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沉睡谷
在解决莫洛克危机后，全新的威胁浮出水面。古埃及/苏美尔风格的神秘邪神“潘多拉”（Pandora）及其丈夫“隐士”（The Hidden One）企图吸取人类恐惧以复活古代神族，重塑世界秩序。两位见证者与 FBI 合作，加入了 Jenny 和法医 Zoe 等新盟友。
亨利·帕里什与卡特里娜死去九个月后，阿比·米尔斯正式加入了联邦调查局，而伊卡博德·克兰则独自离开沉睡谷，踏上寻找自我的旅程。两人似乎都在努力翻开生活的新篇章。然而，一块神秘古板的出土打破了这份脆弱的平静——伊卡博德在得知这一发现后立刻返回沉睡谷。两人重新聚首后发现，这块古板与《圣经·启示录》中的“第二重磨难”有着千丝万缕的关联。与此同时，一个名叫潘多拉的神秘女人出现在沉睡谷，她的出现与这一切究竟有何联系，尚且无人知晓。伊卡博德和阿比借助一件古老的护身符重新联手，他们很快意识到，沉寂只是暂时的，新的黑暗预言已经悄然启动，而他们作为“见证者”的使命远未终结。
潘多拉动用她的力量释放出一种前所未见的邪恶存在——一个以人类恐惧为食的“怨灵”。它悄无声息地接近受害者，在耳边低语，最终将人活活吓死。阿比很快意识到，古板上的符号意义深远，而近来接连发生的几桩死亡事件不过是第二重磨难的前奏。伊卡博德暂时搬进了阿比的住处，试图适应现代生活，但他那套十八世纪的做派显然不受欢迎。阿比在联调局遇到了新上司丹尼尔·雷诺兹，两人曾是同期学员，旧日情谊令伊卡博德颇为在意。追查过程中，伊卡博德凭借对一七七六年旧事的回忆，以及昔日恋人贝琪·罗斯的帮助，找到了对付怨灵的办法。与此同时，乔·科尔宾被一个名叫兰德尔的黑帮分子绑架，珍妮不得不交出“阿努比斯碎片”来换回他的安全。
潘多拉从她的魔盒中释放出一件远古遗物，这件遗物拥有将普通人转变为历史上最令人恐惧之人的可怕能力。恐慌如同瘟疫一般在沉睡谷蔓延开来，镇民们一个接一个地变成了面目狰狞的怪物。伊卡博德认出这些转变与他自己过去的某段经历有关——那些他所面对的敌人并未真正消亡，而是被封印在某种超越时间的容器之中。阿比和伊卡博德必须在局势彻底失控之前找到遗物并将其重新封印。与此同时，珍妮带着乔一同追踪偷走阿努比斯碎片的窃贼，而丹尼尔·雷诺兹主动找到阿比，想就两人之间的过往把话说开。
潘多拉释放出她迄今为止最邪恶的力量——阿比祖，一种古老而可怖的存在，其原型正是民间传说中“牙仙”的黑暗版本。阿比祖专门通过儿童掉牙后留下的伤口吸食他们的灵魂，而且只有孩子才能看见它的真面目，成年人对此完全无能为力。当沉睡谷的孩子们接连陷入危险时，阿比和珍妮不得不放下多年的隔阂并肩作战。阿比告诉珍妮，她找到了她们的父亲——这个迟来的消息在本就复杂的姐妹关系中投下了新的阴影。伊卡博德因牙痛不得不去看牙医，他在诊所里的窘态为这集紧张的剧情增添了几分难得的轻松。米尔斯姐妹在共同对抗怪物的过程中，也重新审视了她们之间那段因分离而千疮百孔的亲情。
潘多拉复活了伊卡博德在独立战争时期的宿敌——威廉·豪将军。豪将军当年是英军驻北美的总司令，如今被潘多拉转化为亡灵军团的统帅，率领一支不死不灭的英军部队向沉睡谷发起进攻。为了阻止豪将军，伊卡博德和阿比必须找到他的墓地。这桩案件将两人引向了坦普伦斯·布伦南和西利·布斯——杰斐逊学会的法医人类学家及其搭档。四位调查者必须联手，用二十一世纪的科学手段去解开十八世纪的秘密。布伦南和布斯起初对超自然之说持怀疑态度，但当他们亲眼目睹不死士兵横行街头时，信念的壁垒开始动摇。 联动集开始于《识骨寻踪 》第11季第5集：遗体复活（上）
