...
宝可梦
小智与他的伙伴艾莉丝、天桐刚刚挫败了火箭队的最新邪恶计划，但新的危机已悄然浮现！ 此刻，手握八枚道馆徽章的小智正准备迎接合众地区的终极挑战——宝可梦联盟大会，他将在这里与老对手和新劲敌交锋，继续向着宝可梦大师的目标进发！ 与此同时，艾莉丝正为如何与她那只强大而倔强的快龙建立羁绊而苦恼——回到龙之乡的探访，能否帮助这位立志成为龙系大师的少女解开困惑？ 而在合众联盟之后，等待着英雄们的又将是什么激动人心的新冒险？旅程仍在继续，答案即将揭晓！
合众联盟的举办地确定为桧垣市，小智一行人於是离开竹兰的别墅准备前去参赛。在森林当中，他们和花园歌剧团的麻雅与"丝巾神奇宝贝"奇诺栗鼠，水树与"花饰神奇宝贝"裙儿小姐以及紫音与"捧花神奇宝贝"罗丝雷朵有了最糟的相遇。被卷入炒炒猪与水水獭争执的导电飞鼠撞上麻雅，结果麻雅竟说导电飞鼠和藤藤蛇都是「丑八怪」，让艾莉丝勃然大怒！！为了要让高傲离去的3人得到教训，小智与天桐也都盛装打扮，前往歌剧团员禁止男宾进入的宿舍。「绽艳方成华，败者凋零化尘泥」！不得了的对战即将开幕…！？
小智一行人继续踏上旅途前往要举办合众联盟的桧垣市。突然间，"勇猛神奇宝贝"勇士鹰、"鼹鼠神奇宝贝"螺钉地鼠以及它们的训练家空朗&陆克兄弟出现，向小智与天桐挑战要求进行双打对战！！对手的两只接连使出没有任何人见过的「飞钻翼」、「神鹰遁地」、「廻转钢爪」，以及其他默契配合极佳的合体绝招！相对的轰隆雉鸡与花椰猴也不惶多让的驶出合体绝招应战！究竟最後结果如何…？接著，希望变得更强的二人，接受了天桐这个神奇宝贝酒侍的品评！称霸天空与大地的他们，如果可以在收服水系神奇宝贝，就是海陆空齐备的世界最强组合，到底会怎麼样？
小智一行人前往即将举办合众联盟的桧垣市，途中，他们顺便前往了艾莉丝的故乡──龙之乡。除了向大婆婆报告旅行的状况，艾莉丝也与儿时玩伴菖蒲重逢。这时菖蒲所培育的两只"乱暴神奇宝贝"双头龙出现了。同一天从蛋里孵化，情同兄弟的它们，哥哥今天不知道为什麼无精打采的，当小智等人在菖蒲家用餐的时候，弟弟双头龙突然慌慌张张地跑来。大家跟过去一看，发现哥哥双头龙进化成"凶暴神奇宝贝"三头龙！但是，三头龙对自己的进化大吃一惊，突然开始大闹！艾莉丝说她会设法处理，但是……
小智一行人抵达双龙市。双龙道馆‧道馆训练家夏卡对战的艾莉丝充满斗志。可是，一想到让她难以招架的夏卡就觉得坐立难安…。艾莉丝为了让自己冷静下来而爬上双龙市的铁塔，引起骚动。不过，与在双龙学园生活时的舍监玛莎女士及学园的神奇宝贝"颚斧神奇宝贝"斧牙龙重逢，让她又重新振作起来。第一次与夏卡对战的後，艾莉丝的独断独行让龙头地鼠封闭了心灵…。这次一定要以两人的搭档合作获胜！艾莉丝使出全力对抗夏卡！"地底神奇宝贝"龙头地鼠将与"颚斧神奇宝贝"双斧战龙进行复仇对战…！！到底会有何结果！？
来到桧垣市附近山顶的小智一行人，打算强行穿越被岩石阻碍的道路，结果差点从山崖上掉下去。这时候，带著"进化神奇宝贝"伊布的青年巴吉尔与"太阳神奇宝贝"太阳精灵救了大家。巴吉尔与他的父亲和哥哥一起组成神奇宝贝救援队，守护城市。他带领的队伍名叫「伊布队」，是由伊布与伊布的七种进化型态共同进行活动。同一时间，水坝发生事件。水坝管理室的大门被"结霜神奇宝贝"几何雪花栋住，使得戴比困在里面！面对越发紧急的事态，巴吉尔与小智等人前去支援。伊布队能发挥实力吗…！？
小智一行人终於抵达举办合众联盟的桧垣市，并且和白露、肯尼洋、修帝及巴吉尔等人重逢。大家顺利完成参赛登记後，正准备走回各自的宿舍时，在树林里看见了眼熟的帐棚，原来这次为了绝对不要迟到，虎彻与利欧路从三天前就在这里扎营了，可是一详谈才发现，虎彻竟然还没有登记参加大会。大吃一惊的小智，在通知结束参赛登记的广播声中，急忙拉著虎彻赶往登记柜台！他们到底赶不赶上？接著，预赛终於要开幕了！宿命的对决再次登场，小智的对手是修帝与君主蛇！而小智选的神奇宝贝是……
