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韩芸汐身为太医之女，自幼丧母，历经各种磨难，依然保持积极向上的乐观心态。芸汐颇有医学天赋，精通传统医术，却因此遭受各种妒忌和排挤。机缘巧合之下，芸汐嫁给了秦王龙非夜，从此陷入波谲云诡的宫廷斗争之中。芸汐凭借高超的医术、睿智的头脑和善良的内心，为朝中大臣破解剧毒，帮助秦王识破内奸，为全国百姓解除鼠疫之祸，成功救治感染怪病的太子。芸汐不仅以医者仁心的态度深受百姓爱戴，而且协助秦王打破了各种祸国殃民的阴谋诡计，平息了楚氏兄妹倒行逆施的动乱。经历过一系列人生变故，芸汐的医术更为精湛，而且赢得了秦王的倾心爱慕。两人看淡名利，共同钻研医术，最终离开喧嚣的宫廷，归隐山林，过上了与世无争的幸福生活。
天宁太医之女韩芸汐奉旨被许配给秦王龙飞夜。送亲途中，韩芸汐因自己手镯的魔力，进入了幻境，最终用神幽草治好了自己脸上的疤痕。当宜太妃以迟到为由欲赶回送亲队伍时，机智的韩芸汐化被动为主动，质疑缺席的秦王抗旨，最后巧妙地化解了危机。当天晚上，韩芸汐独守空房。半夜婚房闯进了一个受伤的陌生男人。韩芸汐用自己精湛的医术治好了他。她不知道的是，这个男人正是刚刚归来的未婚夫——秦王龙非夜。
第二天偷偷赶回家的韩芸汐被父母撞见，她被狠狠地批评了一顿。另一方面，刚刚从西周战场上凯旋的龙非夜被天徽帝拒绝见面。当太子将这个旨意传递给正在前往皇宫的秦王的时候，秦王又以感染风寒为由拒绝下轿，现场一度火药味十足。接着龙非夜拜访太后，并喝了皇太后赏赐的风露茶。然而喝完风露茶的龙非夜并没有大碍。这让一旁的李嬷嬷产生了怀疑——李嬷嬷清楚地记得秦王小时候对风露茶过敏。听到李嬷嬷的分析，再加上回忆起当年自己放的大火没有烧死龙非夜，皇太后开始对龙非夜的真实身份产生质疑。
几轮交涉后，龙非夜妥协，卸甲进宫。进宫后，龙非夜直接揭发了户部官吏的贪污罪行，成功地化被动为主动。韩芸汐拜见了太后，从太后口中她得知自己的母亲并没有死。太后还将芸汐母亲的手镯交给了芸汐。为了和娘亲团聚，她接受了太后给出的条件：帮太后做内线，查看秦王身上有无印记。韩从安再次以嫁给秦王十分危险劝阻芸汐的婚事。芸汐则十分坚持。太子查找被劫走的小毒蛊人一直无果，在万艳阁经人提醒后，他来到药鬼谷找顾七少帮忙。最后顾七少答应用毒蚊帮太子寻找小毒蛊人。此刻，小毒蛊人病魔发作，他打伤了很多看守他的龙非夜的手下，最后被龙非夜成功的稳定住。
芸汐利用帮龙非夜解毒的时机检查他身上的印记，最后她发现了龙非夜背后有一个不寻常的印记。芸汐利用现学的配药知识，给龙非夜开了解毒的药房。两人分床而睡，当天晚上，芸汐做了一个自己身份被亲王发现的噩梦。龙非夜喝了按照芸汐的方法配好的药，身体好转。他从手下西风口中得知，自己被很多人误会是谋杀大理寺卿的凶手。宜妃见到龙非夜平安归来，十分开心。她建议龙非夜赶紧去皇宫谢婚。国舅和太子因为刺杀龙非夜失败，陷入难关。国舅和太子更加坚定了杀死龙非夜的决心。韩芸汐和龙非夜拜见皇太后。
