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盘古开天辟地直至三皇五帝之后，华夏大地诞生夏朝，在夏的疆域内，有一个叫做纪氏的古老家族，领主之子纪宁（刘恺威饰）天赋秉然功夫超群。纪氏因发现矿脉而遭到一个叫雪龙山组织的觊觎，为了守护家族纪宁的父亲在战争中死去，纪氏几乎遭受灭顶之灾。从此纪宁开始逐步磨砺心性，为了守护家族和身边的人，他必须变得强大。他进入黑白学宫进行学习，在这里结识了志同道合的朋友，但他的强大也招来了发小纪农的嫉恨和暗算，纪宁后来了解到家族之仇背后是更大的阴谋：一个叫做无间门的神秘势力，意图挑起战争侵吞夏朝。纪宁历经种种艰险和磨难，终于成长为一个真正的强者，并且联和各方力量一起来守护夏朝安宁.
三界中存在着许多不同的界域，各个界域都在不断扩大自己的能量，其中混沌界域的神王野心勃勃，想要成为三界之主，修炼黑暗秘术，并发动了三界之战。女娲娘娘和陆压道人合力对付神王，最终将其封印，陆压道人也为之牺牲。为防日后神王破出封印，女娲娘娘在赤明界域召唤凤族与尉迟族看守封印，并留下一颗蕴含着力量的种子以备不时之需，而后跳出三界之外。千年后。
北山氏派兵前来援助纪氏部落，却被侗虞水易率人阻拦。纪宁、纪农被关在禁闭之中，想方设法也没能逃脱出来，却意外的发现了上古阵法。两人决心参悟阵法，好闯出禁闭去帮助纪一川等人。另一边，纪一川为纪氏全族下跪，许离真人与农子道却出尔反尔，要纪一川交出臣子令。纪一川不再退让，双方打了起来。禁闭中，纪宁参悟阵法，却屡屡遇到瓶颈。战场上，纪氏一族明显不敌雪龙山众人，影婆婆战死激怒了纪一川，用“雨水剑域”困住了雪龙山众人，让纪氏族人得到片刻喘息。
纪农抱着秋叶回到纪氏部落，众人都十分悲痛，纪农更是不顾旁人劝慰，径直回到了自己屋中。部落为秋叶举行葬礼，纪农喝醉酒在雨中痛哭，纪宁前来安慰，两人却起了冲突。余薇阻止了纪农，让他冷静一些，最终纪农独自离开。另一边雪龙山领地，许离真人想就此罢手，农子道却觊觎元石矿脉，想获得纪氏的力量，再次从中挑拨。在农子道的怂恿下，许离真人再次对纪氏出兵。纪宁率众人对抗雪龙山人，自己与纪农、余薇直接与许离真人交手。纪宁等人修为尚浅，被许离真人困在业火钵中，没想到修为高的余薇却也正为业火所克。三人商量，让余薇离开前去求助。
纪农将来人错认成秋叶，冒犯了对方，纪宁急忙上前解释。原来，来人是东延氏的少主九莲。就在此时，人群一阵喧哗，大师兄邋遢道人到了。邋遢道人似乎对纪宁有些不满，径直邀请纪宁与自己论道，幸好余薇出面解围，带两人离开。纪宁、纪农、九莲到五疯师尊处办理住宿，再次遭到简白等人的嘲笑，纪农心中越发不满。三人由五疯师尊领着看宿舍，九莲财大气粗直接定下了最好的宿舍，而纪宁与纪农却身无分文，只好去住藏经阁地下室，还要负责打扫藏经阁。众人来到地下室，地下室却突然发生了小爆炸。
纪农飞身上台，其余众弟子却不服，尤其简白更是寸步不让。简白与纪农比试，纪农依旧不敌，但就在此时，纪农却变得有些不对劲，功法大涨险些将简白打伤。纪农被废除比赛资格，纪宁想要安慰，纪农却径直离开。论道大会继续，纪宁与饮血问剑过招，将饮血问剑击败。但饮血问剑却十分不服，直言自己是败给余薇而不是纪宁。余薇为给纪宁解围，只好上台将纪宁击败，一旁的九莲却不解余薇的好意。台上的师尊们，心中也都有了收徒的人选。论道大会结束，议事厅中长青剑仙询问纪农为何会使出邪术，纪农对黑白学宫已有怨怼，因而再三狡辩，不愿承认。长青剑仙无奈，只得放他离开。
