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迷一样的怪兽突然出现，它肆意毁坏着小陆所居住的城市，想要守护家园的他渴望获得力量，而命运也就此开始转变。露宿街头的小陆与外星朋友佩嘉一起来到了天文台，神秘的仪器将他带到了位于天文台地下500m的秘密基地中，在那里他获得了可以变身为奥特战士的升华器与奥特胶囊，但他所幻化出的身姿却像极了令整个宇宙陷入混乱的贝利亚。
小陆融合升华成的捷德奥特曼很容易让人们联想到贝利亚，因此他决定不再使用融合升华，正当他和佩嘉讨论时店长的一通电话让他担心起来。小陆和佩嘉赶到时撞见了绑架艾莉的外星人，而手提宝剑的少女鸟羽来叶正在追赶外星人。救出艾莉后来叶说明了现状，外星人的目的是附身在艾莉身上的利特鲁之星，而更大的危机还等着他们。
赛罗来到地球后看到了与“黑暗洛普斯赛罗”战斗的捷德，赛罗击退“黑暗洛普斯赛罗”后发现捷德长得极像贝利亚，因此他打算观察捷德一段时间。打算拯救小孩的上班族令人遭遇了交通事故，目击了这一切的赛罗决定与他合体。与此同时，小陆等人发现了被利特鲁之星附身的孩子，当他们赶去现场时又遇到了“黑暗洛普斯赛罗”。
小陆提到的萌亚是他的青梅竹马，对外宣称是保险推销员的萌亚，其真实身份是搜索外星人的秘密组织AIB的特工。在匹特星人科学家引发的事故中萌亚和小陆恰巧相遇，深爱地球的匹特星人科学家托里特普被利鲁特之星附身，本该沉睡的艾雷王苏醒后依她为目标开始了行动，为此她将艾雷王引到了郊外，小陆化身捷德奥特曼与艾雷王展开了战斗。
小陆等人正在分析被利鲁特之星所附身的人都会出现哪些特征，电视恰巧播放了“治愈谐星”新井贵志的新闻，看到了新井的超能力后他们立马展开了行动。拥有治愈能力的并非是新井，而是他所发现的外星生物莫可，在小陆来之前萌亚就受命回收了莫可，被利鲁特之星吸引的怪兽也在此时现身了。
捷德奥特曼在与闪电杀手的战斗中陷入劣势，看不下去的赛罗决定出面帮忙，但他刚一露面闪电杀手就逃走了。这场战斗让捷德的评价下降，小陆抱怨大家都不了解奥特战士的辛苦，令人更是否定了小陆的努力称自己也要成为奥特战士，两人就奥特战士和上班族谁更不容易开始争执，而莱姆给两人提供了互换身份的机会。
店长因为没有抽中小说家伏井出K的特别演讲会门票而闹别扭，令人一家正好路过，而令人的太太也是伏井出K的粉丝。让众人没想到的是伏井出K竟然来到了他们面前，并表示可以邀请他们参加演讲会，但来叶和赛罗看出这个伏井出K并没有那么简单。在演讲会上赛罗担心的一幕还是出现了，这个伏井出K果然不是善类。
伏井出K不知出于什么目的停止了加拉特隆的行动，受挫的小陆一行暂时撤回基地，令人的体内已经无法检测出赛罗的存在，得知这个消息后众人非常沮丧。选择以家人为重的令人决定退出战斗，但小陆丝毫没有退却的打算，养精蓄锐后他再次变身捷德奥特曼迎战加拉特隆，而无法坐视不理的令人也靠着自己的意志唤醒了赛罗。
令人的女儿小茧不知什么时候开始有了瞬间移动的能力，经过扫描他们发现小茧的身上出现了利特鲁之星，这样下去小茧就会成为怪兽们的目标。小陆等人带小茧来到了基地，还没了解到事态严重性的小茧又跑了出去，不知来叶和小茧说了什么才让她安定下来。突然出现的红角怪兽让来叶不顾自身安危追了上去，只有小茧知道其中的缘由。
AIB从佐别塔星请来专家读取怪兽的想法，佐别塔星人智子准备在工作开始前四处逛逛，能够读心的智子不理解地球人为什么总要说谎。智子和萌亚试图读懂怪兽想法的时候遇到了小陆，而小陆为救她们变身成捷德奥特曼的事情也曝光了，在捷德和赛罗压制住怪兽后他们终于明白怪兽为什么捣乱，一切都是爱情惹的祸。
