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宝可梦
小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是新的宝可梦、新的伙伴、以及新的经历……
一天晚上，小智有个不可思议的梦。第二天早上上学时，小智遇到了一个从未实际见过的宝可梦！这是小智在梦中照顾过并立下约定的宝可梦。捡到的这个宝可梦是在洛托姆图鉴中完全没有记载的谜之宝可梦。小智并不知道该如何照顾这只宝可梦，因此和宝可梦学校的同学们陷入了苦恼中。
小智和宝可梦学校的同学们费尽心思地照顾着捡到的宝可梦小星云，非常辛苦。令人惊讶的是，小星云竟然能够瞬间移动！令小智等人更加辛苦的是，小星云将他们瞬间移动了･･･
小智等人收到邀请，来到了收纳受伤宝可梦的保护设施以太乐园，对于遇到保护设施内的众多宝可梦而感到兴奋。然而在那里却发生了意外，一只百变怪逃走了。小智等人努力寻找，但却没有找到･･･
有一天的午后，发生了意想不到的事情，小智与莉莉艾的哥哥格拉吉欧再次相遇了。格拉吉欧身边带着一只陌生的宝可梦，但是这只宝可梦却不太想见生人。这其中的原因竟然与格拉吉欧的过去有关？
今天是开心快乐的住宿会的日子，宝可梦学校的同学们来到了库库伊博士的家里。大家一起打游戏、吃饭，住宿会的场面很是热闹。在大家都入睡后，意想不到的事情发生了。
莉莉艾想要找回过去的记忆，以知道自己不敢触碰宝可梦的原因。小星云使用了瞬间移动，将莉莉艾和小智传送到记忆中的地点。莉莉艾开始逐渐克服了内心的恐惧･･･。
恢复了过去记忆的莉莉艾，生活很是充实。但在这背后，扎奥博因为工作失败被暴露而处于不利的状态。为了逆转这一局面，扎奥博划诱拐小星云实行他的秘密计划!!
在以太基金会事件之后，小星云不再移动了。这时更大的问题发生了！莉莉艾和他的哥哥格拉吉欧一样离家出走了。面对接踵而来的问题，小智决定与岛屿之王哈拉商谈。
为了见到传说中的宝可梦索尔迦雷欧，小智等人前往波尼岛的日轮祭坛。在那里，索尔迦雷欧并没有出现，等待着小智等人的竟然是阿罗拉地区的四位岛屿守护神。在惊讶的小智等人面前，守护神们采取了行动･･･!?
借助了索尔迦雷欧的力量，小智等人穿越了究极之洞，到达的是究极异兽所居住的世界！小智等人试图救出露莎米奈，但是挡在他们面前的是被究极异兽操控的宝可梦们！
为了将露莎米奈救出，小智等人继续战斗，一直没有放弃。然而，本应倒下的露莎米奈的宝可梦们再次复活，小智等人陷入了大危机！结果到底会如何呢？
宝可梦学校的大家终于解决了究极异兽的事件，生活又回到了安宁。直到有一天，库库伊博士告诉了小智一件重要的事情･･･。
宝可梦学校的同学们进行着战斗的练习，这时大木博士来到了宝可梦学校。这次，大木博士带来了树枕尾熊，树枕尾熊和胖丁发生了一段很有趣而又意想不到的故事。
今天是宝可梦学校的休息日，库库伊博士、芭内特博士与小智一起出门，将看家的任务留给了洛托姆。不过，因为意想不到的事情，洛托姆的形态改变了，变成了清洗状态，随后又变成了旋转状态和加热状态…。洛托姆最后能平安无事地回到原来的样子吗!?
火箭队与好坏星的初恋对象超坏星见面了！知道这一情况的小次郎打算成全超坏星与好坏星的恋情。这段恋情最终的去向是!?
有一天，在森林里迷路的诗婷和诗涵被神秘的宝可梦所解救。玛奥和水莲回忆起了他们也曾被称作“森林中的老爷爷”的同一只宝可梦所解救过。于是，小智等人为了表示感谢而前往森林，他们能够成功见到“森林中的老爷爷”吗…!?
在拉纳基拉山，小智等人看到了一片广阔无垠的世界，因而感到十分兴奋。小智等人与雪上运动专家莎拉相遇了。受到莎拉的邀请，小智等人参加了宝可雪橇跳跃大会！到底谁能够获得大会的冠军呢？
花园上突然出现了究极异兽！在露莎米奈的指示下，小智等人出动了。目的自然不必说，捕获究极异兽，并将它们送回原来的世界！果然第一次出动的结果是…!?
因为武藏吃了它特意留存的重要冰淇淋，喵喵一气之下从秘密基地跑了出去。在那里，喵喵偶然遇到了阿罗拉・喵喵。阿罗拉・喵喵很机灵，因此武藏和小次郎想把它也纳入火箭队。但是喵喵却是竭力大反对…!?
阿罗拉地区有着传统的四人对战，名曰皇家对战，在电视上看到这一战斗形式的小智很是兴奋，想前往会场参加。于是，小智与皇家队战中曾获得全胜的蒙面训练家皇家蒙面人发起了挑战。最终获得胜利的会是谁！
