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作为法医的爷爷高四海为了案件的事实真相，坚持原则努力查找案件线索，却被人诬陷，造成检验结果的错误。三十年来背负骂名，并为此丢弃了心爱的法医工作，最终患上阿尔茨.海默症。而作为刑警大队副大队长的父亲高建设二十年前侦查的一起案件，由于一直没有破案就英勇牺牲。此案一直悬而未决，却在今日被怀疑是一起冤案，烈士的形象面临崩塌。正准备离开警察队伍的孙子高风因为一起偶然的案件被卷入和爷爷，父亲名誉有关的那起陈年积案中，为了查清事实的真相，孙子放弃一切，和警方一起克服重重困难，顶住重重压力终于将一件已经盖棺认定的陈年积案翻案，维护了法律的公平正义，还原了事实的真像，并将外逃三十年的罪犯缉拿归案，告慰祖父和父亲的在天之灵。
龙城北山山洞发现不明骸骨，城北派出所民警高风和李显到现场勘查并询问目击者。龙湾分局刑侦大队队长冯凯带刘青叶、周游同时赶往现场。高风和冯凯他们说出自己的推测，认为死者是女性，死亡时间至少十五年以上。刘青叶表示他的话不可信。杨衡带女友马兰回到龙湾偶遇高风，并和他说“你爸要倒大霉了，咱们走着瞧”。杨衡到警局遇到刘青叶，并和她说怀疑尸体是母亲罗红英，要求做亲子鉴定。
高风到杨衡家打探情况，其父杨三水表示已十年未见杨衡。高风告诉他杨衡回到了龙湾并问他当年情况，杨三水赶走高风，不过高风发现杨三水是个老彩民。同时回到上海的还有神秘杀手，男扮女装跟踪杨三水。赵月娥在龙星集团召开董事会，并通知大家任命许佳桐为龙星集团总经理，其父许军为董事长，并要求许佳桐带叔叔许达去英国开展海外投资项目，同时让许佳桐尽快卖掉上海的龙星佳桐，许军表示不解，赵月娥说是因为许达赌博欠款怕被中央巡视组发现。
杨衡来找杨三水拿走拆迁款，并逼问是否是他杀了许广义和罗红英，杨三水否认，杨衡再次逼问亲生父亲是谁，杨三水拒绝回答同时告诉他自己是肝癌晚期命不久矣。高风在家楼下被媒体记者拦截，周伟给高风打电话劝说不要轻信谣言。许佳桐问赵月娥着急把许达送到英国的原因，怀疑他和“405”案件有关系。宋局长开新闻发布会，和媒体公布组成复查小组，杜绝冤假错案。刘青叶和周游到杨三水家，发现他在家中已经死亡。刘青叶在现场发现高风名片，打电话让已经到机场的高风去警队接受询问。
省厅正式成立四零五案复查小组，小组成员包括冯凯、刘青叶、周游、方菲等人，复查小组首先讯问了宋局。1996年许广义被害是杨三水报的案，高建设认为杨三水没有嫌疑，并坚信罗红英就是凶手。宋局质疑罗红英的杀人动机，宋局则怀疑杨三水，二人发生分歧。宋局其实还认为，高建设是因为上级给予的压力才急于把罗红英定为重大嫌疑人。 高风去杨三水家附近的彩票店和店主聊天套话，偶然看到杨衡并追过去和他在街头发生争执，杨衡执意认为高风一家都是恶警，二人因打架斗殴被派出所拘留。
许佳桐去上海处理龙星佳桐收购事宜，周浩宇拿花去接他并当场表白，不过许佳桐让他在龙星金融集团总经理和她的男朋友之间选一个，周浩宇选择了总经理。高风让李显帮忙调查杨三水是否有驾照，因为他认为罗红英就是在1996年许广义死亡当晚同时遇害的，并且把尸体搬运到北山山洞一定是需要车且会开车的。而杨三水长年买彩票的钱与其收入不成正比，所以其中一定有问题。高风也去警队找了冯凯说自己的判断，冯凯却从中发现他曾私自翻阅过四零五案件卷宗，因为这个违法行为高风被冯凯扣押在警队12小时。
高风的妈妈陈洁来高风家看他，希望高风可以去上海，不过高风对陈洁表现得很冷漠，认为高建设的离开和他们离婚脱不了干系。陈洁告诉高风离婚是高建设主动要求的，陈洁虽然难过但是由于自己的性格而同意了，离婚后一周高建设就出车祸了。不过高风仍旧认为陈洁离婚后不久就和初恋结婚，肯定是一直余情未了，陈洁并没有辩解而是伤心地离开了高风的家。复查小组根据当年的车辆记录发现了许达的可疑之处，许达在四零五案件发生之后不久就把自己以前的凌志车处理了，并换了个红旗，冯凯和刘青叶去了龙星集团许达的办公室询问。