AIB从伏井出k与贝利亚的意识交流中探测出了贝利亚的具体坐标，赛罗奥特曼得知后立即赶往，为了确保贝利亚能够顺利转移伏井出k不得不提前回收所有胶囊。伏井出k在小陆面前丝毫没有避讳，他称小陆是自己利用贝利亚遗传因子创造的生命体，一切都是为了促进胶囊启动计划，至今为止的战斗也全都是他一手安排的，听到这些的小陆会产生动摇吗？
佩丹尼姆芝顿在城镇内大肆破坏，被夺走的奥特胶囊全都在它的体内，仅剩下一个胶囊的小陆无法变身，赛罗此时也恰好不在地球上。小陆收到了一封奇怪的信件，寄信人是朝仓先生，不想坐以待毙的小陆决定去赴约。寄给小陆信件的老人是从前的镇长，也是19年前为他取名的人，更令人吃惊的是这位老人还拥有利特鲁之星。
小陆和佩嘉不顾莱姆的阻止在基地玩棒球，而球刚好砸中了莱姆，系统重启后莱姆失去了所有的记忆，小陆等人为了恢复莱姆的记忆不得不把所有的事情从头到尾说一遍。从小陆成为奥特战士后就经历了各自各样的事情，伏井出k曾称他是拥有贝利亚遗传因子的仿制品，但小陆没有在意，他依旧坚持自己的选择继续前进。
小陆将萌亚带到了基地，并向她介绍了佩嘉，萌亚没有想到佩嘉从很早前就和他们在一起，但这也说明小陆并没有和来叶同居，心情大好的萌亚决定请大家吃东西。聊天中萌亚提到了泽纳前辈，他最近似乎瞒着萌亚调查什么事情，一旁的赛罗称泽纳是好战的夏德星人并不值得信赖，为此萌亚与赛罗有了争执。回到基地后萌亚发现泽纳前辈调任了，而事实是……
时空破坏神赛刚消失在了异次元中，同时一起消失的还有萌亚。抢走赛刚召唤装置的库鲁特是泽纳最后的学生，让他没想到的是泽纳设置的密码是嘎布拉堪姆，在夏德星上这句话是战争之子的意思，萌亚由此肯定泽纳并没有忘记库鲁特和夏德星，在与萌亚的谈话中库鲁特逐渐打开了心扉，但他已经无法再回头。
来叶最近的症状和被利特鲁之星附身一致，并且她还听到一个陌生的声音称贝利亚即将归来。来叶被带到了AIB的研究所接收检查，期间有外星人混入想要带走所有利特鲁之星的持有者们，捷德问询赶来帮忙，而贝利亚却在这时出现在了地球上。吸收了捷德的贝利亚在月球上等待完全融合，世界又笼罩在了末日的阴影下。
小陆的状况非常危急，必须尽快把他从贝利亚体内分离出来，不然小陆就有可能再也回不来了。赛罗推断来叶之前听到的声音来自奥特之王，于是来叶赶往因帕克危机发生地与奥特之王沟通，而赛罗则动身去月球与贝利亚交战。在奥特之王的协助下来叶唤醒了小陆，改变命运的战斗开始了。
贝利亚被打败后小陆开始认真的考虑自己今后该干什么，但还没等他想清楚新一轮的危机又开始了。在打倒贝利亚时怪兽胶囊四下飞散，回收的胶囊保管在AIB总部内，但这却让总部沦为邪恶外星人攻击的目标。被纪实文学女作家石刈亚璃依收留的伏井出k恢复了记忆，他打算继承贝利亚的宝座，而继承了奥特之王梦想的小陆能够阻止他的野心吗？
伏井出k突然来到了星云庄，莱姆启动紧急程序让小陆等人逃了出去，伏井出k解除了莱姆的保护装置企图销毁她。开启紧急避难程序的莱姆逃了出来，并且有了一副可以自由行动的身体，但星云庄的控制权则全部被伏井出k夺走，伏井出k在恢复力量后竟然打算控制莱姆来对付小陆等人。
连续几日捷德都在与同一个怪兽战斗，怪鸟基耶龙星兽每天10点都会准时出现，不管捷德用什么方式打败它都于事无补。AIB对基耶龙星兽的碎块进行的了检测，他们发现被打败后的基耶龙星兽会气化聚合，就连焚烧都毫无用处，在众人一筹莫展时小茧的举动提供了线索，被小茧冷冻后的碎块失去了活性。
