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宝可梦
击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。与此同时，小智和甲贺忍蛙之间发生的神秘联系也逐渐明朗……
在去往映雪市的路上，柚丽嘉发现自己的包里藏着一只小小的绿色宝可梦。宝可梦图鉴无法识别它，所以她将其取名小软。不一会儿，一行人遇到了他们的朋友翔太和他的森林蜥蜴。这次重逢很快就被一群穿着红色衣服，带着奇怪眼睛的人们打断了，他们想要染指柚丽嘉的新朋友！这些坏人是闪焰队，小软则是他们神秘的Z行动中不可或缺的一环。小智和翔太联手赶走了他们，然而他们再度碰头重新计划，却被火箭队盯上了……翔太建议一行人在前往映雪市的路上从终端洞窟稍作停留，小软格外同意这个计划——所以小智一行人的下一站确定了！
小智一行人向布拉塔诺博士报告有关小软的事，而火箭队得知此事，决定去捕获小软。之后，他们在某处的草原休息。野生的胖胖哈力经过小智他们时，看见了正在梳毛的莎莉娜的伊布而一见钟情。于是，它向伊布使用心形的藤鞭和滚动表示爱意。莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗前来阻止胖胖哈力。失败后，胖胖哈力决定以打败莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗来夺得伊布的心。胖胖哈力会成功吗？
小智一行人在穿越森林的时候听到了求助的声音！他们发现了一位腿卡在了岩石裂隙之中的女子，成功救出了她。她向一行人展示了自己正在寻找的超进化石，并揭露了自己的真实身份，护士乔伊，并将一行人带去与布拉塔诺博士在宝可梦中心相会。在宝可梦中心，乔伊和自己的助手差不多娃娃争了起来！每个人都想要帮忙来让二人和好，博士同时也指出羁绊是超进化的必要前提。二人一起努力治愈了一只受伤的幕下力士——在火箭队袭击之时，差不多娃娃超进化将火箭队再次打飞，展现了她们强有力的羁绊！在见到小软后，布拉塔诺博士表示自己也不了解它是什么，随即决定回到自己的实验室再做研究。一行人告别博士，再度朝向映雪市进发！
在前往映雪市的旅途中，一行人看到了动人的一幕——一只火炎狮将一只小狮狮送出了族群，作为成年仪式。那只火炎狮和小智一行人密切关注着首次踏入野外的小狮狮。然而就像命中注定一样，当火箭队出现之时，不是小狮狮，而是火炎狮陷入了危险之中！
小智一行人这晚在森林中露营。皮卡丘和喵喵在晚上醒来，遇见了小智一行的宝可梦，而且它们都进化或退化了，并像喵喵一样懂得说人类的语言！皮卡丘和喵喵大感疑惑，此时小软出现，并请求它们帮助…
小智在前往映雪市途中遇上三平和甲贺忍蛙，三平并邀请小智一行人参加忍者村的祭典。他们第一次到访忍者村，认识了三平的兄长一平和二平，并和村民交流。但此时忍者村突然被神秘的忍者军团袭击！
为救出被掳走的首领，小智和三平追著神秘的忍者军团。敌人的头目景友和三平的兄长一平单挑，而小智和三平则与景友的手下对战。在激烈的对战中，小智的呱头蛙突然出现变化，连小智身上亦出现神奇的现象！
莎莉娜再次挑战三冠卫星赛！今次开始伊布会一同参加，令表演的内容更丰富！虽然胆小的伊布看来感到有点担心，不过在莎莉娜，长尾火狐和顽皮熊猫的鼓励下，下定了决心！伊布究竟能否在首次登台为莎莉娜带来胜利呢？
小智一行人在前往映雪市途中，来到了终结洞窟。进入洞窟不久后小软就自己一个走开了！虽然他们在洞窟深处找到小软，但小软突然又消失了！此时，闪焰队突然出现，并在小软消失的地方不停攻击！
