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宝可梦
心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。
小智和三色堇来到了卡洛斯地方的密阿雷市，急着想挑战三色堇妹妹道馆的小智因为无法联络而十分沮丧，在得知这里也有道馆十分兴奋，和三色堇分别后，便直接向密阿雷道馆前进。在路上，小智遇见了许多认识和不认识的宝可梦，这让他更加地按耐不住。到达道馆后，小智因为没有收集足够的徽章而掉入道馆的机关，被直接送出道馆的外部，眼看就要摔了下去，路过的希特隆和柚丽嘉救下了小智和皮卡丘。之后，柚丽嘉提议让希特隆和小智进行宝可梦对战，眼看小智就要获得胜利，火箭队三人住跑出来捣乱，这时跟着小智多时的呱呱泡蛙也出来帮忙，击退火箭队后，呱呱泡蛙因为体力不支倒了下去，小智抱起它前往布拉塔诺博士的研究所。
小智一行人带著受伤的呱呱泡蛙前往布拉塔诺博士的研究所。当他们在听博士解释超级进化的时候，偷听到对话的火箭队闯进了研究所，并把颈箍套在烈咬陆鲨的脖子上。烈咬陆鲨因此失去了理智，在研究所和密阿雷市大肆破坏，小智一行人立即前往阻止……
小智在希特隆和柚丽嘉的带领下，在宝可梦中心登记参加卡洛斯地方联盟，并决定前往白檀市挑战道馆训练家紫罗兰，而希特隆和柚莉嘉也表示希望与小智一同旅行，三人便一同经由4号道路前往白檀市。三人在路上遇上了咚咚鼠，在希特隆同意下柚丽嘉决定收养咚咚鼠，但忽然出现的小箭雀抢走咚咚鼠的食物，使得咚咚鼠哭泣着逃走。小智的呱呱泡蛙因为无法忍受小箭雀的野蛮而主动攻击，但攻无法对抗在天空自由飞翔的小箭雀，小箭雀极快的速度也让小智决定收服它。希特隆使用机器发出音波想吸引小箭雀靠近，却引来一大群大针锋来攻击，最后机器爆炸三人跌落山谷。看到周遭地形的小智，决定让呱呱泡蛙利用地形的高低差来与小箭雀进行空战，最后顺利打败并收服小箭雀，三人继续向白檀市前进。同时莎莉娜到达了密阿雷市的研究所准备并挑选自己的新人用宝可梦。
莎莉娜在布拉塔诺博士处得到了卡洛斯地方图鉴，并选择了火狐狸作为自己的新人用宝可梦。在前往白檀道馆的途中，柚丽嘉在照顾小智的宝可梦时，之前的咚咚鼠再次出现。柚丽嘉十分想要收养它，但咚咚鼠再次逃走。于是小智和希特隆分别派出皮卡丘和掘掘兔前去收服咚咚鼠。皮卡丘抓到了咚咚鼠但是却和小智等人走散了，并且和咚咚鼠一起被火箭队追捕。皮卡丘带着咚咚鼠逃过了火箭队的追捕，并被小智的小箭雀找到。小智等人赶到皮卡丘处，希特隆帮咚咚鼠回复了体力。再一次击败来袭的火箭队后，咚咚鼠自愿被希特隆收服，并被柚丽嘉带在身边。
小智一行人来到了白檀市，与此同时莎莉娜也来到了白檀市。在前往道馆的路上小智与道馆训练家紫罗兰碰面了，但却不知道她的道馆训练家身份。抵达道馆，小智在门口遇见了三色堇和她的伞电蜥，从来采访结束来到这里等小智一行人的三色堇那里得知，这里便是她妹妹的道馆后十分激动，尾随而至的紫罗兰与小智等人见面，小智才知道原来她就是道馆训练家。穿过一层时，小智一行人看见了墙上的照片十分赞赏，这时，被照片迷住的柚丽嘉决定将紫罗兰选为希特隆的新娘，但是被希特隆的机械之手拖到对战场地了。之后，小智的皮卡丘和紫罗兰的溜溜糖球开始进行道馆赛，第一轮由于溜溜糖球用冷冻光线造出来冰之场地使得皮卡丘被打败了。