...
这是一间营业时间从午夜十二点到早上七点的特殊食堂。这里的老板，不太爱说话，却总叫人吃得热泪盈眶。在这里，自卑的舞蹈演员偶遇隐退多年舞界前辈，前辈不惜讲述自己不堪回首的经历不断鼓舞年轻人，最终令其重拾自信；轻言绝交的闺蜜因为吃到共同喜爱的美食，回忆起从前的友谊，重归于好 ；乐观的绝症患者遇到同命相连的女孩，两人相爱并相互给予力量，陪伴彼此完美地走过了最后一程；一味追求事业成功的白领，在这里结交了真正暖心的朋友，发现真情比成功更有意义。食物、故事、真情，汇聚了整部剧的主题，教会人们坦然面对得失，对生活充满期许和热情。每一个故事背后都饱含深情，情节跌宕起伏，令人流连忘返 。
夜幕深沉，城市的霓虹驱散了黑夜的伪装，却驱不散街头的喧嚣。时钟的指针渐渐靠近午夜十二点，旧港区大部分的店铺都结束了营业，熙熙攘攘的人流也渐渐散去，而有一家店却刚刚点亮门口的灯笼。这是家奇怪的店。推开门，有些老旧的装修在昏黄的灯光下却显出几分温馨。店面不大，大堂中央用几条木桌板凳围成一个正方形，桌上简单摆放着干净的木筷和调料。店里有两条奇怪的规矩：第一，它的菜单仅有大锅菜，啤酒，白酒三样，而且酒类限量，但要是客人有格外想吃的菜，要是老板会做也可以做。第二，它只在晚上十二点到早上七点营业。
伊丽莎白将张轩带到深夜食堂，说自己请客，并请求老板做最好吃的东西给张轩。她主动将爱马仕和芸小姐介绍给张轩，四人正准备玩游戏，爱马仕接到约会电话，急急忙忙地离开了。过了一会儿， 伊丽莎白也被经理的电话叫走，无奈的她保证自己会马上回来就匆匆离开了。被单独留下的芸小姐十分尴尬，她约张轩一起喝酒，一来二往，张轩提议两人换个地方继续喝。
狼吞虎咽的吃完鱼松饭，奇奇窘迫的告诉老板自己的行礼丢了，身无分文的她为老板唱了一首轻快的《甜蜜蜜》作为回报。意外的是，扎着两个乱糟糟的麻花辫，看起来脏兮兮的奇奇唱起歌来却十分动听，清脆的嗓音流露出少女的青涩和独特的天赋。奇奇请求老板让自己留下来帮忙，她不要工资，只要给她吃鱼松饭就可以。老板还没有反应过来，害怕被拒绝的奇奇就蹬蹬蹬跑去洗碗了。就这样，这个不知道从哪冒出来的爱唱歌的小女孩，留在了深夜食堂。
奇奇带美味的鱼松饭和可乐去看望留守儿童们，大家都开开心心的吃，还说要带给家人，一个小女孩却吃着吃着哭了起来。奇奇连忙问她怎么了，照顾她们的老伯却说她是想妈妈了。奇奇安慰她，其实自己也很想妈妈，可惜的是，妈妈早就离开了她，所以，每当她想起妈妈的时候，她就会唱歌安慰自己。就这样，奇奇领着想念亲人的孩子们唱起歌来，并陪孩子们一起玩捉迷藏。
F4在深夜食堂重聚，交谈着彼此这些年的经历。正在此时，佳佳出现了，她一如既往的热情的与每个人打招呼，邀请四人参加自己的婚礼，并且让老板为他们拍了一张合照，庆祝毕业多年后的再聚。陈霆回到家后，看到早已熟睡的老婆和女儿，自己却悄悄坐到客厅沉思了起来。今天看到佳佳，让他再次想起了高中时期那段青涩而美好的暗恋，一晃多年，物是人非。
