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超人前传
开始于上一季的三个月后，为了自己儿子的回来，强纳森去到山洞里，暂时得到了超人的能力，最终使儿子回到身边。克拉克和拉娜的感情起起落落，而他又学会了新的技能，离成为真正的超人只有一步之遥了！在最后一集，出现了一个神秘的女孩，她拥有比克拉克强大百倍的能力，她是来接克拉克回自己星球的。看着父亲因为自己受伤，他终于跟着女孩离开了。这季的结尾是伤感的，拉娜去了巴黎，克洛伊和她的爸爸在搬进新居后房子就爆炸了，而皮提也离开了SMALLVILLE。
克拉克戴着红色氪石戒指在大都会活了三个月，化名“卡尔”，抢劫、混迹夜店，把斯莫维尔的一切抛在身后。摩根·艾奇找上他做一桩闯入卢瑟集团的买卖，克拉克照做不误。乔纳森为了把儿子带回来，在洞穴里与乔-艾尔做了一笔交易，用自己换取暂时的氪星力量。父子在卢瑟集团地下交手，克拉克最终毁掉了红戒指，乔纳森却付出了看不见的代价。莱克斯被宣布死亡，实际上困在一座荒岛上。拉娜的恳求没能唤回克拉克，而乔纳森的代价才刚刚开始。
克拉克回到了农场，但摩根·艾奇不肯罢手。他绑架克拉克，想拿回从莱昂内尔保险柜里偷走的那管血，乔纳森和玛莎的性命被摆上台面。莱克斯从荒岛生还，回到公馆，很快确认海伦曾试图杀他，不动声色地做了安排。肯特家的农场被推上拍卖台，又在最后一刻被一个意想不到的人买回。拉娜想对克拉克说出心里话，克拉克却因为秘密而把她推开。这一集里每个人都在从灰烬里往外爬，只是爬出来的姿势各不相同。
学校里接连有人被射杀，死者身上都带着陨石影响的痕迹。克拉克查出枪手是范·麦克纳尔蒂，他认定所有被陨石改变过的人都不该活着。范把莱克斯列进名单，又在克拉克救下莱克斯之后，意识到克拉克“也是其中之一”，用陨石子弹打中了他。拉娜被范当作诱饵，克拉克在重伤之下仍然赶到。范最后被送进贝尔里夫。与此同时，克洛伊发现莱昂内尔拿走了她所有关于克拉克的调查资料，她替莱昂内尔做事这件事，已经收不回手了。
克拉克做了一个异常清晰的梦：一个女孩在红色斗篷的怪物追逐下向他求救。醒来时他已经睡了三十六个小时，而梦里那个叫萨拉的女孩确实存在，她昏迷多年，被叔叔用药物维持在睡眠里。克拉克在梦中一次次被“旅人”杀死，又一次次醒来，分不清哪一边才是真实。拉娜帮他去萨拉的房子探查，却把自己也拖进了危险。莱昂内尔要求莱克斯在回公司之前接受一次完整的精神评估。克拉克最终叫醒了萨拉，也第一次触碰到“被命运选中”这句话的重量。
一个醉醺醺的中年记者撞上了克拉克的车，他叫佩里·怀特，曾经是莱昂内尔手下的明星记者，如今靠给小报找外星人故事维生。佩里咬定自己看见克拉克用超速度救人，拿肯特家过去的把柄要挟乔纳森，硬住进了农场，设局逼克拉克在镜头前露出破绽。克拉克在太阳耀斑的干扰下能力忽强忽弱，反而让佩里更确信自己没看错。莱克斯同时发现佩里手里攥着莱昂内尔的罪证。佩里最后没有拿到他想要的那张照片，却找回了比照片更重要的东西。
拉娜的叔公德克斯特坐了四十年牢，罪名是杀害妻子，他拿出一张旧照片，上面那个流浪汉和克拉克长得一模一样。克拉克在洞穴另一处找到一枚氪星徽章，触碰之后看见了一九六一年的碎片：乔-艾尔曾被放逐到地球，与一个叫路易丝的女人相爱，那场感情以另一个人的死收场。克拉克第一次看见生父作为“一个人”而非“一个声音”的样子。拉娜想替叔公翻案，克拉克想弄明白父亲到底留下了什么。两段跨越四十年的感情，在同一枚徽章上撞在一起。