韩芸汐慢慢靠近龙非夜，但是依然碰壁。随着龙非夜的身体慢慢康复，顾七少也察觉到他身边有高超的医师。西周公主楚清歌随着马车队伍来到天宁，在半路上停下与等候的顾七少相见，原来顾七少是北厉安插在天宁的眼线。楚清歌作为西周国公主，她的父亲在不久前的战争中被龙非夜杀死，因此她对龙非夜怀恨在心。请求顾七少日后多给自己提供情报，帮助自己复仇。韩芸汐研究着毒综，制药技术有着飞速的进步。她开始计划给龙非夜配出更好的草药。时间越来越紧，韩芸汐查找龙非夜身上印记的事情依旧毫无进展。她决定用药将龙非夜迷住，然后检查。龙非夜刚出门便险些被刺客的箭刺中。
龙非夜为皇帝带来了一万匹战马，令天徽帝十分开心。天徽帝邀请龙非夜和自己一起沐浴泡澡。另一方面，国舅和太子继续和顾七少接触。顾七少向二人坦白了自己当初让人杀死大理寺卿然后嫁祸龙非夜的事。太子稚嫩，还为大理寺卿感到惋惜。而心狠手辣的国舅则对顾七少十分佩服。最后他们听了顾七少的建议：借刀杀人，利用天徽帝来除掉龙非夜。天徽帝和龙非夜两人寒暄着。天徽帝借着下棋的机会，委婉命令龙非夜可以放权休息。楚清歌嫁进了皇宫，她与天徽帝有了第一次的见面。
韩芸汐走进大理寺，她和太医院的御医顾北月简单打了照面。韩芸汐谎称自己是韩从按派来验毒的，二人开始验尸。最后韩芸汐从死者脖子处查到了毒蚊，并借助手镯的帮助，最好分析出了毒蚊的品种。万艳阁里，顾七少和雨泽商量着对付龙非夜的计划。韩芸汐一路上边走边思考着毒蚊的攻击原理，恰好偶遇顾七少。为了表示感谢，韩芸汐请顾七少一起吃饭。雨泽目睹到顾七少和韩芸汐勾肩搭背十分亲密，她感到十分气愤。芸汐外出后，早早回府的龙非夜识破了韩芸汐卧底的身份。在回家的路上，韩芸汐遇到了打翻药瓶的雨泽。韩芸汐跟着雨泽来到万艳阁，继续着侦察。
龙非夜让唐离去万艳阁帮自己查会找雨泽的嫌疑人的信息。唐离在万艳阁一掷千金，成功地得到了和雨泽亲近的机会。没想到的是，欧阳宁静冒充雨泽在房间里等待唐离。唐离帮哥哥追查线索的任务被欧阳宁静给耽误了。龙非夜和芸汐等一众人顺着雨泽逃跑的方向追到了药鬼谷。药鬼谷充满各种风险，考虑到解药只有两颗，所以在芸汐的坚持下，龙非夜最后决定只和韩芸汐一起进谷。雨泽很快现身了，她和龙非夜、韩芸汐交战之后逃走了，韩芸汐不幸受伤。一直在药鬼谷外面守候的唐离和欧阳宁静一直拌嘴，互相埋怨着对方。韩芸汐烤鱼给龙非夜吃，他们畅快地聊着，彼此的隔阂渐渐消散了。
楚清歌回想当初北厉太子听闻西周王驾崩时，太子特意代表北厉找到自己表示问候。北厉太子建议楚清歌利用自己身份的优势，去和天徽帝联姻，好同北厉里应外合，歼灭天宁，报仇雪恨。唐离一心一意想帮龙非夜。欧阳宁静继续纠缠着唐离，想要劝他和自己回去。但是遭到了唐离无情的拒绝。龙非夜一夜不睡，细心地照顾着昏迷的芸汐，终于换来了芸汐的康复。欧阳宁静看到芸汐和龙非夜感情很好，于是向芸汐讨教驭夫秘籍。因为不想见欧阳宁静，唐离一直躲着她。在一次被她碰巧撞见无处可逃的时候，唐离向欧阳宁静明确地表示自己绝不会娶她。
