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康熙二十三年，陈廷敬受康熙之命处置顺天乡试科场舞弊案，因而卷入了明珠党和索额图党的党争。陈廷敬沉着应对，既避免了各党的拉拢，又妥善处置了舞弊案，挖出了背后的索额图势力，扳倒了索额图一党，深得康熙赏识。康熙任命陈廷敬改革弊政，陈廷敬大刀阔斧肃清朝廷内部渎职舞弊的不正之风，改革铜钱制度，清查明珠党羽王继文贪污案，遭到明珠一党的疯狂反扑，他们借揭陈廷敬的亲家、湖广巡抚张汧贪腐一案对陈廷敬展开了攻击，导致陈廷敬被罢官。但是陈廷敬以退为进，最终查出了明珠买官卖官结交朋党的罪证，以结党营私、贪财纳贿之罪罢黜了明珠。此后，康熙再次起用陈廷敬为左都御史，陈廷敬纠劾百司、惩治贪墨，以“陈阁老”之名留芳青史。
康熙二十三年，大清王朝在康熙的铁腕统治下，出现了盛世景象，可是首辅索额图和中堂明珠明争暗斗，朝堂之上暗流涌动，有一场惊天风暴正在悄悄酝酿。江宁遭遇大灾，康熙命令监察御史郭秀前去赈灾，不料却被索额图派人砍伤，他跳江才侥幸逃生，随行官员达都奏报朝廷，谎报郭秀染上瘟疫而死。
王新命请陈廷敬到自己的别院，还摆出一副两袖清风的架势。陈廷敬无意中发现他家中摆着价值连城的瓷瓶，就不动声色向他了解霉米换新米的真相。陈廷敬开棺验尸，当场揭穿汤宾用霉米换好米的铁证，可他绝不认错。
汤宾之死引发了朝堂的争议，康熙下旨免除陈廷敬的职务，宣陈廷敬回京。陈廷敬之女采薇因为担心父亲，向明珠之子容若求助，陈廷敬夫妇试图阻止采薇和容若之间的情缘。明珠私下来见陈廷敬，提出交易，陈廷敬拒绝。
郭秀带汤福慧来和陈廷敬汇合，汤福慧误以为陈廷敬是害死她父亲的贪官，陈廷敬向她讲明真相，汤福慧得知郭秀还活着，就说出父亲临终前的遗言，汤宾千叮咛万嘱咐她一定要好好祭拜郭秀的灵位，陈廷敬断定此中必有玄机，就让汤福慧带路回家找灵牌。
明珠提出让王新命捐出所有的家产，康熙答应免去王新命的死罪，发配到边疆。陈廷敬带着儿女一起种庄稼，让他们体会一下耕作之苦，这样才能理解百姓的不容易。明珠派人给陈廷敬送来请柬，陈廷敬准时来赴约，明珠极力拉拢他，想和他一起联手对付索额图。
容若宁愿放弃家里的荣华富贵，也要为自己争取自由，明珠只好答应他的请求，明夫人心急如焚。采薇赌气把自己关在房间里不吃不喝，王瑶卿心急如焚，陈公子也劝王瑶卿成全采薇和容若，可她坚决不干。陈廷敬带来饭菜，苦苦规劝采薇，采薇伤心地大哭不止。
陈廷敬之子陈壮履私下向容若求救，容若瞒着陈廷敬，帮壮履救出了陈廷愫。康熙询问陈廷敬营救逆党一事，陈廷敬为了掩护容若，只好承担罪责，愤怒的康熙让他回家“养病”，宝泉局一案被迫停滞。郭秀为陈廷敬喊冤，康熙让郭秀去私下查明逆党一案的真相。
康熙把陈廷敬遭人诬告的奏折拿给文武百官一一过目。明珠提议让陈廷敬官复原职，康熙当即下旨恢复陈廷敬的官职，重新审核户部的账目，还让明珠协助他。陈廷敬和郭秀等人首先查封了宝泉局，所有人员只许进不许出。
陈廷敬对容若好言相劝，还带来一首诗作当贺礼，容若心里苦不堪言。采薇赌气不吃不喝也不说话，王瑶卿心急如焚。婚宴结束，容若也醉得一塌糊涂，他掀开了新娘子的红盖头。陈壮履到处找不到汤福慧，他心神不宁，陈廷敬提醒他明天就是乡试的日子。
