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1948年，解放军发动了辽沈战役，个别城市先行解放。郴城就是其中之一。但是国民党潜伏特务、散兵游勇、惯盗悍匪等多重阴霾使郴城陷入了不战而乱的困境，混乱和萧条充斥这个大城市的角落。原地下党员秦天明为了使群众在新政权下重拾生机，迎接挑战，接任了郴城军管会主任。秦天明带领侦查处处长计连才、保卫处处长孙大虎以及国外留学回国的侦查顾问耶律麒开展了一场脱胎换骨的改造工作。耶律麒对新政权一直抱着怀疑态度，虽是私家侦探专家，却一直本着一天和尚撞一天钟的态度与军管会各级干部始终保持距离。但他在这些共产党人新同行的感召下，在榜样的影响下终于变成了一名坚强的战士，发挥自己的推理特长，抽丝剥茧层层深入，在领导的运筹和同事的帮助下，最终粉碎了潜伏特务企图暗杀中央领导人的阴谋
自1945年抗战胜利后，短短四年间，国民党部队被解放军节节逼退，从1949年初开始，国民党军队分批仓皇撤退到台湾。在炎城解放前夕的某天夜里，几个蒙面劫匪潜入大金银行的金库，襄理刘笃信在被打晕前按响了警报器，安保人员闻得警报声赶了过来，却完全不是蒙面劫匪的对手，悉数被击毙，警报声未息，蒙面劫匪已利落的装完了八十根金条扬长而去。
这天夜里，从大金银行开出一辆白色汽车，蹲守在外的特务发现车辆底盘压得极低，却只上了两个人，连忙骑着三轮车跟踪上去。耶律麒和卢永华将这辆白色汽车开到一处胡同，停下后不到一分钟，卢永华就带着早已守候在这里的几个人将这辆车变成了黑色。
三仙姑不让儿子到外面乱跑，说自己跳大神也可以养活他们娘两，耶律麒说现在变天了，共产党相信科学不信这些怪力乱神，三仙姑担心共产党对他秋后算账，耶律麒说自己一没有血债二不是特务，现在有两下子的都去了台湾，共产党正缺自己这样的专家。耶律麒意气风发的走到军管会门口，正看见解放军炎城军制管事委员会保卫处处长秦天明在对留用人员讲话，此人他在国民党警察局的刑讯室见过，当时自己还以为他涉及的是刑事案件，曾劝他招供免受皮肉之苦，而在他走后警局的人给秦天明灌了特辣的辣椒水，导致秦天明的嗓子受损严重。
孙大虎又来到审讯室，他一把拉起蹲在地上的耶律麒，浑身上下一通摸索，连拐杖都没有放过却一无所获，他又不声不响的来到会议室向秦天明报告自己的搜查结果，还说档案一定是耶律麒藏起来了，秦天明让他将谈话记录交给自己就走了。计连平给了孙大虎一张电影明星房凤的照片，他说此人和马扶摇有一段露水之缘，若是要查马扶摇可以从她入手。三仙姑做了饭送到军管会却进去不了，计连平正好出来，告诉她档案室着火一事，说耶律麒要接受调查，大概明天就可以出去了，三仙姑让他将饭盒带进去。
章太太苦求刘笃信再查一下，刘笃信只好让工作人员再三查找但仍是无果，问她是否到别家银行查找，章太太都已找过了怀疑是有人赖账，刘笃信猜测是否是章井发用他人姓名或假名存款，让她回家好好找找存单，章太太只好告辞回去。耶律麒和计连平许留馨到章家复查现场，在门口站了一会儿才等到章太太回家。耶律麒进去后撕开书房的封条，拿着放大镜在地上仔细查看。
耶律麒告诉计连平，马扶摇杀死章井发是想长期霸占章太太顺便给自己留个窝，计连平说凡是涉及潜伏特务的案件都要交给政保组，耶律麒不愿意，说案件还没有理清交给他们只会坏菜，他让计连平帮自己进入孙大虎的办公室，计连平不愿违反纪律，耶律麒便在夜里偷偷进入孙大虎的办公室拿了马扶摇的卷宗。许留馨是个单纯的姑娘，她纠结犹豫半天还是向孙大虎汇报了情况，说耶律麒私藏枪支。耶律麒传来章太太，说她的情人已经被抓住了招供了一切，章太太信以为真说出了马扶摇的名字还要求和他对质。
