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海军罪案调查处
尽管吉布斯和团队遭遇了炸弹袭击，这些特工们仍然继续履行职责，努力重整旗鼓，收拾残局。
NCIS总部被炸弹炸毁。吉布斯继续寻找Harper Dearing并一劳永逸地击败了他。
当一名失踪的NCIS军械库管理员的尸体在海军工厂爆炸案当天失踪四个月后被发现时，NCIS团队被指派为他们自己的一名人员调查这起奇怪的案件。与此同时，该团队被要求与危机顾问一起完成强制性的心理评估，吉布斯最担心的是艾比自爆炸案以来反复做噩梦。
在休病假期间，Ducky从12年前结案的案件中挖掘一名海军指挥官的尸体。因此，吉布斯让Ducky在调查中扮演领导者。与此同时，NCIS小组正在调查最近一名海军陆战队士兵的死亡事件。随着这两起案件的展开，小组开始质疑这两者是否有某种联系。
当直升机机组人员在海上漂流，后来在岸上被发现时，NCIS团队必须确定坠机原因并找到失踪飞行员。与此同时，托尼和麦基引导他们内心的“Maverick”和“Iceman”，就像“壮志凌云”一样，Ziva向他们挑战。
一名士官在一辆亿万富翁的法拉利中被枪杀，调查导致NCIS团队发现了吉布斯的名字与一名男子的联系。
当一名最近从中东回国的海军中尉被发现死于一次残酷的袭击时，NCIS小组询问了受害者的朋友、海军陆战队上尉乔·韦斯科特。吉布斯意识到船长患有创伤后应激障碍，但他知道自己在海外的经历也可能与犯罪有关。
吉布斯继续与韦斯科特上尉合作，同时他追踪自己的步伐，以帮助NCIS团队追踪一名恐怖分子。随着感恩节的临近，艾比对NCIS家庭晚宴的热情越来越高，当托尼得知Ziva正在为这部歌剧制定特别计划时，他的好奇心达到了顶峰。
在NCIS团队调查一名少女被绑架事件时，Ziva和Abby与目睹绑架的年轻朋友密切合作。随着调查的展开，吉布斯向过去的联系人米兰达·彭内贝克寻求帮助，她是一位人脉广泛、道德可疑的女性。与此同时，当托尼得知Ziva正在和一个神秘男子制定计划时，他开始嫉妒。
FBI探员Fornell成为凶手行刺的目标，Gibbs决定与Fornell联合调查此事。虽然海军罪案调查处与联邦调查局进行合作并不是什么新鲜事，但Gibbs和Fornell之间却有着十分尴尬的联系——他们有一个共同的前妻，Diane Sterling。怕什么来什么，当Diane也卷入这起案件后，这起案件变得更加复杂、更不可预料了。与此同时，Diane阴差阳错地在McGee家里待了一晚上，调查处内部立刻开始出现流言蜚语。
圣诞节来了，Tony DiNozzo的父亲Anthony DiNozzo Sr.（Robert Wagner）突然登门探亲，毫无心理准备的Tony不知自己在父亲面前是该唱白脸还是唱黑脸。与此同时，调查组为了侦破一起谋杀案而 “following the money”（调查非法资金的流向，该俚语出自1976年纪录片《All The President’s Men》），Abby对节日充满了「激情」。本集将让观众第一次近距离接触Tony公寓的「内部情况」。
当NCIS团队调查与一名已故记者和一名海军士官的联系时，Ziva对她父亲的突然情感访问感到震惊，她已经两年多没有见到父亲了。虽然Ziva质疑她父亲作为摩萨德局长访问的目的，但她的父亲坚称，他来美国是为了看望女儿吃安息日晚餐。
一起悲剧事件涉及一名海军罪案调查处成员的切身利益，所有人 都团结起来寻找答案并保护他们最珍贵的一名同事（Ziva）
NCIS团队调查了一名海军陆战队队员的车祸，并点燃了艾比年轻时在第一个“案件”线索上的一些令人不安的过去记忆。
NCIS团队将与一位著名的黑客展开较量，这位黑客可以在NCIS上找到世界上最受通缉的网络恐怖分子。
Vance仍然沉浸在丧妻之痛中，然而他意外发现的一条个人信息给他带来了更多烦恼，以至于他开始怀疑自己的人生，怀疑自己的一切。 在这一集中我们看到，Vance试图重新振作起来 ——至少为了他的两个孩子。他回到了NCIS总 部，受到了同事们的热烈欢迎。虽然他的心情仍然十分沉重，但他还是强装笑脸：No, I’m fine. I can handle this. 不过明眼人一看就知道，他不再是从前那个Vance了。与此同时，Vance在整理 Jackie的个人物品时有了一系列「多面」的发现。他发现了妻子的真实情感以及对他所从事的工作的真实态度。作为海军罪案调查处处长的妻 子，Jackie感觉自己有必要做一些事情；来确保生活的安稳，“
在Ducky和Jimmy从犯罪现场运送尸体时失踪后，NCIS团队竞相追踪他们。
Gibbs的理发师找到他，称自己的儿子可能卷入了一起案件。更要命的是，媒体正在大肆炒作这起尚未侦破的案件，他担心儿子会因此成为臭名昭著的坏蛋。Gibbs答应帮他调查真相，还他儿子一个清白。Gibbs派Tony去美丽的巴哈马群岛收集相关线索，这意味着Tony有机会在海滩上与性感的比基尼美女调情！
一名海军陆战队士兵最近死在阿富汗战场上，其妻子恳求海军罪案调查处调查事情的真相。由于这名士兵擅长训练K-9炸弹探测犬，海军罪案调 查处决定从这条狗身上打开案情突破口。与此同时，Vance处长开始约见保姆候选人，其他探员开始给他出主意。但Vance是个个性独立的人， 所有人的意见都不能让他感到满意。
一场暴风雨过后，NCIS调查组登上了海军战舰 「Borealis」号。舰上发生一起凶案，大自然并非唯一的凶手——本质上来说，舰上每一个人都有嫌疑。McGee发现自己的父亲——海军上将 John McGee——在事件发生时就在舰上。他们 的关系本来就不好，这件事更加激化了两人的矛 盾。
一名海军预备役士兵返回家中，发现她的丈夫已经失踪，卧室中洒满血迹。她向海军罪案调查处报了案，希望他们能寻回丈夫。与此同时，Tony怀疑Ziva正计划采取大胆行动来为父亲报仇。 本集故事开始为季终剧情做准备，剧集总监在谈论Ziva的行为时这样说：“Ziva is about to uncover a clue trail that will lead straight to her father’s killer, put the integrity of the team at risk and bring her closer to Tony in ways we never saw coming.”
