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哪吒见天下大旱，不忍众生遭劫，前往水族兴师问罪。在东海寿宴上与东海龙王三太子敖丙大打出手，但妖族作梗，杀死敖丙后栽赃于哪吒。东海龙王前往陈塘关兴师问罪，哪吒由于不愿牵累父母，于当场自戕，以此谢罪。哪吒原为灵珠子，这一切都是他命中劫数，太乙真人将碧藕为骨，荷叶为衣，为哪吒重造仙躯，使之起死回生，然而代价有二，其一，哪吒需入凡尘，寻回五样随身法宝，其二则需帮助小龙女打败蛇姬、复兴水族，如此哪吒方能偿还所有罪愆，重回凡间，与家人团圆。后来哪吒发现昔日大旱与敖丙之死，均为蛇姬逆谋篡位的手段，蛇姬与妖族大帝联手，将四位龙王囚禁，使得龙宫易主，从此成了四海之王。就在一同寻找法宝、以及对抗蛇姬追杀的旅途中，小龙女与哪吒从原本不信任的敌对立场，逐渐建立了深厚的情感，两人携手合作，最后终于集齐了五项法宝，打败蛇姬与妖族大帝，复兴水族，伸张了正义。
陈塘关旱灾严重，哪吒前去帮忙，反被李靖责难。魔宫主人派女儿玉纤勾引东海龙王，获得下雨之权，致使东海旱灾。三海龙王以陈塘关旱灾之事相问，东海龙王心中清明却故意维护玉纤。哪吒见百姓房屋着火，便私自截下运水救人。李婧不问缘由便欲惩罚，父子因此大吵一架，哪吒离家出走。百姓献祭童男童女求雨，哪吒强行救下孩童，然后手持火尖枪，杀到了龙宫，搅和了龙王的寿宴，惹怒了三太子敖丙。
哪吒打伤敖丙远去，玉纤派人幻化成哪吒模样，杀了敖丙。龙王怒不可遏，前往陈塘关问责，哪吒不认杀人罪行，与龙王硬斗，结果技不如人，被困土中。李靖夫妇与奶娘李婶儿，跪求龙王饶恕哪吒。哪吒见李靖为他折辱至此，决定以死明志，自证清白。小龙女冲破障碍，想来解开误会之时，却只看见哪吒掉落的戒指。得偿所愿的龙王回到龙宫，却发现儿子被重伤束缚。这时玉纤露出真面目，龙王被其重伤，虽悔晚已。
东海龙王决定送小龙女去昆仑仙院学习法术，并派水精灵随行保护。玉纤提出让丑宰相送小龙女，东海龙王一口应下。玉纤潜伏在东海龙王身边就是为了打探消息，然后等待时机营救被封印的父王妖族大帝。哪吒被玉鼎道人送到昆仑仙院门口，遇上了小龙女等其他弟子。丑宰相将昆仑仙院的情况汇报给玉纤，仙院的结界只有七彩宝珠才能破除，可是宝珠在杨戬手中，只能寄希望于潜伏在仙院学艺的嘟咕二蛙身上了。
历经数年冬夏，摩昂、小龙女、哪吒等人都长大成人了，唯有嘟咕二蛙依然像小孩一般大小。 晴空如洗突然黑云压顶，太乙真人猜测昆仑仙院将有劫数，几位师傅担心众人身份，杨戬猜测哪吒是内奸。太乙真人提议增加结界的法力，以防妖族大帝逃走。妖族大帝看到蔽日之时即将到来，对于自己恢复自由之身有了希望。太乙真人见他毫无悔改之意再次劝诫。嘟咕二蛙依然贼心不死，到处寻找机会偷取七彩宝珠。
上鼎村频繁遭遇袭击，众多村民死伤无数，哪吒决定留在此地抓住幕后凶手。杨婶要到上鼎村代替夫人照顾哪吒，金银二宝得知此事，找狐狸嬷嬷帮忙。狐狸嬷嬷幻化成杨婶模样，假装遭遇劫匪受伤，与金银二宝里应外合接近哪吒。摩昂和哪吒-起帮小龙女补办生辰，小龙女大为感动，但因哪吒没有准备礼物而略微失落。狐狸嬷嬷未能如愿寻到玉仙轮，金银二宝等得焦虑，趁夜来到小居门外，岂料竟被法宝火烧屁股。