当年，耶律麒根据那块从秦天明身上扯下的布就抓住了他，但后来却从他的风骨上判断出这是个政治犯，耶律麒找到局长那里说自己上抓贪官下抓绑匪但是从不碰政治，局长避而不答给了他三根金条说马扶摇马上要来提人，耶律麒更加确定秦天明的身份没有拿金条。当讲完了这些往事后，许留馨非常佩服耶律麒，后来她又去向秦天明求证，秦天明肯定了耶律麒的高明，还讲起了耶律麒没有说的事。原来秦天明在当年受刑的时候被灌了三碗辣椒水，耶律麒进了审讯室支走警察，向他表明自己的身份和原则，问他有什么需要自己帮助的。秦天明不信，耶律麒将桌上准备好的两碗辣椒水倒在他脚下准备离开，秦天明却叫住了他，说自己住的小旅馆东边的小树林里有一群野猫自己经常给它们喂食，但是前些时来了一只野狗担心野猫受到伤害，耶律麒立刻明白了，他到了树林拿走了那只喂食的破碗。
孔中校拿着那盒银元经过铁桥遇到解放军设立的哨卡，上了锁的盒子引起了哨兵的怀疑，要他交出盒子接受检查，孔中校递交的时候开枪射击，逃跑时被解放军击毙，另外一个化妆成乞丐的马扶摇的手下目睹这一幕心中暗恨，悻悻离开了。房凤来到军官会询问移民香港的手续，孙大虎让她说明和马扶摇的关系，房凤一听眼泪说来就来，说自己和马扶摇就是羔羊和恶狼的关系，自己就是为了躲避他才匆忙嫁给一个变魔术的，而公公是民国元老，连蒋介石都要给他面子。
许留馨告诉耶律麒章太太家旁边有个卖红薯的很可疑，生意不好还喜欢跟一些阔太太嘀嘀咕咕，耶律麒说这人肯定不是马扶摇，他还没那么一往情深，这个时候还在章家旁边蹲守。耶律麒带着许留馨过去，果然看见卖红薯的和一个太太的行为十分鬼祟，耶律麒叮嘱了许留馨几句就过去买红薯，那人说不甜不要钱，耶律麒拿过红薯尝了就拿着走了，那人连忙追了过去，耶律麒跟他翻来倒去胡扯一通，许留馨趁机翻看那人的钱箱，看见里面有一些金银首饰。解放路私自贩卖黄金首饰案破获，秦天明表扬许留馨，许留馨正要说是耶律麒的功劳，耶律麒就握着她的手恭贺，秦天明看见两人拉在一起的手目光闪了闪。
耶律麒“威风凛凛”的回到家，告诉三仙姑自己现在是特案组组长，所以公务比较繁忙。三仙姑一边给他擦着皮鞋一边告诉他，想步步高升就得离许留馨远点，虽然这确实是个活菩萨但他庙小容不下他，军管会的处长可能也看上了她，跟顶头上司争风吃醋是没好果子吃的。耶律麒虽然不知道她是从哪里知道的，但是闻听此言也若有所思。耶律麒带着赵铁蛋去出任务，布置好后，他上了那个枪击案中的车夫的黄包车，指着他绕到了个偏僻的地方，车夫让他加钱，耶律麒拿出手枪，说自己是孔中校的兄弟，不能让他死得不明不白，他还给车夫看了那个国民党的假证件，车夫还有些不信。赵铁蛋冲出来，耶律麒一枪“杀死”他，车夫怂了，相信耶律麒就是国军，连忙将孔中校那天的行踪交代得一清二楚，耶律麒又吓唬了他一番，车夫连忙表示会远远离开这个地方。
耶律麒问许留馨知不知道五千美金的概念，让她想想这两个人一辈子都挣不到的钱为什么小丸子会有，许留馨无话可说，耶律麒让她查查炎城光复时期日本宪兵队的档案。孙大虎要求处罚耶律麒，秦天明说耶律麒是在狡辩，但是他的行为不算擅自释放在押人员，虽然猜测他可能涉及贿赂一事，但是没有实际证据，秦天明认为孙大虎仍然没有当耶律麒是自己的同志，他说在没有真凭实据前耶律麒永远是自己的同志。秦天明决定对耶律麒进行通报批评，并让计连平具体了解小丸子是否有实际困难，但人必须回到收容所。
耶律麒特地带许留馨去看了八臂哪吒的表演，果然是技艺高超，若是用这种本领潜入禁闭室杀人简直易如反掌，他让许留馨到银行重点是外资银行查查是否有小丸子的账户。耶律麒因为整晚加班分析案情并没有参加昨晚的橄榄球比赛，他特地问了对方球队的人卢永华是否打了整场，得到肯定答复后又到了球场去查看了一番。刘笃信查到有小丸子的户头，但是今天有个中年男人已经将钱取走了，许留馨回去后报告了这个情况，耶律麒带着计连平和许留馨找刘笃信确认，他拿了一些照片让刘笃信辨认，刘笃信认出八臂哪吒就是取钱的人。
耶律麒在停尸房找到许留馨，她正在给八臂哪吒做尸检，耶律麒喊了她一声，她吓得魂都差点没了。待她缓过来后问到耶律麒是怎么找到这里的，耶律麒说今天上午她在“教导”自己的时候闻到了她身上一股福尔马林的味道。他请许留馨来到咖啡馆，拿出一张纸念了起来，原来这是他写的致歉书，许留馨也不是真的对他生了很大的气，听着有点不好意思，让他不要念下去，将这张纸收了起来。耶律麒进行了自我批评，说自己的缺点就是爱显摆，许留馨害羞的笑了。
