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超人前传
在上一季中，朗娜由于用元素石自卫，而杀了人...元素被污染引发了流星岩直接撞击地球一个小镇---史摩维尔。朗娜逃亡中不幸坠机后究竟看到了什么？而另一方面，克拉克无故消失在洞穴中却出现南极腹地 ...克洛依和LEX究竟发现了克拉克的秘密没有呢？在这一季中，一切迷团的答案...
克拉克被水晶送到北极的孤独堡垒，乔-艾尔的声音告诉他：他不能再回斯莫维尔，必须留在这里准备拯救这颗星球。克洛伊也被一并传送过来，在极寒中倒下，克拉克不顾父亲的禁令把她送回。陨石雨中坠落的黑色飞船里走出两个带有氪星纹身的囚徒，他们四处搜寻卡尔-艾尔，摧毁了半个小镇。拉娜亲眼目睹了这一切。克拉克赶在日落前回到农场，乔-艾尔给了他一个期限，而他首先要面对的是那两个已经找上门来的氪星人。
乔-艾尔剥夺了克拉克的能力，把他变成一个普通人。克拉克第一次感到疼痛、疲惫和脆弱，却也第一次觉得可以毫无保留地走近拉娜。两人开始了一段真正的恋情，没有秘密横在中间。但三个劫匪闯进农场，把拉娜、乔纳森和玛莎扣为人质，克拉克手里没有力量，只有一颗和普通人一样会害怕的心。他必须用凡人的方式把家人救出来，而乔-艾尔在堡垒里等着看他会不会后悔。
克拉克依旧没有能力，一枚瞄准斯莫维尔的导弹却已经进入发射程序。操控者加布里埃尔曾是克拉克的同学，被陨石改变之后认定清除所有“变异者”才是拯救小镇的办法。克洛伊先收到警告，克拉克赶去与加布里埃尔对峙，被对方一枪击中。子弹留在身体里，没有超能力来愈合，克拉克只能靠乔-艾尔留下的最后一条路活下来。乔纳森和玛莎在手术室外等着，而克拉克在生死之间重新见到了父亲。
火山湖的夏日派对上，露易丝跳水时撞到头，克拉克还没来得及出手，一个叫A.C.的陌生泳者已经把她救上岸，速度比克拉克还快。A.C.的真实身份是亚瑟·库瑞，他来到斯莫维尔是为了破坏卢瑟集团在湖底部署的声呐武器，那东西会杀死整片水域的生物。露易丝被他吸引，克拉克却对这个不请自来的“英雄”保持警惕。法恩教授同时把莱克斯的武器制造清单摆到了克拉克面前，两个方向同时指向卢瑟集团。
拉娜因为报到太晚，只能住进姐妹会宿舍，却被会里的女孩们围住，咬伤之后变成和她们一样的吸血鬼。姐妹会的成员靠吸取他人血液维持青春，她们要把拉娜彻底拉进来，再让她去对付克拉克。克拉克发现拉娜的异常时，她已经在姐妹会的控制下咬了他。克洛伊同时在大都会日报争取实习机会，面对主编宝琳·卡恩的刁难。克拉克的血清最终把拉娜和那些女孩从血瘾里拉了回来，但法恩教授在暗处看着这一切，他想要的东西不止一样。
乔纳森的老友、参议员杰克·詹宁斯来到斯莫维尔为竞选连任拉票，乔纳森替他站台。宴席上，杰克被发现和一名死去的女子在一起，所有证据都指向他。克拉克和露易丝介入调查，露易丝不得不乔装成脱衣舞女潜入杰克最后出现的那家俱乐部。真相是杰克的幕僚长为了掩盖自己与死者的关系而杀人灭口，杰克本人并不干净，但也没有杀人。莱克斯在这件事里扮演了一个递刀的角色，而乔纳森第一次认真地被推到了政治舞台的边缘。