侗虞水易留下纪农，侗虞出手试探纪农功力后，让他留在论道馆。殿才道人找来余薇，嘱咐她与纪宁一同前去对付赤芒蛇，若有意外便将纪宁带回来。论道馆中，纪农上台与人论道引来众人瞩目。暗处，水易询问冬七，才知道冬七是觉得纪农是种子，所以要留下纪农。惜月也在一旁悄悄观察。学宫中，九莲与木子朔忧心忡忡，担心纪宁的安危。余薇，纪宁来到赤芒蛇栖息之地却发现赤芒蛇不见踪影。两人一番探查，发现了赤芒蛇的踪迹。赤芒蛇却狡猾无比。余薇低估了赤芒蛇的实力，被赤芒蛇所伤，重重坠落。两人决定先逃跑，赤芒蛇却紧追不舍，余薇也重伤不醒。情急之下，纪宁召唤摘星仙府，向黄伯求助。
原来余薇出生凤族，凤族乃当年女娲封印神王后，让凤族看守封印的一支氏族，神王抓牙为了让身亡破印而出，灭了凤族，余薇的母亲将余薇藏于框内，殿才救下余薇，并给她起名余薇，寓意：劫后余生，满院蔷薇。余薇这才知道自己身世，并决心一定要找到凶手，为家人报仇雪恨！摘星仙府中，黄伯一番思索，终于想通，余薇或许就是当年混沌界域南筠的后人！另一边，冬七正守在南筠身边。冬七怀疑纪农就是女娲留下的种子，但他与神王互相猜忌，因而暂时隐瞒了这个消息。木子朔与九莲两人在学宫中为纪宁余薇准备了庆功宴，九莲告白，纪宁拒绝九莲，九莲却坚决不放弃，纪宁无奈，只好随她去。
九莲与木子朔认为是大师兄邋遢道人暗中告密，指责了邋遢。但邋遢道人并未辩解，而是直接离开。私下里，余薇却听到是九月偷偷告密，而让纪宁等人受到了惩罚。余薇随后找到纪宁，说明让他低调行事。余薇与纪宁一起修炼，九莲也跑了过来，却再次误会了纪宁的意思，负气离开。余薇劝纪宁有什么事，应该跟九莲说清楚。邋遢道人心中烦闷，余薇正巧在此时找来，说明了告密原委。余薇表示，她大师兄是被冤枉的，也知道邋遢道人去论道馆是帮助木子朔拿黑白丹。邋遢却不承认，余薇也不勉强，反而邀请邋遢道人加入纪宁等人，被邋遢傲娇拒绝。
冬霖与木子朔对战，木子朔、纪宁与九莲用邋遢道人的办法和傀儡元神夺得了傀儡大赛的冠军，众人都十分惊叹。傀儡大赛结束，木子朔被五疯道人选中，饮血问剑被长青剑仙选中，就当纪宁以为自己要落选时，殿才道人破天荒决定收第二个亲传弟子，将纪宁收入门中。事情告一段落，余薇这才说明，方法其实是邋遢道人借余薇之手告诉纪宁等人的，纪宁感谢邋遢道人，邋遢道人爽快表示他对纪宁的欣赏，二人冰释前嫌，成为好友。纪宁等人庆祝傀儡大赛胜利，冬霖也前来表示自己曾经小肚鸡肠，嫉妒木子朔才华，两人也冰释前嫌。众人正庆祝的时候，空青忽然前来传信，告知纪宁一个噩耗：纪夫人尉迟雪病危。纪宁当即决定赶回纪氏，余薇受师命也陪同前往。纪农独自一人修炼，正苦于遇到瓶颈。九莲找到纪农，告诉他尉迟雪遇刺的消息。纪宁余薇赶回纪氏，纪烈告知了他尉迟雪遇刺的经过，原来竟然是无间门的侗虞与农子道再次出手。
纪烈心中对族长之位耿耿于怀，更对纪农没有夺得族长之位十分痛恨。纪烈再次提出让纪农借此机会当上族长，并将臣子令交给纪农。纪氏召开全族大会，众人推选纪宁成为下一任族长。纪宁却拒绝了，反而举荐纪农。只是纪宁举荐纪农的行为，却遭到了其他人的反对。纪农见大家如此态度，十分失望，直言纪氏从未将自己当做真正的族人，最终在议会上直接离开。纪农心中烦闷，九莲追上前去安慰，但两人却再起争执。纪农去向农子道寻仇，九莲拦不住纪农，只好马上去向纪宁等人报信。雪龙山正与侗虞、水易定下合作之约，纪农却前来寻仇，被困在阵中。