接着出场的小箭雀扳回一局，打败了溜溜糖球，但接下来登场的彩粉蝶利用幻象术将小箭雀撞上冰之场地和黏网，最后被阳光烈焰一击打败，在对战中，莎莉娜来到这里参观比赛。小智输了后，和紫罗兰约定再次挑战，然后便带着受伤的宝可梦去了宝可梦中心，却把背包忘在了道馆，莎莉娜看到后决定帮他送去。在宝可梦中心后的对战场地上的小智送来背包的莎莉娜碰面了，柚丽嘉和希特隆过来告诉了小智，刚才莎莉娜也在场，小智对只注意宝可梦和对战而忽略她了感到抱歉，这时，宝可梦中心的通知声音打断了莎莉娜想和小智说的话。在宝可梦中心里小智见到了火狐狸，也告诉了莎莉娜乔伊小姐有很多的事。接着，小智和赶来的三色堇在对战场地进行特训，决定先来突破烈暴风，便让三色堇的音波龙造出大风，让绑着气球皮卡丘他们进行突破，可是总是失败，每当失败摔下时，小智都会替它们挡下摔落的伤害，这时，莎莉娜为小智递上了手帕，莎莉娜再次和他说起过去的事…
经过莎莉娜的提点，小智恢复了活力，继续接受三色堇的特训，让皮卡丘、小箭雀适应了在大风中的战斗。吃过晚饭后，又接受了希特隆的科学特训。第二天小智跟宝可梦们精神满满地前去挑战紫罗兰，对决开始！皮卡丘对战溜溜糖球，打败了紫罗兰获得虫虫徽章。
得到第一枚徽章后，小智和伙伴们再次踏上旅途向遥香道馆进发 ，莎莉娜也应邀一同出发。在莎莉娜的提醒下，小智终于想起了自己与莎莉娜是旧识，就在大家为重逢而开心时，突然传来轰隆隆的声音，原来他们遇到了独角犀牛竞速赛，之后，小智也报名参加，莎莉娜指导他掌握了驾驭独角犀牛的诀窍。
前往密阿雷市途中，小智等人结识了被宝可梦多丽米亚拒绝的实习造型师洁西卡，洁西卡热情的招待他们在这个小镇观光，期间大家的目光都被一所宝可梦美容院所吸引，莎莉娜还将火狐狸交予他们进行美容，可让大家意外的是这伙美容师竟然是火箭队伪装的，为了救回火狐狸，大家齐心协力将火箭队打的落荒而逃，多丽米亚也因洁西卡在战斗中的舍身相救，而渐渐接受了她。
小智一行人在到达遥香道馆前来到了密阿雷市，这里也是小智与希特隆、柚丽嘉相识的地方，没想到刚来这里就遇到了兄妹二人的爸爸并且小智还意外得知希特隆就是密阿雷市道馆的馆主，而他一直向小智隐瞒此事是因为道馆已被自己制作的“希特洛伊特 ”所占领，可自己却无能为力，最终希特隆在小智的鼓励下与自己的机器人进行对战，赢回道馆。
在莎莉娜的提议下大家一起去拜访布拉塔诺博士，就在大伙开开心心吃宝芙蕾时，火箭队突然闯入并抓走了博士，在他们的威胁下博士交出了让宝可梦超级进化的资料，于是超级喵喵诞生！而此时的小智等人也在哈力栗的引导下赶来营救，岂料超级喵喵异常强大，就连哈力栗和皮卡丘一起作战都难以攻破，就在这时，超级火焰鸡再次现身！
小智、希特隆等人一起在竹林里享受午餐的时候，突然冒出了两只顽皮熊猫，它们吃光了所有人的食物，这时，火箭队出现并抓走了宝可梦们，可是却因为起内讧引起爆炸使皮卡丘它们得以逃脱，在与小智会和之前，哈力栗将流氓熊猫最为重要的竹叶破坏，致使它一蹶不振，之后，大家在顽皮熊猫的带领下找到了新的竹叶，没想到火箭队却将流氓熊猫绑架。
旅行途中，小智等人捡到了被宝可梦卖家达兹掉落的粉蛹，当大家从君莎小姐那里得知达兹的丑恶行径后，决定救出其他被抓的粉蛹，于是，大伙儿制定了伪装大作战计划，他们将哈力栗装扮成粉蝶蛹并依此为诱饵找到了达兹的藏身之地，然而，有所觉察的达兹却将希特隆等人一网打尽，只剩小智一人与他进行战斗，所幸在关键时刻粉蝶蛹进化成了彩粉蝶。
