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在中国封建社会中并不乏有起自平民而荣登宝座的皇帝，刘邦、朱元璋都以开国的一代君主享名青史，但却少有出身寒微而力挽狂澜的宰相，张居正就是罕见的一位。张居正，明万历年间曾因厉行改革而彪炳史册的一位传奇人物。他从秀才、举人、进士，官至内阁大学士，从平民中崛起，荣登首辅之位后，理政十年，协助十岁的小皇帝，推行改革：整饬吏治，刷新颓风；整肃教育，延揽济世之才；革新税赋，梳理财政。拯救朱明王朝将倾之厦，把衰败、混乱的明王朝，治理得国富民安，使万历时期成为明王朝最为富庶的时代。人们赞扬他是“起衰振隳”的“救时宰相”。 “救时”，是很高的称誉，表明他是一位在王朝颓败之际临危制变的大政治家。他的赫赫功绩，堪与商鞅、王安石并立为我国封建社会初期、中期与后期最具盛名的三大改革家。其主事时声显赫，炙手可热，圣眷优渥，无与伦比，但隆葬归天之际，即遭人非议之时，结果家产尽抄，爵封皆夺，祸连八旬老母，罪及子孙。他生前身后毁誉之悬殊，足见人情冷暖，世态炎凉，令后人扼腕叹息。
隆庆六年春二月，隆庆皇帝因盛年患病而不理朝政。就在他懈怠政事之时，广西里波传来匪患破城掠褰的消息。主管兵部事务的内阁次辅张居正急于向皇上禀报战事。但因司礼太监孟冲阻拦而不能如愿。情急之中，张居正敲响了登闻鼓。并因此与内阁首辅高拱发生冲突。两广总督李延负责剿灭广西匪患事宜，但他屡误战机。张居正有意将他撤换，但因他是高拱门生，高拱一直对其袒护。
而此时，已被免职的李延与手下师爷计议如何毁灭贪墨证据，可是，接任的殷正茂出奇不意地来到广州庆远。在李延为之举行的接风宴上，初步展示治军的本事……孟冲与高拱计议，请了一位叫王九思的妖道为隆庆皇帝炼制阴阳大补丸，当隆庆皇帝吞下这种丸药后，立刻精神焕发。皇上一时高兴，便给王九思大加赏赐。张居正为了索回二十万两银子，亲自跑到广西庆远剿匪前线。殷正茂正想用这笔钱招兵买马，因此不想退回。两人发生争执。这时冯保派来的监军张鲸封存李延的账簿。李延为了逃脱处罚，向殷正茂行贿二十万两银子。
而此时，已被免职的李延与手下师爷计议如何毁灭贪墨证据，可是，接任的殷正茂出奇不意地来到广州庆远。在李延为之举行的接风宴上，初步展示治军的本事……孟冲与高拱计议，请了一位叫王九思的妖道为隆庆皇帝炼制阴阳大补丸，当隆庆皇帝吞下这种丸药后，立刻精神焕发。皇上一时高兴，便给王九思大加赏赐。张居正为了索回二十万两银子，亲自跑到广西庆远剿匪前线。殷正茂正想用这笔钱招兵买马，因此不想退回。两人发生争执。这时冯保派来的监军张鲸封存李延的账簿。李延为了逃脱处罚，向殷正茂行贿二十万两银子。
此时邵大侠奉高拱之命也来到庆远，在古庙内设计杀死了李延。因为吃了王九思的药丸，隆庆皇帝又常与奴儿花花取乐。张居正对此事坚持正见，引起隆庆皇帝不满。工部因经费不足粥厂无法开张，张居正指点工部尚书预收来年富商购冰块账款。王九思以寻找童女为借口，欲强抢民女玉娘，混乱中当街打死玉娘父兄二人。张居正散衙回家，在路上恰逢此事。
张居正毅然下令逮捕王九思，救下方老汉的女儿玉娘。但此事激怒隆庆皇帝，指示高拱要将王九思释放，高拱耍滑头，要张居正处置。张感到处处受制，难以施展抱负，遂萌退意。就在他来到午门前准备上书辞官时，冯保出现在他面前，将他痛斥一番，并拿出当年张居正的奏本《陈六事疏》，打消张居正辞官的念头。张居正迫于无奈，从大牢里放出王九思。此事引起玉娘的极度不满。玉娘自己女扮男装前往王大真人府复仇，反被王九思抓住。由于孟冲将奴儿花花的小厮客用扮成小太监留在宫内过夜，被太子朱翊钧发现报告给李贵妃。宫内斗争又骤然紧张起来。