无间门，农子道为臣子令一事再次前来求见冬七，但遭到侗虞水易的拒绝。农子道一番思索，决心自己设法夺取臣子令。水易将农子道一事回禀冬七，问及南筠与冬七的往事。原来南筠与冬七原本早已准备离开神王，只是南筠天劫将至，两人商定后决定待天劫之后便向神王辞行。却不料南筠因天劫受重伤，至今未醒。同时冬七也终于告诉水易，自己就是因为南筠一事而受制于神王，不得不供其驱使。纪宁与余薇在藏经阁中搜寻典籍，两人却发现所有的典籍俱在，却独独缺了灭族一事的内容。
纪农与黑白学宫众人不欢而散，径直离开。三位师尊回到学宫，长青要严惩邋遢，却被殿才拦住，长青心中也越发不满。余薇与纪宁月下谈心，纪宁终于对余薇表明自己的心意，余薇也坦然接受。水易找到纪农，想通过黑白学宫一事挑拨纪农与黑白学宫众人的关系，但纪农却没有回应。余薇练功之时，发觉修为不进反退，前去请教殿才道人。余薇这才知道自己所练功法不适宜体验爱情滋味，必须断情绝念，方能继续修道之路。念及自身背负巨大家仇，若忘情去爱，则如何对得起凤族死去的千万人，余薇无奈，决心以家仇为重，放弃纪宁，和纪宁表示分手，纪宁一头雾水，不明白为何昨夜尚好一人，一夜之间态度忽转，询问余薇，余薇却始终不相告。
水易、侗虞前来汇报探查到的情况，水易不忍看冬七沉溺于南筠身上，出言相劝，不料冬七却大为不悦。侗虞见状出言安慰冬七，表示一定会找到能救治南筠的办法。门外苦等七天的纪农终于见到冬七，提出想要加入无间门，却被冬七一口回绝。但纪农却极为坚持，跪在无间门前绝不离开。纪宁与木子朔下课后照例回到藏经阁地下室休息，却发现藏经阁已被禁止进入。二人疑惑万分，殿才道人表示已经为二人安排了新的住处，二人来到新寝室，发现就在邋遢道人隔壁。纪宁询问邋遢道人为何封锁藏经阁，邋遢道人表示近期内似乎有人偷偷潜入藏经阁的禁书区，触动了殿才道人设下的警戒法阵，因此藏经阁才会被封锁。
常青剑仙对纪宁二人的惩罚，引发了众人不满。邋遢上前求情，也被长青回绝。九莲想到纪宁余薇被关禁闭，绝水绝食，一定需要伤药，决定回东延氏取药。纪农查案，似乎发现有些蹊跷，但神情却略显为难。九莲回到东延氏向父亲求助 ，却遭火圣道人拒绝，更将九莲关了禁闭。密室中，余薇为纪宁疗伤，纪宁对余薇道歉，称是自己连累了余薇，余薇却询问纪宁为何明知触犯宫规还要坚持这样做。纪宁表示这世上有些事明知后果严重，但也必须要做。余薇被纪宁的坚毅所打动，表示她过去一直循规蹈矩的生活，但纪宁的出现让她对生活有了新的认知，为了查明真相有些规则必须去打破。
惜月与邋遢道人独处。惜月再次向邋遢求助，想让他替自己给纪宁送药，却被邋遢误会自己喜欢纪宁。纪农带着九莲回到无间门，九莲不甚理解纪农加入无间门的举动，两人之间也有些尴尬。邋遢道人心中苦闷，与木子朔喝酒，却恰巧被木子朔一言点醒。邋遢找到惜月郡主，决定将一切挑明。邋遢想要说明一切，但惜月却支支吾吾。惜月的反常让邋遢猜出了她真实的身份。原来惜月郡主竟然就是尉迟氏的另一位后人，是尉迟山的女儿。灭族之事发生后，惜月为延王所救，才随他来到延王府中。纪农回无间门复命，却被侗虞指责没有完成任务理应受罚，关入地牢中。水易不认可侗虞的行动，两人渐生嫌隙。纪农在地牢中受罚，被冬七所救。