小智一行人四处寻找失踪的小软但还是找不到。柚丽嘉担心得一点食欲也没有，还闹脾气。希特隆答应她明天早上再去找小软。隔天，正当他们要出发时，希特隆拿出了他的得意发明——“绝对会找到小软1号”。之后，希特隆的发明竟然到达火箭队正在休息的地方，并为了捕捉小软而拍打他们的脸，武藏受不了而把它踢坏，还引出了一堆毒骷蛙。小智一行人遇到他们，只好逃跑。在逃跑时，他们不慎掉下悬崖，虽然希特隆的机械手救到大家，却救不了柚丽嘉。这时，希特隆的掘掘兔跳下去救她，虽然救到了，自己却受伤了。于是大家赶紧把掘掘兔送到宝可梦中心。乔伊小姐必须到后山采“信子兰”（草药），但过于繁忙而没时间。柚丽嘉为了补偿而跑去后山，但却遇到了毒蜈蚣，幸好小智他们及时发现并赶上了。最后，小智一行人找到了信子兰，并交给乔伊小姐来医治掘掘兔。这时，小软又回到了柚丽嘉的身边。
在小智一行人休息时，小智的嗡蝠遇到了斗笠菇，并因破坏了斗笠菇原想送给花叶蒂的花而使斗笠菇生气后，因斗笠菇而出现中毒症状。幸好小智一行人发现后遇上了花叶蒂，花叶蒂对嗡蝠使用了芳香疗法，让它恢复。嗡蝠和花叶蒂成为了好朋友，却使在一旁看着的斗笠菇感到嫉妒，而攻击嗡蝠。之后，斗笠菇向花叶蒂告白，但失败。它不甘心，于是把花叶蒂带走。嗡蝠向斗笠菇提出挑战，他们决定单挑，但嗡蝠总是被攻击。在快要失败时，花叶蒂阻止斗笠菇继续攻击。突然，火箭队把斗笠菇和花叶蒂捉走了。 这时，希特隆使用了他的发明来寻找它们。虽然途中突然爆炸了，不过最后靠着嗡蝠的超音波找到了。在和火箭队战斗时，小智让嗡蝠和柚丽嘉去拯救斗笠菇和花叶蒂。嗡蝠不断的对笼子使用冲击。在一次又一次的失败后，嗡蝠学会了特技演员，并成功打破了笼子。最后，火箭队会被打飞了。花叶蒂也回到队伍中。就这样，小智一行人继续了旅程。
小智一行人在宝可梦中心休息时，莎莉娜得知她被邀请到皮耶尔举办的舞会。宝可梦训练家和宝可梦必须男女配对才能参加这个舞会，莎莉娜原想和小智一起参加，但由于莎莉娜的伊布只和希特隆的掘掘兔合得来，因此莎莉娜只好和希特隆一起参加。在他们抵达舞会的举办地点时，他们碰见了米茹菲和她的胖甜妮。没有舞伴的米茹菲和胖甜妮要求小智与他的皮卡丘和她们一起参加，小智答应了。舞会开始了，莎莉娜很想和小智跳舞，但却迟迟找不到机会。好不容易能和小智一起跳舞，舞会却暂停了,以主要活动——双打战斗来代替。而小智、莎莉娜和米茹菲、小次郎被选为战斗对手。小智和莎莉娜能胜利吗？
小智一行人在前往映雪市的途中遇到了翔太，和翔太展开了三对三对战，再次由小智获得胜利。在宝可梦中心休息时，火箭队出来打扰，但被艾岚打跑。而艾岚出于对甲贺忍蛙的好奇，向小智提出对战，小智落败。
死缠小智一行人不放的火箭队，意外地与在卡洛斯地区暗中活跃的闪焰队成为敌对势力。火箭队在调查闪焰队途中遇上和小软很相似的神秘生物。此时闪焰队出现并袭击火箭队，后来更出现了一个意料之外的人物…
小智一行人在旅程中遇见一个在荒野种植的机械人，经调查后，发现这个地方以前是一个绿意盎然的森林，但在某个时候急速枯萎。为了帮助机械人和同行的布里卡隆，他们运用希特隆的发明和宝可梦的能力不断尝试…
莎莉娜为了取得最后的公主金钥，和小智一行人来到举行新人级初阶赛的芙丽市。当地名门出身的表演家艾米莉亚也参加了这次大会。面对强敌，莎莉娜感到不安。同时，有名的制作人兼前卡洛斯女王八汐也来到了会场…
小智一行人在前往闪电鸟祭典的途中，因闪电鸟引发的雷电而躲进洞穴。他们在洞穴认识了斯坦，并得知洞穴和举办祭典的伊香土镇相通，于是便前进了。但途中因岩石塌下，小智和其他人分开了。小智只好独自一人前进。从洞穴里出来的小智不幸遇到闪电鸟而无法继续前进。小智能够继续前进抵达祭典吗？
小智一行人来到加克乌鲁镇，正要去参观一个宝石展，此时，警钟突然响起，一个自称怪盗拿酷的人在现场出现，把宝石箱的锁打开，却没有偷走宝石。正当小智他们感到奇怪时，突然有一个黑影袭击柚丽嘉…
终于来到大师级高阶赛举行当日！莎娜、米茹菲、宁宁、武藏薇等等一直互相竞争的劲敌都齐集会场！但是，能够挑战卡洛斯女王爱儿的就只有成功晋级决赛的一人。莎莉娜要把旅程中培养的技术和想法在舞台上表现出来！
经过连番激斗，莎莉娜终于进入了三冠卫星赛大师级高阶赛的准决赛！对手是武藏薇和好友莎娜。三个人出尽浑身解数表演，只要有少许出错就足以影响结果。但是，莎莉娜在表演最后落地的时候……
