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海军罪案调查处
第十三季团队继续处理各种案件，同时也面临着重要的角色变化和告别。
被枪杀后，吉布斯在一艘海军医院船上为自己的生命而战，而迪诺佐和乔安娜则前往上海，试图击落“呼叫号”。
吉布斯呼吁团队协助缉毒局特工路易斯·米切尔处理一个一直悬而未决的案件，但迪诺佐发现吉布斯与特工的个人关系以及他帮助他成功的愿望还有更多。此外，球队还对吉布斯的新造型说三道四，因为他把标准的军用发型和马球衫换成了现代剪裁和定制的连衣裙。
一名海军陆战队士兵在给吉布斯打电话讨论一个可能的案件数小时后被发现在匡提科被谋杀，毕晓普和麦基以已婚夫妇的身份卧底，监视一名海军中尉和他的妻子。
万斯与吉布斯搭档，当一起谋杀案与一名前NCIS特工有关时，他返回现场执勤，该特工因盗窃证据而被关起来。
在参观一个谋杀案的制药实验室时，艾比被困，在武装人员占领大楼并将所有人扣为人质后，他与外界没有任何联系。
当一名士官的谋杀案与当地连环杀手的作案手法相匹配时，NCIS团队必须确定这是凶手的最新受害者还是模仿者的作品。此外，麦基和黛利拉在一起之前必须学会妥协。
NCIS谋杀一名退役海军中校的案件迫使Ducky透露他参与了一个解决悬案的秘密组织。
当苏丹的叛乱分子袭击了包括她的丈夫在内的一群志愿医生时，DiNozzo与他的前女友Jeanne Benoit团聚。DiNozzo和McGee前往共同谋杀和绑架案的犯罪现场，并加入寻找失踪医生的行列。
为了洗清自己的罪名，一名士官自愿接受军事法庭审判，如果NCIS同意在他的谋杀案因搜查令处理不当而被驳回后进行自己的调查。此外，毕晓普和杰克讨论了他们的婚姻问题。
国防部长呼吁NCIS帮助一名正在与白血病作斗争的水手找到骨髓移植的捐赠者，此前他的两个兄弟姐妹在执行任务时丧生。与此同时，毕晓普回到俄克拉何马州的家中过感恩节。
Ducky被一名声称掌握了他同父异母的兄弟几十年前去世的信息的男子袭击后，NCIS团队正在寻找肇事者，Ducky回忆起他与兄弟姐妹最后的情感日子。此外，随着假期的临近，毕晓普和杰克讨论了他们关系的未来。
一架从新奥尔良飞往华盛顿特区的私人飞机上的乘客和机组人员中毒，证据指向飞机上失踪的厨师艾比的兄弟。
在调查一名准备在大陪审团面前作证的海员被谋杀的案件时，NCIS团队发现了一个国际人口贩运团伙的死灰复燃。此外，麦基希望在一场风暴导致该市大规模停电后，能在同事家过夜。
四名深海潜水员带着一具尸体呆在潜水室内减压。尸体属于一名退休士官，他死于神秘的环境中。NCIS团队将试图在潜水员与尸体相处四天的同时，从陆地上破获此案。
当海军部长莎拉·波特得知她的女儿被绑架时，NCIS团队与联邦调查局合作追踪此案，确定动机并将她带回家。此外，麦基儿时的朋友，NCIS特工瓦莱丽·佩奇也在城里协助球队进行战术训练
Cyril Taft医生在被指派为Gibb的嫌疑人执行手术并发现关键证据后，经历了NCIS病例的激增。此外，Dinozzo拜访了Jeanne Benoit，他正在寻找一个涉及苏丹医生的线索。
NCIS特工的个人计划被打断，因为他们每个人都在一个看似简单的结案案件中发现了错误。此外，麦基和黛利拉争论晚餐时不要讨论工作的重要性，而迪诺佐则用商店谈话来打发约会。
六个月后，一对美国夫妇在伊拉克同一地区遭到袭击，NCIS小组重新审查了对一群特种部队狙击手的伏击。当吉布斯发现他需要唯一幸存者、海军陆战队枪手亚伦·戴维斯中士的描述时，他试图与正在沃尔特·里德医疗中心接受创伤后应激障碍治疗的受伤战士联系。
一名海军公共事务官员被谋杀，受害者的妻子和情妇互相指控犯罪。与此同时，老安东尼·迪诺佐（Anthony DiNozzo Sr.）帮助一位无家可归的妇女，她相信他就是她的父亲。
托尼的身份被多名犯罪者盗用，他们继续敲诈政客。