为了在内廷斗争中抢占先机，孟冲意欲诬陷李贵妃，深夜将奴儿花花骗出游艺廊，并将她推入御花园水井淹死。因奴儿花花之死，隆庆皇帝一怒之下，竟一命呜呼。他的死，使宫廷争斗更加白热化。高拱、冯保与张居正同时被任命为顾命大臣，辅助太子朱翊钧登基。三人临危受命之后，都分头指示自己手下抓捕王九思，谁知王九思早已逃走，三人手下都扑空。
妖道王九思溜出真人府，前往秘密居住地，欲对禁锢在这里的玉娘非礼，王篆适时赶来。抓住王九思救下玉娘。在高拱等大臣的劝说下，十一岁的太子朱翊钧登上帝位，是为万历皇帝。新皇上登基后，在两宫太后的主持下，将司礼监掌印太监孟冲撤换，而让冯保接任。中旨传到内阁，高拱雷霆大怒，当即召聚六科言官商议弹劾冯保。冯保亦想趁机扳倒高拱，听说张居政抓到王九思后，双方都逼着张居正把人交出来。都想借王九思扳倒对方。一时间，复杂而尖锐的斗争在三个人之间展开。
由张居正主持的谳审王九思的大案开始，王九思按冯保事先布置的口供，一口咬定自己是受高拱命令为皇上炼制丹药。张居正即时停审，并跑到天寿山视察隆庆皇帝的陵寝工程。在天寿山中，张居正见到阔别二十多年的朋友何心隐，两人秉烛夜谈如何拨乱反正，救亡图存。王纂依冯保之意，赶往天寿山与张居正会面。
王纂向张居正传达冯保之意，希望张居正回京城并合力搬倒高拱。而在京城，高拱已议定弹劾冯保的奏章，言官们敲响登闻鼓递进奏疏。高拱的心腹大臣魏廷山等害怕冯保与张居正结盟，一齐跪到张大学士府，要求会见称病不出的张居正。弹劾冯保的奏章送进大内之后，百官等待消息。第二天，新皇上突然取消早朝，而让太监在会极门宣布，撤去高拱首辅职务，即刻出京不得停留。张居正继任首辅职务。张居正、冯保上任后，李贵妃和陈皇后共同晋升为太后。
就在高拱仓惶出京之际，冯保仍想借王九思一案将高拱致于死地。朝中一些大臣闻讯，纷纷找到张居正替高拱求情。张居正有心保护高拱，却又不能得罪冯保，正在苦想对策时，王篆又来禀报，玉娘一心想皈依佛门，已送往观音庵。张居正指使王篆给王九思下药，让其变成哑巴，开堂谳审之日，王九思无法指控高拱，一场危机化解，王九思被绑赴刑场斩首。广西方面，殷正茂剿匪胜利，张居正建议让殷正茂亲来北京献俘。
朝廷局面刚刚好转，但新任户部尚书王国光告诉张居正国库告罄。万般无奈，张居正只好用胡椒苏木折俸解决两京官员的月薪。在储济仓发放胡椒苏木时，乾清宫太监邱得用的外甥章大郎带头闹事，与户部观政金学曾发生冲突，储济仓大使王菘被章大郎失手打死。巡城御史王篆按张居正的吩咐，设计逮捕了章大郎。
但胡椒苏木的风波仍在扩大，许多官员有怨气，特别是老国丈李伟和老附马爷许从成两人，更是寻衅闹事，李伟还嚷着要将花园改成菜地以要挟皇上。邱得用对张居正更是怀恨在心，为了实施报复和营救章大郎，他一面讨好冯保，一面又与寥公公计议，秘密诱拐玉娘。玉娘被拐入“侍翠楼”青楼，锁在后院。鸨母夏婆为巴结巡警铺档头将二旺，竟把他放在玉娘房间。玉娘拼死抵抗，适逢王篆率兵巡查，侦得此事，再次将玉娘解救。
李太后决定前往昭宁寺燃烧香，武清伯李伟与附马都尉许从成得知消息。一起前往昭宁寺告刁状。引起李太后对张居正胡椒苏木折俸举措的不满。她决定取消皇亲国戚的胡椒苏木折俸，并不同张居正商议而直接发文到通政司。张居正听说玉娘获救，散衙后到积香庐探望玉娘，冯保派人送信告之李太后的决定，张居正立即找来王国光计议，并连夜赶到紫禁城请求李太后召见。李太后在张居正与王国光的陪同下深夜视察太仓，目睹国库空虚，李太后遂改变了决定，从通政司收回中旨。