塞斯·尼尔森在嘉年华的冲突中被一个装有陨石碎屑的雪花球击中额头，核磁共振之后，他获得了操控磁场的能力，也获得了影响他人情绪的本事。拉娜突然对这个叛逆的转学生言听计从，开始逃课、顶撞、甚至偷东西，最后被警察带走。克拉克察觉不对劲，靠近之后确认塞斯在用磁力扭曲拉娜的判断。当他试图把拉娜拉回来时，拉娜在磁力控制下反过来攻击他。莱克斯在塞斯的病历里看到了卢瑟集团实验室的痕迹，这条线他打算自己往下查。
莱克斯找到了整容后的摩根·艾奇，逼他承认与莱昂内尔之间的肮脏交易，拿到了能把父亲送进监狱的东西。还没来得及交出去，他就在公馆里遭到刺杀，勉强逃生后赤脚跑到肯特农场向克拉克求救。克拉克回到公馆，一切如常，没有任何闯入的痕迹。莱昂内尔适时地抛出“莱克斯精神崩溃”的说法，海伦也站在父亲那一边。莱克斯被送进贝尔里夫，电击治疗排在日程上。克拉克是唯一相信他清醒的人，可连克拉克也开始分不清，莱克斯说的到底是真相，还是药物和长期折磨造出来的幻觉。
莱克斯被关在贝尔里夫，莱昂内尔签字同意电击，要把他脑子里那些“不该记得的事”一并抹掉。克拉克设法混进疗养院，却发现埃里克·萨默斯、范·麦克纳尔蒂和伊恩·兰德尔也在这里，三个人都恨克拉克，也都想借莱克斯对克拉克的了解逃出去。他们假意与莱克斯合作，骗来克拉克之后用氪石夺走了他的能力，计划当场杀他。莱克斯在最后一刻站到了克拉克这边。拉娜被马踩伤后在医院里慢慢恢复，一个叫亚当的陌生病人开始出现在她身边。
克拉克在珠宝店制止抢劫时，热视线被一块氪石反射回自己眼里，暂时失明。失去视力的同时，他的听觉膨胀到能覆盖整个小镇，也让他听见了不该听见的东西：克洛伊在为莱昂内尔调查他。克拉克没有拆穿，而是用这份听力去追查劫案背后的人，一个能用尖叫震碎玻璃的男孩内森。内森绑架了皮特，要挟他的母亲——法官罗斯。克拉克在看不见的情况下靠声音找到皮特的位置。恢复视力之后，他面对克洛伊，选择把听到的话咽了回去。
克洛伊被大都会日报解雇，电脑被莱昂内尔收走，她开始独自调查萨默霍特研究所。一封从该研究所发出的神秘邮件同时送到了克拉克和拉娜手上，两个人先后对克洛伊下手：克拉克开着卡车撞向她，拉娜在咖啡馆里试图杀她。克洛伊被亚当救下后，克拉克才意识到邮件本身带着某种催眠指令，发件人是研究所的前病人莫莉。莫莉受莱昂内尔指使，要清除所有可能指向他的证据。克拉克切断指令来源，莱克斯则拿着把柄去找加纳博士，要拿回自己被删掉的那七周记忆。
转学生乔丹·克罗斯碰到谁就能看见对方死亡的画面。他碰了拉娜，看见她在几天后的一场火里死去。克拉克把乔丹拉到身边，试图盯住每一个可能出事的节点，火还是烧了起来，拉娜被困在里面。克拉克从火中把她带出来，乔丹的预言被改写了一次。与此同时，克洛伊对拉娜身边那个安静的亚当越来越不放心，翻查他的背景之后发现，这个人不该以现在这个样子出现在这里。克拉克刚学会“未来可以被改变”，克洛伊就发现了另一个更难看清楚的现在。
皮特瞒着所有人参加地下飙车，车手们用陨石燃料把速度推到极限。皮特拒绝按庄家要求故意输掉，对方拿他的命做威胁，他只好找克拉克用超能力帮忙。克拉克气皮特把自己卷进这种事，又不能放着不管。皮特的车被装上炸弹，克拉克被困在车里，车速过百就会引爆，他要在保住秘密的前提下把皮特和车一起停下来。乔纳森与乔-艾尔交易的代价开始从身体里往外冒。拉娜在亚当的房间里翻出了让她彻底不安的东西。
