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一代枭雄的铁血传奇！
《太祖秘史》展现了一代天骄努尔哈赤大情大性的一生，讲述了努尔哈赤和他的女人们的故事。在那个血与火，情与爱的年代，努尔哈赤如一匹奔跑在辽东大地上的孤狼，面对杀父之仇，夺子之痛；众叛亲离，走投无路；终十三甲起兵，统一女真各部，与明朝分庭抗礼，缔造英雄霸业。东哥、佟佳氏、阿巴亥、孟古、那齐娅这五个如清泉一般的绝世美女，用温婉溶化了英雄的铁石心肠，用柔情成就了一代枭雄，但红颜薄命也带给了努尔哈赤此生无可挽回的遗憾，终使英雄郁郁而终…
583年（明朝万历十一年）古埒城主阿台与明朝军队因走失羊群归属发生械斗。辽东总兵李成梁奉旨平乱。24岁的努尔哈赤现在是辽东总兵李成梁的侍卫，年轻时被父亲建州女真都督塔克世赶出了家门，抚顺富商佟庄主将其收留做了上门女婿，他的妻子佟佳氏是佟庄主的独生女儿，生有一子褚英。
努尔哈赤和李如柏赶到古埒城前，但为时已晚，古埒城已被明军攻破，满街尸体。李成梁中军帐内，李成梁正为塔克世和觉昌安的死向尼堪外兰发脾气。尼堪外兰百般解释二人死于乱军之中，推托与自己的干系，并向李成梁密告，塔克世的长子长年在外，叫努尔哈赤。
纳林虽然再次起了杀努尔哈赤兄弟的念头，但是努尔哈赤据理力争，并且详细地分析女真各部的形势，这才让自己和舒尔哈齐转危为安。纳林最终同意放了两兄弟，但是不会借给他们一兵一卒，去对抗尼堪外兰。努尔哈赤，舒尔哈齐兄弟二人与重伤的东哥告别，努尔哈赤断刀为盟，立下誓言，永不辜负东哥对自己的恩情。
努尔哈赤和弟弟舒尔哈齐竭尽全力与敌人拼杀，不料被图伦兵将他二人团团围住，正在危难关头佟家五兄弟率领庄丁前来投奔努尔哈赤，将图伦兵射死。与此同时，佟佳氏收拾好行李，看着佟家庄园烧成一片火海。转而，佟佳氏带着佟春儿来到建州都督府来投奔努尔哈赤，努向佟佳氏询问儿子褚英的情况，向佟佳氏保证杀掉尼堪外兰后一定将儿子接回来。
东哥劝舒尔哈齐放弃复仇和战争，俩人一起去过幸福的生活。舒尔哈齐带着礼物见了纳林和金台吉，纳林不肯答应借兵，直到东哥跪地请求的时候，他才诡秘地说：可以借兵但有一个条件，就是将妹妹东哥嫁给努尔哈赤。
东哥见到努尔哈赤，明白努尔哈赤对他一往情深，她一时不好开口让努尔哈赤成全了自己和舒尔哈齐。东哥见到舒尔哈齐两人面面相觑，努尔哈赤声称要处理公务离开，他却没走而是在窗下观察着他们的动静。
兴尼娅为东哥梳妆，东哥手中握着短刀，兴尼娅再次劝说东哥与她爱的人私奔。东哥担心她私奔后努尔哈赤一定会和叶赫开战。她已经决定用死来维护她钟情于舒尔哈齐的尊严。
暴怒的努尔哈赤就像一只发狂的狮子，他的脑子里只有一个念头，夺回东哥！金台吉舒尔哈齐和佟佳氏赶忙来劝解，努尔哈赤大吼金台吉是骗子。金台吉辩解道答应嫁给你我的妹妹，可不一定是东哥。努尔哈赤怀疑舒尔哈齐和金台吉合伙欺骗他。
晚上，努尔哈赤去孟古的房间，讲述自己对东哥的痴情，孟古深为感动。慢慢地她爱上了眼前了这个男人，并且孟古觉得，只有自己侍奉好努尔哈赤，姐姐才能幸福。舒尔哈齐来到东哥府送信，东哥看到了努尔哈赤对自己的一片痴情，东哥看着努尔哈赤的信默默地流下了眼泪。