这是一座靠海的城市，潮汐载着人们启程，归航，也带来许许多多的故事。在码头的角落，有座显眼的红灯塔，它时刻闪耀的光芒，总是提醒着在来去的人们要回家的路。马克就是一名来自海上的船员。他约莫三十来岁，一头半长的头发草草扎在脑后，剑眉高挑，鼻梁英挺，带有棱角的脸庞留着密密的胡渣，不说话时有一种成熟男人的魅力，常被不知情的女客人搭讪。可惜的是，他从小就失聪，交流时也只能一个字一个字的往外蹦。马玲玲曾被他迷得七荤八素，也有不死心的女人想要接近他，但老板却知道，他是个全然孤独的男人。直到有一天，他在红灯塔旁边捡到了一个孩子。
时光荏苒，马克最初带回乐乐的情境老板还历历在目。这五年来，马克如珍宝般小心翼翼的将乐乐抚养长大，港口那间小小的仓库虽破，却是两人温暖的家。怎么一转眼，这个家，就要散了呢？马克终究被拦了下来。确切的说，在出港前他们就被警察拦住，随后，他被拘留了，乐乐也被再次送到了医院。
寂静的夜，空荡荡的深夜食堂只剩下马克和老板。老板对马克说，可能这个世界上，没有谁比自己更了解重新开始，这一切都是命中注定。五年前，老天爷将乐乐派来给大家带来欢乐，现在，老天爷又将她妈妈派来，她也会给拼尽全力给乐乐爱，甚至给予乐乐马克和大家不能给的。当初乐乐被偷走，艾真承受的痛苦比任何人都要多，也许现在，是时候把乐乐还回去了。
这一晚，阿莲姨又在深夜食堂喝的酩酊大醉，阿丈带着小柔过来接她，醉醺醺的阿莲姨对食客们说小柔是管家婆，自己很烦她，这让小柔非常尴尬。一番折腾后，阿莲姨还是被阿丈背回家了。约会约到一半的小柔孤零零的坐在深夜食堂里，看着众人或同情或看热闹的眼神，心情跌到了谷底。
夜色阑珊。空荡荡的深夜食堂，老板独自收拾着餐具，准备迎接新的一天。无意间，他在筷筒的下面发现了一包跳跳糖，这让他忽然想起那些本该对未来充满美好想象，却没有明天的人。里昂是一个有点酷酷的青年，时常称自己有个像闪电一样的灵魂。他的后脑还留着脑瘤手术后留下的疤痕，手术后，他卖掉了所有东西，只留下机车“闪电”，成为一名公路上的流浪者。他常常表现的放荡不羁，从不跟女人见第二面，他也很讨厌别人跟他说明天见，因为，他不知道自己还有没有明天。第一次来深夜食堂时，他随身带了一堆药丸，却坚持要了一大杯白酒，服药后，又吃了一包跳跳糖，这独特的行为让老板印象深刻。
西西睁开眼的时候，她看到了泪流满面的父母。她告诉他们自己遇到了一个可以陪自己哭，陪自己笑男生，她终于知道，遇到一份像父母那样一辈子的爱情是什么感觉。同一时间，里昂也来到了医院接受脑检查。很快，两人在医院相遇了。里昂假装和西西搭讪请她喝咖啡，西西却苦着脸说自己心脏不好，不能喝咖啡。里昂怜爱地在西西额头上轻轻落下一吻。西西问里昂是不是来医院接受治疗，里昂却说自己只是来确定自己还有多少时间，因为他想趁最后的时间，带西西去雪地里吃跳舞西西。
深夜食堂的众人因为偶遇孙可唯而兴奋不已，忠实粉丝郝建嚷嚷着要老板下次记得帮自己要签名，泡面三姐妹则是期待着下次能够合张照发朋友圈炫耀。唯有老板不为所动，还叮嘱众人下次如果再遇见孙可唯不要打扰她。老板从访谈节目得知，孙可唯年幼时因为家庭变故，父母去世后被人收养，还辗转换了好几个家庭。节目看到一半，孙可唯突然走了进来，尴尬的老板立刻关了电视，还吞吞吐吐地夸奖她很上镜，但孙可唯却毫不在意，照例点了一份酱油炒面。
