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科尔沁格格大玉儿梦想着和心上人在草原上过鹰般自由的生活，可命运却把她推上了风云际会的历史舞台。大玉儿深爱着多尔衮，却阴差阳错嫁给了皇太极。这两个雄才武略的男人，一个开创了大清基业，一个扬鞭策马中原，她注定要母仪天下，却也注定要历尽人世沧桑。终其一生，她从未淡退对多尔衮的爱，但也时刻记着自己身上的责任。当恩宠和荣耀接踵而至，她却痛苦地挣扎于政治与情感的夹缝中。从庄妃到太后再到太皇太后，大玉儿一生经历清初三朝，辅佐两代幼主，力挽狂澜，闯过一次次险恶的政治斗争、一场场血刃的生死搏杀，始终站在历史进步的一面，以独有的胸怀和魄力推动时代车轮前行。
宁远战役中，明朝将领袁崇焕凭借红衣大炮，使清太祖努尔哈赤遭遇了毕生最惨重的失败。努尔哈赤的第十四子多尔衮和第十五子多铎拼死护卫父亲杀出重围，半途遇到了科尔沁莽古斯贝勒的孙女玉儿和侍女苏茉儿，众人同行。努尔哈赤第八子皇太极与众人失散，决定独自回朝。皇太极回朝途中得到努尔哈赤一行人消息，不惜自残前去与众人会合，假称自己寻父未果而被炮弹炸伤。玉儿请来的蒙古神医绰尔济看出端倪，告知努尔哈赤。努尔哈赤自知伤重难治，命不久长，厚赐大妃阿巴亥所生的阿济格、多尔衮、多铎三兄弟，使外界纷纷猜测最受宠的多尔衮将有可能继承大金汗位。
多尔衮平安回来，玉儿惊喜不已。努尔哈赤承诺传位皇太极，但要他保证善待其他贝勒，皇太极答应。临终前，努尔哈赤对阿巴亥坦白多尔衮无法继承汗位，阿巴亥惊怒交加，封锁消息欲行政变。多尔衮和玉儿弹琴敲钟示警，阿巴亥计策失败，称第二天将在盛京宣读遗诏。崇政殿中，以阿巴亥和皇太极为首的双方势力对峙不下。
多尔衮跟进去按捺住多铎，并请求皇太极宽恕阿济格，皇太极同意了，而阿敏、莽古尔泰却坚决反对，并都惦记着阿济格手中的镶黄旗。阿济格斥责多尔衮懦弱，多铎听阿济格说皇太极不但害死了阿巴亥，还夺了多尔衮的汗位，又要找他们算账，玉儿劝他们为了大妃好好活下去。皇太极有意试探多尔衮真心，多尔衮表示甘心臣服、誓死追随皇太极。1626年9月，皇太极举行即位大典。皇太极交代哲哲要多关心多尔衮、多铎兄弟。玉儿安慰情绪难平的多尔衮，让他好好活着。
玉儿请求修改努尔哈赤之前颁布的不合理的法令，皇太极欣然接受提议，却遭到阿敏、莽古尔泰等八旗亲贵的强烈反对，同时，多尔衮、范文程极力支持，最终不合理的法令被废除，百姓们对此举大为赞赏。玉儿向皇太极辞行，并求他恩准月满之日让多尔衮赶到科尔沁。玉儿与多尔衮依依惜别，多铎赶来给玉儿送点心，并送给苏茉儿一对铃铛。毛文龙率兵东进，阿敏、莽古尔泰挑唆多尔衮、多铎应战，皇太极担心他们经验不够，念及多尔衮、多铎坚持请战，最终答应，并让阿敏做后援。
乌云娜带娜仁去见皇太极，娜仁搔首弄姿，不得皇太极的喜爱。玉儿一心牵挂多尔衮能否参加赛马节，忧心忡忡。多尔衮、多铎以为打退了明军，准备班师回朝，却在途中遭遇埋伏。阿敏看到信号弹，却没有及时援助，多尔衮让多铎先撤退。玉儿还在等待多尔衮。多铎在战场上看到多尔衮，以为已死，伤心痛哭。苏茉儿陪玉儿等了一个晚上，天亮后好说歹说才劝玉儿回去。草原上的王子贵胄慕名而来参加比赛，玉儿求莽古斯取消比武招亲，莽古斯没有答应，额哲在比赛中表现出众。苏茉儿出主意，让玉儿自己参加赛马夺冠，玉儿大喜答应，却在最后被突然加入的皇太极赢了比赛。皇太极告知众人要娶玉儿做侧福晋，此时却传来多尔衮阵亡的消息。