接连出现强烈激战的合众联盟预赛中，轮到小智智的皮卡丘VS修帝的君主蛇这场对战！君主蛇以最擅长的必杀技龙尾与困绑连续攻击，让皮卡丘陷入重大危机。即使拼命以十万伏特应战，君主蛇也有秘策应对，这次一定要赢过修帝！小智与皮卡丘可以抢下胜利吗？接下来，劲敌们也在预赛中纷纷演出白热化的对战！复赛第一轮确定有虎彻与白露的对战！大剑鬼VS骑士蜗牛的对战，骑士蜗牛以铁壁提升防御力，使得大剑鬼的攻击一直受阻。困惑不已的虎彻拉弹头带思索对策，究竟结果会怎样……
合众联盟‧桧垣大会很快地进入赛事中盤，小智等人都先回到宿舍。这时候，皮卡丘发现到…牙牙不见了！！一查才发现，牙牙是去追空中的气球，不小心与小智他们走散了！艾莉丝开始拚命的搜寻牙牙。另一方面，皮卡丘它们以小巷为中心四处寻找牙牙。在过程中，水水獭在巷子里发现满满一箱水果，还把它们全都吃光了。可是那是住在巷子里的"垃圾场神奇宝贝"灰尘山，从附近的住户那里得到的食物。水果就这样没了，让"垃圾袋神奇宝贝"破破袋很难过。於是，愤怒的灰尘山找上因为发现牙牙而松了一口气的皮卡丘它们…！到底会怎麼样呢！？
白热对战不断的合众联盟‧桧垣大会！顺利晋级第二轮的小智，终於打进第三轮。对手竟然是肯尼洋！东．乔治对战、许愿钟对战、东乔治格斗大会，在各大会中一起战斗的肯尼洋与小智，因为熟知彼此的本领，都是预想了对方选择的神奇宝贝及绝招来准备对战！虽然因为肯尼洋的雷电斑马学会新绝招，出现意外的发展，不过小智的蓝蟾蜍也不服输的应战！然後，面对肯尼洋最强的搭档「空手道神奇宝贝」打击鬼，上场的是一度进行对战，体力大幅消耗的流氓鳄！恶系对上格斗系很不利。小智要怎麼推翻这种状况呢？
晋级第4轮的小智，将要与虎彻进行对战！第4轮的6对6的全面对战！虎彻预告的秘密武器竟然是「凶暴神奇宝贝」三头龙！相对於此，小智派出「矿石神奇宝贝」地幔岩一决胜负！地幔岩以绝招准确的命中威力十足的三头龙！究竟结果会如何？接著，轮到虎彻最後的堡垒兼好搭档「波纹神奇宝贝」利欧路上场，面对它的轰隆雉鸡打算以速度决胜负，可是利欧路竟然跳到轰隆雉鸡身上使出绝招！无法闪避的轰隆雉鸡遭受严重伤害，陷入大危机！虎彻的指示乍看之下是一团乱，可是他与利欧路的默契配合却高人一等！这时，利欧路出现异状……
激战不断的合众联盟进入第四轮！小智与虎彻的对战成为空前混战！更意外的是虎彻的搭档利欧路进化成为「波导神奇宝贝」路卡利欧了！路卡利欧的绝招威力大幅提升！甚至还学会新绝招，逼得小智与藤藤蛇节节败退，而且已经连战两场的皮卡丘还要与路卡利欧对战！体力严重消耗的皮卡丘，为了避免长期战，决定以速度和路卡利欧拼胜负！虽然路卡利欧在对战中占了上风，但小智企图靠著妙计一击逆转！彼此的一击都确实生效，双方都倒下了。要在合众联盟获胜的意志相互冲突！究竟胜利女神会对谁微笑呢？
结束合众联盟挑战的小智一行人，前往鹿子镇拜访红豆杉博士。他们在路途中遇见了新人训练家诺诺美，她因为个性慎重小心，所以很犹豫要不要过石桥，慌乱地僵在路中央。小智他们鼓励诺诺美前进後，直接前往研究所。像红豆杉博士报告完合众联盟的成果後，小智一行人决定回到关都地方。这时候诺诺美来到了研究所！左思右想之後，诺诺美决定第一只神奇宝贝要选「火猪神奇宝贝」暖暖猪，并且要与小智合作进行对战天桐 & 艾莉丝的双打对战！就在诺诺美开始享受对战乐趣的时候，突然有机械在他们面前冒出来！感觉似曾相识的三人组，到底是谁…！？
