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宇宙交響詩メーテル ～銀河鉄道999外伝～
在被称为宇宙中心的行星拉美达尔，一场暴乱正为这颗步入灭亡的行星雪上加霜。在人工太阳等各种尝试失败后，美丽冷傲的女王不惜将自己机械化，以取得长久的生存。在往昔岁月里，她已将无数子民机械化。然而有的人类不愿意丧失作为人类的尊严，他们组成武装力量，悍然发动叛乱。叛军最先绑架女王继承人美特尔（雪野五月 配音），任凭纳斯卡（斎賀みつき 配音）如何呼唤，军人依旧准备行刑。关键时刻，女王挺身而出，虽然她反复声明机械化的必要和理由，但是本愤怒冲昏头脑的人类无法遏制自己的暴行。机器与人类的战争一触即发，趁乱逃出的美特尔则试图找到这颗行星的秘密…… 本片根据松本零士的原作改编。
《梅德尔传奇》数年后的故事。美特尔的母亲“拉·安卓美达·普罗米修母”作为机械化帝国的女王君临天下。年轻的美特尔乘坐999号列车，前往诞生之地拉美达尔。在前往拉美达尔的途中，999号遭到不明身份者攻击，在车厢内，美特尔遇见了身为列车技师的少年纳斯卡……
时隔数年回到故乡拉美达尔的美特尔。本应已经被机械化的母亲普罗米修母，似乎恢复了人类的温暖。但是……
继承了作为行星拉美达尔女王记忆的美特尔。她说：“继承了活在无尽时间长河中的一族的记忆，我将成为这颗行星的女王吧。”纳斯卡目睹了普罗米修母的秘密，对美特尔喊道：“美特尔！在那里的人不是你的母亲！我亲眼看到了！”
根据普罗米修母的命令，雷欧帕尔多的舰队攻击死亡阴影号，后者被迫逃离。面对受伤的死亡阴影号，雷欧帕尔多的战舰却毫发无损。托奇洛代替哈洛克握住舵盘，成功从雷欧帕尔多的舰队中逃脱，但是……
对拉美达尔日益机械化的状况感到悲伤的美特尔，被黑猫引导至地下的最底层。那里存在着过去的拉美达尔统治者拉蕾拉。与此同时，在地面上，根据普罗米修母的命令，剩余的人们正被强制机械化。为了阻止这一切，纳斯卡站在最前线战斗，目睹这一状况的雷欧帕尔多终于采取了行动。
对于企图将所有人类机械化的普罗米修母，率领空间机甲团的雷欧帕尔多举起了反旗。针对机械人的叛乱开始了。他抓住了美特尔，企图以她的生命为诱饵引出普罗米修母。就在他即将扣动指向美特尔的枪的瞬间，普罗米修母亲自现身了。
为了拯救肉体尚存的人们，拉蕾拉指示美特尔分离行星拉美达尔的核心。如果美特尔拉下操纵杆，行星拉美达尔就会崩坏。但在此之前，普罗米修母挡住了去路。艾美拉尔达丝急忙赶往母星，哈洛克和托奇洛也调转死亡阴影号的船头。终于，美特尔将剑尖指向了普罗米修母……
美特尔计划陪伴普罗米修母一起逃亡。得知艾美拉尔达丝意想不到的背叛，哈洛克和纳斯卡也难掩动摇。不顾托奇洛的制止，独自追赶母亲的艾美拉尔达丝与美特尔对峙。在崩坏的母星一角，普罗米修母妖异地凝视着激烈交锋的姐妹……
从主体分离出来的核心——新星拉美达尔，在化为生命能量的拉蕾拉的力量下，朝着恒星幼发拉底的卫星赫比梅尔达的重力圈前进。被认为会永远持续的冬天结束了。在人们为即将到来的春天心潮澎湃时，美特尔和艾美拉尔达丝却感觉到了被她们亲手打倒的普罗米修母的阴影。
感觉到普罗米修母气息而在宇宙中航行的艾美拉尔达丝，发现了停下的999号。她对呼叫毫无反应的999号登船后，窗户的百叶窗一齐关闭。下一刻，999号开始暴走。载着美特尔、哈洛克、托奇洛的死亡阴影号紧追被掳走的艾美拉尔达丝。
率领空间机甲团的雷欧帕尔多，与哈洛克、艾美拉尔达丝、纳斯卡以及美特尔一同击溃了普罗米修母的舰队。当他在幸存下来的人们欢迎中归来时，却被残存的机械化士兵的枪弹击中。
托奇洛调查发现的普罗米修母据点——行星普罗米修母，是一个被自我再生机械细胞覆盖的机械化行星。那里存在着完成彻底复活的女王与名为美特尔的机械人。
美特尔决心化身为行星普罗米修母中枢的一颗螺丝，从内部破坏行星。承载着一颗螺丝的纳斯卡的飞船，在哈洛克、托奇洛、艾美拉尔达丝的注视下，向行星驶去。