冯凯和刘青叶在许达办公室，开门见山问许达四零五案件的事情，许达面露紧张并坚持律师在场才会回答他们的问题。高风和许佳桐约饭在曾经分手的地方，许佳桐回忆起分手当天的事情。许佳桐问高风为何不去上海，高风说要调查真相。许军这时给许佳桐打电话说看到了冯凯和刘青叶，让许佳桐去和许达聊聊是不是有不可告人的事情瞒着他们。许佳桐安慰许军说会问清楚的并让许军帮忙离开饭局。离开之后的许佳桐打车去了北山山洞，原来许达杀害罗红英的事情许佳桐是知情的。
许达来办公室找许佳桐，许佳桐问他当年为什么要把自己的凌志车换掉，并告知自己已经去过北山山洞，知道是他杀害了罗红英，许达虽然矢口否认却懊恼不止。许军过后问起许佳桐时，她却帮忙隐瞒真相。杨衡跟踪李艳，假装司机江小山有事，把李艳从棋牌室接走。江小山没接到李艳就给许欢欢打电话告知李艳失踪，许欢欢给许达打电话认为就是江小山图财带走了李艳，许达通过关系找到江小山后却发现他已经报警，慌乱之下许达和许欢欢说不要再联系自己并删掉聊天记录。
杨衡和李艳在北山山洞谈话，李艳说杨衡不是许广义的儿子，并用钱劝说杨衡将自己放掉。李艳的保险柜终于被打开，发现其名下有不知来由的巨额财产。高风在李艳家小区调查，知道了杨衡曾和江小山交换微信，认定是杨衡绑架了李艳，并将情况同步了冯凯。许欢欢背着刘青叶偷偷给许达打电话，许达知道了绑匪是杨衡，在去机场的路上匆匆赶回家告诉赵月娥这个事情。赵月娥虽然镇定地把许佳桐和许达送走，但同时也给杀手发信息，让他在机场将许达灭口。
李艳在医院被审讯，终于说出了实情。原来许广义是为了帮许达摆脱罗红英，才和她在一起。李艳在看到杨衡的帖子后就怀疑许达是凶手，许达答应给李艳两千万当封口费。复查小组查看机场案发时的监控，注意到机场的“女人”其实是故意的。高风到医院找到周伟，拜托他一定要尽力救治许达并有任何情况随时告诉他。许军也向许佳桐表达自己的怀疑，他认为许达和罗红英之死一定有关系。许佳桐劝父亲不要再胡乱猜忌。
复查小组来到赵月娥家了解许达的情况，赵月娥假装不知道许达和杨衡的父子关系，但是复查小组都怀疑赵月娥其实是知情人。其实当年许家福死后，许村村民们集体去赵月娥家要求还钱，许家禄父子冒着危险去救出许军，因此许家禄也被村民打死。冯队带人到医院问询许达的治疗情况，医生认为他苏醒的可能性极小，这就意味着这条线索基本断了。1986年高四海和刘志坚在解剖室分析火场焦尸，虽然所有证据都证明其是自杀，但高四海还是怀疑赵月娥报假案，死者不是许家福。
第二天刘志坚去解剖室问高四海要证据证明焦尸不是许家福。高四海从X光片看到死者是32颗牙，而许家福只有28颗，不过这个事儿只有高四海自己知道，因为是许家福私底下告诉他的。在没有确凿证据的情况下，刘志坚还是相信了高四海。护士给许达换药，发现许达有了反应，冯凯赶到医院后，医生解释许达的自主意识正在苏醒，所以是有醒过来的希望的。赵月娥知道后给杀手发信息，告知许达有苏醒迹象，命令除之。
许佳桐和周浩宇在英国考察后回国，在机场她告知周浩宇公司已经决定投资BAT项目。高风还是想前往病房查看许达的状况却被拒绝，同时被拒绝探望的还有许军和赵月娥。高风和冯凯同时分析出四零五案件一定不是简单的情杀，背后所隐瞒的一定是个更大的秘密，不然不会不惜一切代价杀人灭口。1995年周伟带着新学习的DNA亲子鉴定技术回到龙湾，高四海因为坚持认为焦尸不是许家福所以一定要开棺验尸，但是高建设却因为高四海的坚持而对他很有怨言，高四海一直让龙湾公安系统备受争议。