告别了红豆杉博士，小智一行人搭上前往桧扇市的邮轮，前往桧扇市的途中，邮轮经过一座有著破旧实验室的岛屿，天桐指出是不知道在研究什么的Ｐ２实验室。 停靠补给期间，小智和皮卡丘在船边嬉闹著，发现有一位青年站在码头上看著他们，随后不见踪影。 小智跟艾莉丝来到游轮上的对战场地准备训练一番时，发现那位青年也上了这艘邮轮，通过聊天得知青年的名字叫做Ｎ，并且可以听见宝可梦的心声。 N在聊天中说起合众的传说和他的梦想，饱含热情的极快语速让小智等人瞠目结舌，可是在知道小智的心愿是成为宝可梦大师时显得很不高兴，留下了小智等人离开现场。 在下午的对战训练中，艾莉丝的牙牙受到火箭队的诱饵吸引，皮卡丘为了寻找牙牙而被捕获......！？
小智到达了据闻建立了新道馆的桧扇市，而这间新道馆竟然与宝可梦训练家学校合二为一！不过兼任老师的道馆馆主黑连只是刚刚取得资格，而且道馆还未准备好。另一方面，牙牙和皮卡丘走进了广播室，不小心让全学校的广播器发出刺耳的声音，更令神宝之家的宝可梦们逃了出来！小智、艾莉丝和天桐分头寻找走失了的宝可梦，究竟会发生什么事？接著，小智的水水獭和黑连的忠犬宝可梦哈约克对战，最后谁胜谁负？
等离子队的科学家阿克罗玛，正在使用宝可梦进行实验。他用神秘电波照射电蜘蛛，想借此引发出它的潜在能力。冻原熊也成为实验品，被放进机器内测试，究竟阿克罗玛有甚么目的？小智他们刚来到算木镇，就被眼神奇怪的败露球菇袭击！他们听说最近山上的宝可梦经常攻击人类，而且在高处的天文台有奇怪的人出没，于是决定前往那里调查。途中，皮卡丘、牙牙和其他野生宝可梦突然攻击他们！幸好得到一个登山者帮助才脱险，这个登山者的真正身份是…？
来到算木牧场的小智，遇上了少女艾莉，灯光神奇宝贝电龙和绵毛神奇宝贝咩利羊。电龙平常的工作是照顾咩利羊，但咩利羊却经常不听电龙的话。艾莉认为如果电龙学会“雷光掌”的话，就会得到认同。于是艾莉丝指派快龙作为电龙的教练，一起练习雷光掌。此时，艾莉突然发现有一只咩利羊消失了，过了一会又再有一只消失！爷爷认为应该有比电龙更加适合照顾咩利羊的神奇宝贝。当他们四出寻找咩利羊时，幕后黑手原来是……
企图征服世界的电浆团，在暗中继续实行计划。电浆团团员正在运送“勇猛神奇宝贝”勇士鹰，用作实验的有机素体，N为了拯救身体虚弱的勇士鹰，潜入了电浆团的货车内，可惜他被团员发现，受到猫鼬斩和饭匙蛇的猛烈攻击，掉了下山崖。小智发现了受伤的N和勇士鹰，并带他们到神奇宝贝中心治疗。不过电浆团团员凭著勇士鹰身上的发信器，找到了它所在的地点，然后截断神奇宝贝中心的电源进行偷袭。此时N向小智作出一个请求……
小智他们来到立涌市，在看见浓烟赶到现场的时候，发现神奇宝贝海岸救援队正进行训练。他们的成员有队长弘人、“警戒神奇宝贝”步哨鼠、“飘浮神奇宝贝”轻飘飘和“修行神奇宝贝”双刃丸。当中，步哨鼠希望担当监视以外的工作，为救援队出一分力。此时，立涌联合工业区发生了意外！弘人虽然立即赶到现场救援，却意外被困在地下室内！虽然N说过“不喜欢让神奇宝贝参与危险的救援工作”，但他决定向正在外面监视的步哨鼠借用它的“感应器能力”！
小智他们来到介绍关都地方的“关都博览会”。在舞台上，“蜥蝪神奇宝贝”小火龙活泼地跟观众打招呼，令小智回想起自己的“火焰神奇宝贝”喷火龙，并请大木博士把它传送过来。喷火龙曾经跟小智一起旅行，是他最强的拍档。当小智和艾莉丝的神奇宝贝一起跟喷火龙打招呼的时候，其中一只神奇宝贝跟喷火龙怒目相向…原来快龙跟喷火龙互相感觉到对方都是强者，希望一分高下，对战即将开始！
小智一行人和N来到了下一个城镇，而电浆团和科学家阿克罗玛碰巧正在那城镇进行以奇怪机器操纵神奇宝贝的实验。“颚斧神奇宝贝”双斧战龙受到机器发出的电波影响，开始四周破坏，城镇亦被暂时封锁。艾莉丝认为龙系神奇宝贝本性善良，应该是受到其他东西影响才会失控，于是不理劝告潜入城镇之中。她虽然派出快龙阻止双斧战龙，但连快龙也突然失控起来……N说他听不到两位“朋友”的声音，认为它们继续失控的话，身体会承受不住。于是他站在快龙和双斧战龙前面，希望能够阻止它们，却完全没有效果……