九莲提出要回黑白学宫，纪农却没有答应，而是将九莲带到了冬七的故居之所。随后，少炎氏玄机老祖前来求见纪从使，献上丹药给冬七，却被纪农所回绝。玄机老祖借见面之机，拿到了纪农的头发。原来玄机老祖怀疑纪农是前任少炎氏族长之子。北山百微来到黑白学宫，将纪农如今身在无间门之事告诉了纪宁。另一边玄机老祖命人寻来纪农，决定将真相告知。纪农原本不信，却通过法术看到了过往发生的一切。纪农心态崩溃的离开了少炎氏，回到冬七故居见到九莲。
邋遢道人带纪宁前去见尉迟惜月，另一边九莲想要逗纪农开心。原本九莲想要回黑白学宫，却考虑到纪农而局决定推迟回去的时间。纪宁来到延王府，姐弟相认，邋遢道人主动退出去给二人留下空间。纪宁与余薇一起修炼，空青却急急忙忙地找来。原来自纪农加入无间门后，无间门的势力近日来不断扩张，而纪农本人更是在无间门中飞速晋升。纪宁闻言闯入无间门寻找纪农，水易与冬七已经发现，却决定用此事来试探纪农的忠心。空青带着纪宁找到纪农，纪宁想要带走纪农，却被纪农拒绝，两兄弟彻底决裂。冬七得知消息，也终于认可纪农。此时水易突然问冬七，是否已经找到了南筠后人的下落。
玄机老祖给纪农送来的帮手名为莫尘，玄机老祖命其贴身辅佐纪农，谋划复兴少炎氏之事。余薇独自一人为太上忘情一事伤神，纪宁寻来，两人看来似乎有所隔阂。木子朔前来送药，纪宁似乎若有所悟，匆忙离开了。纪宁约纪农私下见面，险被偷袭，纪农出现救下纪农，两人再次长叹一番。纪宁询问纪农是不是为调查灭族之事菜加入无间门中，纪农也点头称确有其事，并告诉纪宁自己与他决裂只不过为演戏给冬七看以取得信任。两人决定一起对付无间门。无间门内，莫尘偶遇水易，两人神色间颇有不和。邋遢找到木子朔，准备带众人一起赴北山百微之邀，恰在此时九莲终于回到了黑白学宫。
侗虞水易在天宝山因灭族之事起了争执，被门外的纪农听见。侗虞告诉水易，余薇和南筠已经大大影响了冬七对无间门的管理，想要伺机除掉他们。纪农照顾九莲，却被水易发现他也偷偷来到了青楼。水易以九莲暗示纪农，随后离开。另一边，趁着九莲醉酒，纪宁等人去往无名阁。纪宁看中一支剑穗，却没有黑白丹购买。恰巧惜月郡主就是无名阁的主人，便寻借口送给了纪宁。从无名阁出来，邋遢来寻九莲要将她带走，借机与纪农说明，若是喜欢九莲便不要让九莲受到任何委屈。纪农回到无间门中，暗中听到纪宁他们要再次暗创天宝山，心中焦急九莲是否也在其中，匆匆再次赶去。学宫中，邋遢等人接下英雄令，天宝山青楼屡出命案，前去查探一二。
冬七因南筠之故无法离开神王，余薇却并不知内情。余薇向冬七询问，南筠究竟是谁。冬七如实相告，却隐瞒了余薇是南筠后人这一点。冬七回到无间门中独自思索，为何余薇会是南筠的后人，而她身上的混沌之力又为何不受控制。纪农带回九莲，却无法医治，只能前去求冬七出手援助。冬七感念纪农对九莲一往情深，不顾侗虞反对，终于答应救治九莲。九莲转危为安，纪农才放下心来。冬七去见神王，神王责备冬七为何封印灭世妖兽。而冬七却直言，自己与神王从来不是主仆关系。冬七已有意离开神王，但神王却突然提及余薇体内的奇怪气息。冬七不得不再次受制于神王。冬七心情郁结，在无间门内醉酒，水易趁其喝醉，终于忍不住流露了自己的心思。莫尘一路寻到冬七故居才找到纪农，要将他带走。纪农却坚持不肯离开。九莲醒来，要求回黑白学宫。纪农心中难过，只将莫尘留在故居，自己离开。