狐狸嬷嬷谎称摩昂性命垂危，需以昙灵花解毒。小龙女信以为真，独自上山采摘，结果被金银二宝迷晕。哪吒及时赶来救下小龙女，摩昂也因昙灵花醒来。前往陈塘关报信的村民均在半路被杀，精元吸光，体内毒气久滞不散。摩昂发现凶手对精元需求极大，为防止村民再次出事，特在林中和村落安置硫磺机关。狐狸嬷嬷趁夜潜入小龙女房中，不慎触碰兽夹受伤，小龙女和哪吒察觉古怪，于是怀疑眼前之人并非杨婶。
狐狸嬷嬷被感化，金银二宝携带法器追踪至风水宝地。眼见风火即将脱胎换骨，金银二宝欲.上前偷袭,哪吒等人奋力抵挡，奈何法宝太过强大，哪吒和摩昂被捆仙锁受制难行，火葫芦则对准小龙女喷吐火焰。狐狸嬷嬷闻讯赶来，上 前对抗金银二宝反被重伤，幸好风火和水精灵终于熬过七星连珠,炼化成功。风火蜕变成为风火轮，助众人脱离险境。金银二宝慌乱而逃，哪吒等人匆忙追去，暗黑使者现身救走了金银二宝。
东海事变，小龙女连夜出逃，火龙请命前去捉拿，摩昂被重伤，小龙女在关键时刻使出万水精元击退火龙。妖帝发现太昊气凭空新添一股正气，唯恐此异变会对妖族不利，决定趁太乙真人法力恢复之前，主动出击，冲破太昊正一气。妖姬公主已经成功拿到金水令牌，可令牌咒语已被提前更改，蛇姬公主折磨水精灵，逼她说出咒语。哪吒即将下凡，太乙真人为其输送法力，观音大士叮嘱他要帮小龙女夺回东海王位。
东海事变，小龙女连夜出逃，火龙请命前去捉拿，摩昂被重伤，小龙女在关键时刻使出万水精元击退火龙。妖帝发现太昊气凭空新添一股正气，唯恐此异变会对妖族不利，决定趁太乙真人法力恢复之前，主动出击，冲破太昊正一气。妖姬公主已经成功拿到金水令牌，可令牌咒语已被提前更改，蛇姬公主折磨水精灵，逼她说出咒语。哪吒即将下凡，太乙真人为其输送法力，观音大士叮嘱他要帮小龙女夺回东海王位。
丑宰相投靠蛇姬公主，小龙女自嘲有眼无珠，丑宰相无理反驳，继而怫郁离去。敖钦被擒，同关一处，西海龙王破口怒骂，责其投敌求荣，敖钦自知有愧一言不发。 哪吒假借送饭为由，顺利进入地牢， 救出了小龙女。暗黑使者特奉妖帝之命，护送火龙使者奔赴东海，蛇姬见火龙容貌俊俏，大为赞赏。得知有人擅闯地牢劫走小龙女，蛇姬公主指派火龙前去捉拿。敖揭为保性命，不得已归顺蛇姬，小龙女很失望。
暗黑使者亮出定情信物，试图让蛇姬回心转意，怎料蛇姬枉顾旧情，甚至当面摔碎玉镯。暗黑使者百念皆灰，恳请对方归还解药，从今二人恩断义绝，蛇姬闻言大怒，施法予以惩戒。鱼姬碰巧路过，目睹全程，随即匆忙离开，暗黑使者半途阻拦，索求解药无果后，奉劝鱼姬共为妖族棋子，最终也会落得相同下场。蛇姬公主吩咐火龙前往流云镇抓捕孩童，收集纯念，以此治疗妖帝内淤，并让鱼姬尽快找回银水令牌。
龟俱长老强行从龟仙人手中掳走记忆宝盆，却让鱼姬和暗黑使者抢去。风啸歌偷袭失败反被暗黑使者打伤，不慎遗落流云石。陷空岛损失惨重，全岛戒严，幸好小龙女当场亮出水舞者项链，得以证明身份。哪吒和小龙女决定前往流云镇探寻究竟，于是特向将领讨来流云石，扮成普通村民，暂投客栈。记忆宝盆被龟仙人提前封印，就连暗黑使者也都难以破解。鱼姬谎称宝盆已被风啸歌偷走，蛇姬公主大怒训斥鱼姬。
宝盆封印已被妖帝封印，鱼姬如实复命，惨遭蛇姬公主责罚。火龙特来禀明孩童近况，得知妖帝身体好转，蛇姬十分欣慰。风啸歌妄图窃取水舞者项链，被小龙女追踪夺回。风啸歌因受哪吒威胁，答应离开流云镇，从此隐姓埋名，怎料竟意外探听沈公子与火龙谈话，悉知阴谋，担心梅姐姐安危，连忙向福泽院跑去。风啸歌摔倒被孩童嘲笑，故意扮作恶狠模样，恰好被小龙女和哪吒撞见，误以为他就是拐卖孩童的真凶。
