...
1948年，国共两党的抗争已达到白热化阶段，天下大势虽初现端倪，却也恰恰处在极为凶险，丝毫容不得有任何闪失的关键时刻。九月的一天，一名中共地下党员在沪落网并叛变，为求自保其意欲向时任上海国民政府中央情报第八局的局长谭忠恕（林永健 饰）供出一名重要卧底，此举无疑关系着我党革命的成败。谭此前和我党传奇特工水手有过多次交手经历，此番他胜券在握，而一连串的变故令其意识到敌我双方泥潭之凶险。与此同时，谭为了阻止药品大亨庄文清手中的药品落入解放军之手，透过儿子的校长段海平（陆剑民 饰）实施摩西计划；极富野心的第八局行动处长李伯涵在疯狂追查共党卧底的过程中，则将矛头指向谭最信任的总务处处长刘新杰（吴秀波 饰）。 你来我往，明枪暗箭，黎明前最凶险的棋局悄悄布开……
1948年9月15日夜，位于上海国民政府中央情报第八局情报处处长齐佩林抓获了中共江苏省委交通员秦佑天。秦佑天随即叛变，经审问后并记录了口供，且执意要亲自向局长谭忠恕指认一名掩藏在八局多年的中共卧底，谭忠恕深夜赶到，发现档案室里机密要员钱宇正在烧毁其叛徒口供，争夺后只留下了部分未被烧毁的纸张残片，钱宇当场服毒自杀。
原来在当年国共抗日时期，谭忠恕初到上海，便与水手打过交道。一次对日的行动，令谭忠恕对这名传奇似的共产党特工敬佩不已。水手所率领的小组不光破坏力强，而且隐藏极深，并且对谭忠恕的信息了如指掌，他曾尝试着接近水手，却没有成功。从此再也无水手的音信，直到几年后，谭忠恕从一个抓获的日本人口中得知，水手已被此人炸死。
谭忠恕的办公室里，李伯涵在向局长汇报工作。汇报后他还要继续外出。原来他受委派这一年多都在外面执行一个秘密的行动——“木马计划”。并且很快就要成功了。楼道里，李伯涵和马蔚然单独的说着话，看的出俩人关系很好，并且马蔚然给了李伯涵一个黑色的皮包。而在另一个屋里，孙大浦通过楼道里的窃听器在听着二者的谈话，并录了下来。
谭忠恕之所以介绍段海平给刘新杰认识，目标是圣公会校董同时又是上海的船运大亨庄云清。以下棋为由借段海平做跳板去接近他，打入他的俱乐部。这就是给予刘新杰的任务，从而，谭忠恕计划的一项“摩西行动”也由此诞生了。艾文书店里，段海平秘密的向边日南下达了中央的命令。破坏木马计划，并准备与一个在八局潜伏的卧底接头。
谭忠恕应邀与刘新杰在前往庄云清俱乐部的途中，光顾了段海平经常去的书店，看的出谭忠恕对段海平也很有兴趣。到达俱乐部不久，谭忠恕便得知苗定纬已被抓获，他命刘新杰留在俱乐部，自己一人赶回了局里。刘新杰一边与庄云清下棋一边为这条信息的到来而显得心神不宁。
刘新杰带领总务处的成员体检，自己也顺利过关。原来，早在两天前，刘新杰处理好了一切。马蔚然的女儿加入了共产党，活动在解放区，外界一直不知情。这一直是马蔚然的一块心病。而刘新杰曾多次帮助马蔚然与其女儿通信。也为马蔚然保守这个秘密多时。刘新杰便胁迫马蔚然在这次体检中给予自己帮助。
谭忠恕在庄云清的办公室里安装了窃听器，从而知道了刘新杰私自释放徐鹤年的消息，并且当面训斥了刘新杰，凭借着以放走徐鹤年是为了接近庄云清的借口，刘新杰再次过关。李伯涵的木马计划成功在即，谭忠恕调他回来并命他接过齐佩林手中调查水手的行动。这令齐佩林和孙大浦对李伯涵十分不满，他俩决定调查水手的行动私下里继续进行。
刘新杰以转狱为由，暂时放出丁三来协助李伯涵工作。这使他没办法回答丁三的问题。只得告诫他好好协助李处长，以后再想办法。齐佩林和孙大浦为毕玉海画像，并且十分成功。刘新杰与二人解除误会后，看到了完成的画像。顿时感觉到，这位不识的同志已经暴露一半了。
刘新杰发现谭忠恕这段时间一直在躲着自己，而对摩西计划的关注程度也是不冷不热，这令他很是疑惑。由于有谭忠恕的命令，刘新杰在档案室里大模大样的调查李伯涵的档案，同时，他也希望被别人注意，最好是齐佩林。果然，齐佩林无意间看到了他的离开，并向档案室里的女主任巧言询问，不光知道了刘新杰调查李伯涵的信息，还打听到了李伯涵同样也在调查刘新杰。
