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薄樱鬼
The Edo Era has ended after 260 years of history and the Meiji Era begins. However, bitter strife still continues between the soldiers of the new government and former Tokugawa retainers. This is the stage in which the surviving members of the Shinsengumi find themselves upon their return to Edo following their defeat at Tobafushimi.
回到江户的土方为了再次与萨长交战而行动。千鹤担心身为罗刹之身却白昼也持续工作的土方。山南开始表现出可疑的行动，冲田则因枪伤未愈而静养。
新选组作为甲阳镇抚队向甲州进军，但甲府城已被新政府军占领。得知被抢先一步后，许多新参队士脱逃。原田等人主张撤退，但近藤不肯答应。
在甲州胜沼之战中败北并开始撤退的新选组，遭到能在阳光下活动的新政府军罗刹的攻击。另一边，千鹤为了救近藤而四处奔走，却有人在两人面前挡路……！？
土方认为留在江户也无法获得战斗机会，提议前往会津。在市川让新队士进行演习期间，移驻流山的近藤等人被新政府军包围。
江户城无血开城决定后，土方等人也加入了以传习队为中心的旧幕府军脱逃部队。被任命为先锋军参谋的土方，试图攻下向新政府军恭顺的宇都宫城……！？
土方为了与新选组本队会合，与千鹤一同前往会津，却从斋藤等人那里得知近藤已被斩首。另一边，回到江户的原田得知彰义队正受到新政府军的攻击。
代替土方指挥新选组的斋藤，受会津藩之命与会津藩士们一同作战。然而，他们以斋藤身穿洋装以及佩刀在右为由表示反对。
抵达仙台的土方，迎来了旧幕府海军的榎本武扬。从榎本那里听说仙台横行着试刀杀人犯，土方怀疑失去联络的山南等人是否与此事件有关。
土方将千鹤留在仙台，与榎本等人一同渡海前往虾夷。他们攻陷松前藩，试图在虾夷建立德川家遗臣们的领地。
新政府军终于登陆虾夷。在山中二股口布阵的土方等人虽然全胜，但大鸟等人守卫的松前口遭到水陆两面攻击而败退，他们不得不撤退。