绿珠救回多尔衮，想要从他嘴里挖情报。莽古斯劝说伤心绝食的玉儿为了科尔沁家族，顺从命运，玉儿最终答应，但提出要在五云山顶祭拜多尔衮。玉儿请求乌云娜接回海兰珠，乌云娜敷衍了事。多尔衮醒来要去找玉儿，绿珠答应陪同。玉儿在五云山顶祭拜多尔衮，想要一死了之，被龙格及时出手阻止。
哲哲最终说服玉儿扛起家族使命，接受皇太极。多尔衮伤重，苏茉儿替玉儿探望，并转告多尔衮要坚强。阿济格问多尔衮是否参加皇太极办的婚宴，多铎不愿意去，多尔衮意外地要大家同去。皇太极看到多尔衮兄弟前来很是满意，多尔衮主动跟皇太极道歉，皇太极要他记住玉儿是他的嫂子，并叫玉儿过来一起敬酒。莽古尔泰以敬酒为由调戏玉儿，被多尔衮踢倒，二人发生冲突。多尔衮伤重吐血。玉儿打算派苏茉儿过去照料，被皇太极拒绝，并承诺会好好对玉儿。多尔衮苦闷不已。
绿珠前来提出照顾多尔衮，多铎高兴答应。多尔衮和绿珠诉说心事，绿珠鼓励他不要放弃。玉儿因思念多尔衮日渐消瘦，对皇太极只称自己是思念家乡。皇太极专门为她搭建了玉春苑蒙古包，玉儿十分感动。乌云娜以奶妈为要挟，强行将海兰珠带回科尔沁，准备嫁到察哈尔。哲哲告诉皇太极玉儿将自己的嫁妆首饰捐给国库，赈济灾民，皇太极赞许不已。
玉儿担心多尔衮此行凶险，苏茉儿安慰。多尔衮主张缔结友好，遭阿敏反对，执意强攻，伤亡惨重。多尔衮决定与休罗王木倧谈判，虽遇阻力，但多尔衮以绝对气势震慑全场，木倧妥协，与大金修好。阿敏得知想趁机下手，自己做休罗王，不再返朝，多尔衮和豪格强烈反对，阿敏怒不可遏，要将二人绑了问斩。
众人得救，多尔衮却因勾结反贼被关进天牢，众人求情无果。阿敏得知消息，以保护大汗维持秩序的名义派兵进宫，皇太极安然现身，阿敏悻悻而退。绿珠未归案，皇太极要求继续追查，并加强戒备。受伤的绿珠来到父亲的坟前哭诉自己的遭遇，痛苦中，绿珠在坟前自尽。朝堂上阿敏追问皇太极如何处置多尔衮，众臣则纷纷求情。
济尔哈朗和豪格意见不合而战败，皇太极无奈下旨派多尔衮驰援。多尔衮和多铎以五千精兵大败察哈尔，额哲败走。莽古斯设宴庆祝战胜林丹汗，玉儿和多尔衮相拥月下，龙格用咳嗽警示玉儿。皇太极郊外亲迎多尔衮和多铎凯旋，并封赏二人。龙格有心袒护多尔衮和玉儿，对皇太极称二人无异常举动，皇太极放下心，欲重用多尔衮，并将休罗公主许配给他，多尔衮无奈答应。
多尔衮拒绝阿济格的好意，阿济格又去撺掇多铎，多铎左右为难，苏茉儿伤心不已，满玉大吵大闹，求皇太极帮忙。皇太极看穿阿济格的用心，十分震怒。玉儿惴惴不安。玉儿去找多尔衮，看到多尔衮在大雨中醉酒舞剑，心有不忍，最终二人和解。玉儿告诉多尔衮，阿济格去乌拉那拉为多铎提亲后，处境危险，多尔衮立马赶去乌拉那拉阻止结亲，并要求阿济格向皇太极道歉。
大醉后的多尔衮在新婚夜里来到倚红苑，却被绿珠跟踪，多尔衮得知绿珠出现，四处寻找未果。第二天，多尔衮与休罗公主木氏坦白自己有心上人，从此木氏被冷落。蒙古的莫日根率喀尔喀部落归附后金，并带上厚礼求见哲哲和玉儿，要求二人帮助自己娶到七贝勒阿巴泰的女儿多罗郡主，哲哲和玉儿为成人之美答应了。