楚清歌在御花园跳舞，成功地吸引到了天徽帝的注意力。北宫伪造着李大夫错开药方的证据，欲加害泰和医馆。韩芸汐让仵作和太医重新给陈氏婆婆验尸并陈词。楚西风从黑衣人手中救下了差点被灭口的原告陈氏。陈氏最后坦白了真相，成功地还给了李大夫和泰和医馆一个清白。回家的路上，龙非夜和韩芸汐在轿子里分析着案件，龙非夜敏锐地察觉到是太后在幕后操纵，龙非夜和韩芸汐两人的心越来越靠近。唐离偷偷摸摸地想要报复给他泻药的韩芸汐，正好被龙非夜及时制止。韩芸汐帮龙非夜宽衣沐浴，这次她终于看到了龙非夜臀部的风族印记。
龙非夜将韩芸汐带到关押雨泽的地方，想让韩芸汐用自己的医术查出雨泽中毒的原因。芸汐最后查出来，雨泽中了一种米毒。顾七少一直找不到雨泽，十分内疚，于是决定从韩芸汐入手寻求突破。韩芸汐上街买药，偶遇顾七少，言谈之中，顾七少露出了倾慕之情。韩芸汐配好了解药，拿给龙非夜。龙非夜却因为韩芸汐经常外出以及和顾七少有交集而吃醋，韩芸汐耐心得解释她和顾七少没什么。龙非夜用韩芸汐配好的解药治好了雨泽。
就在长平公主准备对韩芸汐动手时，龙非夜及时赶到。韩芸汐竭力争取到了2天的时间给穆清武治病，并承诺如果失败自己甘愿受罚。两天的期限到了，穆清武的病情没有好转，韩芸汐被抓进了牢里。韩芸汐嘱咐太医顾北月一定要按照自己的方法坚持给穆清武治疗，顾北月答应。长平公主心疼穆清武，对韩芸汐恨之入骨。另一方面，太子和国舅继续商议。他们计划除掉穆清武，再逼供韩芸汐，让她栽赃龙非夜后再将她灭口。就在百里将军积极展开对国舅的调查的时候，一个神秘的谋士找到百里将军，并承诺说自己可以提供证据。国舅找到天徽帝，主动建议让自己来查穆清武和秦王的案子。
龙非夜将罪女雨泽带至天徽帝面前，雨泽把自己所做的一起归结为太子的指使，与此同时，龙非夜呈上证据，证明国舅才是真正的幕后元凶。面对铁证，天徽帝下令将雨泽押入死牢，并召国舅质问。天徽帝见龙非夜再一次死里逃生，暗暗忿恨。面对召见，国舅预知劫难将至，叮嘱太子务必韬光养晦、伺机而动，在天徽帝面前，他道出龙非夜曾夜探关押毒宗之地，野心非比寻常，天徽帝对龙非夜杀意更浓，并将国舅押入天牢。最后国舅被赐毒酒，由龙非夜亲手执行，在国舅毒发之际，龙非夜表明自己大秦后人的身份，肩负着对天宁的复仇而来，国舅在极度惊恐中身亡。顾七少会面太子，为他分析国舅死后的局势，自荐愿意辅佐太子，同时提出营救雨泽的要求。