潘多拉再次出手，这一次她释放的是一个能引发受害者集体偏执狂潮的怪物。这个怪物以“加勒比红衣夫人”之名闻名，它通过某种精神层面的侵蚀，让沉睡谷居民一个接一个地陷入极度的猜忌和恐惧之中，最终走向死亡。伊卡博德和阿比展开追查的同时，这起案件也迫使米尔斯姐妹直面她们童年时期最痛苦的一段记忆。阿比面临一个关乎职业生涯的关键抉择，伊卡博德以自己跨越两个世纪的人生经验为她提供建议，试图引导她做出正确的选择。另一边，乔与阿提克斯·内文斯会面，试图从这个人身上挖掘更多关于自己父亲——已故警长奥古斯特·科尔宾——的秘密。父亲的阴影，仍在以各种方式笼罩着这些角色的命运。
丹尼尔·雷诺兹前往华盛顿特区处理内文斯案件的后续事宜，临行前将指挥权交给了阿比。这对于阿比而言既是信任，也是一次严峻的考验——她必须在没有雷诺兹压阵的情况下独立指挥联调局的行动。与此同时，珍妮和乔因偷走阿努比斯碎片的后果付出了代价。阿提克斯·内文斯召唤了三个狂战士，目的是从碎片中回收能量，这令整个团队陷入了前所未有的危机。伊卡博德、阿比和乔紧密合作，全力保护珍妮的安全。一个比潘多拉更加危险的新邪恶势力也在这集中初露端倪。阿比的职业前途和团队的安危同时悬于一线，任何一个失误都可能带来不可挽回的后果。
潘多拉悉心照料着“隐秘者”——一个远比她更为古老而强大的存在，试图将其从虚弱状态中恢复过来。但隐秘者要完全恢复力量，需要一件关键之物——“灵眼”，而这枚灵眼恰好在珍妮体内。这一真相的揭示，令所有角色的处境都变得岌岌可危。阿比做出了一个重大决定：她从联调局辞职，以便能够不受束缚地与伊卡博德和乔一同追猎见证者的敌人。这个选择意味着放弃她多年奋斗才得到的职业身份，但也标志着她彻底接受了作为见证者的使命。
阿比被迫与团队分离，伊卡博德对此耿耿于怀，近乎偏执地投入到寻找她的行动中。他的执念几乎吞噬了他的所有理智和判断力。与此同时，乔和珍妮在寻找一张能够指引他们找到潘多拉藏身之处的地图。索菲娅在这一集中首次接触超自然世界——当伊卡博德与一个来自日本的复仇恶灵展开搏斗时，索菲娅意外被卷入其中，她不得不直面这个她此前完全无法想象的世界。阿比在另一个层面上经历着自己的考验，她必须找到回来的路。
伊卡博德在星体层面上展开了一场孤注一掷的探索，试图在灵性世界中找到失踪的阿比。与此同时，索菲娅找到乔和珍妮，请求他们帮助处理一桩棘手的案件——石庄园的一尊石像鬼复活了，并且已经杀死了一名建筑工人。这尊石像鬼原本只是庄园建筑上的装饰，如今却变成了嗜血的活物。乔、珍妮和索菲娅联手展开调查，发现这只石像鬼并非孤例——它只是即将涌入沉睡谷的众多怪物中的第一个。三人在没有伊卡博德和阿比坐镇的情况下首次独立行动，他们必须证明自己有能力在没有见证者的情况下守护这座小镇。
阿比从炼狱归来后，正在努力重新适应正常的生活。然而，丹尼尔·雷诺兹很快就找到了她，请她协助调查一桩新案件。案件的核心指向一个与血亲有关的超自然存在——一个与沉睡谷某个家族的历史紧密相连的灵体。伊卡博德和阿比在调查过程中逐渐发现，这个灵体的出现与潘多拉的布局有着隐秘的关联。阿比从炼狱归来的经历也在她的心理上留下了痕迹，她表面看起来无恙，但某些瞬间的反应透露出那段经历对她造成的深层影响并未完全消退。
珍妮终于做出了一个她拖延已久的决定——去面对她们的父亲。这次会面将米尔斯家族多年积累的伤痛和矛盾全部掀到了台面上。珍妮和父亲之间爆发了一场激烈的对峙，那些被时间掩埋的家庭创伤重新浮出水面。阿比夹在中间，既要支持妹妹，又要面对自己对父亲同样复杂的情感。与此同时，阿提克斯·内文斯重返沉睡谷，他带来的危险远超联调局的预估。内文斯的回归不仅威胁到阿比和珍妮的安全，也可能揭开科尔宾警长之死背后更多不为人知的秘密。