老板从孙可唯的电影里明白了她爱吃酱油炒面的原因。这晚，孙可唯又来到深夜食堂吃酱油炒面，老板做好后，让孙可唯稍等一下，他说有个人跟他说，在鸡蛋上加一点白芝麻才会更香，还特意叮嘱他要项城贾岭的白芝麻。老板揶揄的说孙可唯的粉丝真多，连这个细节都知道。孙可唯从老板拿出白芝麻神情就变了，她讷讷的说这件事自己从来没有跟任何人说过。她向老板询问那人的长相，老板却说那只是一个捡破烂的流浪汉，一个老人。孙可唯激动地站起来，面也没吃，就匆匆的走了。
又一次失恋后，小泉在深夜食堂喝的酩酊大醉。老板看着又唱又跳的小泉，给她叫了专车司机——高松。高松是个高高壮壮的专车司机，长相是很容易让人相信的那一种，当然，他本身性格也十分淳朴老实。专车司机的工作看着简单，其实也非常很辛苦，因为不知道客人什么时候会来，高松吃饭都只能趁着空闲狼吞虎咽，要不然就得饿肚子，有时候连水都不敢喝，就怕耽误了客人的工作。
离去的人已经远去，深夜食堂的故事还在继续。这天晚上，小寿叔念叨着好久没有看见小龙了，他还说每次看见小龙吃红香肠就觉得特别美味。老板问他要不要来一份时，他却拒绝了，坚持只有阿龙盘子里的红香肠才好吃，而且总有一天他会吃到的。老板对他的心思心知肚明，照例给他做了一份鸡蛋厚烧。
每当凌晨的钟声响起，沉寂了一整天的深夜食堂就开始热闹起来。苏老是一个头发花白的老医师，六年前，老爷子不幸中风瘫痪，全身上下只有右手能动，儿子媳妇工作繁忙，只得请看护在家照料。苏老的医术十分高明，同样出名的还有他的牛脾气。这不，短短几个月，他就气跑了五六个看护，这可愁坏了儿子阿成。好不容易，他托人从山东老家找来了新看护，翠芳。
每当凌晨的钟声响起，新的一天又如期来临。对于一些人而言，每一天都是日复一日，差不多。但对于苏老医师来说，这一天，却格外不同。这天晚上到很晚，苏老医师都没有入睡，甚至连晚饭都没有吃。但翠芳却没有像往常一样劝他早睡，而是将他扶了起来，说要给他一个惊喜。坐电梯下楼，翠芳背着一个大大的袋子，将久未出门的翠芳推出了家门，原本唠唠叨叨的苏老医师瞬间变了神色。
从苏老医师家里跑出来后，翠芳来到了深夜食堂。老板照例跟她寒暄了几句，翠芳哽咽着说如果老板结婚了，有了小孩，那么老板就能教教自己，孩子在家不听话怎么办？苏老医师在翠芳心中就是个老小孩，这个小孩自己打不得，骂不得，还常常找事，她真的不知道该拿他怎么办了？
深夜食堂的食客身份很多样，有身价非凡的明星富豪，也有普普通通的小老百姓。林小桑不是最让人印象深刻的一个，但她却是特别的一个。简单来说，林小桑是个女演员。她是个长相甜美的女孩，生性乐观开朗，平常看起来大大咧咧，但对于演戏却非常的执着，也能吃苦头。出于职业需求，她也是来深夜食堂装扮最多变的一个。这一天，她穿着一袭洁白的婚纱来到深夜食堂，老板随口问她是不是接了结婚的戏，她却告诉老板，自己真的要结婚了。这是她婚前最后一次来吃老板做的鸡蛋三明治了。
蔡智勇兼职卖报纸的时候，无意间看到了小桑和别的男明星的绯闻。晚上去深夜食堂的时候，他气急败坏的质问小桑，小桑却告诉他，这只是新戏上映的宣传方式，也是“红”的一种象征。