壮履从丁大治口中套出，解元可以花钱买。根据壮履的情报，陈廷敬审问丁大治，丁大治招供自己是从济善家奴丁三手里买的考题。郭秀去济善府抓丁三，但丁三已经失踪。陈壮履告诉陈廷敬，徐乾学的儿子徐树屏也是靠作弊考中的。
郭秀试探出徐树屏身上有疑点。牢中的济善也突然招供，表示一切都是王振业指使自己做的，考题则来自内侍八喜。陈廷敬下令抓了八喜和王振业。王振业承认一切都是自己与济善合谋的，陈廷敬发现口供的细节对不上，怀疑另有隐情。
王振业在牢中上吊自杀，留下的遗书中又一次指证了宁布海。八喜交代自己之前的口供是徐乾学逼他说的，而自己并不认识济善与王振业。陈廷敬找上徐乾学，指出他的儿子徐树屏考试作弊。
陈壮履迟到，且因宿醉而写不了字，徐树屏也答得一塌糊涂，坐实了两人科场作弊的罪名。索额图命人上折子揭露陈壮履在御考前夕召妓玩乐。康熙让陈廷敬亲自审问陈壮履。
索额图被康熙处罚，夺去爵位，降为四品佐领。顺天乡试重考，由康熙帝亲自主持。陈廷敬宣布顺天乡试舞弊案结案，其子陈壮履等作弊考生被革去功名，发配宁古塔。王夫人要陈廷敬赐她一纸休书，她也要随陈壮履去宁古塔，陈廷敬进退两难。
徐乾学为救儿子，向明珠献出了家传的《古诗四帖》。陈廷敬的兄长陈忘机担心陈廷敬在官场陷得太深，但陈廷敬依然相信康熙是个明主。康熙命陈廷敬监修明史，却因为史官坚持真相而触犯了康熙的忌讳，陈廷敬挺身而出保护史官，令康熙失望。
王继文命张鲁追杀冯仲宣到京城，张鲁送上王继文密信向明珠求助。明珠命顺天府尹搜索全城，麻勒吉暗禀索额图，顺天府捕头抓住冯仲宣，想要杀人灭口，麻勒吉的手下冲出来救了冯仲宣。账册落入索额图手中，索额图把账册交给康熙。康熙任命陈廷敬为钦差，去云南查王继文案。
采薇对宸英送来的小玩意爱不释手，丫鬟趁机劝她忘记容若，珍惜宸英的一片深情，可采薇根本做不到。容若抑郁成疾一病不起，明夫人心急如焚，明珠知道容若是用伤害自己方式和他赌气，容若拼劲全力苦苦恳求明珠，如果来日陈廷敬遭遇危难，恳请明珠放陈廷敬一条生路，明珠勉强答应。
孟义号召官兵为马守备报仇，先杀谷发再杀王继文。王继文拼命催促陈廷敬尽快结案，还提议对冯仲宣严刑拷打，逼他尽快招供，陈廷敬找出各种理由推脱，王继文也只好作罢。王继文接到报告，孟义带忠武营官兵来找他算账，要为马守备报仇，王继文下令全力抵抗，双方展开激战，孟义他们撞开巡抚衙门的大门，陈廷敬急忙站出来安抚，可王继文却下令对孟义他们格杀勿论，现场顿时乱做一团。
康熙派人把陈廷敬的官服送回陈府，王瑶卿急火攻心，当场晕厥，采薇和宸英苦苦规劝她，可都无济于事，宸英决定立刻赶往山西向陈壮履报告。宸英日夜兼程来到山西，向陈廷敬之子陈壮履报告了陈廷敬的死讯，陈壮履悲痛交加，他不敢相信这是真的，得知父亲的遗体还没有找到，陈壮履更加痛心疾首，忘机后悔没有早点劝陈廷敬辞官回家，陈壮履决定即刻和宸英回京，忘机想亲赴云南寻找陈廷敬的遗骸。
无念突然将陈廷敬赶出了静慈庵，陈廷敬猜出无念有危险，逼他离开是为了救他，立刻让官兵去救无念。陈廷敬再次领兵搜查银库，王继文挟持郭秀，斥责陈廷敬没有证据乱抓人。无念带着娟娘走了出来，原来娟娘没有死，这一切只是陈廷敬和无念的计谋。
