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鉄腕バーディー DECODE
宇宙联邦搜查官巴迪·希冯为追寻神秘大规模杀伤武器「伦加」而来到地球，但在一次搜查行动中，却误把地球少年千川勉的身体组织破坏。巴迪惟有用自我的躯体暂时安置功的精神意识，在功的身体复原之前，他们俩过上了“二心同体、吴越同舟”的共同生活。而随着时间的推移，地球正面临着巨大的危机当中，他们要怎么化解这场浩劫？……
琉卡引发的东京湾怪光事件后过了几个月。巴迪和勉的“二心同体”生活依然持续着。某天，巴迪接到了任务。据说引发琉卡事件的犯人们逃往了地球。任务是找出他们并逮捕。在调查途中，巴迪遇到了一位怀念的人物……
巴迪为与童年时如同兄妹般总是在一起的纳塔尔重逢而高兴。但有位少女对两人的样子感到不快。那是翔子。她是琉卡事件中死亡的纳塔尔挚友的妹妹，自己也在琉卡事件中受伤住院。另一方面，巴迪推进调查，终于追查到一名逃犯，但是……
琉卡事件时，六本木一带化为废墟。前来采访避难所的是早宫率领的报道研究会临时成员。出现在他们面前的，是名叫玛丽娜和拓海的两个孩子。他们说可以带路参观避难所，其实是为了赚取导游费。另一方面，勉在避难所内的诊所里发现了纳塔尔的身影……
逃犯们的逮捕依然困难重重。岂止如此，巴迪一抓住线索追踪过去，犯人必定已被某人杀害。对这种猫捉老鼠的状况感到焦躁的巴迪，决定采取强硬手段。她审问了密售能变身为地球人的伪装芯片的卖主，想得到与犯人有关的线索，但是……
误以为巴迪在杀害同伴的逃犯们，为了引诱巴迪前来反击而绑架了伊尔玛。巴迪前往指定地点夺回伊尔玛，但军出身的加托尔从远处的大楼用瞄准镜瞄准了她。巴迪一边承受攻击，一边设法成功夺回了伊尔玛，但是……
由于加托尔攻击造成的伤害，巴迪和勉几乎要发生精神融合。为了阻止巴迪的精神消失，勉决定潜入巴迪的意识深层。在那里，出现了幼年时期的巴迪，她虽然身处迫害阿尔塔人的风潮中，却与作为养育者的提线木偶·小提琴过着平静的生活……
克里斯泰拉·雷比所引发的“阿克拉巴尔悲剧”。追悼牺牲者的仪式即将在中央塔举行。仪式正要顺利进行时，突然响起巨大的爆炸声，塔开始崩塌。恐怖袭击再次发生。陷入极度混乱的塔中，小提琴和巴迪也在那里……
因琉卡事件失去哥哥的翔子，其亲戚提出愿意收养她。不想离开纳塔尔身边的翔子想找他商量，却目击到巴迪与纳塔尔亲密相处的情景，深受打击冲出医院。巴迪和纳塔尔四处奔走寻找翔子。不想被抓住的翔子，把两人耍得团团转……
在莫斯的攻击中，纳塔尔隐藏的“力量”觉醒了。虽然当场逃过一劫，但在医院再次遭到莫斯袭击的纳塔尔消耗到无法站起，被藏匿在室户的公寓中。领悟到自己所剩时间不多的纳塔尔，决心从室户、翔子和巴迪面前离去……
逃犯们从美国海军舰艇上偷走了一件核武器。之后，特塞拉告诉他们，她不会再与他们联系，并希望继续作为地球人生活下去。另一方面，纳塔尔从室户的公寓消失，巴迪因他的离去而消沉。勉为了鼓励巴迪而奔走……
学园祭开幕，早宫发表了关于灾难难民的作品。纳塔尔找到并重创了加托尔，随后与莫斯一起逃走。莫斯希望与雷维做交易，但被拒绝，于是决定与纳塔尔决一胜负，无论输赢。
追寻真相、挑战最后战斗的巴迪、勉，以及纳塔尔。等待着他们的将是……