克拉克接触到一种从未见过的银色氪石，开始陷入偏执的幻觉。他认定克洛伊要出卖他的秘密，认定拉娜和莱克斯在背后联手，每一张友善的脸在他眼里都变成阴谋的一部分。幻觉越深，他的行为越危险，最终他把矛头对准了拉娜。法恩教授在克拉克最失控的时候出现，声称自己能帮他，而克拉克已经没有足够的清醒去分辨这个“帮助”到底通向哪里。乔纳森和玛莎看着儿子被自己的恐惧吞掉，却碰不到他。
玛莎突然染上一种来势凶猛的疾病，医生说她只剩几个小时。法恩教授告诉克拉克，这是乔-艾尔在堡垒里做的，那个声音要清除卡尔-艾尔在地球上的“父亲”，好让自己成为唯一的主导。克拉克被说动，带着法恩前往北极，要毁掉孤独堡垒。法恩在堡垒里露出了真正的面目，他想要的从来就不是帮忙。克拉克在父亲的聲音和法恩的谎言之间必须选一个，而玛莎在农场等着他选对。
莱克斯收到一个信封，里面装着足以毁掉乔纳森政治生涯的材料，但同样会伤到克拉克和玛莎。他还没来得及决定，就在街头中枪，陷入昏迷。在昏迷里，母亲莉莉安出现，带他看另一种人生：如果他离开莱昂内尔、离开卢瑟集团，他会和拉娜结婚，有一个孩子，过一个普通人的圣诞节。莱克斯在那个世界里笑得像一个从未被伤害过的人。醒来之后，他做出了选择。克拉克同时被克洛伊拉去给孩子们送圣诞礼物，扮成了圣诞老人。
乔纳森与莱克斯的参议员选战进入白热化，乔纳森收到匿名威胁，要他退出竞选。克拉克在仓库里找到被打得遍体鳞伤的乔纳森，顺着线索查到一群莱克斯的狂热支持者，他们愿意为莱克斯做任何事，包括杀人。露易丝被这伙人绑架，对方给她一把枪，要她在乔纳森演讲时扣下扳机。克拉克必须在演讲开始之前找到露易丝，而乔纳森站在台上，不知道自己是不是下一个目标。莱克斯没有下令做这些事，但他也没有阻止那些以他之名行事的人。
两名曾目睹黑色飞船降落的小镇警员闯进卢瑟公馆，把莱克斯和拉娜扣在安全室里，逼莱克斯说出飞船藏在哪。莱克斯拒绝开口，警员开始用更直接的方式施压。克拉克在外面进不来，莱克斯和拉娜在密闭空间里挨着彼此，距离被一点点压短。拉娜看着莱克斯在枪口下仍然不肯退让的样子，心里某些东西开始偏移。一颗本来射向拉娜的子弹打中了莱克斯。乔纳森在另一边发现莱昂内尔与自己的竞选团队有资金往来，肯特家的选战蒙上了一层他不想承认的阴影。
克拉克终于向拉娜说出了秘密。拉娜没有逃走，她留下来，接受了这一切。两个人之间的距离第一次真正消失。乔纳森和莱克斯分别收到参议员选举的结果，乔纳森赢了。但同一天晚上，乔纳森在公路上遭遇车祸，克拉克赶到时已经来不及。他飞到堡垒，求乔-艾尔把时间倒回去。乔-艾尔答应了，代价是克拉克必须接受某样东西被永久拿走。时间重来，乔纳森活了下来，但克拉克失去了拉娜——在那个没有被修正的版本里，拉娜知道了秘密，却死在莱克斯的车上。克拉克站在拉娜的墓前，乔-艾尔的声音告诉他：这就是代价。
克拉克在大都会日报遇到一个戴眼镜、笨手笨脚的女助理安德烈亚，她在苏icide贫民区还有一个身份：一个戴兜帽的义警，专门追猎那些法律够不到的人。克拉克和她盯上了同一个罪犯，两条线交在一起。克拉克心里的悲痛一直没有出口，他把怒气带进了追查里，出手越来越重。安德烈亚告诉他，复仇和正义之间有一条线，她自己已经跨过去了，她不希望克拉克也跨过去。莱克斯在卢瑟集团内部做了一次清洗，把莱昂内尔的人一个个换掉，他的权力在悲伤的掩护下悄悄长了起来。
