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A.I.C.O. Incarnation
2035年的日本，某个研究计划发生了一场名为「大爆炸」的意外，失去控制的人工生命体「大麻烦」因而产生，占据了整个黑部峡谷。曾被誉为人类希望的研究重镇就此遭政府全面封锁。 两年后，在「大爆炸」中失去家人的15岁少女橘爱子，从转学生神崎雄哉得知令人难以置信的事实。她的体内隐藏着一个秘密，而一切谜题的解答就在「大爆炸」的中心地「原初点」。 少年与少女相遇，人类的命运掌握在两人手中，他们将揭晓什么样的崭新真相？
两年前那场神秘大爆炸害她家人丧命，现在的爱子几乎能再度行走，但一名刚来的转学生颠覆了她的生活。
神崎带着爱子进到城区，她父亲的前同事黑濑向她说了件难以置信的事：她的大脑被移植到人工身体中。
对策厅扣留爱子与神崎，但打捞队计划解救他们。虽然浑沌再度活跃了起来，团队仍继续前往原始点。
正当政府下令撤离时，团队清理了断闸。他们第一个目标是在K1点的断头台，但浑沌活跃中。
进入区域的打捞队在营地里休息和补给。南原搭乘了黑濑的便车，但她和伊佐津似乎另有计划。
他们必须赶在天亮前进入第三区域，但枫只顾着表现，延迟了团体前进到K2点的行程。伊佐告诉黑濑进自己做了些什么事。
对策厅的特勤部队出动拦截，试图将爱子带回来。黑濑得知，伊佐的女儿伊佐津柚叶与浑沌有关连。
打捞队与爱子和神崎对质，但他们仍同意会继续任务。伊佐成为研究室院长，并得知有关第一号复制体的事情。
团队抵达在原始点的生命工学研究所，但伊佐试着临时接入一段视频，借此质问神崎的意图。
爱子有机会与她在浑沌区域的复制体对话，同时，人型浑沌吞噬由良、揭示柚叶的身份。
伊佐建立与浑沌的联系，让自己可以审问由良。不顾南原反对，JSDF准备焚烧整个区域。
由良在手术室承认自己的意图随爱子的决定而有所改变。黑濑试图切断伊佐津柚叶与复制体的联系。
