对夺走他卍解的埃斯·诺特，接受了先手，并命令阿散井恋次从战斗中判断敌人的能力。
经过千年的时间，山本元柳斎重国和尤哈巴赫相遇。纳纳纳·纳贾库普、埃斯·诺特、巴兹比也聚集在一起准备参战，但被元柳斎一击击飞。尽管部下在眼前被击退，但尤哈巴赫的态度不仅没有动摇，反而蔑视地认为他们愚蠢。元柳斎断言他和过去一样没有改变。尤哈巴赫满怀信心地拔出刀，面对元柳斎……然后，死神们察觉到了瀞霊廷发生的异变。
站在山本元柳斋重国面前的尤哈巴赫是假的。真正的尤哈巴赫出现后，一击就将元柳斋两断。京乐春水和浮竹十四郎察觉到了情况，感到无与伦比的战栗。尤哈巴赫讲述了護廷十三队和元柳斋如何改变。尸魂界被星十字骑士团彻底蹂躙。瀞霊廷被摧毁，崩塌。在绝望充满的情况下，在瀞霊廷上空，一股强大的灵压奔腾。
在瀞霊廷各处，星十字骑士团消失后，人们正在努力救治伤员。一护去看望接受治疗的恋次和露琪亚，被涅·玛丽莉召唤，接受了关于卍解被摧毁的解释。听到这个消息后，一护感到震惊，玛丽莉带着他去了一个地方。護廷十三队的队长们聚集在一起等待从上空的灵王宮来的“零番队”。
一护被零番队带到了灵王宮。在麒麟殿，他接受了麒麟寺天示郎以意想不到的方式进行的治疗。效果非常好，一护的身体伤口愈合了，他和恋次一起前往臥豚殿，曳舟桐生那里。那里又有意想不到的“招待”在等着他们两个……与此同时，在瀞霊廷，被任命为新总队长和第一队队长的京乐，在中央四十六室前提出了一个计划。
在尸魂界·真央地下大监狱最底层的“无间”，交剑的是摘下眼罩的更木剑八和初代“剣八”卯之花八千流，也就是卯之花烈。在激烈的斗剑中，两人回忆起在流魂街初次相遇并交锋的那一天。然后卯之花看到了剑八在战斗中感到快乐的力量所隐藏的某个真相。另一方面，灵王宫的一护和恋次正前往凤凰殿。那里等待着他们的二枚屋王悦是“创造斩魄刀的男人”……。
一护被王悦判定为「不合格」，被赶出灵王宫，醒来时发现自己在现世的家门口。一護因为没有脸面去见伙伴和父亲一心而逃走，依靠在鳗鱼店打工的地方。一心以死神的身份出现迎接这样的一護，告诉他如果不了解自己，就无法治愈折断的卍解，并开始讲述过去。揭示了一護父母相遇的经过和母亲真咲的真相。那天也下着雨。
护廷十三隊·十番隊隊长志波一心没有向总队长报告他在现世与灭却师·黑崎真咲的相遇。一心决定再次去见真咲。另一方面，真咲因为作为灭却师却帮助死神，被石田竜弦的母亲·依澄严厉责备。竜弦试图保护真咲，但突然，真咲的身体发生了异变。竜弦挣脱依澄的制止，抱着真咲飞出家门。这时一心出现了……。
流淌在他身体里的，是死神和灭却师的血液。一護知道了自己出生的真相，下定决心，决定回到尸魂界，再次前往凤凰殿。另一方面，在尸魂界，死神们正在为下一场战斗做准备。有人从基础开始重新锻炼，有人寻求新的力量。每个人都在向前看，努力做到现在能做到的事情。一護和浅打一起继续前进，但王悦告诉他，在这里他将与「斩月」告别。
一护试图从灵王宮返回瀞霊廷，但兵主部阻止了他，认为他现在无法击败尤哈巴赫。另一方面，在看不见的帝国，星十字骑士团站成一排，尤哈巴赫进行了“继承人”的指名。出现在讲台上的是这个世界上幸存下来的最后一个灭却师——雨龙。骑士团内部突然紧张起来，不满意的巴兹比无法掩饰地向哈希瓦尔特发难。雨龙本人也向尤哈巴赫提出了问题。
瀞霊廷消失了。由于尤哈巴赫的“世界末日9天”，星十字骑士团侵入了被影子领域吞没的瀞霊廷。出现在京乐面前的哈希瓦尔特说，他接到命令“立即消灭全军”，死神们被敌人蹂躙。在这种情况下，圣兵在巴兹比的带领下攻击，日番谷和乱菊挡在了他的面前。失去卍解的日番谷将如何对抗巴兹比的火焰呢？
仓都出现在巴兹比面前，试图用卍解·大红莲冰轮丸刺杀日番谷。其他队士也在各地被敌人的攻击所迫使处于劣势。这时，浦原的通信进入了技术开发局的马由理处。浦原根据与基尔格的战斗中获得的信息，在虚圈中寻找夺回卍解的方法。天挺空羅的呼唤，也传到了与BG9对峙的砕蜂·大前田希千代那里。
队长们取回了卍解，形势似乎逆转。但是，星十字骑士团释放了灭却师·完圣体的力量，进一步追击死神们。平子真子凭借逆撫的力量在优势地战斗，但被班比埃塔的爆炸击倒，这时身穿盔甲的狛村左阵回来了。另一方面，与京乐静静对峙的哈希瓦尔特开始行动，试图打破战况的僵局，但伊势七绪准确地阻止了他的攻击，并称赞了她的技术。
被敌人击败的死神。死亡和受伤人数不断增加，现在护廷十三隊的战力已经下降到不足30％。作为总队长，京乐的指示本向各地的队长，以重新建立阵势。另一方面，倒下的桧佐木修兵、斑目一角、绫濑川弓亲被六车拳西代替进入与马斯库林的战斗，但他对手感的缺乏感到失望。凤桥楼十郎也一起赶来，但没有出场机会，只能静观其变。然而，意识恢复的桧佐木拼命警告。
一护在灵王宮完成修行后，听说灭却师已经开始入侵，立刻飞出去。在降落到瀞灵廷的过程中，一护通过与浦原的通信告诉他自己一定会想办法解决问题。与此同时，带着雨龙来到银架城的处刑场的哈希瓦尔特毫不留情地处决了失败的仓都和BG9，并开始谈论友哈巴赫是什么样的存在。另一方面，面对“恐怖”的露琪亚毫不畏惧地挥舞着袖白雪。
拳西等人正在接受勇音和八千流的治疗，他们遭到了灭却师·格韦纳埃尔的袭击，他拥有自如消除对方关于自己的记忆的能力。八千流等人一次次“初次见面”，但八千流凭借本能和反射向看不见的敌人还以颜色，拔出斩魄刀开始解放并发动进一步攻击。她的解放能力让勇音感到惊讶，也逼迫格韦纳埃尔不断后退。但就在这时，另一个敌人悄无声息地出现在结界内。
