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洛克人EXE
热斗从威利博士处得知，迪奥，这个地球外的领航员，已经下达了毁灭地球的审判。双向融合后的热斗与炎山来到迪奥的彗星上，迪奥对他们双向融合的形态感到奇怪，为了看看这股力量究竟有多强大，他决定给人类一个机会，也是一次考验。地球会不会就此毁灭？热斗等人能否经受迪奥的考验？
神秘彗星接近地球，令地球的网路世界起波澜，巨大病毒竟然实体化到处搞破坏，当仁不让的热斗和炎山再次派拍档领航员洛克人和布鲁士攻坚，虽轻描淡写地打败病毒，但却找出问题所在，原来来自神秘彗星的外星领航员迪奥要「审判」地球，地球危在旦夕，凶险的战斗即将展开…..
神秘彗星接近地球，引起连场网路大战，先由洛克人和布鲁斯力斗科鲁迪，随而带出外星领航员迪奥要审判地球的重大问题。热斗和炎山以「双向融合」的方式分别带同洛克人和布鲁斯进入彗星网路，并找到外星领航员迪奥。迪奥表明对「双向融合」感兴趣，并要以此为题来考验热斗……
迪奥开始考验人类，首先赐行星生命体给心术不正的驯兽师犬饲猛雄。生命体化身为网路领航员野兽人后，网路世界乱作一团，热斗和炎山马上出动，但亦未能压制野兽人，幸好这时热斗之父祐一郎完成「异次元空间发电机」，提升了洛克人和布鲁斯的战斗力。经一番战斗，两领航员合力打败野兽人，让人类过了首关「试练」。
行星生命体的威胁 迪奥开始考验人类，首先赐行星生命体给心术不正的驯兽师犬饲猛雄。生命体化身为网路领航员野兽人后，网路世界乱作一团，热斗和炎山马上出动，但亦未能压制野兽人，幸好这时热斗之父祐一郎完成「异次元空间发电机」，提升了洛克人和布鲁斯的战斗力。经一番战斗，两领航员合力打败野兽人，让人类过了首关「试练」。
近日发生一连串的奇特窃案，失物尽是威利博士的收藏品，热斗和炎山合力侦查下，发觉最可疑的是情圣查理，洛克人和布鲁斯更与此人的领航员螺旋桨人在网路中交起手来，几个回合过后，真正窃匪沙漠人终亮相，其操控者竟是电视台导演砂山登，一时间，局面变得更混乱，最后洛克人和布鲁斯虽全身而退，但看来砂山登仍会再临……
热斗认识了一位行径大懵的OL叶月唯，后发觉此女已成为迪奥代理人斯拉的目标。斯拉利用她对公司的怨气，以行星生命体化成「石头人」袭地球网路，热斗马上派洛克人应战，但石头人实太利害，洛克人的武器全数被变为石头，幸好洛克人情急智生，改变战略，终打败石头人，令一切回復正常。
洛克人和布鲁斯参加「领航员赛车」，唯云云车主中有一个心术不正的西古雷，其执令斯拉有机可乘，一场弘扬体育精神的赛事顿成为赛车的「杀戮战场」。西古雷的闪光人屡出矛招，令多部赛车出事退出，洛克人和布鲁斯唯有奋力还击，最后将闪光人击败。西古雷虽败阵，但百足之虫的性格驱使他投向新WWW…
亚美罗巴发生类似陨石坠地的神秘大爆炸事件，热斗和炎山一众往查究，发觉此陨石坑有时空偏差的现象，后又受大批已灭绝的病毒袭击，幸好危急间一自称「卡尼路」的神秘领航员出现，为洛克人和布鲁斯化解危难。事后，炎山获得「迪奥徽章」，并决定留在亚美罗巴继续查究神秘大爆炸之事，热斗则返回日本…
网路罪犯高斯连同其领航员磁铁人被判重刑，其女儿特斯拉马上以「新WWW」领袖之名宣称要反击，如是者，由热斗挂帅的网路警察马上镇守监禁高斯的网路看守所。未几，果见已归附新WWW的犬饲和砂山攻来，经一番大战，当热斗以为自己稳操胜券时，特拉斯才亮出皇牌，一举劫走高斯和磁铁人，大壮新WWW声威。
际遇未如理想的「影像作家」纳尔西.秀被斯拉利用，以行星生命体「影像人」的力量弄得全电算市一片粉红，热斗和直升机师查理分别派领航员洛克人和螺旋桨人查究，结果演变成网路大战，第一回合洛克人和螺旋桨人吃了小亏。影像人食髓知味，再次出动，但这次洛克人已激出斗志，和螺旋桨人「灵体共鸣」，成功打败影像人。
新WWW的成员犬饲猛雄有所行动，派其网路领航员野兽人将市内的汽车变成野兽，一时间，全市乱作一团。热斗与名人一同展开行动，起初处处受制于「野兽汽车」，幸机智的热斗想出以敌制敌的一招，方令洛克人顺利进入网路世界，再加上神秘网路领航员卡尼路现身相助，洛克人终打退野兽人，令世界回復正常。
