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地縛少年花子くん
海鸥学园的奇妙传言之一。据说旧校舍三层女厕所的第三间里的同学，会实现前来拜访者的愿望。非常喜欢巫术等超自然现象的少女八寻宁宁为了实现自己的愿望，将之托付给了学园怪谈……
宁宁和光作为花子君的助手，一直致力于让怪异传闻回归安全状态。就在挚友葵告知「七大不可思议之首是『三位时钟守卫』」传闻的当天，海鸥学园突发学生急速衰老的离奇事件。花子君推断事件背后与「三位时钟守卫」有关，遂与宁宁等人共同展开追寻时钟守卫的行动。
原来七大不可思议的第一则「三人时钟守护者」的其中一个人，是宁宁也很熟的同班同学苍井茜。 花子同学为了解决眼前事态，向茜提议双方通力合作。 但茜基于过去发生的事，憎恨着怪异，也觉得花子同学很可疑……
宁宁很快就会死。面对这个意想不到的未来，光很是烦恼。而宁宁毫不知情，她跟平常一样来到学校，却不见花子同学的身影。宁宁于是一一探寻花子同学可能会去的地方。
三叶的问题、宁宁的状况……无论怎么思考，就是找不到对策。光独自苦恼着。此时，勿怪运输送了东西来给光。那是宁宁为了鼓励烦恼的光，而送给他的夏日祭典邀请。花子同学嫉妒宁宁和光要一起去参加祭典，于是带他们钱去参加怪异们的夏日祭典。
无人的校舍，无人的实验室。被捕的怪异——逃跑了。绝不能被那个怪异咬到。绝不能被他们找到。他们只追求一样事物……糖果。
时序是初夏。宁宁在闷热的天气与蝉鸣喧嚣声中前往学校。今天是个比平常贪睡一点，但一如往常的早晨。当她赶上班会时间，正觉松了一口气，后方却有人呼唤她。宁宁回过头，只见坐在后面的人是穿着海鸥学园制服的花子同学。
「柚木普」和「三叶惣助」不可能会出现在这里。宁宁与光的心中满是困惑，但茜和葵等人却不疑有他。而且看到朋友突然变成碎片……同班同学们面对这种明显的异常事态，也只是笑着看待。此外，土笼很温柔、野狐亲近土笼、辉擅长下厨。在这个一切都很吊诡的世界，光为了查出真相，决定追捕三叶。
四岛说了：「想回到原本的世界，就要杀了『柚木普』和『三叶惣助』。」而司说了：「希望你能顺利杀死普。」宁宁的脑袋完全跟不上，但普却天真无邪地邀宁宁去屋顶看星星。
为了逃离这个世界，宁宁牵着普的手离开学校。普其实不太情愿，但也无法放着宁宁一人不管，因此跟着她走。他们离开夜晚的学校，骑着脚踏车来到街上。但所到之处，四岛都会出现阻挡他们。宁宁和普逃离四岛后，邂逅了一支奇妙的笔。
花子同学现出真面目后说了。如果是在虚构的世界中，宁宁的生命就不会走到尽头，可以永永远远活下去。本想阻止花子同学的光听到这番话，不禁陷入迷惘。而宁宁也得知自己的寿命，内心慌乱不已。但在心慌的同时，她的心中也有一股不断沸腾的感情。那就是针对花子同学为了自己，什么都不说的怒气。
宁宁遇见生前的四岛梅后，得知她也是个面对自己寿命的少女。即使如此，梅依旧没有气馁。她否定自己的死，积极地拿起画笔。此时，怪异四岛再度出现在这样的梅面前。
花子君的心愿、三叶的心愿、四岛的心愿……知晓了怪异们那份略显扭曲的信念后，宁宁陷入沉思：花子君真正的愿望究竟是什么呢？宁宁与光承载着怪异们的信念，朝着塔顶进发。只为再次与伫立在那里的花子君对话。
得知自己寿命仅剩一年的宁宁，即便如此仍选择活在现实世界中。而此刻逼近她的挑战是——期末考试。她与同样徘徊在及格边缘的光一同投身备考。与此同时，辉向小茜提出了在考试中一决胜负的较量。
第六大不可思议「死神大人」掳走了葵。正当宁宁和茜想要救出葵时，一位少女的幽灵出现在她们面前。跟随幽灵的指引，两人进入一座神秘电梯，不料就此被困。宁宁只得向花子君求救，无奈花子君此时正被其他几位不可思议成员拖住了脚步。
宁宁不断寻找葵的下落。另外，光纠结着宁宁的寿命，以及与三叶的约定。明明有该做的事，自己能做到的事却少之又少，他对自己的无力感到懊恼。此时夏彦出现在烦恼的光面前，并这么说：「要我把宁宁长生的秘诀告诉你吗？」
葵成了死神的仆从。花子同学和宁宁被葵困住，还被推下深渊。宁宁清醒后，发现眼前的光景是一处陌生的古老村庄。村人们以为花子同学和宁宁是怪物，怕得就要杀死他们。救了他们两人的是身为神巫的少女菫。明天是她的结婚典礼。而结婚对象是掳走葵的死神。
宁宁差点代替菫被献祭。花子同学抵抗无效，两人最后都被逼到悬崖边。而菫只是静静看着事情发展。献祭仪式与以往的状况完全不同。即使如此，死神依旧没有前往菫的身边。菫心如死灰，跳下了悬崖。
茜与葵说出了真心话。两人首次心意相通。然而，葵却已不在茜的眼前。宁宁想要活在花子同学也在的现实世界。但事与愿违，花子同学的模样似乎不太对劲。人与怪异无论如何都不会有交集。也无法有交集。此时「断绝」开始，就像要证明这一点。
怪异消失的断绝世界。为了见到花子同学与葵，宁宁和茜再度挺身而出。线索是七大不可思议们。他们开始寻找与七大不可思议结缘的事物。在分头搜寻的途中，宁宁与光开始追寻成了七大不可思议第三则「镜子地狱」的三叶的生前。
宁宁和光误入红屋之中。他们在屋子里遇见与花子同学一模一样的孩子。宁宁他们为求与花子同学的联结，打算带走孩子。然而，屋子里却开始产生异变，仿佛抗拒着他们的决定。