塔尔咖啡馆的墙壁里被发现一具被封存多年的女孩尸体，她的灵魂随即缠上了克洛伊，附在她身上借她的嘴说出凶手的名字。克洛伊在灵魂的驱使下走向当年杀害女孩的医院勤杂工，克拉克和露易丝在后面追她。克洛伊的身体在附身中越来越撑不住，克拉克必须在灵魂完成复仇之前把克洛伊拉回来。案件本身指向一个被忽视多年的失踪者，而克洛伊在清醒之后决定去找自己的母亲。玛莎被周围的人推着去接替乔纳森的参议员席位。
一个半人半机械的年轻人被卢瑟集团的车辆撞到，拉娜把他带回去救治。他叫维克多·斯通，从卢瑟集团的实验里逃出来，身体的大部分已经被替换成机械，只剩下记忆和情感还是自己的。莱克斯要把维克多带回去，克拉克则在维克多身上看到了一个和他一样被“制造”过的人。维克多只想找到失散的女友，克拉克帮他完成这件事，也第一次意识到莱克斯手里出来的东西并不全是莱克斯想要的。两个人之间的裂缝在这一集里又宽了一点。
一个叫西蒙娜的女人用一枚魔法吊坠让靠近她的人言听计从。克拉克被她控制之后，当着她的面展示了自己的能力，然后在她的指令下与拉娜分手，接着被派去杀莱克斯。克洛伊察觉到克拉克的状态不对，在他动手之前拦住了他。打斗中子弹击碎了吊坠，克拉克清醒过来。他告诉拉娜自己不爱她，拉娜说这段关系到此为止。法恩的克隆体从飞船里一个接一个走出来，散向各处。莱克斯在暗处看着拉娜离开克拉克，什么也没说。
拉娜在分手之后找上一个离经叛道的医学生，用危险的氪石血清让自己临床死亡，只为在那一瞬间看见死去的父母。克拉克从洪都拉斯赶回来阻止她，自己也被注射了血清。心跳停止的那几秒里，克拉克见到了乔纳森，父亲警告他：莱昂内尔知道他的秘密。拉娜在另一边被幻觉里的父母推着往更深处走。莱克斯也经历了一次濒死，母亲莉莉安的面孔再次出现。三个人各自在死亡线上看见了不同的东西，而活着回来之后，谁都没有变得更轻松。
克拉克和玛莎收留了一个叫玛蒂的小女孩，她的养母刚刚被残忍地刺死。露易丝几乎立刻把怀疑放在玛蒂身上，因为调查发现这个孩子能用意念震碎玻璃。克拉克在玛蒂身上看见了一个被自己的能力吓坏的孩子，而不是凶手。真正的凶手是玛蒂的父亲泰勒，他也有同样的能力，而且比她更懂得怎么用它。莱克斯和拉娜越走越近，克洛伊撞见了他们之间不该被看见的一幕。露易丝接下玛莎幕僚长的职位，开始认真地留在斯莫维尔。
莱昂内尔在一场失败的收购之后被一名心怀怨恨的前员工林肯·科尔绑架，关进一栋废弃的大楼，被迫玩一场又一场以命为注的游戏。克拉克告诉玛莎莱昂内尔知道他的秘密，玛莎去找莱昂内尔对质，结果自己也走进了林肯的游戏里。克拉克赶到时，玛莎和莱昂内尔被困在一部失控的电梯里。他当着莱昂内尔的面接住了电梯，力量毫无遮掩地暴露出来。莱克斯事后问起，莱昂内尔替他遮了过去。克拉克去警告莱昂内尔离自己的秘密远一点，莱昂内尔只说了一句：我不会改变你的命运。然后剧烈的头痛袭来，他开始不受控制地写字。
克拉克在大都会救下一个叫格雷厄姆的陌生人，对方感激不已，说要报答他。格雷厄姆的真实身份是一个能隐身的职业杀手，他认定给克拉克最好的礼物就是杀掉莱克斯，让拉娜回到克拉克身边。克拉克发现这份“报恩”时，格雷厄姆已经动手了。拉娜终于和克拉克坐下来，把莱克斯的事摊开说清楚，两个人之间那点剩下的东西也在这番对话里被摆到了明面上。莱克斯同时正在和法恩一起推进某种生物武器的释放，克拉克还看不到这条线通向哪里。