前往遥香市的途中，小智遇到了训练家普尔美艾，因为在对战中败给了仙子精灵，他便与伙伴们按照约定随普尔美艾来到一所幼稚园，让自己的宝可梦陪孩子们玩耍，但其中有一个名为兰迪孩子却因为受到过伤害而远离宝可梦，期间，火箭队伪装成志愿者来幼儿园表演，他们利用卡车掳走了仙子精灵和皮卡丘，而呱呱泡蛙和兰迪也阴错阳差的被关在了卡车中，所幸小智及时赶到，在他的鼓励下兰迪克服障碍救出了仙子精灵和皮卡丘并与呱呱泡蛙成为了朋友。
旅行途中突降大雨，小智等人躲进了一栋无人居住的诡异宅邸，因为这里不是电灯自动点亮就是大门忽然紧闭，于是，大伙决定另寻出口，没想到遇见了一个奇怪的生物，期间，柚莉嘉也莫名失踪，就在大伙心急如焚的寻找柚丽嘉之时碰到了同样在这里躲雨的火箭队。原来这是“自制宝可梦”妙喵，这栋宅子的原主人丽莎婆婆与妙喵成为了朋友，还把她逝去的丈夫送给她的项链交给了妙喵，等妙喵来归还项链的时候，老婆婆已经去世。
天色渐暗，前往遥香市的小智等人决定露营，大家一起吃饭、嬉闹，其乐融融。其间，因贪吃而肥胖的哈力栗还与呱呱泡蛙和咚咚鼠进行了对战，哈力栗惨败两战。当晚，哈力栗受到香气的指引来到附近的婆婆家，没想到却卷入了一场因争吵而引发的精灵对战中，面对炎系的妖火红狐，行动逐渐迟钝的哈力栗最终与老爷爷战斗减肥成功。
在宝可梦中心时，由于莉姆的大意，把装着皮丘的背包和柚丽嘉装着咚咚鼠的背包弄混了，看见柚丽嘉的皮丘吓得使出绝招，莎莉娜保护了柚丽嘉，皮卡丘也用十万伏特稳定了皮丘，之后小智等人在宝可梦中心问了皮丘主人的详细情况决定一起去找。在路上，正在寻找莉姆的她的姐姐蕾娜与小智等人碰面了，皮丘跑到蕾娜的怀里，之后，大家一起找到了莉姆，原来莉姆是因为姐姐送自己的皮丘被自己弄丢的才溜走的。
正在前往下一个道馆的所在地遥香市的小智一行人，遇到了神秘的少年忍者和呱头蛙。面对拥有呱头蛙小精灵的少年忍者三平，小智对三平提出了对战的请求，于是小智的呱呱泡蛙对战三平的呱头蛙的比赛就此开始。对战开始呱头蛙就展现出了高超的忍术将呱呱泡蛙和小智成功压制。面对忍术高超的呱头蛙，被压制的呱呱泡蛙最终反败为胜。
来到古木镇的小智一行人，一进入城门就听到了一阵奇怪的噪音。在一番了解之后，小智等人得知原来是因为今年卡比兽未被唤醒而一直沉睡。为了唤醒时不时发出噪音的卡比兽，希特隆拿出了自己发明的叫醒器，结果却对卡比兽一点用也没有。于是为了唤醒沉睡的卡比兽，小智一行人只好寻找城主了解情况，最终成功唤醒卡比兽。
就在火箭队众人讨论如何捉住皮卡丘的时候，神秘的X女士出现在火箭队的面前，为了得到皮卡丘，X女士控制住了火箭队的武藏与小次郎。而躲过一劫的喵喵在遇到并提醒了小智一行人，然而后者并未相信。就在喵喵辩解时，被控制的武藏和小次郎出现在众人面前，并且和X女士一起抓走了皮卡丘。希特隆利用他的器械，最终小智等人分头行动，救回了皮卡丘。
可以在战斗中获得爵位的对战城塞引起了小智等人的注意，在说唱兄弟尼古拉和特斯拉的带领下小智等人来到了对战城塞。不同于道馆战，对战城塞的战斗充满了骑士精神，而小智也在战斗中获得了男爵的爵位，而真正的重头戏是紫罗兰和查克洛这两个公爵间的对战。比赛中小智见识到了查克洛的非凡实力，而这个查克洛正是他要去挑战的遥香道馆的馆主。
