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宝可梦
小智在争取接下来的三枚道馆徽章时表现不错，但小光却不太顺利，连续在两场华丽大赛中失利。 两人都将竭尽全力成为更优秀的训练家——从参加米可利杯大赛到就读山梨博士的宝可梦暑期学院。 但愿他们掌握的新战术能助其成功对抗宝可梦猎人J的最新阴谋，以及银河队的崛起威胁！
在前往下一间道馆所在地帷幕市的旅途中，小智一行人跟往常一样，和宝可梦们一起用餐。但是，新同伴小火焰猴对於这种和真司旅行时迥异的气氛感到困惑。面对这样的小火焰猴，小智邀它一起为道馆战进行特训，练习的对象是小光与波加曼，但是，小火焰猴输了。这时候，小火焰猴想起真司严苛的视线，担心会因此受到责备而害怕不已。然而小智一行人的态度却完全和它想的不同！小火焰猴会从这样的小智他们身上感受到什麼呢？并且，大家突然遭到成群的猫鼬斩袭击，小火焰猴之外的宝可梦们都陷入危机！面对成群的猫鼬斩，小火焰猴最後能够救出大家吗？
旅途中，经过某座小城镇塔吉西镇的时候，发现到百代道馆馆主菜种的身影。看来，她正镇上的孩子们进行宝可梦对战普及推广活动。然後，火箭队出现了，在菜种的提议下，小智一行人以菜种和小次郎为对手进行双打对战。对战後，菜种对小次郎表明沙漠奈亚有变强的资质，却没有被发挥来的事实，提出要代为照顾的建议。小次郎在这件事影响下，和沙漠奈亚展开猛烈特训。即使全身伤痕累累，沙漠奈亚还是一心想继续练习。可是，因为一直没有成果，小次郎失去了自信。这时候，菜种再度出现在小次郎面前！
在旅途中经过的宝可梦中心里，小光他们与好久不见的小望重逢了。而且，也得到下次华丽大赛将在随意镇举办的情报。小光他们，为了参加华丽大赛而和小望一起练习。小光派出要在下次大会首度出场的泳气鼬和小望练习，一旁则是小智与小刚为了准备道馆战，正用长尾怪手与小火焰猴做练习。结果，长尾怪手与泳气鼬都因为在意对方的练习而无法专心进行训练。这时候，小望提议让长尾怪手与泳气鼬做交换。究竟小智和小光对於这个提案，会有怎样的回答呢？
小智与小光正为了下次大会努力进行特训时，泳气鼬的音爆打中了附近一座以石头堆砌而成的塔。然後，周遭天色突然变暗，落雷命中了其中一块被打飞的石头。而那颗石头竟然是楔石，封印宝可梦花岩怪从中现身了。惊险逃过花岩怪袭击的小智一行人前往附近的村落，并且从那里的村人口中听到古老的传说，内容是带著皮卡丘的波导使者，将为恶的花岩怪封印在石头建造的灵魂之塔中。小智一行人知道封印被解开後，认为自己需要负责，於是决心要封印花岩怪，但是...