耶律麒被叫到秦天明的办公室，秦天明说自小丸子死后炎城的几家涉外银行都没有大笔的外币出入记录，周边城市的银行也没有异常，耶律麒觉得事情蹊跷，他又回到档案室分析，顿时觉得迷雾重重，不禁怀疑起自己的推理出现了问题，他问许留馨是不是很丢人，许留馨摇了摇头。再次分析案情的时候，耶律麒承认自己的推理太过主观，说自己是因为太想表现自己的能力所以在分析案情的时候一圆再圆，他的坦诚让孙大虎也不好说什么，秦天明说他的推论是合情合理的。耶律麒又回到档案室苦苦思索，许留馨从抽屉里拿出手枪，去了秦天明的办公室请他派个战士出现场，秦天明说现在太晚不能打扰战士们休息自己陪她去了。
房凤到了军管会去找耶律麒，她让赵铁蛋回避，赵铁蛋却不愿出去，房凤借着排练新戏的名头，演出了一场泼妇戏码，借以警告他拿钱就要老实办事，不然吃了的就要吐出来。卢永华知道房凤大闹了一场，劝她不要得罪耶律麒，说现在以他们的处境谁也不能得罪，没有一个政客会将戏子奉若上宾，这时他接到耶律麒的电话，耶律麒说自己见识到了房凤的演技，手续的事已经有了眉目，只是还要一千美金，卢永华答应了，他觉得房凤去闹了一场耶律麒还在要钱说明他是真的在办事。耶律麒挂断电话出去了，躲在柜子后的赵铁蛋连忙将自己听到和看到的情况向孙大虎报告，孙大虎刚刚将自己和耶律麒的关系捋顺，现在不想贸然和他发生冲突，让孙大虎赶快去调查清楚。
耶律麒交代索贿是为了办案需要，秦天明觉得他的说法合情合理，本来他答应保密，但是因为这个案子是政保组负责，所以他告诉了孙大虎，说耶律麒分析杀害小丸子和八臂哪吒的真凶是卢永华。关于作案时间和作案过程耶律麒都已经侦查完毕，孙大虎觉得这个侦查结果是可信的，但是剧场黑枪说不通，而且若是背后有马扶摇指使，为了抓住这个最大的特务头子现在暂时不能惊动卢永华。
秦天明说八臂哪吒遇害时卢永华有不在场的证据，耶律麒说卢永华是凶案的策划者，用魔术杀人必须要有专业知识，现在最重要的是拖住卢永华让自己调查。秦天明说那三百美金的事解决了让他不用担心，耶律麒说孙大虎不会同意的，秦天明非常生气，他说因为大家都知道他拿这笔美金是为了查案才决定帮他解决问题，孙大虎不同意耶律麒的做法，但是出于战友的情义最后还是答应了。
耶律麒来到押运黄金的车厢，他查看了一番后，说这个案子和八臂哪吒小丸子案一样都是密室作案，案子没破之前谁都是怀疑的对象，计连平笑他一谈起案子就六亲不认。因为只有流动巡逻的警卫员可以经过存放黄金的车厢，所以他们被暂时被关在一节车厢，耶律麒进去后一一扫过警卫人员的脸，发现警卫们是自己开火，列车里还有辅助生火的喷灯。耶律麒来到旅客车厢，坐在车厢里的白驹偷偷的拉了一下他。
耶律麒要许留馨将随身物品交给自己检查才允许她出去，许留馨里面放有私人物品，耶律麒知道后有点不好意思再查下去。秦天明叫了许留馨到自己的办公室，他给许留馨申请了一把小枪，许留馨很高兴，说装在自己的小手包里正好。许留馨去了西班牙餐厅见房凤答应做她的私人医生，房凤带了她回家，给卢永华介绍后，卢永华叫了她上来，他说移民手续迟迟不下来共产党已经对他们产生了怀疑，不能随便带不知根底的人回家，房凤说许留馨跟西班牙领事有关系，说不定可以走走她的路子先转道去欧洲。
耶律麒做梦梦到有恃无恐的卢永华惊醒了，三仙姑听到动静进来看，耶律麒说了自己手上有了悬案又知道凶手是谁但就是不能让他伏法，三仙姑说就让他喝茶，自己的神药能让“天下都是老实人”，耶律麒给她看了身上被揍的印记，三仙姑得意的说自己早把真药藏起来了，耶律麒惊喜的接过了她拿过来的药。因为要对在白区工作的人员和国民党投诚人员进行测试，许留馨学得很认真，耶律麒却不屑一顾，他找到孙大虎说还有那么多悬案没破，这意味着凶手得意洋洋的冷笑而冤魂无处申诉，自己需要更多的时间破案而不是考试。