石屎森林 新WWW的成员犬饲猛雄有所行动，派其网路领航员野兽人将市内的汽车变成野兽，一时间，全市乱作一团。热斗与名人一同展开行动，起初处处受制于「野兽汽车」，幸机智的热斗想出以敌制敌的一招，方令洛克人顺利进入网路世界，再加上神秘网路领航员卡尼路现身相助，洛克人终打退野兽人，令世界回復正常。
Lan meets a girl named Jasmine from the country of Choina. To complete her training as a pharmacist, Jasmine seeks a rare flower, and Lan agrees to help her. However, a man named Bengel in a medicine company hopes to steal the medicine that Jasmine is concocting, so he kidnaps Jasmine and threatens to delete her NetNavi Meddy if she doesn't give up her secrets. Lan and MegaMan manage to rescue the two from the perilous situation.
BubbleMan returns, and this time, he seeks a rare treasure hidden in the depths of the internet. He joins up with IceMan and SpoutMan to undergo this mission, but MegaMan and Roll are close behind to keep the young NetNavis out of trouble. MagnetMan also tails the group, hoping to snag the treasure for himself.
落泊的程式研究员伊汪因为得不到上司赏识而走入邪道，以其超级压缩方法来掳走众多领航员，网路战警炎山和拉伍追查之下，从热斗之父处得到灵感，诱出伊汪，大战随即展开，经一番苦斗，炎山和拉伍的领航员布鲁斯和闪电人合力打败伊汪的冰人，并将伊汪绳之于法。
骇客马克和哈利两兄弟为怕罪证落入网路警察真边手中，遂借用行星生命体重力人的力量来谋害真边，令真边掉进了体重急增的迷雾中，热斗协助追寻根源，混乱间搞出一幕潜艇飞天事件，经一番战斗，洛克人在卡尼路协助下终打败重力人，令一切回復正常，马克和哈利兄弟也难逃法网……
骇客马克和哈利两兄弟为怕罪证落入网路警察真边手中，遂借用行星生命体重力人的力量来谋害真边，令真边掉进了体重急增的迷雾中，热斗协助追寻根源，混乱间搞出一幕潜艇飞天事件，经一番战斗，洛克人在卡尼路协助下终打败重力人，令一切回復正常，马克和哈利兄弟也难逃法网……
雷火之旧友伊利亚来日本参加西洋剑比赛，以无敌姿态杀入决赛之同时，市内的美术馆内的古代武器相继被武士人盗走，随热斗侦查此案的雷火发觉伊利亚有可疑，遂设下圈套引伊利亚露出马脚，经一番激战，伊利亚回头是岸，反助洛克人和检索人打败自己的领航员武士人，从而化解了这次事件。
坏蛋土门凯的领航员烧夷弹人在逃避追捕时躲进了烟花工人六尺玉燃次的PET中，并展开了一段奇缘。在燃次的教化下，烧夷弹人戾气渐消，但土门凯不肯放过他，且令他回復行星生命体的可怕面貌，期间热斗和洛克人加入战围，经一番苦战，终于阻止了一场大灾难。土门凯被绳之于法，而烧夷弹人则重获新生，正式成为燃次的拍档。
新WWW总动员干扰通讯卫星，藉此令世界陷于混乱。行动期间其总裁特拉斯遇上情圣查理。查理不畏风暴将特拉斯送到「工作地点」，此举打动了特拉斯的心扉，但两人毕竟是对立者，当查理知道自己助纣为虐后，马上补过，派螺旋桨人修復被干扰的卫星系竟，化解了一场灾难。
