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故事发生在名为“The World”的线上游戏的幻想世界。在游戏世界中发生了原因不明的问题，无法登出的玩家司与不正常存在的猫型角色（玛哈）的关系，造成维护正常游戏的玩家自治团体“红衣骑士团”的注意并将其视为危险人物而追踪著。司在与游戏内认识的朋友蜜蜜尔、大熊的协助下想找回登出的方法，之后探索“The World”之中的种种谜团并遭遇各式各样的事件。
初次登录《The World R:2》的长谷雄，被玩家杀手（PK）杀死了。这时，一位左腕有着奇异纹章的玩家角色欧凡拯救了他。欧凡对长谷雄说：“你拥有资质。”从那一刻起，许多玩家开始接触长谷雄……
欧凡邀请长谷雄加入公会“黄昏旅团”。但是，长谷雄无法完全把握他究竟是什么人，“黄昏旅团”又是为了什么而聚集的团体，便拒绝了。之后，长谷雄遇到了以前曾属于“黄昏旅团”的玩家们，得知了欧凡创立公会的目标，以及与之相关的某样东西……
出处不明的谣言困扰着长谷雄。陌生的玩家接连出现，喧闹地询问他是不是“传说中的黑色多重武器”或“稀有角色的进化型”。这时，“TaN”的俵屋出现，帮助了长谷雄。而在“TaN”与“黄昏旅团”的思虑夹缝间，长谷雄所下的决心是…？
长谷雄加入“黄昏旅团”的信息传遍了《The World》。同时，“TaN”开始接到幻之道具“黄昏之钥”的委托。此时，从欧凡那里接过谜之道具的长谷雄，与志乃一同前往连管理员也无法出手的区域……
接连有与“黄昏旅团”相关的玩家被PK。另一方面，一个奇异的道具被带到了“TaN”的直毘那里。那是在过去的《The World》中泛滥，但在现今版本中已不存在、让所有人都束手无策的物品。意图瓦解“黄昏旅团”的直毘，将其托付给了俵屋……
与“TaN”成员接触的长谷雄。这不仅让长谷雄被孤立，也在“黄昏旅团”内部散布了不信任感。然后，在现实世界天空出现流星群的那一天，《The World》里，开始调查志乃指定的洞穴的橞坂和塔比那里，从未见过的光粒如雨般从天花板降下……
针对“黄昏旅团”成员的PK。扰乱游戏数据的规格外光粒。这些存在让长谷雄等人的警戒心不断提高。此时，“黄昏旅团”成员橞坂，将秘密交予他的病毒核心还给了俵屋。但是，新的病毒核心情报传到了原“黄昏旅团”成员戈德那里……
在游戏管理者也无法干预的异常区域“失落之地”探索病毒核心时，长谷雄突然被传送了。接着，在区域内发现了巨大的三道爪痕。这连游戏图像都能篡改的“力量”究竟意味着什么？另一方面，独自收集信息的戈德，得知了新的病毒核心的存在……
在失落之地“科修塔尔·鲍尔”看到的五座塔。在那里看到五种不同光芒的长谷雄，意识到自己和志乃持有的病毒核心颜色不同，建立了一个假设。听到这个的欧凡决定“行动…”。但是，并非所有的病毒核心都已集齐，为了取回缺失的那一个，橞坂开始奔走！
欧凡向“科修塔尔·鲍尔”神殿的上层奔去。在他眼下，承担“TaN”暗面任务的“暗部”玩家们与“黄昏旅团”的战斗正在展开。戈德和B-Set等原“黄昏旅团”成员也加入其中，长谷雄等人士气高涨。但是，看着这样的他们，恩德拉脸上浮现出神秘的微笑……
在“科修塔尔·鲍尔”的战斗后，因背后存在暴露而受到处分，“TaN”被解散了。接着，游戏中流传起“黄昏旅团”击败“TaN”并获得了“黄昏之钥”的传闻。另一方面，在“黄昏旅团”内部，围绕着欧凡，成员们的疑心再次蔓延开来……
围绕欧凡的目的，也是“黄昏旅团”存在意义的“黄昏之钥”的探索。经历了一番攻防，长谷雄等人再次痛感自己并不知道欧凡究竟是何许人。渐渐地，“黄昏旅团”成员们各自的疑心转变为绝望。志乃能阻止这股潮流吗？
“黄昏旅团”解散了。无事可做，只是坐在原野上的长谷雄和志乃。四处搜寻不知是否存在的物品的那些日子。为了忘记这些回忆，橞坂和塔比创建了新的公会。但就在此后，橞坂突然决定离开《The World》。此时，城镇内出现了数据杂讯！
未能在教堂拯救志乃的长谷雄。恢复或复活道具均无效，志乃的图像数据就此消失。唯一的线索，只有祭坛上刻着的三道爪痕。另一方面，塔比从菲罗那里听到“如果那是三爪痕所为，就无计可施了”。接着，长谷雄得知了发生在现实中的志乃身上的事实……
欧凡消失，橞坂离开，志乃倒下。塔比几乎失去了在《The World》中获得的一切，也失去了留在这里的理由。就在这时，她遇到了关系要好的两位玩家——卡什米亚和乌尔。面对与不久前的自己一样是游戏新手的两人，塔比开始教他们装备和战斗方法……
为了拯救在现实中陷入昏迷的志乃，长谷雄想见到唯一的线索、也可能是犯人的三爪痕。他与三爪痕相遇，并逼问唯一生还的菲罗。“现在的你还不行！”即使被如此拒绝仍步步紧逼的长谷雄，遭到了菲罗咒杖的攻击。然而，长谷雄一次次地站起来……
长谷雄踏入了一个传闻中的限时活动，那里不断出现异常强大的怪物，据说通关后能飞跃性变强。面对名不虚传的怪物，长谷雄苦战连连。此时，回复系的效果光包裹了长谷雄。那是自称三郎的击剑士的援护。另一方面，也有陌生的玩家角色在接近菲罗他们……
为了获得只有通关才能得到的某物，长谷雄在限时活动中奋战。这个不进区域就连短信都无法传递的“痛苦森林”。在区域外，有目光注视着战斗中的长谷雄。然后，有玩家再次接近长谷雄……在活动结束时间逼近时，终于出现了通关活动的玩家！
“TaN”的阴暗面暴露后，诋毁之声四起。但不可否认，正是由于“TaN”的存在，《The World》内的交易才有了令所有人信服的标准。这样一个“TaN”的解散，导致了该标准的崩溃——即道具价格飞涨，同时引发了用现实货币买卖道具的业者抬头……
为了寻找拯救未归还者志乃的唯一线索——也可能是犯人的三爪痕，长谷雄开始袭击他认为可能性最高的PK们。然而，《The World》中却流传着三爪痕失踪的传言。面对无法抑制激昂情绪的长谷雄，一些玩家晃动着情报接近他。他们的目的是什么？而长谷雄的决定又是！？