一个与传说中新泽西恶魔极为相似的怪物开始在沉睡谷肆虐。这个怪物拥有某种令人不安的能力，它能够映照出人心中最阴暗的一面，仿佛一面行走的暗镜。伊卡博德必须回溯自己的过去，寻找这个怪物与十八世纪某个事件的关联——那段往事中藏着击败它的关键。与此同时，珍妮和乔在尝试经营他们新建立的关系时频频跌倒，两人都在学习如何从战友变成伴侣。阿比仍在艰难地消化她近期经历所带来的创伤后遗症，她的坚强外表下隐藏着尚未愈合的伤口。
联调局安排了一次团队建设野外生存训练，阿比和索菲娅被编在同一组，与向导一同进入森林。然而，训练很快变成了一场真正的生死搏斗——他们的向导遭到了一种名为“维尔弗林德”的怪物的袭击。这种怪物源自四百年前荷兰殖民者封印的某种古老存在。阿比和索菲娅在避难的小屋中发现了一本日记，记载了这种怪物的来历以及一名叫托马斯的人被感染后变身的全过程。与此同时，珍妮和乔在一场拍卖会上意外获得了一件珍贵的物品，随后遭到潘多拉的追讨。伊卡博德发现卡特康布上的符号可能具有远超他预想的重要性。
伊卡博德在档案馆遭到隐秘者的突袭，千钧一发之际，卡特康布符号吸收了隐秘者的攻击，救了他一命。阿比在隧道中与潘多拉正面相遇，从她口中得知那个符号被称为“图拉之徽”，其力量构筑了一道屏障，将某位神明封印其中。两人决定暂时联手，共同寻找突破屏障的方法。与此同时，珍妮、乔和索菲娅调查一起三人被报丧女妖杀害的案件。他们发现报丧女妖会被巨大的噪音激怒，于是用救护车警笛将其引诱出来。但就在即将得手之际，阿比发来消息说需要活捉它，报丧女妖趁机逃脱。伊卡博德从隐秘者那里听到了关于自己过去的某些真相。当夜，乔为了救珍妮不得不杀死了报丧女妖，随后主动提出以自己的灵魂作为替代。已经处于温迪戈形态的乔，其黑暗能量被潘多拉利用，配合盒子碎片冲破了屏障，释放了隐秘者和伊卡博德。图拉之徽与古板一同被摧毁。
隐秘者在得知潘多拉早就知道阿比和伊卡博德持有图拉之徽却没有及时禀报后勃然大怒，对潘多拉施加了严厉的惩罚。潘多拉被逼到了墙角，决定转而寻求伊卡博德和阿比的帮助。她在隧道中告诉伊卡博德，她需要找齐魔盒的其余碎片，因为这只盒子最初被设计用来容纳诸神的力量。伊卡博德虽然心存疑虑，但潘多拉透露魔盒只能在它被创造的地方——地下墓穴——重新生成。两人决定前往保罗·列维尔故居，因为伊卡博德相信贝琪·罗斯当年缝制的那面旗帜中的金线可能是返回地下墓穴的关键。然而他们发现金线已被替换。他们无意中触发了守护旗帜的永生士兵，遭到猛烈攻击。旗帜上隐藏的音乐线索将他们引向了麦克亨利堡。潘多拉以星体形态出现在隐秘者面前，正式与他分道扬镳。伊卡博德和阿比在俄耳甫斯雕像中找到了贝琪的旗帜。
伊卡博德和阿比前往宾夕法尼亚州，沿特拉华河乘船航行，将自身送入冥河——这条河流连接着人间与地下墓穴。他们的目标是赶在隐秘者恢复全知全能之前完成潘多拉魔盒的修复。时间如同一只正在流尽的沙漏，隐秘者每恢复一分力量，局势就对他们更加不利。团队迎来了一位新成员，这位新盟友的加入为团队带来了新的力量，但也在某种程度上改变了原有的协作格局。珍妮在这一集中发现了关于她父亲的某个新真相——这个发现可能会彻底改变她对父亲以及自己童年的理解。
伊卡博德和阿比在经过一个惊人的发现后，终于意识到了他们必须做什么才能让潘多拉魔盒重新完整——而这个选择意味着他们中必须有人做出终极的牺牲。与此同时，整个团队正在竭尽全力地阻止隐秘者。隐秘者的力量已经恢复到了足以毁灭全人类的程度，每一分每一秒的拖延都意味着更多生命的流逝。珍妮、乔和索菲娅各自承担起自己的战斗任务，所有人都在为同一个目标而拼尽全力。阿比最终做出了那个艰难的决定：她选择成为潘多拉魔盒的容器，以自己的生命为代价封印隐秘者。伊卡博德眼睁睁看着他的见证者、他的挚友、他跨越两个世纪的伙伴在他怀中逝去。