龙非夜洗清冤屈，天徽帝却愁眉不展，楚清歌开导，表明铲除龙非夜绝非一朝一夕。天徽帝故作愤怒，斥责楚清歌信口雌黄。楚清歌展露恨意，说龙非夜与她有杀父之仇，得到天徽帝的信任。韩芸汐回到秦王府，宜太妃认为她被关进天牢，丢了秦王府的脸面，甚至连累到秦王，将她关进柴房禁闭。韩芸汐不屈服，默默掐算着时间等待着，没过多久，长平公主脸上毒疮爆发，太后亲自登门来请韩芸汐治疗，太后和宜太妃针锋相对，明争暗斗。但因为长平公主的毒疮，太后低头，宜太妃暗爽。入宫后，芸汐先以病推脱，暂缓治疗，在长平公主煎熬之际，芸汐提出，需用千年血玉为长平的脸按摩，方可尽快解毒。
长平公主痊愈，楚清歌和萧贵妃各自前往，却在宅邸相遇。长平对待萧贵妃并不客气，同时对赠养颜膏的楚清歌产生好感。到了回门的日子，韩芸汐打算自己回娘家，龙非夜本身也无意陪同。当日，欧阳宁静为芸汐不平，用言语刺激秦王，龙非夜最后出了王府。韩芸汐一个人回门，韩若雪和徐夫人无视她秦王妃的身份，多番耻笑，甚至讽刺她是被休了后一个人回来。就在韩芸汐无力反驳的时刻，秦王策马而来。龙非夜突然出现，为韩芸汐撑腰，令韩若雪和徐夫人大惊失色。龙非夜以无视尊卑之名，责罚韩若雪，令她在今日宴上做芸汐的侍婢，并粉碎了她进入王府做侧妃的幻想。
当晚，龙非夜夜宿韩府，韩芸汐提出为他准备客房，没想到龙非夜表明今夜要睡一张床。两人一开始很拘束，可芸汐入睡之际，却无意地趴在龙非夜身上，气氛微妙。于此同时，顾七少在相约之地，从白天一直等待芸汐到晚上。第二天，芸汐想起与顾七少的约定，前往约定之地，可他已经走了。从掌柜处得知，顾七少昨天等了一天一夜，芸汐愧疚不已。回韩府时，芸汐发现龙非夜一行在门口等自己，连连道歉。轿内，龙非夜得知芸汐因友人而忽略自己，稍稍吃醋，透露已为芸汐建了一个药房，芸汐受宠若惊。顾七少负气回到药王谷，太子来找他，透露天青准备对楚清歌下手的信息。
顾七少将芸汐送回秦王府，芸汐酒醉，不停向顾七少讨酒喝。龙非夜撞见这一幕，与顾七少对峙，以芸汐夫君的身份喝令顾七少离开。醉意之下，芸汐将百里茗香拉离非夜身边，自己则扑到他身上亲吻，最后把龙非夜拉近房中，放言自己要母凭子贵。芸汐很快入睡，在梦中呼唤娘亲，龙非夜心生怜惜。隔天一早，芸汐把东西搬进龙非夜房间，打算睡在榻上，龙非夜一开始不同意，但在芸汐“普秦王府，莫非秦王妃的住处”的话语下默许。百里茗香得知两人昨夜同床，仍不信非夜会接受芸汐，她觉得自己为了治好非夜的毒蛊，多年来一直在养美人血，而养美人血需要一直喝毒药，自己每隔一段时间就会毒性发作，十分痛苦。茗香相信，如此的付出会有得偿的一日。见芸汐与非夜感情增进迅速，欧阳宁静以为是因为顾七少的存在，使龙非夜产生危机所致。她如法炮制，硬拉上西风陪自己喝酒，西风一再劝阻之际，顾太医出现在了酒楼，宁静热情邀顾太医入座，并支走西风，在顾太医面前把自己灌醉。西风将这情况禀报给唐离，唐离心急，立即去酒楼制止宁静喝酒。