在卢瑟集团的一次实地参观中，克拉克和转学生艾丽西亚被困在故障的电梯里，他不得不在她面前使用力量。艾丽西亚没有惊慌，反而坦白自己也是陨石影响的人，能力是瞬间移动。两个各自藏着秘密的人迅速靠近，克拉克第一次觉得有人真正理解他。但艾丽西亚对“分享”这件事的理解越来越偏执，拉娜成了她眼里必须消失的人。克拉克必须在艾丽西亚伤害拉娜之前做出选择。拉娜那边，则请莱克斯帮忙调查亚当的底细。
乔纳森因动脉堵塞住进医院，等待三重搭桥手术。克拉克在医院里认识了一个叫加勒特的男孩，他的哥哥文斯刚因肝衰竭去世，却在几天后完好无损地出现在肯特家门前。文斯靠注射维持生命，而那种血清的来源指向卢瑟集团用克拉克的血做的实验。加勒特为了逼医院把乔纳森的肝换给文斯，在身上绑了氪石炸弹，把整层楼扣为人质。克拉克既要拆掉炸弹，又要面对一个事实：他的血在别人手里，已经变成了某种他控制不了的东西。
克拉克在青少年中心做义工时接到拉娜的求救电话，听见枪响，赶到时拉娜却安然无恙。他很快明白那通电话来自明天，开枪的人是亚当。克拉克必须在二十四小时里找到亚当，改写那声枪响。莱克斯带克拉克进入卢瑟集团关押亚当的实验室，里面的人全部被杀，亚当不知所踪。拉娜终于看清亚当到底是什么人。克拉克在最后关头替拉娜挡下子弹，亚当看见了子弹从他身上弹开。莱克斯站在旁边，什么都没说，但他什么都看见了。
乔纳森开始出现奇怪的行为，半夜站在谷仓顶上，仿佛被什么东西召唤。克拉克认定是乔-艾尔通过八角钥匙在控制他，带着钥匙冲进洞穴要跟生父对峙。莱昂内尔尾随而至，第一次把克拉克、洞穴和飞船碎片放在同一张图上，顺着线索找到了斯旺博士。两个人做了一笔交易，莱昂内尔想要的东西浮出水面。克拉克在洞穴里发现，乔-艾尔留下的不只是指令，还有一套他从未被告知的安排。乔纳森的身体每况愈下，克拉克意识到父亲的代价远比他以为的更具体。
克洛伊潜入卢瑟集团工厂，吸入了一种混合氪石的气体，从此每个靠近她的人都会不受控制地说出真话。她先去找莱昂内尔，逼他说出对她父亲的安排，然后走进肯特农场，问克拉克那个她问了三年都没有答案的问题。克拉克在真相气体面前无法回避，但克洛伊的身体也在被气体侵蚀，鼻血止不住地流。克拉克必须在她说出最关键的那句话之前拿到解药，同时面对一个更残忍的选择：是让她带着真话死，还是让她活着，继续不知道。
莱克斯为了找回被抹掉的那段记忆，加入加纳博士的实验项目，躺进充满氪石的记忆槽。童年画面一段段回来：弟弟朱利安的死，母亲的脸，莱昂内尔在这件事里扮演的角色。克拉克试图阻止莱克斯继续，因为他一旦恢复记忆就会想起克拉克的秘密，但莱昂内尔和加纳把克拉克也按进了同一台机器。克拉克在记忆槽里看见了自己来到地球最初的那一刻，看见了乔-艾尔和劳拉把他放进飞船的样子。莱克斯在同一栋楼里看见了另一段真相。两个人都在往记忆深处走，走到的地方却完全不同。
基瓦切族青年杰里迈亚从洞穴里偷走一把传说中的匕首，匕首赋予他类似克拉克的力量，也让他相信自己是预言中“从天而降的人”纳曼。他带着匕首去找莱昂内尔，要替族人清算旧账。克拉克必须在不动用自己身份的情况下拦住杰里迈亚，而匕首对氪星人的反应又让整件事多了一层他解释不清的意味。莱克斯在洞穴里亲眼看见匕首发光、碎裂，预言指向的“最大敌人”在莱昂内尔和他之间，他第一次不敢往下想。杰里迈亚的信念越坚定，克拉克越难把自己从那个预言里摘出去。
