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黑色警报
伊桑·威利斯上校加入天使纪念医院的急诊团队。这是美国国防部一项交流计划的一部分，该计划将战地军医派驻到地方医院，教授前线创伤救治的新技术。本集开场，威利斯即带迈克医生紧急乘直升机前往马里布海滩，救治遭鲨鱼袭击的冲浪者。
一辆满载高中足球队员的校车与一辆货车在高速公路上猛烈相撞，一名天赋异禀的年轻球员腿部严重受伤。威利斯必须帮助他做出足以改变其一生的艰难抉择——保住腿还是保住命。与此同时，另一位患者因不愿透露自己是一名跨性别者，使医生在诊断其严重腹痛时陷入困境。
一台锅炉在地下室发生爆炸，一名维修工被倒塌的重型锅炉死死压住，无法被直接接触。威利斯违抗坎贝尔的直接命令，指导马里奥和希瑟在极端受限的条件下实施了一项极为激进的手术——在无法看到患者完整身体的情况下进行紧急救治。另一边，安格斯的父亲德斯蒙德·莱顿医生来到医院，试图夺取仍处于昏迷的迈克的法定监护权，尽管迈克早已将该权利授予了弟弟安格斯。
万圣节之夜，一家据称闹鬼的老旧剧院突发大火。大量在剧院中欢庆的伤者涌入天使纪念医院。威利斯得知自己的女友诺兰医生及其男友的儿子伊恩仍被困在火场中，立即带领实习医生诺亚和埃利奥特赶往现场，在浓雾弥漫、布满万圣鬼怪布景的剧院里展开了惊心动魄的搜救。
洛杉矶马里布的一场泥石流造成了大量伤亡，天使纪念医院的医生们对受灾患者进行急救，其中一个被救出的男人似乎卷入了一场命案而无法回忆起事发经过。于此同时，一群从野外露营归来的孩子被查出感染麻疹，使得整间急诊室面临大规模传染风险，迫使急诊室进入封锁状态。马里奥也与他在监狱服刑疏远多年的父亲重逢。
马来亚必须开口告诉一名大学女生她在校外被强奸的事实，这让她原先早已计划好的预防医疗宣传化为一场心理上的紧急救助。另一边，一名饱受病痛折磨的绝症晚期妇女希望按照自己的意愿安然离世，但威利斯和坎贝尔在如何处理该请求上发生激烈的分歧——威利斯想尊重病人的尊严与选择，坎贝尔则坚信医生要不惜一切代价与疾病战到最后一刻。
一艘俄罗斯潜艇在美国海域发生爆炸，威利斯和坎贝尔被紧急派遣前往潜艇内部，救治一名伤势极为危重的海军士兵。与此同时，一所监狱发生严重暴动，大量在械斗中受伤的暴力罪犯被送至天使纪念医院，使急诊室陷入前所未有的安保危机。
医生们奋力救治一群在不自愿的情况下从集体自杀仪式中被救出的邪教信徒，这些人心灵受控后把身体当成可随意丢弃的躯壳。另一边，马里奥决定去接触他已故父亲生前深情依赖的女朋友，试图更完整地拼凑出父亲生命中真实而遗憾的另一面。
一名女警因大腿被射入一颗随时会引爆的爆炸性子弹而被紧急送入急诊室，威利斯、莉安与资深护士杰西不得不在全员穿戴防爆装备、随时可能丧命的极限条件下为其实施高风险的取出手术。另一边，一位在表演中出现呼吸困难而入院的魔术师前来求诊。
坎贝尔13岁的女儿艾米丽罹患先天性脊柱裂，因突发癫痫、急送进父亲所供职的天使纪念医院抢救，这让一向冷静强硬的坎贝尔在父亲与医生角色间的边界彻底崩溃，医护人员必须同时治愈他的女儿和他的内心。另一边，一名聋哑工作狂与其手语翻译在开车时翻进洛杉矶河里，被送至医院急救。
一场史无前例的全城大停电让整个洛杉矶陷入黑暗，天使纪念医院连备用发电机也全部失灵，整座医院陷入真正的“Code Black”最高紧急状态。由于必须把高风险病人转移到附近还有电力的医疗中心，坎贝尔和莉安只好着手指挥一场大规模的艰难撤离。而埃利奥特和希瑟却被困在医院的电梯里，身边还有一名临盆在即的孕妇。
莉安违背坎贝尔的直接命令，毅然动用了医院仅有的直升机，帮助一个即将破碎的家庭实现最后一次团圆——让一位临终的父亲见到他苦苦等待的家人最后一面。另一边，威利斯和诺亚需要用手机App尝试与一名自闭症患者沟通。
科尔·格思里医生因帕金森病症加重，开始考虑接受一项尚在实验阶段的高风险手术来改善症状。而鉴于他身体日渐不便，他慢慢适应自己在医院里的新身份——担任医院的驻院牧师，用精神信仰继续守护患者。这也是他重新连接父子情感、纠正父亲当年在医学界的过错的一趟心灵旅途。
一处高层建筑工地上，两名工人兄弟被困在距离地面300英尺高的塔式起重机操作室内，命悬一线。马里奥不顾个人安危，追随威利斯爬上万丈高空实施紧急救援，在几乎没有立足之地的极端高空为伤者进行急救。
急诊室突然爆发了一种神秘且具高度致命性的病毒性传染病。随着感染人数急剧攀升，多名医生与患者相继中招，天使纪念医院被迫下达全面隔离命令。在短短数小时内，急诊室从救死扶伤的圣地沦为了病毒肆虐的人间炼狱、名副其实的“黑色代码”。
随着致命的病毒在天使纪念医院内继续肆虐，医生们必须与疾管中心（CDC）争分夺秒地溯源并研发出抗病毒血清。在研制解药的过程中，不断有医护人员倒下被感染，急诊室自己的“天使”们相继折翼……