齐佩林为了假投诚计划的成功，以牺牲一个自己安插在解放区多年的谍报小组为代价来换取李德元在中共的信任。谭忠恕对此做法加以肯定。通过调查钱宇的社会关系，齐佩林查到了八局前任电讯处处长沈明峥。沈明峥是多年前八局发生的一起泄密案的重点怀疑对象，但案件最后不了了之，人也消失的无影无踪。事后也再无人提起。
第二天李伯涵亲自跟踪周汉亭，却被早有准备的周汉亭面对面的发现了。回到局里，李伯涵申请抓捕周汉亭。但谭忠恕向他讲解了水手组织的性质后，否定了他的申请。并收回了他对周汉亭的控制权。谭忠恕通过何秀宁，不但更加确定周汉亭早已知道了暴露，也确认了自己为何秀宁编排的背景记录换取了周汉亭对她的信任。
在李伯涵闷闷不悦的接手了调查毕玉海命令的同时，图们江酒馆密室里，边日南正在向毕玉海下达隐蔽的指令。刘新杰把从孙大浦垃圾中获得的木马基地发报信号记录交给水手，并估算出基地是在一片海域范围中的某个小岛上。水手决定把资料上交中央并请求派人对区域内的各个岛屿进行搜索。
对于李德元投诚已通过审查的消息，刘新杰还是心有疑虑，于是叫阿九秘密前往李德元上海的住所进行调查。阿九愧疚的告诉了他敏仪怀孕的消息，刘新杰并没有责怪。潜入在解放区的李德元逐步获得信任，在一次和中共领导的偶然谈话间，得到了确实有个卧底潜伏在八局的消息，但还是没有获得此人的具体身份和姓名。
周汉亭在监视下成功逃脱，李伯涵亲自奔赴现场，不料，收到一个装有炸弹的邮包。在丁三的处理下，炸弹没有引爆，一行人逃过一劫。图们江密室里，毕玉海冒险前来，并对边日南声称自己犯了错误。原来，这个炸弹邮包就是毕玉海所作，本想进行破坏，结果炸弹被拆除。更可怕的是，这个未引爆的炸弹就是给敌人留下的最不利线索。
水手向媒体散播风声，出于外界的压力，谭忠恕不得不慎重考虑如何处死这26名被关押的共产党，刘新杰提出了请医疗队为他们检查身体。用这种人道主义精神来缓和当前的局势。更主要的是，刘新杰这么做也是为自己的计划来争取时间。齐佩林在搜查马蔚然家里时，发现了大量的吗啡处方。
刘新杰把当天李伯涵行动的信息告诉水手，但不知行动的具体内容是什么。上报中央后，解放区派出了侦察队对海域进行搜索。果然在一个小岛上发现了木马基地，并已确认木马计划是一个特工培训计划。齐佩林向谭忠恕汇报了马蔚然出逃的信息。水手认为马蔚然事件可以转移谭忠恕的注意力。而刘新杰并不乐观，因为八局里卧底的范围又缩小了。
毕玉海的住所被丁三找到，谭忠恕决定把抓捕毕玉海的行动交给刘新杰。而李伯涵在同一时间，将进行强攻图们江酒馆所在的B区。刘新杰面对这样的情形无法推辞，他决定先活捉后再想办法，不料，在危机时刻手下人向毕玉海开了枪，刘新杰只能眼睁睁的看着这位不识的同志死去。
图们江的攻破使得边日南暴露，而身处水手小组军师职位的他必须要选定接班人来维持工作，由于各种因素限制，边日南只得向水手推荐周汉亭。可周汉亭曾经暴露过，虽然现在的他早已更换了住所和身份，但还是令水手深感忧虑。经下属小贾的回报，水手得知了毕玉海已死于刘新杰之手。
顾晔佳完成任务从南京归来后，水手才得知董乾坤已出事。原来，顾晔佳没有在南京见到董乾坤。而水手原定的计划则是令顾晔佳见到董乾坤并完成任务后，再打开事先交给她的密信。由于情况有变，顾晔佳没有拆开信。而信上的内容则是令董乾坤做向导护送顾晔佳前往解放区。
由于事态的紧迫，使水手无法更多的去顾及新军师周汉亭身上的种种不安因素。他决定提前启用周汉亭。当晚，水手与周汉亭接头。并布置了营救边日南的计划。随着行刑日期的逼近，丁三手中的任务也渐入尾声。这使他对将来的命运很是恐惧。于是他找到刘新杰，请求帮助，刘新杰答应会替他想办法，同时也提醒了一些他该警惕的信息。
