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血色星期一
平安夜的俄罗斯极寒之地，神秘女子折原玛雅从神秘组织手中夺取致命病毒 “圣诞虐杀”，其目标直指日本。为应对危机，日本警视厅成立秘密调查小组 THIRD-i，因需破解间谍留下的暗号，他们找到 18 岁的天才黑客高木藤丸求助。藤丸被迫入侵俄罗斯军用电脑，震惊地发现该病毒已在俄东部城市散播，整座城市瞬间消失。与此同时，玛雅以生物老师的身份潜入藤丸就读的弥代学院高中，开始暗中监视他的一举一动，一场围绕病毒与黑客技术的较量悄然拉开序幕。
藤丸与好友九条音弥着手调查 “圣诞虐杀” 相关事件，逐渐怀疑新上任的生物老师玛雅与视频中散播病毒的女子高度相似。就在调查推进之际，藤丸接到神秘电话，妹妹高木遥被绑架，对方以妹妹的生命相威胁，要求他入侵 THIRD-i 的数据库窃取病毒情报。此前大型超市发生的系列案件被证实是恐怖组织制造的伪装恐怖活动，藤丸意识到这只是更大危机的序幕，而他为了拯救妹妹，不得不陷入恐怖组织设下的圈套，在黑客任务与亲人安危之间艰难周旋。
藤丸与好友九条音弥着手调查 “圣诞虐杀” 相关事件，逐渐怀疑新上任的生物老师玛雅与视频中散播病毒的女子高度相似。就在调查推进之际，藤丸接到神秘电话，妹妹高木遥被绑架，对方以妹妹的生命相威胁，要求他入侵 THIRD-i 的数据库窃取病毒情报。此前大型超市发生的系列案件被证实是恐怖组织制造的伪装恐怖活动，藤丸意识到这只是更大危机的序幕，而他为了拯救妹妹，不得不陷入恐怖组织设下的圈套，在黑客任务与亲人安危之间艰难周旋。
藤丸、THIRD-i 特工加纳生马与恐怖组织成员宝生小百合被玛雅带到一间废弃仓库，藤丸为阻止宝生举枪相向，却发现枪中没有子弹，反被对方制服。宝生随即向加纳开枪，导致加纳重伤无法动弹，玛雅与宝生趁机夺走存有重要信息的 USB 后撤离，藤丸立刻展开追击。与此同时，THIRD-i 本部接到谎报，误以为加纳是内奸 “蜘蛛”，内部陷入混乱，期间更遭到不明人士乱枪扫射，地下室的监视器拍下了入侵者的痕迹，内奸的存在让调查陷入更大困境。
玛雅将藤丸带到一家餐厅，让他首次见到了恐怖集团的首脑 J。J 向藤丸抛出震撼消息，声称他的父亲高木龙之介早已加入恐怖组织，并试图说服藤丸也加入其中。这一说法让藤丸备受打击，而此时餐厅内突然有顾客疑似中毒倒下，围在餐厅外的警察陷入慌乱，唯有藤丸保持冷静，识破这是 J 精心设计的伪装测试，坚决拒绝了对方的拉拢。这场虚惊过后，藤丸对父亲的身份产生深深怀疑，而恐怖组织的真实目的也愈发扑朔迷离。
藤丸在父亲龙之介慌忙逃走前使用的电脑中找到线索，推测生物研究所可能藏有病毒解毒剂。同班同学音弥和朝田葵得知后，坚持要与他一同前往探寻。三人抵达研究所后，恰好遭遇同样前来夺取解毒剂的恐怖分子，藤丸迅速运用黑客技术侵入大楼系统，通过监视器锁定了持有解毒剂的敷村教授。然而，恐怖分子的调虎离山之计让局势变得复杂，他们必须在避开敌人阻挠的同时，尽快找到解毒剂的下落，为对抗病毒争取希望。
玛雅透露被杀害的敷村教授电脑中留有抗病毒药剂处方的线索，藤丸与加纳、南海薰等人根据线索前往指定地点，却发现这里竟是藤丸童年时与家人度假的地方，如今已被敷村教授改造成秘密研究所。藤丸等人的行踪被恐怖分子察觉，陷入险境。他们在地下室成功找到抗病毒剂样本，却在撤离时被追踪而至的宝生抢走，不料宝生随后被组织成员杀害，病毒样本最终落入 J 手中。与此同时，THIRD-i 总部因出现叛徒和入侵者，指挥官雾岛遭到上司责骂，镰田接替其职位成为新的指挥官，调查团队面临重组。
警官船木被杀，藤丸莫名蒙上杀人凶手的不白之冤。此时的他既遭遇父亲的 “背叛”，又难以完全信任 THIRD-i 的人，学校新闻部的音弥、小葵等人成为他最后的心灵寄托，众人偷偷聚集在学校教室商议对策。然而恐怖组织的渗透无孔不入，成员已悄然潜入学校。J 故意向 THIRD-i 散布虚假消息，称藤丸等五人中了病毒，要求释放被拘留的组织教祖神岛紫门来交换解毒剂，将校园变成了新的博弈战场。
藤丸与伙伴们在学校与潜入的恐怖分子展开激烈争斗，最终成功夺回解毒剂，但同班同学立川英已出现严重中毒症状，在注射解毒剂前不幸身亡。藤丸将小英的死归咎于自己，陷入深深的悲痛与自责，但这份伤痛也让他更加坚定了对抗恐怖组织的决心。另一方面，J 率领手下突袭拘禁神岛紫门的拘留所，成功将其救出，恐怖组织酝酿已久的 “血色星期一” 病毒计划正式进入执行阶段，东京面临空前的病毒威胁，藤丸决定全力协助 THIRD-i 对抗恐怖分子。
J 意外造访藤丸家，告知他一个震撼的秘密 —— 自己与音弥其实是有血缘关系的亲兄弟，随后便转身离去。这个消息让藤丸陷入两难，开始怀疑音弥可能会背叛自己，两人之间的信任出现裂痕。与此同时，玛雅陪着神岛紫门出现在 THIRD-i 相关区域，拿出了致命的 “BLOODY-X” 病毒，恐怖组织的最终行动即将启动。藤丸在亲情、友情的纠葛与恐怖危机的双重压力下，必须尽快理清思绪，制定阻止病毒散播的计划。
恐怖集团的真正首脑 K 终于现身，令人震惊的是，她竟是与藤丸同属学校新闻部的安斋真子。真子希望藤丸协助自己完成最终计划，并用枪对准了他，危急时刻藤丸的父亲龙之介挺身而出，替他挡下了子弹。K 与玛雅慌乱逃走，藤丸和受伤的龙之介得到 THIRD-i 的保护。恐怖集团决心打开 “珠宝箱” 完成最后目标，而藤丸发现 “珠宝箱” 实则是能通过手机信号传播的超级病毒装置。在错综复杂的人际关系与紧迫的危机中，藤丸四处奔走，凭借黑客技术侵入病毒散播系统，成功阻止了病毒大规模扩散。最终，真子和 J 被逮捕，神岛紫门服毒自尽，龙之介伤愈后父子和解，这场牵动东京的恐怖危机终于化解。