小智一行人在前往随意镇的旅途中，遇见在跨越峡谷的石桥工地前争论的培育家石蘇小姐与设计师。看起来，好像是必须在三天内完工才能赶上桥梁开通典礼，但是工程却因为石桥建造大师闪到腰而中止了。虽然由设计师代替大师指挥建造石桥、石蘇小姐负责切割造桥用的石头，但是石头切割专家「水獭宝可梦」大尾狸却完全不肯工作，令人非常困扰。看到这状况的小智一行人决定帮忙切割石头，可是，工作从来不偷懒的大尾狸不愿意工作的原因到底是什麼？
持续旅行的小智一行人，在天冠山山麓遇见带著「罗盤宝可梦」朝北鼻的少年淳雄。接著，淳雄突然要求和小智进行宝可梦对战！面对淳雄的野性对战风格，小智也热血沸腾了！两人展开了令人喘不过气的激烈对战。然後，就在小智要往对岸的岩石去的时候，淳雄突然中断对战。询问之下，他才说出原因在於对岸不属於天冠山的范围，朝北鼻在那边无法进化成大朝北鼻。看来，淳雄的梦想是要以大朝北鼻挑战神奥联盟的样子。而小智对拥有相同目标的淳雄产生认同感，再度展开对战！究竟最後，朝北鼻能够进化成大朝北鼻吗？
旅途中，在森林里迷路的小智一行人，在找到地图上也没有记载的古城之後，决定去借宿一晚。他们在那里遇见了自称天才侦探的少女玛蓓儿与「眼光宝可梦」伦琴猫。听说是怪盗美女组要偷走城里的宝物「古代护身符」，而小智一行人因此被误认为怪盗了。这时城主马修出现，拜托大家帮忙冲动的玛蓓儿，但是...小智一行人能够平安无事的守住宝物吗！？美女组的真面目是什麼！？这时候，美女组的身影悄悄接近了！！
小智一行人终於抵达随意镇了。就在为宝可梦华丽大赛‧随意大会进行特训的时候，小光的青梅竹马健悟出现了。健悟好像正要前往随意遗迹的样子。跟著他一起走的小智一行人，在祭祀帝牙卢卡与帕路奇犽的遗迹前展开对战。而在同一时间，遗迹内部正在进行某种可疑的仪式。接著突然之间，「象徵宝可梦」未知图腾开始暴动，遗迹发生了异变！而且，这个异变让小智一行人被关进遗迹里去了。究竟最後，小智一行人能够平安从遗迹当中逃脱吗？
明天终於要举行宝可梦华丽大赛‧随意大会了！ 在宝可梦中心前的广场，小光与宝可梦们正为了做最终调整而努力训练。虽然小光准备得很顺利，但是这次，获得新伙伴斗笠菇而更加成长的青梅竹马健悟、靠难以想像的拼上全身绝招风靡观众的武藏莉娜等强敌齐聚一堂！上次在缘之大会第一次审查中落败的小光，活用了之前的反省重点，挑战雪耻战！最後小光，能够平安通过第一次审查、在这次大会中拿到第二个缎带勋章吗？
小智一行人在前往下一间道馆帷幕道馆的旅途中，在小刚的提议之下前往女仆咖啡厅「山中小屋」。在店里迎接他们的是女仆小春、小夏和小秋。小智一行人马上点了山中小屋名产「奶牛宝可梦」大奶罐的鲜奶，在店内农场喝过小春和小夏的大奶罐提供的现挤鲜奶後，感到非常满足！然而，就只有小秋的大奶罐因为个性任性完全不肯听话，让她很伤脑筋的样子。这时候，小刚的培育家之魂被点燃，决定帮小秋进行宝可梦抚养方法的特训。究竟大奶罐会不会变得听小秋的话呢？另一方面，在小秋与小刚进行特训时，小智与小光，还有宝可梦们到店里帮忙了！虽然店里变得很忙碌，但这样真的没问题吗？
小智一行人在旅途中，决定前往小光的儿时玩伴、汤红的老家经营的温泉！久违重逢的汤红与小光兴奋不已！大家马上就为了休息而冲进露天温泉，然而温泉的水量稀少，温度也很冷，完全不是可以泡汤的状态。询问原因之後，才听说由山上源泉引来的温泉，大约从上周开始就流不出温泉水了。因此，汤红打算使用「猪宝可梦」的三只小山猪来找出新的温泉。小智一行人决定帮忙，而他们马上就有所发现了！没想到，那里是个新超级渡假村的建设工地！可是，这里的温泉不知道为什麼，与汤红老家的温泉几乎一模一样！这到底是怎麼回事？