1995年许军一家在许村大办酒席，赵月娥用眼神暗示许达将舆论矛头指向高四海，公开高四海要开棺验尸的事。赵月娥也真情实感的和村民们讲话，挨家挨户赔偿钱当年被许家福拿走的钱，村民们集体给赵月娥道歉，并都和赵月娥同仇敌忾统一战线。这时高四海和刘志坚也到达了许村，村民们集体反对开棺验尸并指责高四海忘恩负义。高四海和大家激动地讲述自己作为一名警察和法医的指责，他从来没有忘记许家的恩情，但是他也要一直追求真相。
1995年，赵月娥突然就同意了开棺验尸。当天，许军赶回许村的时候已经是中午了，赵月娥要求先吃饭下午再开棺。午饭后开棺验尸正式开始，之后许军也赶到警局去到进行抽血取样。陈洁到疗养院看望高四海，被同样过来的高风撞见，他表现出很明显的不快，周伟看到后很生气把他带出去，原来陈洁当年不仅得了产后抑郁症还曾经试图自杀，后来是因为初恋得了绝症才决定嫁给他，婚后一个月他就离开了人世。从始至终陈洁爱的都是高建设。
1995年开棺验尸后，高四海在办公室焦急等待亲子鉴定结果，负责人周伟跑来告诉他和同在办公室的高建设，确认焦尸就是许家福。高四海坚决不相信这和结果，要求必须进行二次检测，而这个结果赵月娥和许军同时也知道了。之后高四海还和周伟私自带DNA样本离开，想去北京重新鉴定，中途被火车站乘警带走。因私自将样本带出，高四海被调到档案室，没多久周伟也离开了公安队伍。刘志坚也主动辞职了，临走前在办公室和高四海说他始终是相信他的，之后就在办公室吐血身亡，但直到现在，高四海依旧坚持许家福没有死。
冯凯让刘青叶查1995年许达和许广义所有往来记录。高风来到陈洁家，主动和她道歉，陈洁感动落泪。高风问她高建设的事情，陈洁回忆高建设因为开棺验尸事件和高四海一直不愉快，不过在四零五案件后曾隐瞒所有人请了一周假，具体去哪里谁都不知道，不过回来后他就和陈洁提出了离婚，高风认为他爸爸一定是去调查许家。赵月娥让杀手盯紧高风的一举一动，杀手想办法在高风家安装了监控。高风回到家想起了高四海一直有记日记的习惯，他找到它们开始仔细阅读，日记中记录了很多事情，包括高建设曾私下调查过许军在上海发迹史。
冯凯和刘青叶去找许军了解情况，表面上是问许达和许广义的关系，其实是为了看看许军是否知情很多许家的阴谋，许军说赵月娥是帮许达还了很多欠款。离开后冯凯告诉刘青叶，许军应该是对一切都不知情的。高风拿着日记去找周伟，也告诉他，自己怀疑1995年的DNA亲子鉴定是有问题的，许家福可能没有死。但是周伟告诉他DNA样本已经彻底丢失了，无法再做查证。当年龙星集团投资重建公安大楼，在资料运输途中，只有装有许家福案件证物的卡车翻车了。
高风到达上海后在酒店开了308房间，杀手随着他进入同一间酒店住到了309房间。1986年许家福死后，许军到上海投奔吴贵祥，他和许家福曾一起做生意，吴厂长看中许军的憨厚朴实决定留下她。有一天晚上许军在巡逻时偶遇吴贵祥的女儿吴小玲被一蒙面男子挟持，他英雄救美救下吴小玲，当即她就被他吸引喜欢上了他。沈超英和许佳桐周浩宇一起开会讨论BAT项目，20亿英镑的数额已经远远超出东山银行的预估，所以沈超英作为行长必须重新评判该项目的风险。
许佳桐到家质问赵月娥，她向许佳桐坦然承认许家福还活着，并将一系列真相告知许佳桐。许佳桐强调，所有真相不让许军知道，也不能向高风下手，赵月娥应允。冯凯再次来到高建设当年的车祸现场勘察，根据现场的摩托车辙方向推断和当年运押DNA证物时的车辙方向一致，怀疑高建设的死有蹊跷。他给宋局打电话怀疑高建设的死并不是意外，不过宋局认为冯凯的推测都太主观了。冯凯坚持自己的判断，并得知高风在去海东之前曾经请过一个星期的假。刘青叶给高风打电话询问，高风表示自己也不知道高建设当时去干什么了，并告诉她自己在上海。冯凯安排刘青叶和周游去上海找高风。