芸汐给楚清歌解毒，药方中含一味百草，只有药鬼谷才有。顾太医以芸汐之名求药，引发顾七少对芸汐的思念，前去找她。在萧贵妃处，发现了埋在花盆下的毒粉，其毒性与楚清歌所中的相同。天徽帝下令彻查。芸汐从宫中出来，等待非夜共赴花灯节之约。可到半夜也没等到，回到家中，芸汐看到龙非夜和百里茗香在一起，还让自己搬出去住。芸汐并不知道，非夜身上的毒蛊爆发，茗香正在照顾。非夜不想让芸汐知道自己身中毒蛊之事。楚清歌之毒已解。在得到太子密信后，她刻意服下毒药，以身为码，使得萧贵妃被皇上怀疑。实际天徽帝察觉到了蹊跷，两边都在查。宫中地牢已经完工，转移毒宗的行动将近，非夜得到地牢图，看出布防严密，明白在转移途中劫夺毒宗才是最佳办法。西风同时对非夜禀报，芸汐又去见了顾七少。顾七少和芸汐在街边，被龙非夜撞见，两男人以“花魁雨泽”为切入点，就毒宗之事互相试探。非夜本欲将顾七少抓走，后在芸汐的保护下作罢。宁静用特效安眠药将唐离迷倒，把他绑在床上，让唐离陪自己睡一晚。唐离大喊，甚至流下眼泪，两人大闹一番后竟然各自睡去。
芸汐担心非夜所中之毒，让宁静盯住百里茗香，自己则去药鬼谷采药，为非夜研制解药。之后芸汐以道歉为理由，献上含有解毒之药的桂花糕。龙非夜收下。经过调查，天徽帝将以三路护送真假毒宗。可龙非夜分析，三路都只是假象，真正的祖宗将运往宫中。结合最近修缮太庙的信息，太庙才是天徽帝的选定之所。楚清歌也查到天徽帝的计划，但是皇宫突然戒备森严，消息一时间传不出去。于是楚清歌故意让自己生病，传韩芸汐进宫看病。楚清歌称，以前都是西周皇宫给配的补药，现在来到天宁，缺少某种珍贵的药材，补药也就断了。韩芸汐表示，她可以去药鬼谷采来。楚清歌将转移毒宗的情报写在特殊的纸上，利用韩芸汐，将消息带去了药鬼谷。顾七少得到楚清歌的消息，去见太子，见太子消沉，点醒他若天青登上皇位，太子必死无疑。两人与天青会面，天青则故意称自己受父皇之命转移毒宗，激怒太子。太子本不打算行动，却在顾七少的怂恿下，派出死士，令顾七少亲自带领人马，打算最后嫁祸给龙非夜。
龙非夜与天徽帝棋盘对弈之时，边关军情传来，天徽帝前往处理，同时命令太子务必盯牢龙非夜。而龙非夜以小毒蛊人为筹码，要挟太子，让他向天徽帝隐藏自己的行踪。太子不得不答应。天徽帝得知，重税之下，边关民众为了粮食夜袭军队。皇帝下令处死乱民，再向边关送一批粮食，同时再增加一层赋税。户部尚书表示国库空虚，天徽帝究问国舅赃款的去处，得知全被秦王发放于民了，天徽帝愤怒。龙非夜蒙面，亲自截取毒宗，与押送卫队交战。顾七少也参与战局，甚至太医顾北月也在暗中关注，寻找机会将毒宗带走。激战中龙非夜毒蛊突然爆发，场上无人可敌，唐离趁机将毒宗带走。芸汐问太后母亲在何处，而太后则领她去了一个地方，布置与母亲曾经的房间相同，太后还拿出一个芸汐母亲曾用过的药瓶。芸汐相信母亲在太后手中，远离了母亲已死的真相。天徽帝回御花园，结果发现，只有太子一人在亭中，天徽帝怒，太子则吞吞吐吐。此时，龙非夜出现，淡然表示自己只是去了趟茅厕。天徽帝发现非夜身体不对劲，欲传太医，此时芸汐赶来，在非夜颈上施针，稳住了非夜体内之毒。
