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ゾイドワイルド ZERO
Zoid是生活在银河系中并且愿意战斗的金属生物。 地球已尽头，人类将地球作为第二故乡，但由于Zoid因素的失控和意外的时间扭曲，Zoid突然出现在21世纪的地球上。地球曾经因Zoids的破坏和反复的地壳运动而被破坏。 里奥（Leo）和莎莉（Sally）一起冒险之旅，她是一个影响着地球未来的女孩，她发现了自己的野兽装备。
在荒废的地球上，正义感强烈的热血男儿雷欧·康拉德与搭档ZOIDS狮狮以及同伴巴兹·坎宁安一同做着运输商。雷欧等人在废弃都市遇到了一位被帝国军追赶的少女萨莉·兰德。
雷欧左臂的金属化、萨莉身体的变化以及进化成兽狮，都与从行星Zi带来的“Zi成型装置”有关。萨莉开始讲述自己被迫追的理由以及让地球再生的方法。
被萨莉的吊坠引导，继续旅行的雷欧等人闯入了帝国军的演习场。在帝国军“红色死神”克里斯托弗·吉雷尔与狙击翼手龙演习的过程中，雷欧对第一次见到的新型飞行ZOIDS着了迷……。
被共和国军迪亚斯中校保护的雷欧等人，前往拥有大规模ZOIDS遗迹的废墟城市·佐贺城。在那里，雷欧等人遇到了以猛禽龙为搭档的地球考古学家乔·艾塞尔。
帝国军的ZOIDS骑手巴恩·布拉德被授予的新型ZOIDS·加特林狐。因光学迷彩而看不见身影的狐狸接连取得对共和国军的战果，雷欧等人一边警戒看不见的敌人一边前进。
雷欧等人开始根据线索寻找鲍曼。另一方面，吉雷尔负责护卫在ZOIDS危机中大肆破坏的超巨大ZOIDS棘龙的秘密发掘作业。然而，发掘现场正位于雷欧与兽狮的行进路线上……。
被吉雷尔驾驶的狙击翼手龙击中的兽狮坠落到悬崖下。雷欧虽被艾塞尔保护，但狮狮被帝国军的扎加特基地回收，第二天早晨就要被转移到其他设施……。
被利克队长率领的帝国军部队追赶的雷欧等人，来到了一座保持21世纪原貌的城市。看到风化至今的街景，雷欧开始讲述身为地球考古学家的父亲的某项研究。
雷欧等人发现了腐朽的航空母舰。巴兹为能获得大量稀有金属而大喜，但航母被置于共和国军管理之下。无法接受的巴兹带着雷欧和萨莉悄悄潜入舰内……。
巴恩受热衷于发掘ZOIDS的男人埃德委托担任保镖，前往据说沉睡着巨大ZOIDS化石的拉普斯岛。雷欧等人得知巴恩被通缉而感到担心，但帝国军已开始包围拉普斯岛。
承载着柯林斯准将的心愿，为复活棘龙而奔走的吉雷尔发现了棘龙最后的零件。然而因意外事故，零件与共和国军展开争夺战，雷欧等人也为了阻止复活而参战……。
终于复活的棘龙。侵略如火，阿尔德里奇乘坐的棘龙接连击破共和国的ZOIDS部队。雷欧等人前往棘龙行进路线上的城市要塞进行防御……。
败给棘龙的雷欧等人遭到更大的异变袭击。为了收拾事态，雷欧等人前往再生立方终端，但兰德博士也为了得到终端而派出了暗黑豹。
回应复活的兽狮“想要变得更强”的意志，雷欧对其进行了改造。焕然一新出击的兽狮遭到漆黑魔兽暗黑豹的袭击，被玩弄于股掌之间……。
正当人们以为已经无法阻止失控的棘龙时，雷欧等人终于赶到了战场。在化为废墟的高楼林立区域，咆哮猎狮与棘龙的决战开始了。
在共和国与帝国相互靠拢的历史性瞬间实现之际，雷欧等人受到了迪亚斯父母的热情款待。接受迪亚斯青梅竹马谢莉·亨特大佐的提议后，雷欧展示了咆哮猎狮的性能。
作为行星Zi最高科学家、萨莉的祖父，沃尔特·鲍曼为了再生地球，继续着寻找沉睡于各地的再生立方的旅途。他尚且不知晓的雷欧与萨莉的旅程究竟是……。
来到共和国军秘密基地的艾塞尔，看到新型飞行ZOIDS锹形锹形的身影时双眼放光。与此同时，雷欧等人遇到了憧憬天空的青年杰克，雷欧对杰克的热情产生共鸣，开始帮忙制作飞机。
寻找终端立方的雷欧等人漂流到因终端影响而无法使用机械的岛屿，被一个叫泽佩特的男人所救。要逃离岛屿只能重启终端，但兰德率领的帝国军也已登陆岛屿……。
听闻再生立方放出光芒的传闻，雷欧等人来到某个村庄。那里曾是鲍曼停留过、终端已经重启后的土地。但此时帝国军的加农炮猛牛部队袭来……。