孟古对努尔哈赤已有好感，两人终于找到话题，谈论战争。努解开衣衫让孟古看他的伤口，孟古触摸着他的身体，努尔哈赤把孟古当成东哥。孟古流出了伤心的泪。努尔哈赤起兵，准备去攻打图伦城。
李如柏没有了危险。努尔哈赤舒尔哈齐夜访李府，目睹了那齐娅为救褚英刺伤李如柏的一幕，努尔哈赤已有打算，他要救那齐娅和儿子，还要李成梁把尼堪外兰交出来。晨光中的东哥换上猎人装，与孟古不辞而别。东哥决定这次一定要带舒尔哈齐走。孟古想要追赶东哥，她又打消了这个念头，她明白姐姐是月亮，而她是星星，她下定决心要做努尔哈赤身边的一颗星星。
李成梁的军队已经包围了军营，努尔哈赤让东哥躲起来。李成梁让努尔哈赤交出那齐娅，努尔哈赤让李成梁交出褚英和尼堪外兰，李成梁威胁努尔哈赤，努尔哈赤并未胆怯，而是把刀架在了自己脖子上，李成梁被努尔哈赤震慑住，答应把褚英和尼堪外兰交出来。努尔哈赤回到帐中东哥已经先走，嘱托兴尼娅告诉努尔哈赤，她再不会见他了，但她会把努尔哈赤深留在心中的。
那齐娅质问努尔哈赤为何不迎娶自己。努尔哈赤说自己是她的杀父仇人。那齐娅却说努尔哈赤这么做是为了让舒尔哈齐无颜再见东哥，这样努尔哈赤就能真正占有东哥。
乌拉部落的布占泰有很多的福晋，但他对东哥垂慕以久，他的大福晋刚刚去世，他一直没有把位子让给别人，就是等待东哥。布占泰带了大批贵重的礼物送给纳林。迎亲的队伍来到东哥处，见到东哥以后他很激动，将手上的镇族之宝翡翠戒指送给东哥，但东哥拒绝接受。
孟古用自己换回了舒尔哈齐，自己回了叶赫。孟古回到建州与姐姐长谈，把舒尔哈齐娶那齐娅的真相告诉她，东哥很矛盾。她已经决定嫁给布占泰。
佟佳氏告诉努尔哈赤，孟古已经有了身孕。为了保住孩子，努尔哈赤同意佟佳氏只告诉孟古，纳林安然无恙回到了叶赫。此时努尔哈赤又向佟佳氏保证，不管发生什么事情，褚英长子的地位是不可动摇的。
努尔哈赤出现在李如柏面前，他以泄漏军机为名逼李如柏和自己再次达成同盟，努尔哈赤隐隐地感觉到，朝廷和自己翻脸的日子已经不远了。公元1595年，明万历二十二年之后，由于明廷主要军事目标在蒙古和朝鲜，加之李成梁、李如柏父子有意袒护，努尔哈赤不断征服周围部落，控制了女真人与明朝的贸易，军事势力和经济实力迅速扩大，整个辽东女真只剩下叶赫与乌拉两个部落尚有力量与努尔哈赤抗衡了……
东哥不忍心杀他，刀掉在地上，努尔哈赤握住东哥手中的刀，刺向自己！东哥赶快叫人，侍卫赶忙把努尔哈赤扶进屋里，佟佳氏很着急，东哥的短刀插得很深，医生说如果拔出来会危及生命。那齐娅拿来一种止血的药，佟佳氏鼓足勇气把插在努尔哈赤身上的刀拔了下来，顿时鲜血直流。
乔装改扮的叶赫士兵进入了建州城,兴妮娅的反常举动，引起了五兄弟的注意.他们把情况禀报了佟佳氏,佟佳氏感到事态非常严重。
佟佳氏和舒尔哈齐最后决定让孟古去告诉努尔哈赤东哥已经离开，那齐娅出面说服了孟古。孟古来到努尔哈赤的病榻前，她这时仍旧怀着对努尔哈赤深深的仇恨。她冷冷地对努尔哈赤说，东哥已经回到叶赫。努尔哈赤气急攻心，口吐鲜血，孟古只好叫人来，佟佳氏和舒尔哈齐冲进来，把努尔哈赤扶起，佟佳氏打了孟古一个响亮的耳光！