旅途中，小智一行人在某个绿意盎然的城镇，与草苗龟一起进行能源球的特训！结果突然之间，「牙蝎宝可梦」天蝎王与成群的「飞蝎宝可梦」天蝎跑来袭击他们！然後，这群宝可梦在把附近的树果与水果，甚至连小智他们的午饭都搜括一空後逃走了。这时候，君莎小姐与乔伊小姐出现。看来君莎小姐她们是想把迷路闯进城镇的天蝎王与天蝎群抓起来，送回原本居住的森林里去。小智一行人决定帮忙君莎小姐她们，但是... 究竟他们能不能平安让天蝎王与天蝎群回到森林呢？
在前往帷幕市的旅途中，来到广阔沙地的小智一行人，决定大家好好玩一玩。宝可梦们在沙地上兴奋玩乐的时候，沙地突然开始摇晃，脚底的沙子随著大片飞沙隆起。然後，「重量宝可梦」河马兽从沙中现身。好奇心旺盛的帕奇利兹爬到河马兽头上研究那张大嘴，结果竟然滑进嘴巴里去了！小智他们紧张万分的要去救帕奇利兹，但是河马兽又钻进沙地失去踪影，让大家束手无策。这时候，以前被小智一行人送回群体去的怪河马出现在他们面前！
终於抵达帷幕市的小智一行人，在郊外的森林里，发现像格斗家的女孩在和「波导宝可梦」路卡利欧进行激烈对战，於是在一旁观摩。结果电击兽从树荫中冒出来对皮卡丘恶作剧还搞到大打出手！这时候出现了一位来找电击兽的抚养家青年，没想到他竟然是真司的哥哥雷司。接著，雷司向大家介绍，那个像格斗家的女孩就是帷幕道馆的馆主──阿李。小智立刻要求进行道馆战，但是却遭到拒绝。似乎是因为真司的缘故，让阿李失去了担任道馆馆主的自信。 将这个状况与自己的情况重叠的小光，对阿李提出某个提案！
为了让阿李找回自信，小光将要挑战第一次道馆对战赛。她在决战前以小智的皮卡丘及泳气鼬为对手，努力替波加曼它们进行对战赛的特训！而小智为了要让姆克鸟学会新绝招，在雷司抚养的「猛禽宝可梦」姆克鹰帮忙之下，持续进行训练！ 此时，阿李正在道场般的木造道馆场地中，为了准备明天的对战赛，与路卡利欧进行精神统一。终於到了道馆对战赛当天！究竟阿李能不能重新振作起来呢？还有，阿李VS小光的道馆对战赛，结果将会如何？
多亏小光的帮忙，阿李找回遗忘掉的对战乐趣以及身为道馆馆主的自觉，并且接受了小智进行道馆战的要求！接著，帷幕道馆的道馆赛终於开始了！使用格斗系宝可梦的阿李，第一只派上场的宝可梦是「怪力宝可梦」豪力！相对於此，小智以正在进行新绝招特训的姆克鸟挑战对战赛！面对有著与路卡利欧的完美默契配合作为後盾的阿李，小智会展开什麼样的战斗呢？还有，对战赛的结果将会如何？
结束了帷幕道馆道馆战的小智一行人，在前往新目的地的前一晚，因为雷司说有东西想给大家看而跟著他出门。大家爬上通往郊外高台的石梯後，到达了一个被光线照耀得如梦似幻，有大小陨石发出光芒的公园。看到作为帷幕市象徵的陨石造就的不可思议景象，一行人大受感动，而他们面前出现了企图抢夺陨石的直升机部队...
小智一行人在帮天蝎进行对战特训的时候，听到不知从何传来的宝可梦叫声。那原来是铃当响的声音，而追著铃当响出现的人，是宝可梦魔法师??。她好像是和三只铃当响一边进行魔法秀一边旅行。虽然美丽的合声很重要，但是其中一只铃当响很爱撒娇，让她很伤脑筋的样子...
小智一行人在旅途中，遇见一只负伤的利欧路。虽然小智想要靠过去帮它疗伤，但严加警戒的利欧路在突然发出「波导弹」後逃走了。
小智一行人在旅途中，遇见一只负伤的利欧路。虽然小智想要靠过去帮它疗伤，但严加警戒的利欧路在突然发出「波导弹」後逃走了。这时候，正在追踪利欧路的宝可梦保育家创一出现了。与创一同行寻找利欧路的小智一行人，遭到宝可梦猎人们的袭击...