狩猎的皇太极和莫日根撞上郡主遭遇“山贼”，上演了一出英雄救美，使多罗与莫日根两情相悦，愿意出嫁。多铎不情不愿地迎娶了肥胖丑陋的塔娜，被满玉大闹婚礼。塔娜既悍又妒，想尽办法隔绝多铎与任何女人的接触。一日在后花园撞见多铎与休罗公主，误会争执中失手推了休罗公主一把，公主意外身亡。
被拦在蓟州外的皇太极军队在多尔衮的建议下，再一次绕过蓟州，下玉田至通州，直达北京，终于在北京城外与袁崇焕部队展开大战。大金攻打袁崇焕军队久攻不下，范文程出计让崇祯对袁崇焕生疑，袁崇焕被凌迟处死。皇太极认为自己现在还不具备能力，放弃攻打北京城。哲哲有喜，皇太极很高兴，玉儿准备回科尔沁省亲，皇太极同意。
海兰珠眼见是恩人，准备营救龙格。海兰珠为了拿到钥匙主动献身，被额哲识破，龙格为了救海兰珠被额哲刺了一刀。约定时间已到，额哲见皇太极没有派人前来，准备动手，此时吴克善和大玉儿赶来，大玉儿用自己生命相挟，要额哲放了多尔衮，额哲妥协，大玉儿趁机带多尔衮离开。大玉儿带多尔衮逃到戈壁一户农家。阿敏回来复命没有找到多尔衮，皇太极不满。
哲哲问皇太极缘由，皇太极怀疑大玉儿和多尔衮之间有私情，哲哲表示要弄清楚才行。阿敏、莽古尔泰准备联合多尔衮兄弟谋反。多铎来看多尔衮，并告知大玉儿的情况。虽然识破是阿敏陷害的自己，但为了能救大玉儿，多尔衮准备和阿敏合作。玉儿以死自证清白，命悬一线时被哲哲与多铎发现，哲哲急召太医，玉儿无恙，胎儿流产。多铎要找皇太极算账。玉儿让苏茉儿去监牢找多尔衮，并嘱咐这是多尔衮将功赎罪的唯一机会。哲哲拿出玉儿用血写的冤字，并以自己腹中的孩子威胁，苦苦为玉儿求情，皇太极无动于衷。直到多铎找来多尔衮受伤时借住人家的牧羊女，证明了当时受人收买，做了假证，皇太极这才相信。
大玉儿劝多尔衮为大金建功立业。两人抱头痛哭。绿珠设伏，意图除掉玉儿。龙格受了箭伤，绿珠亦被龙格所伤。皇太极下令全城搜捕，绿珠只得藏身于多尔衮家中，多尔衮劝绿珠放下仇恨过自己的生活。娜木钟得知玉儿在御花园，借故前去生事，自致流产却嫁祸给玉儿，并要皇太极为她做主。皇太极为难，哲哲允诺一定摆平此事。皇太极欲亲征大凌河，命多尔衮为先锋大将。祖大寿率部宁死不降，大凌河城久攻不下。多尔衮提议假增援，诱祖大寿出城。却被祖大寿识破以致金兵大败，自己和豪格也受了伤。皇太极下令先救多尔衮，豪格十分伤心。莽古尔泰擅离职守来质问多尔衮，被明朝援兵趁机而入，皇太极大怒。
大凌河城弹尽粮绝，祖大寿先降后逃，在锦州设防抗金。皇太极允诺为城中百姓发放军粮，暂不干扰祖大寿，班师回朝。莽古尔泰被革除爵位，求代善帮他求情。代善看清形势，以年事渐高为由，主动请求撤座。自此皇太极面南独坐。莽古尔泰心存不服，拉拢姐姐姐夫莽古济、琐诺木等六人结盟，以除掉皇太极。琐诺木表面结盟，暗中提醒皇太极不当惟兄弟是倚，应宜慎防之。
豪格担心其福晋莽古济之女赫兰，但其母亲的罪行连累到自己，毁掉自己的前途，便扬言要休掉赫兰。赫兰恼羞成怒，以死相逼，反被豪格杀害。豪格向皇太极表忠心，并要来了正蓝旗。玉儿向皇太极建议，在沿袭明制六部的基础上，建立并创新吏、户、礼、兵、刑、工六部。皇太极应允，并让多尔衮担任六部主管。见多尔衮任六部主管，豪格心生嫉妒，向皇太极争辩。却被皇太极骂了个狗血喷头。