风啸歌伤势未愈，蹒跚归家，梅姐姐怜惜风啸歌先前遭遇，劝诫他改恶从善。火龙使者未能完成任务，蛇姬大怒，恨斥哪吒屡屡坏事。鱼姬获知流云石神秘力量，深谙它可改变所在气运，于是请命特将此物夺来，帮助妖帝恢复法力。小龙女将风啸歌捆绑起来，逼问他来流云镇以前的真实身份。风啸歌记忆全无，不知小龙女所言何意，哪吒口咬住风啸歌手腕，风啸歌封印被破除，瞬间幻化风火轮，与其相认。
丑宰相奉命前往无间，发现哪吒等人意欲登岛，赶忙施法唤出毒藤，将其困缚，先行一步。丑宰相突然到访，冥王设宴款待。冥王苦恼无间岛无人管理，丑宰相趁机提起哪吒与小龙女，夸赞二人才干俱佳。冥王扮做本愿僧人，以幻境困住众人，唯独哪吒识破假象，冲破幻境诱惑。冥王赏识哪吒能力，希望留他管理无间之岛，哪吒获悉敖广被关纯属谣言，索性答应，要求冥王解开小龙女幻境，并以传音蛛丝护其周全。
哪吒去找冥王，要用善念感化囚犯，使其脱离罪孽，重入轮回。冥王同意修建宝塔，哪吒也让冥王解除风啸歌幻境，令其从旁协助。蛇姬公主闻讯愤激，叱骂丑宰相成事不足败事有余。鱼姬讥讽丑宰相身为外族人，心系旧主，另有想法。鱼姬提议事先摧毁宝塔，于是请命跟随暗黑使者前往无间岛。暗黑使者研究宝盆已有时日，虽有银水令牌线索，但却无法锁定准确下落，鱼姬担心贻误先机，要求暗黑使者尽快妥善。
哪吒坚持否认偷窃宝镜，直到他与冥王前往树林探寻究竟，才知偷盗之人竟是风啸歌。暗黑使者和鱼姬私自潜入无间岛，布下血雾大阵摧毁宝塔，击杀囚犯，幸好有破阴残、星离雨等人联手回击，暂且破除阵法。鱼姬使出浑身解数帮助暗黑使者。血雾阵法加剧噬化，冥王拼尽全力破解，依旧无济于事。哪吒无法坐视不管，坚持留在岛上，协助冥王共同抵抗，小龙女不能弃他不顾，风啸歌也誓死忠主，参与进来。
狐小玉向金银二宝打探狐狸嬷嬷下落，金银二宝被迫告知真相，表示狐狸嬷嬷已死，至于何人所杀，坚持不肯说明。狐小玉悲伤不已，去找暗黑使者追问死因，暗黑使者隐瞒实情，嫁祸给了哪吒。狐小玉意外听到对话，得知记忆宝盆可以篡改人的记忆，于是故意引开金银二宝和暗黑使者，偷走了记忆宝盆。狐小玉察觉到段无浊行踪，用激将法让他接受检验，段无浊主动伸出双手，闭上眼睛触摸宝物，结果被篡改了记忆。
狐小玉寻遍多处，直至天黑仍未找到段无浊，于是便在原地大叫其名，正巧段无浊听见声音，连忙跑来。段无浊主动将她背了起来，狐小玉感受着段无浊的体贴入微，深陷情劫而不自知。正当狐小玉段无浊甜蜜相守之际，乌鸦精突然出现，声称已知哪吒所在，但需珍贵物品来换消息。段无浊想用七星宝剑换取，被狐小玉阻止，乌鸦精气愤诅咒二人不得善果。哪吒三人扮作妖精，谎称被段无浊追杀，被乌鸦精识破。
哪吒为自证清白，愿让狐小玉抽取他和小龙女的记忆。狐小玉依言照做，终于确信真凶之人竟是暗黑使者。就当她准备恢复记忆之际，暗黑使者突然抢走记忆宝盆，众人猝不及防，哪吒和小龙女也因此变得痴傻。火龙跟踪前来，发现暗黑使者和鱼姬先前丢失记忆宝盆，然而鱼姬却以将功补过为由，联手暗黑使者对付风啸歌，并派金银二宝前去拦截狐小玉。段无浊察觉狐小玉有危险赶去搭救，当场击杀金银二宝。