平息这场风波后，张居政在平台接受两宫太后的召见，他提出“万历新政”的第一步，在两宫官员中实施京察。南京工部主事胡自皋走通冯保大管家徐爵的路子，给冯保送上三万两银子的巨额贿金，想谋取淮南盐运使的肥缺，冯保答应帮忙。而此时，皇上刚颁布京察的诏旨，在两京官员中引起震动。这天夜里，礼部左侍郎王显爵邀吏部左侍郎魏廷山到薰风阁吃饭，本欲商议反对京察的对策。突然，一对玩杂耍的胡狲父子闯入房来，向他们出示高拱从老家送来的密信……
冯保夜里到张居正家拜访，请张居正帮助安排胡自皋两淮盐运使一职。张居正一口答应，然后找王国光做工作。王国光对“贪官受重用”的决定大惑不解，张居正对他讲述此一安排的苦衷及打算。胡椒苏木折俸导致一些小官员生活窘迫。礼部主事童立本在王显爵的威迫下，生活无着陷入绝境。张居正为缓解小官员们生活窘境，请京城首富郝一标收购胡椒苏木。为解决户部财政窘迫的状况，金学曾冒险前往秋魁府挑战蟋蟀王毕愣子，赢得大笔银两。礼部司务官纪有功在王显爵的唆使下，跑到户部申请用银。张居正恰好来到户部找王国光商量财政问题。泰山提部杨用成前来户部交纳香税亦有五千两银子的亏空，而他拒不肯说出去向。他对杨用成严加训斥，欲查出亏空钱的去向。
张居正为缓解小官员们生活窘境，请京城首富郝一标收购胡椒苏木。为解决户部财政窘迫的状况，金学曾冒险前往秋魁府挑战蟋蟀王毕愣子，赢得大笔银两。礼部司务官纪有功在王显爵的唆使下，跑到户部申请用银。张居正恰好来到户部找王国光商量财政问题。泰山提部杨用成前来户部交纳香税亦有五千两银子的亏空，而他拒不肯说出去向。他对杨用成严加训斥，欲查出亏空钱的去向。
同时，张居正已知晓金学曾参赌的消息。本欲治罪，但当金学曾说明真相后，张居正反而对他大加赞赏。张居正在户部议事未毕，忽然传来坏消息：户部主事童立本上吊而死。王显爵欲借童立本上吊事件发动对张居正的围攻，每日前往羊尾巴胡同吊丧的官员络绎不绝。由于吕调阳升任内阁辅臣，空出的礼部尚书一职引起王显爵与张四维两人的觊觎，都在暗地里使劲。李伟在王显爵的唆使下，前往皇宫找女儿李太后，希望升爵，由武清伯变为武清侯。
张居正在皇上召见时，当着众多部院大臣的面，教小皇上如何抖空竹。金学曾奉张居正之命，前往礼部查账，却受到王显爵的百般阻拦。王显爵与魏廷山计议，决定为童立本举行盛大的公祭，串连在京官员联名上书皇上，试图废除京察。形势变得对张居正极为不利，但他仍决定亲自参加公祭。冯保于公祭前一日，召聚东厂番役秘密计议怎样惩治以王显爵为首的闹事官员。
公祭当天早上，张居正的大轿接近羊尾巴胡同时，才知公祭现场发生大火。烧死官员及围观群众数十人。当天夜里，冯保请得李太后旨意，将魏廷山打入诏狱，而王显爵畏罪自杀。张居正来到积香庐，玉娘正准备招待张居正吃饭，游七送来魏廷山被打入诏狱的消息，他知道事态严重，当即就抓了一匹马驰回城内寻找冯保。冯保一直想处死魏廷山，此时已收买北镇抚司堂官林从龙，准备对魏廷山施以酷刑。张居正适时赶到救下魏廷山，但魏廷山并不领他的情。
张居正与冯保因魏廷山一事爆发了激烈的争论，最终张居正还是控制了局势，顺利推荐魏廷山出任山东巡抚。燕九节上，冯保领着一帮朱衣太监前往白云观烧香。李高闻讯寻到这里来，要冯保帮着在李太后面前说话，给武清伯多拨银子修坟。而太监孙隆亦赶来，告之龙衣织造受阻于工部尚书朱衡。冯保大怒，当夜找来心腹太监，密议惩治朱衡。
